Die Sicherheitsbewertung von Isoflavonen aus Soja und Rotklee durch das BFR wird als nicht haltbar erachtet, da aktuelle klinische und epidemiologische Daten eine positive Wirkung und Sicherheit dieser Substanzen belegen. Besonders die Auswahl und Aktualität der vom BFR verwendeten Studien werden kritisiert, da neuere, umfassendere Daten nicht beachtet wurden und daher die Warnung vor einem Risiko für Frauen mit erhöhtem Krebsrisiko ungerechtfertigt erscheint. Es wird argumentiert, dass Isoflavone potenziell schützende Effekte gegen Krebs haben können und deren Nutzen in modernen Studien nachgewiesen wurde.