Cómo hacer una búsqueda en Pubmed.

1. 1
Búsqueda de información
científica
Prof. Dr. Armando Pacher
CETIFAC – Centro de Teleinformática de FAC
Bioingeniería UNER
XXIII Congreso Nacional de Cardiología
San Miguel del Tucumán
2004

2. 2
Contenidos
PubMed – Medline
BIREME - Lilacs

3. 3
Las charlas de este curso pueden continuar en forma
virtual y permanente en el Foro de Informática en
Cardiología de FAC:
cursofac@fac.org.ar
El material proyectado por el Dr. Lombardo y el que se
proyectará se colocará en la Web:
www.fac.org.ar/fec/cursofac/cong04

4. 4
Recordemos la necesidad
de limitar las búsquedas
• Utilización de operadores lógicos
• AND
• OR
• NOT
Recordar la Teoría de Conjuntos
Conjunto A y Conjunto B
Intersección - Unión - Diferencia

5. 5
Limitar las búsquedas
• Operador AND (= Y)
Intersección
A Y B
arrhythmia AND ventricular
material que incluya arritmia y ventricular

6. 6
Limitar las búsquedas
• Operador OR (= O)
Unión
A OR B
arrhythmia OR ventricular
material que incluya o arritmia o ventricular

7. 7
Limitar las búsquedas
• Operador NOT ( = NO)
Diferencia
A NOT B
arrhythmia NOT ventricular
trabajos que incluyan arritmia pero no ventricular

8. 8
Operadores AND OR NOT
• arrhythmia AND ventricular:
• encuentra trabajos de arritmia ventricular
• arrhythmia OR ventricular:
• encuentra tanto trabajos de arritmia como trabajos
que tengan la palabra ventricular
• arrhythmia NOT ventricular:
• encuentra trabajos de arritmia no ventricular *

9. 9
Operadores AND OR NOT: combinaciones
• arrhythmia AND ventricular NOT ischemia:
• encuentra trabajos de arritmia ventricular sin
isquemia
• arrhythmia AND ventricular AND treatment NOT
ischemia:
• encuentra trabajos de tratamiento de arritmia
ventricular sin isquemia
• arrhythmia AND ventricular NOT sustained AND
treatment NOT ischemia :
• encuentra trabajos de tratamiento de arritmia
ventricular no sostenida sin isquemia *

10. 10
Acceso a PubMed

11. 11

12. 12

13. 13
PubMed (Medline)
• Búsquedas simples: con o sin operadores AND OR
NOT
• Utilización de “Limits”: acotación de los resultados
• Journal Browser: para hojear revistas
• Citation Matcher: ubica trabajos conocidos
• MeSH Browser: búsquedas avanzadas
• Clinical Queries: mediante categorías (therapy,
diagnosis, etiology, prognosis) y elección de
sensibilidad y especificidad.
• Cubby: almacenamiento y actualización de
búsquedas
Habilitar cookies antes de comenzar las búsquedas

14. 14
Búsqueda simple: arrhythmia
arrhythmia

15. 15
arrhythmia: 101.249 citas

16. 16
Si están habilitadas las cookies Hystory guardará las
búsquedas y las mostrará en orden cronológico

17. 17
History: combinación de búsquedas
• Se utiliza el signo numeral # delante del número de
búsqueda:
• #2 AND #6
• #3 AND (drug therapy OR diet therapy).
• Número máximo de búsquedas a almacenar: 100
• Duración de la actividad de la cookie: ocho horas
• Limpieza de búsquedas:
• Clear History

18. 18
Guardado de una búsqueda
• Click en Details
• Clic en URL
• aparecerá la URL de la búsqueda
• Guardar en Favoritos o Bookmarks
• No funciona si se utilizó History (pues dura sólo ocho horas)

19. 19
arrhythmia AND ventricular: 36.674 citas
Por defecto, si hay más de un término el operador es AND

20. 20
arrhythmia AND ventricular AND treatment NOT sustained: 15.608

21. 21
arrhythmia AND ventricular AND treatment NOT sustained AND 2001: 1074

22. 22
Utilización de “Limits”
• campo de búsqueda (título, autor, etc.)
• grupo etario
• sexo
• humano o animal
• idioma
• disponibilidad de abstracts
• fechas de publicación o de indexación
• tipo de publicación (ensayo clínico [clinical trial], editorial,
etc.)
• La mayoría descartan PreMedline

23. 23
Agregando “Limits”

24. 24
Resultado con “Limits”: 31 citas

25. 25
Id. anterior, trabajos sólo de 2001: 7 citas
Traducción: buscar ensayos clínicos que tengan abstracs, publicados en 2001,
sobre tratamiento en adultos de arritmia ventricular no sostenida.

26. 26
Tipos de artículos
• Clinical Trial
• Editorial
• Letter
• Meta-Analysis
• Practice Guideline
• Randomized Controlled Trial
• Review

27. 27
Subgrupos por edad
• All Infant: birth-23 months
• All Child: 0-18 years
• All Adult:19+ years
• Newborn: birth-1 month
• Infant: 1-23 months
• Preschool Child: 2-5 years
• Child: 6-12 years
• Adolescent: 13-18 years
• Adult: 19-44 years
• Middle Aged: 45-64 years
• Middle Aged + Aged: 45+ years
• Aged: 65+ years
• 80 and over: 80+ years

28. 28
Búsqueda por autor
• En el campo AUTOR introducir el apellido e iniciales, sin
puntos ni comas:
• smith ja
• jones k
• Si se ingresa sólo apellido se buscará en todos los campos,
salvo que este dato esté indexado en MESH o que se
acompañe de [au]:
• Yang encontrará Yin-Yang [MeSH] o Yang [Text Word]
• Yang [au] sólo buscará en autores

29. 29
Descripciones de campo y tags [ ]
• Affiliation [AD]: datos de contacto
• All Fields [ALL] búsqueda en todos los campos
• Author [AU] búsqueda por autor
• Entrez Date [EDAT]: fecha en que ingresó el artículo
• Journal Title [TA]
• Filtro [sb]
• loall[sb] – citas con liks externos
• free full text[sb] - citas con full-text gratuitos
• full text[sb] – citas a artículos full-text
• Etc., etc...
• Información completa:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.
html#SearchFieldDescriptionsandTags

30. 30
Nombre de publicaciones
• Campo título
• Título completo:
• Molecular Biology of the Cell
• Abreviatura de Medline:
• mol biol cell
• El número ISSN (código internacional estandard):
• 1059-1524 (ausente en publicaciones antiguas)
• Título según aparece en el catálogo de NLM
• Si hay [ ] o ( ) quitarlos:
• j hand surg [am] debe ingresarse j hand surg am
• Exclusivamente títulos: [ta]

31. 31
Mapeo automático de términos
• Orden de búsqueda:
• MeSH
• Translation Table
• Journals Translation Table
• Author

32. 32
MeSH Translation Table
• Sistema de traducción automático
• MeSH Terms
• See-Reference mappings for MeSH terms
• MeSH Subheadings
• Publication Types
• Pharmacologic Action terms
• Sinónimos o equivalentes en inglés
• Si el término ingresado tiene un equivalente en esta tabla, la
búsqueda se hará automáticamente en términos MeSH

33. 33
Journals Translation Table
• Sistema automático de traducción de nombres de
publicaciones
• Ingresando new england journal of medicine se hará la
búsqueda automáticamente como "N Engl J
Med"[Journal]

34. 34
Uso de * y “ ”
• * Permite búsquedas de troncos de palabras
• card* encontrará cardiac, cardiovascular, etc.
• “” buscan frases exactas.
• Anulan el mapeo automático de términos

35. 35
Subcategorías de Journal/Citation
• Se obtienen mediante el agregado del prefijo “jsubset” y las
letras de la subcategoría:
• neoplasms AND jsubsete
• E citas o publicaciones sobre bioética
• H Publicaciones de administración de salud
• IM Index Medicus
• N enfermería
• Q historia de la medicina
• S ciencias del espacioT
• X HIV SIDA

36. 36
PubMed Central
• Búsquedas de publicaciones que tienen contenidos full text
• Se accede desde PubMed Central o con los comandos:
pubmed pmc local[sb]
Ejemplo: “sudden death” AND pubmed pmc local[sb]
Publicaciones con abstracts
• Comando: hasabstract
• Ejemplo: “sudden death” AND hasabstract

37. 37
Journal Browser
• Herramienta para hojear publicaciones
• Se ingresa el nombre de la publicación, o la abreviatura
correspondiente de MEDLINE o el identificador ISSN.
• Mediante “Limits” se elige el ejemplar buscado

38. 38
Ingreso del nombre de la publicación

39. 39
Codificación de la publicación

40. 40
Acceso a la totalidad de lo publicado: 17.965 citas

41. 41
Utilización de Limits: fecha de publicación

42. 42
Utilización de Limits: fecha de publicación: 55 citas

43. 43
Citation Matcher
• Herramienta para buscar artículos cuando se dispone de la
cita
• Se ingresan los datos conocidos en los diferentes campos

44. 44
Cuando se conoce la cita bibliográfica

45. 45
Cuando se conoce la cita bibliográfica

46. 46
Obtención directa cuando se conoce la cita bibliográfica

47. 47
Busqueda de artículos que contengan
en el título, abstract o en MeSH palabras
correspondientes, seleccionadas
mediante un poderoso algoritmo.
Posee opciones, incluyendo combinaciones
con búsquedas:
#3 AND english[la]
Books y LinkOut rescatan abstracts de libros
y links a sitios Webs relacionados

48. 48
MeSH Database
Encabezados de Temas Médicos
• Herramienta de mayor complejidad y eficacia: aplica la
lógica que utilizan los bibliotecarios.
• Cada cita en la sección de MEDLINE en la base de datos
de PubMed es indexada con los Medical Subject
Headings (o MeSH) que describen el tema contenido en
el artículo.
• MeSH Database permite la búsqueda de citas por
términos MeSH.
• Los términos MeSH se dividen en encabezados y
subencabezados *

49. 49
MeSH Browser (actualmente Mesh Database con algunas diferencias)

50. 50
Buscar el término MeSH

51. 51
Muestra los términos que tiene indexados

52. 52
Verificar el árbol y agregarlo (“Add”) a la búsqueda

53. 53
Buscar subencabezados o subtérminos MeSH

54. 54
Incluir subtérminos MeSH, de a uno por vez

55. 55
Realizar la búsqueda en PubMed

56. 56
Incluir límites si son necesarios

57. 57
Verificar el esquema MeSH utilizado (Details)

58. 58
Opción de guardar la búsqueda MeSH

59. 59
Ej.: Inmunología en la Enfermedad de Chagas
congénita
• Escribir en "Search for:" el término a buscar (Chagas) y
hacer clic en "Go"
• Elegir en el listado el término MeSH más adecuado
(Chagas Disease) y hacer clic en "Browse this term"
• Arbol de categorías MeSH: clic en "Add this term to the
Search using operator: AND"
• Hacer clic en "Detailed display" y agregar, de a uno por
vez, los términos/subtítulos MeSH necesarios para acotar
la búsqueda. Si es necesario, incluir "Limits” y/o “Add
Terms”
• Hacer clic en
"PubMed Search"

60. 60
Búsqueda compleja

61. 61
Traducción de una búsqueda compleja
• ((((((Hypertension/drug therapy[MESH] AND Clinical Trial[ptyp])
AND English[Lang]) AND "adult"[MeSH Terms]) AND
"human"[MeSH Terms]) AND ("2001/02/16 01.46"[EDat] :
"2004/03/18 01.46"[EDat])) AND ("2004/02/16"[EDat] :
"2004/03/17"[EDat]))
• Esta sería la traducción aproximada:
• "Buscar trabajos de marzo de 2004, sólo escritos en
idioma inglés, que sean ensayos clínicos en
humanos, mayores de 19 años, sobre el tema terapia
con drogas de la hipertensión arterial”

62. 62
Almacenamiento y actualización de búsquedas

63. 63
Registro en Cubby
• Nombre de usuario (3-10 caracteres alfanuméricos)
• Contraseña: (6-8 caracteres alfanuméricos)
• Recordatorio: Nombre de soltera de la madre o nombre de
una mascota
• Anotar cuidadosamente: importan mayúsculas y minúsculas
• El login dura 12 horas (necesita que estén activadas las
cookies)

64. 64
• Clinical Queries
• Filtros de categorías, sensibilidad y especificidad

65. 65
Filtros de categorías, de sensibilidad y de especificidad

66. 66

67. 67

68. 68
BIREME-LILACS - Medline Latinoamericana”
Herramientas similares a PubMed
Idiomas castellano, portugués e inglés

69. 69
Información general

70. 70
Límites

71. 71
Páginas de ayuda

72. 72
Páginas de ayuda

73. 73
Similar a metodología MESH

74. 74

75. 75
Categorías y subcategorías

76. 76
Categorías y subcategorías

77. 77
Conceptos finales
(“para no marearse”)
Dr. Alberto Vázquez, XX Congreso Nacional de Cardiología, Córdoba, 2001
• Planificar una estrategia
• No sentarse a la PC sin un plan;
• escribir antes la búsqueda,
• que no deberá ser ni muy amplia ni muy acotada;
• abrir un solo frente por vez y agotarlo;
• si se encuentra un buen trabajo, detenerse y leerlo ...
al otro día se hará una mejor búsqueda;
• en PubMed escribir todo en inglés (ayudarse con un
buen diccionario y/o con sitios como HonSelect).
• No es difícil, pero hay que sumar “horas de silla”. *