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GBIF DE / Kuratoren - Berlin / 2013-11-04
das Einzugsgebiet
wo und wann arbeiten wir
womit beschäftigen wir uns
Objekte
Grundlagen
• Sammlungen – Objekte
Größe
klein -> (mittel) -> groß

• Struktur
Hauptsammlung / separierte Sammlungen

• Abdeckung / Bedeutung / Aktivität
lokal – regional – – > global
wissenschaftlich – historisch – dokumentarisch
historisch / aktiv
Daten
• Sammlung(en) und Objekte
”Daten” vs. “Meta-Daten”

• Erhebung / Verfügbarkeit / Verwendung
• Erhaltung / Nachhaltigkeit
• Verbindung(en) / Netzwerke
Standards
ISO / OGC / FOAF / DC (MODS)
ABCD & DwC Archive / TCS
Arbeitsabläufe
• physisch / virtuell
• traditionelle Monographien – gedruckt
Annotatierung – Neuordnung

• Web-basierte Mittel

Scratchpads / Edit Platform Cybertaxonomy

Überprüfung und neue Erkenntnisse
Rückführung zur Quelle
Arbeitsablauf Diagram
Anforderungen
System
Kosteneffizienz !!
einfache Bedien- und Erfaßbarkeit !
webgestütztes Arbeiten ohne lokale Software-Installation !!
Flexibilität !
Datensicherheit !!
Darstellung im Internet !!
Zusammenarbeit !!
Inhalt
Belege !!
Literatur !!
Nomenklatur !!! & Taxonomie !!! & Klassifikationen !!!
Ausführung
Kosteneffizienz !!
Open Source Software

in Anwendung MySQL / PHP / AJAX / JS / JQuery / DJATOKA
in der Produktion SourceForge.Net / GITHub
webgestütztes Arbeiten ohne (!) lokale Software-Installation
Ausführung
Flexibilität !
direkte Zusammenarbeit mit Entwicklern und rasche Umsetzung
von Ideen / Anforderungen

Datensicherheit !!
getrennte Eingabe- / Ausgabe- / Web- / Entwicklungs-Server
4 Replikationen UNI Wien ZID / NHM Wien / Uni Graz / Uni Halle
Ausführung
Darstellung im Internet !!
alle freigegebenen Beleg-/ObjektDaten sind im Internet sichtbar

nach Abstimmung an GBIF & EUROPEANA angebunden
GZU, HAL, JE, KFTA, W, WU nehmen an GPI-JSTOR teil

soweit vorhanden werden auch digitale Bilder im Netz
dargestellt
Ausführung
Zusammenarbeit !!
grundlegende Aspekte bei der Systemkonstruktion

Belege / Objekte & User – institutionell zugeordnet
Daten werden in einen „Topf“ eingegeben und sind dann für alle
gleichermaßen nutzbar
Datenmodell vereinfacht
det.

actor / person / team

institution / collection

classifications

type

specimen

names

taxonomic backbone

protologues

monographs
revisions
floras
article-level

geographic reference

(G)UID
Referenz außerhalb lokaler DB (IPNI, IF, TPL, Tropicos; HUH; geonames; BHL / DOIs)
menü
Virtual Herbaria
Virtual Herbaria
Institutionen
2004
W / WU (2000)

2005

2008
GZU / GJO (+)

2009
TGU

2011
MJG / KUFS

HAL / JE / HerbDrogMus / HerbPilsl

2012/
BAK / BRNU / KFTA / LAGU / LW / LWKS / LWS / LZ / Univ. Tunceli Turkey

2013
GAT / HERZ / LECB / OLD / CHER
ERE / PRC / TB / TBI
Tschechische Museen , Universität Krakau
B / Daten in Vorbereitung (~ 450.000 Belege / 74.000 Namen)
Virtual Herbaria
Content / 20131104
Belege 420.875 / 138.535 mit online Bildern
Typen 97.109 / typisierte Namen 54.983 (Gattungen, Arten und darunter)

wissenschaftliche Namen 276. 537 / Gattungen 35.065 / Familien 3.371
nomenklatorische Autoren (inkl. Kombinationen) 87.755
Sammler und Teams 20.654 / 8.040

Literatur Quellen 25.428
Synonymien 135,499 (= Verweise von einem zu einem anderen Taxon Namen)
neu Klassifikationen 1899 mit 64.053 Parental-Sippen-Verweisen
Klassifikationen
Dalla Torre & Harms – Familien und höher – fertig
für einzelne Gruppen auch Infrafamilien–Klassifikationen
Annonaceae , Ebenaceae, Myristicaceae
Cronquist 1981 – fertig
Exkursionsflora von Österreich Ed. 3 (2008) – fertig
Ed. 1 & 2 Familien und höher fertig
Flora Iranica – alle akzeptierten Taxa – fertig
APG + rezente Systeme aus Phytotaxa 2011 – fertig
Lycopodiophyten & Farne & Gymnospermen – Phytotaxa 2011 – fertig
Soreng et al 20120808 – Gramineae – fertig
Funk et al. 2009 – Compositae – fertig
Annonaceae – showcase – familiy finished – infrafamilien Bearbeitungen work in
progress
Ebenaceae, Myristicaceae – work in progress
Amaranthaceae, Chenopodiaceae, Portulacaceae (et al.) – work in progress
http://jacq-dev.botanik.univie.ac.at/jacq-code/index.php?r=dataBrowser/classificationBrowser/index
Netzwerke
• GBIF & nationale Knoten
• Global Plants Initiative – JSTOR
• EUROPEANA
– – Typenregister
v.a. Lectotypisierungen (BHL / IPNI)
– – OnlineFloren und Monographien
Wünsche
Revision / Annotierung
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http://wiki.filteredpush.org/wiki/
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Offene Fragen
• services
Persistente Verfügbarkeit externer Quellen
zwischenspeichern vs. importieren
GUIDs

• Daten
Komplementierung von unterschiedlichen DataQuellen
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GUIDs
Diskussionspunkte
für Kuratierung und Handhabung
• Namen / Taxa (?)
Etiketten / Konzepte
• Klassifikationen für Ordnung (?)
• physische / virtuelle
„entfernen“ von Information von der Quelle
Paul Maas (U - WAG), Wilfried Morawetz
Lars Chatrou (WAG), Elke Döring, Bernhard von Hagen, Martin Röser (HAL), Charlie Charvis
(BM), Armando Urquiola (HPPR), Nelson Zamora (INB), Antonio Webber (UniAmaz), George
Schatz (MO), Bobbi Angell, Jacky Kallunki, Mike Nee (NY), David Johnson (OWU), Álvaro
Pérez (QCA), Adriana Lobão (RB), Renato Mello-Silva (SPB), Tom Wendt (TEX), Gerhard
Gottsberger (ULM), Magda Chanco (USM), Otto Huber (VEN)
Michael Malicky (LI), Fritz Ehrendorfer, Andrea Frosch-Radivo, Michael Hesse, Hanna
Schneeweiß, Tod Stuessy, Walter Till (WU), Anton Igersheim, Ernst Vitek, Bruno Wallnöfer,
Wolfgang Koller (W)

CURATORS
A, ALCB, AAU, AMAZ, B, BAB, BH, BIGU, BM, BOLV, BP, BR, BSC, C, CAY, CEN, CHAPA, COAH, COL,
CR, CUVC, CUZ, CVRD, E, EAP, ECON, EHH, ENCB, F, FDG, FHO, FI, FT, G, GB, GH, GJO, GOET,
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Finanzierung & Unterstützung
ÖAW, NHM Wien, Universität Wien, AW Mellon Foundation, GBIF, GBIF-AT

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GBIF DE kuratoren JACQ herbarium management

  • 1. GBIF DE / Kuratoren - Berlin / 2013-11-04
  • 3. wo und wann arbeiten wir
  • 6. Grundlagen • Sammlungen – Objekte Größe klein -> (mittel) -> groß • Struktur Hauptsammlung / separierte Sammlungen • Abdeckung / Bedeutung / Aktivität lokal – regional – – > global wissenschaftlich – historisch – dokumentarisch historisch / aktiv
  • 7. Daten • Sammlung(en) und Objekte ”Daten” vs. “Meta-Daten” • Erhebung / Verfügbarkeit / Verwendung • Erhaltung / Nachhaltigkeit • Verbindung(en) / Netzwerke Standards ISO / OGC / FOAF / DC (MODS) ABCD & DwC Archive / TCS
  • 8. Arbeitsabläufe • physisch / virtuell • traditionelle Monographien – gedruckt Annotatierung – Neuordnung • Web-basierte Mittel Scratchpads / Edit Platform Cybertaxonomy Überprüfung und neue Erkenntnisse Rückführung zur Quelle
  • 10. Anforderungen System Kosteneffizienz !! einfache Bedien- und Erfaßbarkeit ! webgestütztes Arbeiten ohne lokale Software-Installation !! Flexibilität ! Datensicherheit !! Darstellung im Internet !! Zusammenarbeit !! Inhalt Belege !! Literatur !! Nomenklatur !!! & Taxonomie !!! & Klassifikationen !!!
  • 11. Ausführung Kosteneffizienz !! Open Source Software in Anwendung MySQL / PHP / AJAX / JS / JQuery / DJATOKA in der Produktion SourceForge.Net / GITHub webgestütztes Arbeiten ohne (!) lokale Software-Installation
  • 12. Ausführung Flexibilität ! direkte Zusammenarbeit mit Entwicklern und rasche Umsetzung von Ideen / Anforderungen Datensicherheit !! getrennte Eingabe- / Ausgabe- / Web- / Entwicklungs-Server 4 Replikationen UNI Wien ZID / NHM Wien / Uni Graz / Uni Halle
  • 13. Ausführung Darstellung im Internet !! alle freigegebenen Beleg-/ObjektDaten sind im Internet sichtbar nach Abstimmung an GBIF & EUROPEANA angebunden GZU, HAL, JE, KFTA, W, WU nehmen an GPI-JSTOR teil soweit vorhanden werden auch digitale Bilder im Netz dargestellt
  • 14. Ausführung Zusammenarbeit !! grundlegende Aspekte bei der Systemkonstruktion Belege / Objekte & User – institutionell zugeordnet Daten werden in einen „Topf“ eingegeben und sind dann für alle gleichermaßen nutzbar
  • 15. Datenmodell vereinfacht det. actor / person / team institution / collection classifications type specimen names taxonomic backbone protologues monographs revisions floras article-level geographic reference (G)UID Referenz außerhalb lokaler DB (IPNI, IF, TPL, Tropicos; HUH; geonames; BHL / DOIs)
  • 16. menü
  • 18. Virtual Herbaria Institutionen 2004 W / WU (2000) 2005 2008 GZU / GJO (+) 2009 TGU 2011 MJG / KUFS HAL / JE / HerbDrogMus / HerbPilsl 2012/ BAK / BRNU / KFTA / LAGU / LW / LWKS / LWS / LZ / Univ. Tunceli Turkey 2013 GAT / HERZ / LECB / OLD / CHER ERE / PRC / TB / TBI Tschechische Museen , Universität Krakau B / Daten in Vorbereitung (~ 450.000 Belege / 74.000 Namen)
  • 19. Virtual Herbaria Content / 20131104 Belege 420.875 / 138.535 mit online Bildern Typen 97.109 / typisierte Namen 54.983 (Gattungen, Arten und darunter) wissenschaftliche Namen 276. 537 / Gattungen 35.065 / Familien 3.371 nomenklatorische Autoren (inkl. Kombinationen) 87.755 Sammler und Teams 20.654 / 8.040 Literatur Quellen 25.428 Synonymien 135,499 (= Verweise von einem zu einem anderen Taxon Namen) neu Klassifikationen 1899 mit 64.053 Parental-Sippen-Verweisen
  • 20. Klassifikationen Dalla Torre & Harms – Familien und höher – fertig für einzelne Gruppen auch Infrafamilien–Klassifikationen Annonaceae , Ebenaceae, Myristicaceae Cronquist 1981 – fertig Exkursionsflora von Österreich Ed. 3 (2008) – fertig Ed. 1 & 2 Familien und höher fertig Flora Iranica – alle akzeptierten Taxa – fertig APG + rezente Systeme aus Phytotaxa 2011 – fertig Lycopodiophyten & Farne & Gymnospermen – Phytotaxa 2011 – fertig Soreng et al 20120808 – Gramineae – fertig Funk et al. 2009 – Compositae – fertig Annonaceae – showcase – familiy finished – infrafamilien Bearbeitungen work in progress Ebenaceae, Myristicaceae – work in progress Amaranthaceae, Chenopodiaceae, Portulacaceae (et al.) – work in progress http://jacq-dev.botanik.univie.ac.at/jacq-code/index.php?r=dataBrowser/classificationBrowser/index
  • 21. Netzwerke • GBIF & nationale Knoten • Global Plants Initiative – JSTOR • EUROPEANA – – Typenregister v.a. Lectotypisierungen (BHL / IPNI) – – OnlineFloren und Monographien
  • 22. Wünsche Revision / Annotierung • herkömmlich durch Spezialisten • ANNOSYS – BGBM • FILTERED PUSH – HU MIT http://wiki.filteredpush.org/wiki/ http://firuta.huh.harvard.edu/FP_SPNHC_201 3_demo.webm
  • 23. Offene Fragen • services Persistente Verfügbarkeit externer Quellen zwischenspeichern vs. importieren GUIDs • Daten Komplementierung von unterschiedlichen DataQuellen Abzweigen und Desynchronisieren von Inhalten GUIDs
  • 24. Diskussionspunkte für Kuratierung und Handhabung • Namen / Taxa (?) Etiketten / Konzepte • Klassifikationen für Ordnung (?) • physische / virtuelle „entfernen“ von Information von der Quelle
  • 25. Paul Maas (U - WAG), Wilfried Morawetz Lars Chatrou (WAG), Elke Döring, Bernhard von Hagen, Martin Röser (HAL), Charlie Charvis (BM), Armando Urquiola (HPPR), Nelson Zamora (INB), Antonio Webber (UniAmaz), George Schatz (MO), Bobbi Angell, Jacky Kallunki, Mike Nee (NY), David Johnson (OWU), Álvaro Pérez (QCA), Adriana Lobão (RB), Renato Mello-Silva (SPB), Tom Wendt (TEX), Gerhard Gottsberger (ULM), Magda Chanco (USM), Otto Huber (VEN) Michael Malicky (LI), Fritz Ehrendorfer, Andrea Frosch-Radivo, Michael Hesse, Hanna Schneeweiß, Tod Stuessy, Walter Till (WU), Anton Igersheim, Ernst Vitek, Bruno Wallnöfer, Wolfgang Koller (W) CURATORS A, ALCB, AAU, AMAZ, B, BAB, BH, BIGU, BM, BOLV, BP, BR, BSC, C, CAY, CEN, CHAPA, COAH, COL, CR, CUVC, CUZ, CVRD, E, EAP, ECON, EHH, ENCB, F, FDG, FHO, FI, FT, G, GB, GH, GJO, GOET, GUA, GUAT, GUAY, HAC, HAJB, HAL, HB, HPPR, HRB, HUA, HUEFS, IAN, IBGE, ICA, IJ, INB, INPA, IPA, JAUM, JE, K, L, LAGU, LE, LI, LINN, LL, LOJA, LPB, LZ, M, MA, MBM, MEDEL, MEXU, MG, MICH, MO, MY, NA, NY, OXF, P, PH, PI, PMA, PORT, PR, PRC, QCA, QCNE, R, RB, S, SCZ, SEL, SP, SPB, SPF, STRI, TEFH, TEX, TFAV, TO, U, UB, UCWI, ULM, UPS, US, USM, USZ, UVAL, VEN, W, WAG, WIS, WRSL, WU, XAL, Z, ZT Finanzierung & Unterstützung ÖAW, NHM Wien, Universität Wien, AW Mellon Foundation, GBIF, GBIF-AT