Vortrag auf dem Bitkom Big Data Summit am 25.02.2016
Auf dem Big Data Summit des Digitalverbandes Bitkom am 25. Februar 2016 im Congress Park in Hanau hielten Dr. Matthias Schlesner vom DKFZ und Dr. Fritz Schinkel von Fujitsu einen Vortrag zum Thema "Schnelle Orientierung in Genomdaten" (Donnerstag, 25.02.2016 von 12:30 bis 13:00 Uhr). Dabei gingen sie auf die Vorteile ein, welche die Analyse von Rohdaten mithilfe von Big-Data-Infrastrukturen und entsprechender Analysesoftware bieten.
Weitere Informationen: http://www.fujitsu.com/de/about/resources/news/press-releases/2016/2016-02-19-big-data-in-der-medizin-fujitsu-primeflex-for.html
Herzlich Willkommen zum Fujitsu Forum 2015. Das diesjährige
Thema lautet “Human Centric Innovation in Action”. Es zeigt,
wie Innovationen von Fujitsu dazu beitragen, unsere Arbeit,
unser Denken sowie unser Zusammenwirken zu verändern.
Dadurch werden neue Werte geschaffen, für jeden Einzelnen,
für Unternehmen und für unsere Gesellschaft. Es steht auch
für die Entwicklung von Fujitsu in den vergangenen 80 Jahren,
in denen wir gemeinsam mit unseren Kunden und Partnern
zahlreiche Innovationen vorangetrieben haben.
Nutzen Sie die Möglichkeit zum Erfahrungsaustausch mit
Entscheidern, Meinungsführern und IKT-Experten aus aller
Welt. Freuen Sie sich auf spannende Keynotes, Präsentationen, Breakout-Sessions und den Austausch mit internationalen Fachleuten zu den neuesten Technologie- und
Markttrends. Informieren Sie sich in der Ausstellung, auf
der wir unsere neuesten Produkte, Services und Lösungen
präsentieren, die Sie bei „Human Centric Innovation“
unterstützen.
Nutzen Sie diese europaweit einmalige Veranstaltung und
erleben Sie auf dem Fujitsu Forum topaktuelle Informations- und Kommunikationstechnologien, Services und Lösungen.
Wir wünschen Ihnen einen spannenden und informativen
Aufenthalt auf dem Fujitsu Forum 2015!
Unsere unternehmerische, ökologische und gesellschaftliche Verantwortung.
Uns bei Fujitsu treibt der Wunsch an, Informations- und
Kommunikationstechnologien (IKT) bereitzustellen, die
nicht nur auf die Bedürfnisse unserer Kunden, sondern
auch auf gesellschaftliche Anforderungen zugeschnitten
sind. Dadurch schaffen wir neue Lösungen, mit deren
Hilfe sich die Herausforderungen meistern lassen,
denen wir uns als umweltbewusster und sozial engagierter
Weltkonzern stellen wollen.
"Der digitale Drahtseilakt" - Ein Bericht von Fujitsu zur digitalen Transform...Fujitsu Central Europe
Fujitsu Studie verdeutlicht die Hürden und Widersprüche der Digitalisierung in Deutschland und Europa. Informieren Sie sich jetzt.
Die wichtigsten Ergebnisse
Nur einer von drei Geschäftsführern ist davon überzeugt, dass die digitalen Prioritäten vollständig auf sein Unternehmen abgestimmt sind
Jede zweite Führungskraft glaubt, dass die Digitalisierung eine Aufgabe ist, die man am besten der IT-Abteilung überlässt
Einer von drei Geschäftsführern denkt, er zahlt bereits zu viel für digitale Projekte
Nur ein Viertel ist „extrem zuversichtlich“, die richtige Wahl zu treffen.
Human Centric Innovation in Action - Einladung zum Fujitsu Forum 2015Fujitsu Central Europe
Liebe Kunden, Interessenten und Partner,
wir laden Sie herzlich zum Fujitsu Forum 2015 ein. Das diesjährige Thema – Human Centric Innovation in Action – zeigt, wie die Innovationen von Fujitsu unsere Arbeit, unser Denken sowie unser Zusammenwirken verändern – und dabei neue Werte für jeden Einzelnen, für Unternehmen und für unsere Gesellschaft schaffen. Es steht damit auch exemplarisch für die Entwicklung von Fujitsu in den vergangenen 80 Jahren, in denen wir gemeinsam mit unseren Kunden und Partnern zahlreiche Innovationen vorange- trieben haben.
Vortrag von Thomas Walloschke, Principal Business Development Manager, Security Solutions, im Rahmen des Vertrauensdiensteworkshop für die Träger der Gesetzlichen Unfallversicherung - 01. Juli 2015, Berlin
Herzlich Willkommen zum Fujitsu Forum 2015. Das diesjährige
Thema lautet “Human Centric Innovation in Action”. Es zeigt,
wie Innovationen von Fujitsu dazu beitragen, unsere Arbeit,
unser Denken sowie unser Zusammenwirken zu verändern.
Dadurch werden neue Werte geschaffen, für jeden Einzelnen,
für Unternehmen und für unsere Gesellschaft. Es steht auch
für die Entwicklung von Fujitsu in den vergangenen 80 Jahren,
in denen wir gemeinsam mit unseren Kunden und Partnern
zahlreiche Innovationen vorangetrieben haben.
Nutzen Sie die Möglichkeit zum Erfahrungsaustausch mit
Entscheidern, Meinungsführern und IKT-Experten aus aller
Welt. Freuen Sie sich auf spannende Keynotes, Präsentationen, Breakout-Sessions und den Austausch mit internationalen Fachleuten zu den neuesten Technologie- und
Markttrends. Informieren Sie sich in der Ausstellung, auf
der wir unsere neuesten Produkte, Services und Lösungen
präsentieren, die Sie bei „Human Centric Innovation“
unterstützen.
Nutzen Sie diese europaweit einmalige Veranstaltung und
erleben Sie auf dem Fujitsu Forum topaktuelle Informations- und Kommunikationstechnologien, Services und Lösungen.
Wir wünschen Ihnen einen spannenden und informativen
Aufenthalt auf dem Fujitsu Forum 2015!
Unsere unternehmerische, ökologische und gesellschaftliche Verantwortung.
Uns bei Fujitsu treibt der Wunsch an, Informations- und
Kommunikationstechnologien (IKT) bereitzustellen, die
nicht nur auf die Bedürfnisse unserer Kunden, sondern
auch auf gesellschaftliche Anforderungen zugeschnitten
sind. Dadurch schaffen wir neue Lösungen, mit deren
Hilfe sich die Herausforderungen meistern lassen,
denen wir uns als umweltbewusster und sozial engagierter
Weltkonzern stellen wollen.
"Der digitale Drahtseilakt" - Ein Bericht von Fujitsu zur digitalen Transform...Fujitsu Central Europe
Fujitsu Studie verdeutlicht die Hürden und Widersprüche der Digitalisierung in Deutschland und Europa. Informieren Sie sich jetzt.
Die wichtigsten Ergebnisse
Nur einer von drei Geschäftsführern ist davon überzeugt, dass die digitalen Prioritäten vollständig auf sein Unternehmen abgestimmt sind
Jede zweite Führungskraft glaubt, dass die Digitalisierung eine Aufgabe ist, die man am besten der IT-Abteilung überlässt
Einer von drei Geschäftsführern denkt, er zahlt bereits zu viel für digitale Projekte
Nur ein Viertel ist „extrem zuversichtlich“, die richtige Wahl zu treffen.
Human Centric Innovation in Action - Einladung zum Fujitsu Forum 2015Fujitsu Central Europe
Liebe Kunden, Interessenten und Partner,
wir laden Sie herzlich zum Fujitsu Forum 2015 ein. Das diesjährige Thema – Human Centric Innovation in Action – zeigt, wie die Innovationen von Fujitsu unsere Arbeit, unser Denken sowie unser Zusammenwirken verändern – und dabei neue Werte für jeden Einzelnen, für Unternehmen und für unsere Gesellschaft schaffen. Es steht damit auch exemplarisch für die Entwicklung von Fujitsu in den vergangenen 80 Jahren, in denen wir gemeinsam mit unseren Kunden und Partnern zahlreiche Innovationen vorange- trieben haben.
Vortrag von Thomas Walloschke, Principal Business Development Manager, Security Solutions, im Rahmen des Vertrauensdiensteworkshop für die Träger der Gesetzlichen Unfallversicherung - 01. Juli 2015, Berlin
Interview Behörden Spiegel / September 2016: Wollen die Broker-Rolle übernehmenFujitsu Central Europe
Das Unternehmen Fujitsu wird zukünftig strategisch auf drei Feldern am Markt unterwegs sein. Neben dem traditionellen Produktgeschäft
werden Cloud-Lösungen sowie digitale Anwendungen und Services weiter an Bedeutung gewinnen. Was das konkret für Kunden in Deutschland
bedeutet und wie man sich am Markt der Cloud-Anbieter positionieren möchte, war unter anderem Gegenstand eines Interviews des Behörden
Spiegel mit Dr. Rolf Werner, Vorsitzender der Geschäftsführung Deutschland, und Andreas Kleinknecht, Senior Director Sales Öffentliche Auftraggeber.
Das Gespräch führte R. Uwe. Proll in der neuen Hauptstadtrepräsentanz des Unternehmens am Pariser Platz in Berlin.
Interview Behörden Spiegel / September 2016: Wollen die Broker-Rolle übernehmenFujitsu Central Europe
Das Unternehmen Fujitsu wird zukünftig strategisch auf drei Feldern am Markt unterwegs sein. Neben dem traditionellen Produktgeschäft
werden Cloud-Lösungen sowie digitale Anwendungen und Services weiter an Bedeutung gewinnen. Was das konkret für Kunden in Deutschland
bedeutet und wie man sich am Markt der Cloud-Anbieter positionieren möchte, war unter anderem Gegenstand eines Interviews des Behörden
Spiegel mit Dr. Rolf Werner, Vorsitzender der Geschäftsführung Deutschland, und Andreas Kleinknecht, Senior Director Sales Öffentliche Auftraggeber.
Das Gespräch führte R. Uwe. Proll in der neuen Hauptstadtrepräsentanz des Unternehmens am Pariser Platz in Berlin.
Digital Mountaineering - Datenexpeditionen und Storage-Trends im digitalen Zeitalter.
Referent: Dr. Carlo Velten ist Vorstandsvorsitzender des IT-Research- und Beratungsunternehmens Crisp Research. Seit über 15 Jahren berät Carlo Velten als Analyst namhafte Unternehmen in Technologie- und Strategiefragen.
3. 03.03.2016 Matthias Schlesner2
Deutsches
Krebsforschungszentrum
betreibt Illumina X Ten
• Kapazität: 18.000
humane Genome (30x)
pro Jahr
Personalisierte Onkologie
Illumina HiSeq X Ten
www.illumina.com
• Ziel: allen Tumorpatienten am Nationalen Centrum für
Tumorerkrankungen in Heidelberg (~3.500 Patienten p.a.) die
Sequenzierung (whole genome) des Tumorgenoms anbieten
4. 03.03.2016 Matthias Schlesner3
Big Data: Wachstumsraten
• 600 Terabytes pro Tag
(Blog-Eintrag auf code.facebook.com
von April 10th, 2014)
• 12 Terabytes pro Tag
(Cloud Data Management; Liang
Zhao et al., 2014)
• Sequencing@DKFZ
~10 Terabytes pro Tag
5. 03.03.2016 Matthias Schlesner4
Jahr
1e+001e+031e+061e+09
1Tbp1Pbp1Ebp1Zbp
Stephens ZD, Lee SY, Faghri F, et al. (2015) Big Data: Astronomical or Genomical?. PLoS Biol 13(7): e1002195.
Aktuelle Kapazität:
>35 Pbp* p.a.
WeltweiteSequenzierkapazitätp.a.
SequenziertehumaneGenome
2000 2005 2010 2015 2020 2025
Entwicklung der Genomsequenzierung
Bisheriger Zuwachs
Verdopplung alle 7 Monate (historisch)
Verdopplung alle 12 Monate (Illumina)
Verdopplung alle 18 Monate (Moore’s Law)
*) Pbp = Peta base pairs
7. 03.03.2016 Matthias Schlesner6
Problem durch Datenreduktion:
Was bedeutet “keine Mutation gefunden”?
keine Mutation gefunden
keine Mutation vorhanden
Mutation nicht detektierbar
=> wegen Datenreduktion nicht unterscheidbar
8. 03.03.2016 Matthias Schlesner7
• Analyse einer Testkohorte (52 Patienten, je ein Tumor-
und ein Kontrollgenom) ohne Datenreduktion
1. Performance-Vergleich bei der Analyse von ~900.000
Positionen in der gesamten Kohorte
2. Identifikation von Regionen in bekannten Krebsgenen ohne
ausreichende Abdeckung zur verlässlichen Identifikation von
Mutationen
03.03.2016
Zielsetzung
17. 03.03.2016 Matthias Schlesner16
Große Patientenkohorten (Forschung)
• Kostengünstige Server / Storage Konsolidierung
• Ohne Datentransport kürzere Gesamtlaufzeit
Beschleunigung von Analysen auf Rohdaten (~20%)
Analyse einzelner Patientendaten (Klinik)
• Parallele Analyse einzelner Patientendaten
Um Faktoren schnellere Voll- und Detailanalysen (~4 x)
Hadoop: Geeignete Plattform für Genomdaten
Kosten
Durchsatz
18. 03.03.2016 Matthias Schlesner17
Blind Spots in Krebsgenen
Exone von Krebsgenen
Anteil mit nicht ausreichender
Abdeckung zur Identifizierung
von Mutationen
Kohorte von 52 Patienten
Top 100 von 2208 untersuchten
Exonen
AnteilmitmangelhafterAbdeckung
Kontrolle
Tumor
Exon
21. 20 Copyright 2016 FUJITSU
Zusammenfassung und Ausblick
Genomweite Datensätze konnten im Hadoop-Cluster parallel und
ohne Skalierungsprobleme analysiert werden
Spreadsheets erlauben Nutzern ohne Programmierkenntnisse die
Analyse genomweiter Datensätze
Mehrere Regionen in Krebsgenen ohne ausreichende
Sequenzierdaten zur Identifikation von Mutationen wurden
identifiziert