Claudia Bauzer Medeiros - Open Science meets Data Science: Some challenges to be faced

Open Science is a movement to make scientific research, its data and dissemination accessible to all levels of society. This movement considers aspects such as Open Access, Open Data, Reproducible Research and Open Software. Each of these aspects presents discreteness that need to be evaluated and discussed by the scientific community so that guidelines are established that facilitate the dissemination of scientific information. The great challenge is to establish effective and efficient practices that allow journals to add these demands in their editorial processes, so as not only to allow data, software and methods to be accessible, but also to encourage the community to do so. Considering these questions, this panel has as a proposal to discuss important aspects about the advancement of research communication. Some of these aspects are placed in the SciELO indexing criteria, as is the case of referencing research materials in favor of transparency and reproducibility. Syllabus FAIR criteria, concepts and implementation; challenges for the publication of data and methods; institutional policies for open data; adoption of TOP guidelines (Transparency and Openness Promotion); software repositories; thematic areas data repositories.

Wissenschaft

Open Science
meets
Data Science:
Some challenges to be faced
Claudia Bauzer Medeiros
Institute of Computing – Unicamp

Open Science – G7 Priority
1. Human Capital Formation – research and
innovation
2. Financing – inclusive science, research and
innovation
3. Global Research Infrastructures
4. Open Science

Open Science
• Open to all the access to scientific research
• How ??????
• Why ????
• What ???????

COLLABORATION THROUGH DATA –
OPEN SCIENCE = OPEN DATA

6/10000
Open Science – slide
adapted from Gray
Respost
Perguntas
Data driven-science
Models
Simulations
Papers
Files
Experiments
Instruments
XXXXX

National Academies of Sciences,
Engineering, Medicine
July 2018
Open science =
Open access = papers
Open data
Open methods = open source

What is Open Data?
• “What is OPEN DIGITAL DATA”
– Share “everything”? Not necessarily
• Everyone can
– Discover if data exist
– Discover how to obtain them
Under constraints – security, confidentiality,
ethics, intellectual property
8

HOW??? Datacite.org
(Find, share, cite, connect)

Open science requires FAIR Data
• Findable
• Accessible
• Interoperable
• Reusable
• ??? Have you fairicized your data???
11

Open Science – Basic concepts
Curation
Preservation
Data (which?)
Processes: Workflows Reproducibility
Cyberinfrastructure
Reusability
Provenance

The “sexiest job of the 21st century”
14
@Altigran Silva, Brasnam’18 keynote

Data Science (CACM)
• Processes and systems to extract knowledge or
insight from data in various forms and translate it
into action.
• Interdisciplinary field that integrates approaches
from statistics, data mining, predictive analytics
• Incorporates advances in scalable computing and
data management.
Berman et al. CACM 61(4), April 2018
@Altigran Silva, Brasnam’18 keynote
15

Data Science: Reality (FORBES 2016)
• 80% of time of data scientists spent on data
pre-processing, cleansing, etc.
16
https://www.forbes.com/sites/gilpress/2016/03/23/data-preparation-most-time-consuming-least-enjoyable-data-science-task-survey-says

Open Science meets data science
Open science
• Fairicized data
• Concerns with
– Privacy
– Accessibility
– Quality
– Provenance
– Reproducibility
WHERE, HOW, will be used?
Data Science
• Mine and correlate data
• Concerns with
– Pattern extraction
– Algorithmic efficiency
– Production of knowledge
– Ask interesting questions
from data
Big data and VVVVVVVVVV…

Challenges
• Fairicization
• Curation
• Visualization!!!!!!!!!!!!!!
• For xxx science to work, interpretation is
needed (who are the “appropriate” experts?)

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O IV Curso de Atualização SciELO-ScholarOne será realizado no dia 13 de Setembro de 2019 no Auditório Governador Carlos Alberto de Carvalho Pinto da FAPESP, em São Paulo. Daremos sequência às experiências bem sucedidas das edições realizadas em 2015, 2016 e 2017. O curso é parte integral do programa de aperfeiçoamento dos periódicos SciELO. Já são 147 periódicos da Coleção SciELO Brasil que utilizam o sistema, alguns há mais de 7 anos. Desde então, vários periódicos passaram por mudanças em suas equipes ou políticas editoriais. Ao mesmo tempo, novos recursos foram inseridos no sistema ScholarOne. O curso tem o propósito de atualizar e nivelar o conhecimento entre as equipes editoriais dos periódicos. O Programa SciELO / FAPESP realiza um grande investimento para disponibilizar este serviço e a expectativa é alcançar o melhor uso possível do serviço. A programação será elaborada com base nas linhas de ação SciELO de Profissionalização, Internacionalização e Sustentabilidade, e abordará conteúdos avançados sobre o uso do sistema ScholarOne, boas práticas, erros comuns, resolução de problemas, dicas de uso, dentre outros. O conteúdo do curso estará alinhado com os critérios de admissão e permanência na Coleção SciELO Brasil (Outubro/2017) e de que forma o ScholarOne pode ser configurado para ajudar a atendê-los. Os Critérios SciELO Brasil exigem que todos os periódicos indexados devem processar a avaliação dos manuscritos online com um sistema ou serviço próprio ou contratado que atenda os requisitos do SciELO na produção de estatísticas sobre o fluxo de processamento de artigos, como são o número de manuscritos recebidos, porcentagem de rejeitados imediatamente, porcentagem de aprovados após avaliação por editores associados e pareceristas, afiliação nacional e estrangeira dos autores, editores e pareceristas envolvidos. Além do ScholarOne, o SciELO disponibiliza para os periódicos indexados o sistema de submissão OJS (Sistema SciELO de Publicação). Por fim e não menos importante, o curso promoverá a troca de experiências entre as equipes editoriais dos periódicos participantes que abrangem diferentes áreas do conhecimento.

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A principal justificativa da existência e importância do Programa SciELO advém do reconhecimento da relevância dos periódicos editados nacionalmente nos respectivos sistemas nacionais de pesquisa. Este reconhecimento é evidenciado historicamente pelo fato que na maioria dos países da Rede SciELO, uma parte importante da produção científica é melhor comunicada em periódicos editados no país por sociedades científicas, associações profissionais, universidades e outras instituições de ensino e pesquisa. Os periódicos de qualidade editados nacionalmente cumprem funções essenciais nos sistemas nacionais de produção científica. Por um lado, está a função de avaliação e comunicação de pesquisas com centralidade nacional ou regional no que se refere aos objetos de estudo, idiomas de publicação e prioridades que informam diferentes públicos, majoritariamente os da academia nas atividades de pesquisa e ensino, mas também empresas e profissionais e formuladores de políticas públicas. Por outro, publicar periódicos de qualidade crescente fortalece as infraestruturas e capacidades nacionais de comunicação científica, que é uma função chave no fluxo de produção científica. A partir destas funções, a publicação de periódicos de qualidade contribui para que o conjunto das disciplinas, áreas temáticas e comunidades de pesquisas participem ativamente do fluxo global de informação científica. Em boa parte, estes periódicos se sustentam operacionalmente com alguma contribuição de recursos públicos seja pela natureza das organizações responsáveis como as universidades por exemplo ou por programas governamentais de financiamento de periódicos. Entretanto, a maioria depende da dedicação de pesquisadores que compõem o corpo editorial e muitas vezes de comunidades de pesquisas. Em nenhum caso os periódicos indexados pelo SciELO têm finalidade de lucro, não obstante uma parcela deles serem publicados por empresas ou fundações privadas. Ao mesmo tempo, as coleções nacionais da Rede SciELO, lideradas e financiadas em sua maioria por organizações nacionais de apoio ao desenvolvimento científico, são expressões de políticas públicas de apoio à infraestrutura de pesquisa e sua comunicação. De fato, as coleções SciELO consolidadas reúnem o núcleo dos melhores periódicos publicados nacionalmente com o objetivo de coletivamente aperfeiçoar a sua qualidade editorial seguindo o estado da arte e fortalecer e ampliar a sua visibilidade nacional e internacional medida pelo uso, influência e impacto. Entretanto, um indicador chave da relevância atual e futura dos periódicos nos sistemas nacionais de pesquisa é o reconhecimento e valorização que recebem nos sistemas de avaliação de pesquisa. O escopo proposto para este grupo de trabalho abrange a análise e debate da relevância histórica, acadêmica e social dos periódicos indexados pelas coleções SciELO enquanto veículos de comunicação de pesquisa para a criação, desenvolvimento e consolidação de...

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La Red SciELO se desarrolla desde hace 20 años como una notable cooperación internacional en comunicación científica en acceso abierto. La red consiste en colecciones nacionales de revistas publicadas por sociedades científicas, asociaciones profesionales, universidades y otras instituciones de enseñanza seleccionadas según criterios de indexación basados en estándares internacionales y buenas prácticas de edición científica. En 2018, la red opera en 15 países iberoamericanos y en Sudáfrica. En la mayoría de estos países las colecciones SciELO reflejan la implantación de políticas nacionales de apoyo al avance de la investigación y su comunicación con énfasis en las revistas publicadas nacionalmente y son financiadas y lideradas por organizaciones gubernamentales de apoyo a la investigación. La cooperación internacional está fundamentada en el entendimiento común que las revistas de calidad editadas nacionalmente cumplen funciones esenciales en los sistemas nacionales de producción científica, como ser la comunicación de investigaciones centradas en lo nacional o regional en lo que se refiere a los objetos de estudio, prioridades y públicos objetivos, al desarrollo de disciplinas y comunidades de investigación particularmente en lo que se refiere a la enseñanza y a las infraestructuras y capacidades de comunicación científica, y, a partir de las funciones anteriores, participar activamente en el flujo global de información científica. Las revistas SciELO son de diferentes disciplinas y, además del inglés, publican en los idiomas nacionales de los países de la red SciELO. SciELO destaca también que la capacidad de publicar revistas de calidad es parte esencial de la capacidad de hacer investigación de calidad. La Red SciELO es descentralizada en su gobernanza, financiamiento y operación. Es estructurada por un conjunto de principios, objetivos y funciones comunes que conforman el Programa SciELO. Los principios se refieren, en primer lugar, a la concepción del conocimiento científico como bien público que es mejor realizado por la comunicación en acceso abierto, en segundo lugar, al trabajo en red para maximizar las contribuciones y las ganancias, y, tercero, a la adopción del estado del arte con adhesión a los estándares, control de calidad e innovaciones en todas las etapas de la comunicación de las investigaciones. Los objetivos específicos son promover activamente el aumento sostenible de la calidad editorial, visibilidad, uso e impacto de las revistas y de las investigaciones que comunican. Los objetivos se alcanzan mediante el fortalecimiento y el desarrollo de las infraestructuras y capacidades nacionales de…

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One of the basic functions of the SciELO Publishing Model is to follow up the performance of journals, national collections, the network and the overall program. In the context of national collections, which in most cases are financed by public resources and are highly selective regarding indexing, the good performance of journals is expected in line with the specific objectives of SciELO to contribute to their sustainable increase of editorial quality, visibility, use and impact. In addition to the specific objectives that apply to the entire network, national collections are governed by priorities determined by national policies and conditions. The performance of journals and SciELO collections are evaluated by the following criteria: • Institutionality, which refers to institutions responsible for the journals and their respective research communities as indicators of credibility and operational sustainability of journals; • Good practices of editing and scholarly communication, which refers to the adherence to the SciELO indexing criteria that implies in adherence to the good practices of scholarly communication and adoption of innovations; • Visibility, Use and Impact, which refer to the following contexts: ◦ Access and downloads indicators to articles’ full text files in HTML and PDF formats; ◦ Citations indicators or metrics considering different journal indexes; ◦ Web presence indicators or altmetrics. The scope proposed for this working group encompasses the analysis of journals performance in accordance with the above criteria, taking into account the specificities of different thematic areas and different countries. The analysis and discussion of these three dimensions will be conducted by scholarly communication and bibliometrics experts with the support of representatives of national collections, journal editors and specialists.

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The academic book is one of the classic types of scientific literature. Although present in all areas of knowledge, its relevance in research communication is highlighted with more emphasis in the areas of social sciences, literature, and arts. In the other fields, communication is almost exclusively dominated by journal articles or conference and congress proceedings. This fact is evidenced by the thematic composition of the collections of books indexed and published by the SciELO Books program, by international bibliographic indexes and by the distribution of citations from SciELO journal articles. Besides commercial publishing houses, the vast majority of universities and research and development institutes and a minority of scientific societies and professional associations in the SciELO Network countries operate publishers that, in addition to textbooks and popular science books, publish works that communicate research results. At the same time, the national systems of scientific output evaluation rely on books assessment systems or methodologies complementing those of journals. On a smaller scale than journals’, the publication of scholarly books is also an integral part of research infrastructures. The online publication of academic books and their indexing radically increase their visibility in relation to the paper version, which contributes to increase their use and impact by citations. One of the positive consequences of online publishing and indexing is to enable the insertion and interoperability of academic books into the flow of scientific communication. Particularly, the SciELO Program has as one of its functions to maximize the interoperability between researches, which requires, besides the journals, the online availability of books meeting international standards. The scope of this working group is to analyze the relevance of the academic book in research communication, the current state and trends of online publication and indexing of academic books in the SciELO Network countries and the challenges for adopting standards that maximize their visibility, use and impact.

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O livro acadêmico é um dos tipos clássicos de literatura científica. Embora presente em todas as áreas do conhecimento, a sua relevância na comunicação da pesquisa é destacada com mais ênfase nas áreas de humanas, literatura, letras e artes. Nos demais campos predomina quase que exclusivamente a comunicação via artigos em periódicos ou em proceedings de conferências e congressos. Este fato é evidenciado pela composição temática das coleções de livros indexados e publicados pelo programa SciELO Livros, pelos índices bibliográficos internacionais e pela distribuição das citações dos artigos dos periódicos SciELO. Além das editoras comerciais, a grande maioria das universidades e institutos de pesquisa e desenvolvimento e uma minoria de sociedades científicas e associações profissionais dos países da Rede SciELO operam editoras que além dos livros de texto e de divulgação científica publicam obras que comunicam resultados de pesquisas. Ao mesmo tempo, os sistemas nacionais de avaliação da produção científica contam com metodologias ou sistemas de avaliação de livros complementando os de periódicos. Em menor escala que os periódicos, a publicação de livros acadêmicos é também parte integral das infraestruturas de pesquisa. A publicação online de livros acadêmicos e sua indexação além de ampliar radicalmente a sua visibilidade em relação à versão em papel o que contribui para aumentar o uso e impacto por citações. Uma das consequências positivas da publicação online e indexação é permitir a inserção e a interoperabilidade dos livros acadêmicos no fluxo de comunicação científica. Em particular, o Programa SciELO tem como uma das suas funções maximizar a interoperabilidade entre as pesquisas o que requer além dos periódicos a disponibilidade online dos livros seguindo padrões internacionais. O escopo deste grupo de trabalho é analisar a relevância do livro acadêmico na comunicação da pesquisa, o estado atual e tendências da publicação online, indexação e avaliação de livros acadêmicos nos países da Rede SciELO e os desafios para a adoção de padrões que maximizem a sua visibilidade, uso e impacto.

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