1. N° 2. Septembre 2013
L’agroécologie pour tous
Presse, Posters et Publications
Réalisé par Sylvie Belotti, Dominique Millot et Eric Lichtfouse
Cellule d’ingénierie des connaissances et d’assistance à la publication (CICAP)
UMR1347 Agroécologie
E-mail : cicap@dijon.inra.fr
Publications de l’UMR : http://www6.dijon.inra.fr/umragroecologie/Publications
Intranet : https://intranet6.dijon.inra.fr/umragroecologie/Cellules/Ingenierie-des-Connaissances-et-Assistance-a-
la-Publication-CICAP

7. l’énergie produite par
énergies renouvelables
nsommation
nergie
La Région
agit pour
le climat
économes en énergie construits
ou réhabilités avec l’aide de la
Région depuis 2005
4500
logementsPrès de
dans les TER
depuis 2004
+28%
de voyageurs
installées en
Bourgogne
pour une
puissance
de 140 MW
70
éoliennes
es en
gne
ne
ce
MW
nness TER
04
BOUCHERIEBOUCHERIE
En Bourgogne,
la voiture autrement
Sedéplacerautrement,
c’est possible avec
mobigo ! La plateforme
de covoiturage est
opérationnelle depuis
novembre 2011. En
2013, mobigo va plus
loin avec l’intégration
d’unserviced’autopar-
tage.
Faire des économies en protégeant la planète, c’est toute l’ambition du
servicemobigo-covoiturage.Unoutilsimpleetgratuit,quimetenrelation
passagers et conducteurs et incite les Bourguignons à choisir cette
alternative à la voiture individuelle. Bientôt, un nouveau service d’auto-
partage permettra à ses abonnés d’emprunter occasionnellement une
voiture. Mobigo-covoiturage et mobigo-autopartage : tous les avantages
de la voiture, sans les inconvénients !
Pour en savoir plus : www.mobigo-bourgogne.com
Pour accompagner la transition énergétique,l’assemblée régionale
votera, en janvier prochain, le plan bâtiments de demain.
D’ici 2020, les bâtiments à basse consommation, à énergie nulle
ou positive se généraliseront. À la clé, des factures énergétiques
réduitesetdesemploispourlaré-
novation du parc immobilier.
Pour relever ce défi économique
et écologique, la Région se dote
d’un plan bâtiments de demain.
Quatre objectifs : réduire la
précaritéénergétique,lutter
contre le réchauffement
climatique, économiser
l’énergie et accompagner
la mutation des profes-
sionnels du bâtiment.
Le plan pour
économiser l’énergie
Croissance de la population mondiale,réduction des terres arables
et augmentation de la consommation d’intrants :autant de raisons
qui poussent agronomes et écologistes à travailler ensemble.
ÀDijon,l’UMR Agroécologie(UnitéMixtedeRecherche),soutenue
par la Région, AgroSup, l’INRA et l’Université de Bourgogne,
dispose d’expertises et de moyens exceptionnels pour la mise en
œuvre de systèmes de culture novateurs, respectueux de l’envi-
ronnement. L’objectif est de développer des pratiques agricoles
qui respectent la biodiversité et assurent une production suffisante
et de qualité.
Un challenge
majeur pour la
recherche en
agroécologie.
Agroécologie :
des racines pour demain
Énergies nouvelles,
métiers nouveaux !
Avec les nouvelles
réglementations en-
vironnementales, les
métiers traditionnels
requièrent de nou-
velles compétences.
Ce constat a incité le
conseil régional à
expérimenter et pro-
poser des formations
qualifiantes,afind’ai-
der les demandeurs
d’emploi à rebondir
et trouver un travail.
Aujourd’hui, la Région
propose 17 formations
professionnelles dans le domaine du développement durable (énergies
renouvelables, ossatures bois, agriculture biologique, écoconstruction…),
destinées à former les Bourguignons aux emplois de demain. Le coût de
ces actions s’élève à 1,09 million d’euros. 133 demandeurs d’emploi en
bénéficient cette année.

9. Les Pots-Capteurs : une innovation primée
INRA Département SPE Actualités, publié le 19/03/2013
La Plateforme de Phénotypage Haut Débit de l’INRA de Dijon a été conçue pour
développer et utiliser des techniques innovantes afin d’analyser l’expression des gènes
de plantes. Cette plateforme permet l’analyse de la variabilité génétique par grandes
séries de génotypes, en fonction de différents scénarios environnementaux. Pour
réaliser ces analyses les plantes sont continuellement déplacées au sein de la plateforme
via des convoyeurs. Ces déplacements entraînent de nombreuses contraintes qu'Arnaud
Coffin, technicien dans le laboratoire d'Agroécologie de Dijon, a su solutionner grâce à
un dispositif innovant de Pots-Capteurs. La société Campbell Scientific lui remettra à ce
titre le Prix de l'Innovation.
Mots-clés : ENVIRONNEMENT - GENE - GENETIQUE - PHENOTYPAGE - PLANTE
La Plateforme de Phénotypage Haut Débit
La Plateforme de Phénotypage Haut Débit (PPHD) du Centre INRA de Dijon est
constituée d’un complexe qui comprend au total 400 m² de serres, 80 m² de chambres
climatiques et 700 m² de bâtiment. Sur les 400 m² de serres, 250 m² sont dévolues au
phénotypage automatisé avec convoyeurs. La modularité de ces serres permet
d’envisager des expériences selon une variété de scénarios climatiques représentatifs
de l’évolution probable du climat. Cette plateforme permet la production d’unité
biologique (de la graine à la plante) et leur caractérisation automatisée, de manière non
destructive, effectuée par des robots et des caméras. Cela permet d'établir des
corrélations statistiques entre les caractères et les gènes qui les gouvernent. Il est
ainsi primordial de mesurer précisément les conditions de culture « au plus proche » de
la plante. Les grandeurs intervenant dans la croissance des plantes sont entre autres : la
température et l’hygrométrie relative de l’air et le rayonnement utile à la
photosynthèse.

10. Des convoyeurs pour déplacer les plantes
Les serres et les chambres climatiques dédiées au phénotypage sont équipées de
convoyeurs qui déplacent continuellement les plantes au sein des unités. Ceci permet
d’homogénéiser les conditions de culture des plantes, de contrôler précisément la
nutrition des plantes et de véhiculer les plantes vers leur lieu de phénotypage. Les
plantes étant constamment déplacées au sein des serres, la caractérisation des
conditions environnementales (température, lumière, hygrométrie), forcément
hétérogènes au sein des serres, s’avère difficile. La caractérisation environnementale
spatialisée dans les serres répond difficilement au besoin de caractérisation
microclimatique sur des systèmes mobiles. C’est pourquoi Arnaud Coffin, Technicien de
Recherche en instrumentation scientifique de l’unité d’Agroécologie du Centre INRA de
Dijon, a développé des dispositifs innovants qui permettent d’enregistrer au cours du
temps l’ensemble des conditions environnementales dans lesquelles les plantes se
développent et croissent. Le dispositif de mesure est solidaire des plantes et suit leur
déplacement.
Des contraintes et des solutions
Le fait de réaliser des mesures sur des convoyeurs en mouvement engendre diverses
contraintes sur le dispositif de mesure. La première est qu’il faut raisonner le poids
(environ 4 Kg) et l’encombrement du dispositif de mesure. Pour cela, il faut d’une part
utiliser des matériaux légers (PVC et aluminium) et d’autre part optimiser le
positionnement des appareillages dans le dispositif. Une autre contrainte est l’autonomie
énergétique du dispositif de mesure. Il est en effet nécessaire d’enregistrer de
manière autonome les données environnementales sur un pas de temps suffisamment
long pour ne pas avoir à recharger les batteries et donc immobiliser le dispositif. Pour
cela, Arnaud Coffin privilégie des composants fonctionnant sur batterie et ayant une
faible consommation énergétique. La contrainte la plus importante est de pouvoir se
connecter aux dispositifs d’enregistrement des données sans avoir à les enlever des
convoyeurs. Arnaud Coffin a retenu la solution du modem radio. Il a pris en compte la
taille et le nombre des unités de culture en construisant 4 dispositifs. Ces dispositifs
sont appelés Pots-Capteurs.

11. Les Pots-Capteurs, un dispositif innovant
Particulièrement motivé par le développement de prototype permettant l’automatisation
de la mesure, Arnaud Coffin a travaillé avec la société Campbell Scientific pour la
fabrication des Pots-Capteurs. Les produits de Campbell Scientific ont permis d’avoir
une réponse technologique appropriée. Chaque dispositif se compose d’une centrale
d’acquisition (CR1000), d’un capteur température et d’humidité relative (CS215) et d’un
capteur de rayonnement (capteur quantique PAR-SKP215). Les hauteurs de plantes
pouvant variées, les capteurs sont placés sur une potence mobile. La collecte et
l’enregistrement des données sur un ordinateur de suivi se fait grâce à un modem radio
(RF-416). Arnaud Coffin a développé le programme de la centrale d’acquisition pour
optimiser le nombre de mesures par jour et la consommation électrique. Il a aussi défini
pour chacun des dispositifs le protocole de connexion par radio.
Le prix de l’innovation Campbell Scientific
Fondée en 1974 et basée à Logan, en Utah (USA), Campbell Scientific est une société
spécialisée dans la fabrication de centrales de mesure pour l'enregistrement des
données destinées à la recherche agricole, aux contrôles des paramètres de
l'environnement, à l'hydrologie et à la météorologie. En 1993, elle fonde Campbell
Scientific France et c’est à l’occasion de son vingtième anniversaire que sera remis le
Prix de l’Innovation à Arnaud Coffin en présence de Paul Campbell, Président du groupe
Campbell Scientific et de Christophe Salon, Directeur Scientifique de la PPHD.
Contact :
Arnaud COFFIN
UMR1347 Agroécologie, centre de recherche INRA de Dijon
arnaud.coffin@dijon.inra.fr

12. www.inra.fr/presse • 01 42 75 91 86 • presse@inra.fr
Juin 2013
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Apport de composts, fumiers ou lisiers :
que deviennent les graines des « mauvaises herbes » ?
Les composts, fumiers ou lisiers contiennent des graines
d’adventices ou « mauvaises herbes » qui peuvent représenter
un frein à la valorisation de ces matières organiques en
agriculture. Des chercheurs de l’Inra ont mis en évidence que
l’azote apporté par les fumiers favorise la germination précoce
de certaines semences adventices produites après l’apport des
matières organiques au sol. Cet azote les empêche ainsi de se
développer dans les cultures suivantes, en cas de travail du sol ou de traitements herbicides avant le
semis de ces cultures.
L’apport d’engrais minéraux azotés permet d’améliorer la croissance des plantes et d’augmenter le rendement
des cultures. Leur substitution partielle ou totale par des matières organiques, d’origine animale ou végétale,
pourrait contribuer à diminuer l’impact environnemental des cultures, tout en permettant le recyclage de ces
effluents. Dans les matières organiques d’origine agricole ou urbaine (fumier ou lisier, compost), on peut
retrouver des graines d’adventices – de celles que l’on appelait jusque-là « mauvaises herbes » -, du fait de
leur présence dans les pailles, de leur consommation par le bétail, de leur dispersion par le vent sur les lieux
de stockage… Des chercheurs des centres Inra de Dijon et de Versailles-Grignon se sont intéressés au
devenir de ces graines d’adventices présentes dans ces matières organiques apportées aux cultures.
Plus de graines dans le fumier ou le lisier
Les scientifiques ont mis en évidence que les matières organiques d’origine animale étaient celles qui
renfermaient le plus de graines susceptibles de germer (jusqu’à 85 graines par kg de matière sèche). À
l’inverse, les composts de déchets urbains et verts en étaient quasiment exempts. Au total, ce ne sont pas
moins de 20 espèces végétales qui ont été identifiées dans ces matières organiques : la majorité appartenait
à la famille des Poacées (brome, fétuque, ivraie, pâturin et autre pied-de-coq…). On y trouvait également du
trèfle et du blé tendre.
L’azote apporté par le fumier réduit le développement d’adventices dans les parcelles
déjà infestées
Dans une seconde étape, les chercheurs ont simulé les effets de l’épandage d’un type de matière organique
bien spécifique, le fumier composté, sur la dynamique d’adventices de la famille des Poacées, telles que le
vulpin des champs. Ils ont utilisé un modèle développé par l’Inra, AlomySys, pour simuler la dynamique de
la flore adventice sous l’effet des pratiques agricoles. La simulation a porté sur plusieurs facteurs susceptibles
de modifier la densité des adventices : fréquence d’épandage, contenu en graines du fumier, pratiques de
labour, fertilisation azotée minérale, présence initiale d’adventices dans la parcelle. Cette approche a permis
de tester un grand nombre de systèmes de cultures sur plusieurs dizaines d’années et avec des scénarios
climatiques différents, une analyse difficilement réalisable au champ.
Ces simulations ont montré que dans les parcelles agricoles dépourvues d’adventices, l’apport de fumier
composté peut être une source d’adventices. Par contre, dans les parcelles déjà infestées par des adventices,
l’apport de fumier peut avoir un effet bénéfique. En effet, l’azote apporté par le fumier composté favorise la
©Inra-AnnickMatejicek
•••

13. www.inra.fr/presse • 01 42 75 91 86 • presse@inra.fr
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germination estivale des graines d’adventices produites après l’apport du fumier. Or, les opérations culturales
réalisées par l’agriculteur (travail du sol, traitements herbicides) pour préparer le champ au semis des cultures
empêchent les jeunes plantes de terminer leur développement et de se reproduire à leur tour, contribuant à
la diminution de l’infestation.
Le fait d’enfouir le fumier par un labour réduit - ou même annule- les effets sur les adventices : l’augmentation
de l’infestation dans les parcelles initialement propres devient alors négligeable, et il n’y a quasiment plus de
diminution de l’infestation dans les parcelles déjà infestées. En effet, le labour enfouit l’essentiel des semences
à une profondeur où elles peuvent difficilement lever.
L’ensemble de ces travaux amène à considérer différemment les matières organiques d’origine végétale ou
animale en termes de risque de voir de développer des adventices lors de leur utilisation. D’un côté, le stockage
en cuve des lisiers dépourvus de litière prévient la dégradation des graines ; de l’autre, la montée en
température des composts urbains favorise la dégradation des graines déjà peu présentes à la base.
Plus encore, ces travaux révèlent que le point sensible de ces matières organiques n’est pas tant la quantité
de graines d’adventices qu’elles contiennent, du moins dans le cas des Poacées comme le vulpin des champs,
mais la quantité d’azote qu’elles apportent et qui est susceptible de modifier le cycle de vie des adventices
étudiées. Enfin, ils soulignent l’intérêt de revisiter à la lumière de ces résultats les conseils dont pourrait
bénéficier à terme la profession agricole.
Référence
N. Colbach, C. Tschudy, D. Meunier, S. Houot, B. Nicolardot. 2013. Weed seeds in exogenous organic matter and their contribution to
weed dynamics in cropping systems. A simulation approach. European Journal of Agronomy 45: 7– 19.
Contacts scientifiques
Nathalie Colbach
Tel 03 80 69 30 33 / Nathalie.Colbach@dijon.inra.fr
Unité mixte de recherche Agroécologie (Inra, AgroSup Dijon,
CNRS, Université de Bourgogne)
Département scientifique Environnement et agronomie
Centre Inra de Dijon
Sabine Houot
Tel : 01 30 81 54 01 / Sabine.Houot@grignon.inra.fr
Unité mixte de recherche Environnement et grandes cultures
(Inra - AgroParisTech)
Département scientifique Environnement et agronomie
Centre Inra de Versailles-Grignon

14. Des inoculants de légumineuses pour réduire les
émissions des sols en oxyde d’azote nitreux
Hénault C., Revellin C.
En direct des labos (Journal INRA en ligne) 6 septembre
© Inra-C.Avisse
L’oxyde nitreux (N2O) est un puissant gaz à effet de serre, impliqué (contribuant
à) dans l’appauvrissement de la couche d’ozone et qui provient principalement des
sols et des activités agricoles. Son émission est évaluée à 6.7 Tg (1Tg = 10004 g)
d’azote par an. De nouvelles pratiques agricoles sont explorées visant à réduire les
émissions vers l’atmosphère de gaz à caractère émis. En ce sens, les équipes de
recherche Inra des unités Agroécologie de Dijon et Unité Science du Sol d’Orléans
ont inoculé des plants de soja avec des souches naturelles de bactéries du genre
Rhizobia, connues pour leur propriété fixatrice d’azote. Des résultats probants de
consommation du gaz à effet de serre N2O ont été obtenus.
Dans le sol, la production d’azote nitreux constitue une étape intermédiaire des
processus de nitrification et de dénitrification régis par des mécanismes microbiens. La
transformation de N2O en diazote (N2), très variable selon les sols, est conduite par
l’effet enzymatique de l’Oxyde nitreux réductase contrôlée chez les bactéries par la
présence du gène nosZ. Pour réduire l’émission atmosphérique du polluant atmosphérique
N2O, les chercheurs ont développé un système consommateur de ce gaz.
Le principe repose sur une méthodologie d’ingénierie innovante consistant à amplifier
dans le sol la fonction de l’étape de réduction de N2O en N2, tout en ayant pour
objectif le maintien de la production agricole, l’utilisation de souches microbiennes
naturelles et l’absence de transfert de pollution. Les chercheurs ont alors étudié le
potentiel des souches de Bradyrhizobium japonicum, porteuses du gène nosZ codant
pour la synthèse de l’enzyme N2O réductase, impliquée dans la transformation de N2O
en N2.
Le dispositif expérimental est le suivant : 60 plants de soja inoculés et cultivés sous
serre pendant 2 mois, ont été répartis (à raison de 4 plants par pot) dans 15 pots de
0.031 m2 contenant 5 kg de terre sèche (sol gleyic lessivé). Les essais, répliqués 5 fois,
se décomposent en 3 séries de traitement correspondant à l’inoculation de trois souches

15. différentes de B. japonicum : (1) USDA110, (2) mutant de la souche USDA 110 sans
expression du gène nosZ, et (3) MSDJ G49.
La consommation de N2O par les souches de B. japonicum porteuses du gène nosZ a été
étudiée à la fois sous serre, sur des plants inoculés de soja cultivés en pots et, sur des
nodules détachés soumis, en conditions de laboratoires, à des gradients de
concentration en oxygène et en oxyde nitreux différents. Une augmentation de la
vitesse de disparition de N2O, proportionnelle à la concentration initiale en N2O a été
observée. Ce résultat est intéressant vis‐ à‐ vis de l’utilisation in situ de ces souches car
elles seront d’autant plus efficaces que leur environnement sera riche en N2O. Alors
que la dénitrification est un processus généralement anaérobie, les nodosités
consomment du N2O quelle que soit la concentration en O2 dans la gamme 0‐ 21 %. Ce
résultat est particulièrement intéressant. En effet, il suggère que le fonctionnement
des nodosités vis‐ à‐ vis de la réduction de N2O ne sera pas cantonné aux conditions
anaérobies dans le sol mais pourra aussi s’observer en conditions aérobies, ce qui
augmente très significativement le temps sur lequel ce processus pourra fonctionner in
situ.
Les calculs sur les résultats quantitatifs obtenus ont clairement démontré le bénéfice
environnemental de ce processus à l’échelle du champ. L’étude démontre que l’inoculation
de cultures de légumineuses par des souches de rhizobium est un domaine prometteur
pour atténuer les émissions de N2O par les sols cultivés.
Les résultats de ces travaux pourraient utilement trouver application sur le marché des
crédits-carbone ainsi que sur celui des inoculants.
Contacts :
Catherine Hénault
catherine.henault@dijon.inra.fr
Tél : 03 80 69 30 94
INRA UR0272 USS Unité Science du Sol
2163 avenue de la Pomme de Pin
45075 ORLEANS CEDEX 2
Cécile Revellin
cecile.revellin@dijon.inra.fr
Tél : 03 80 69 32 94
Inra UMR1347 Agroécologie
17 rue Sully
21065 DIJON CEDEX
Sources :
Catherine Hénault, Cécile Revellin, « Inoculants of leguminous crops for mitigating soil emissions of
greenhouse gas nitrous oxide », Plant Soil, May 2011, 346 : 289-296
Rédacteur : Délégation au Partenariat avec les Entreprises
Rubrique : Laboratoires - résultats de recherche
http://www.inra.fr/les_partenariats/collaborations_et_partenaires/entreprises/en_dir
ect_des_labos/inoculants_de_legumineuses

16. Cultiver sans herbicides ? Possible dit l'INRA
Nicolas Munier-Jolain, Interview article par S. Huet
Libération 24 septembre 2012
Peut-on cultiver à grande échelle nos plantes principales sans herbicides ? Ou avec un
recours très réduit à ces puissants outils chimiques qui ont joué un rôle décisif dans
"l'industrialisation" de l'agriculture ?
Il y a plus de dix ans, l'INRA, Institut national de recherche agronomique, a lancé une
expérience de longue durée pour étudier cette question sur son site d'Epoisses, près de
Dijon (photo d'un des champs expérimentaux).
J'invite le lecteur à réfléchir aux relations entre cette approche et le débat soulevé
par l'étude de Gilles-Eric Seralini sur un maïs transgénique résistant au Round Up de
Monsanto, puisqu'il s'agit d'un des herbicides les plus utilisés en agriculture (lire ici un
premier commentaire sur cette affaire).
Ci dessous, un reportage paru vendredi dernier dans Libération.
«Et voilà notre fierté de l’année.» D’un geste large, Nicolas Munier-Jolain, de l’Inra
(Institut national de la recherche agronomique) balaye le champ de blé. Nous sommes
début juillet, le grain sera moissonné d’ici peu. Le champ semble banal aux yeux du
citadin. L’œil exercé de l’agriculteur, lui, aurait tout de suite repéré des détails
révélateurs. Cet étrange mélange de blés sur un seul champ, les uns très «barbus», les
autres non. Ou la densité du semis, deux fois plus élevée que d’ordinaire.

17. Il sursauterait à la vue de ces quelques chardons, des liserons par-ci par-là, grimpant
sur les blés, des coquelicots mettant une touche de rouge. Surtout, au milieu du champ,
quelques dizaines de mètres carrés où dépassent de nombreuses têtes de vulpins
pourraient bien l’alerter (photo à droite, les petits fanions repèrent les taches de
vulpin). Des «mauvaises herbes», admet l’agronome qui précise toutefois : «Pas en
quantités suffisantes pour affecter réellement le rendement.»
Or, poursuit Munier-Jolain, «ce champ n’a pas reçu le moindre traitement d’herbicide
depuis douze années consécutives». Le citadin se contenterait de soulever un sourcil,
d’opiner que «c’est bien, une agriculture qui pollue moins». Les agriculteurs, dotés de
cette information, se montrent très surpris, admiratifs ou dubitatifs, comme en
témoignent les visites nombreuses. De leur expérience, c’est un champ de mauvaises
herbes qu’ils devraient avoir sous les yeux et non un champ de blé où les mauvaises
herbes semblent contrôlées à un niveau acceptable. D’où le «vif intérêt [qu’ils
manifestent]», raconte Munier-Jolain.
Ce champ de blé si particulier se trouve sur le site d’Epoisses (Côte-d’Or) de l’Inra, près
de Dijon. Pas moins de 140 hectares où agronomes, biologistes, ingénieurs et techniciens
réalisent des expériences en plein champ, sur «l’agroécologie de la parcelle cultivée».
Le domaine provient d’un monastère fondé par les ducs de Bourgogne au XIIe
siècle. Il
en reste la salle du Chapître, où Nicolas Munier-Jolain relate que ce fameux champ de
blé «sans herbicides» n’est pas seul. Avec dix autres champs, il fait partie d’un
programme démarré en 1997. A l’époque, l’Inra le recrute dans une équipe chargée d’une
nouvelle question : peut-on cultiver sans herbicides, ou à défaut, le moins possible ? Bilan
de l’expérience pionnière qui s’y déroule depuis dix ans : «Il est techniquement possible
de cultiver à grande échelle nos céréales sans herbicides, ou du moins en réduisant
drastiquement leur usage, avec une faible diminution des rendements à l’hectare.»
Formidable retournement de situation. Depuis dix mille ans, l’agriculteur lutte contre
les «mauvaises herbes». Après les avoir presque inventées. «S’il n’y avait pas
d’agriculture, il n’y aurait pas tant de mauvaises herbes», souligne un brin sarcastique
l’agronome. Paradoxe ?
L’explication se trouve au cœur d’une vision lucide de l’acte et de la geste agricole depuis
ses origines. Cultiver un champ, c’est certes fabriquer un garde-manger gratuit et
surabondant pour les «ravageurs» (insectes, champignons, herbivores). Mais c’est aussi

18. préparer le terrain - littéralement parlant - pour les plantes sauvages s’épanouissant
dans les mêmes conditions que la plante domestiquée semée (photo, infestation de
chardons dans un des champs expérimentaux). L’agriculteur sélectionne et favorise ainsi
l’expansion de ces mauvaises herbes de manière involontaire. L’archéologue suit d’ailleurs
leur progression, du Moyen-Orient à l’ouest européen, lorsque les agriculteurs y
colonisent de nouvelles terres, de 10.000 à 4.000 ans avant J-C.
L’agriculteur ne peut se contenter d’observer sans réagir la lutte darwinienne entre son
semis et ces adventices (le terme d’agronomie pour les mauvaises herbes) compétitrices.
Le combat pourrait tourner au désastre pour son exploitation tant il est inégal. Car la
plupart des mauvaises herbes disposent d’une arme absolue : produire un stock de
graines dix, cent, cinq cent fois plus nombreux que la plante cultivée.
Lors du premier semis dans un champ nouveau, la plante domestiquée se montre souvent
capable d’écraser ses compétitrices puisqu’elle domine en nombre de graines. Puis, les
adventices vont, année après année, «accumuler dans le sol un énorme stock de graines»
qui lui permettra de prendre le dessus. Adieu blé, colza, maïs et orge - donc pain, huile,
bière et cochons - bonjour vulpin, chardon, moutarde, renouée, gaillet, folle avoine… Que
faire ?
Durant des millénaires, l’agriculteur a lutté à l’aide d’outils manuels, pour arracher les
mauvaises herbes de son champ. Il s’est attaché à diversifier les cultures dans l’espace
et le temps afin de perturber le cycle végétatif de ses ennemies. A intégrer des
cultures sarclées, susceptibles de «nettoyer» le champ des mauvaises herbes, et des
prairies fourragères entre les céréales. Deux milliards d’agriculteurs, souvent pauvres
et aux productions aléatoires, poursuivent ainsi ce combat (ci dessus sarclage au
Cameroun, photo piquée sur ce blog).
Les pays industrialisés ont, dans les années 50, inventé de puissants produits chimiques
herbicides. Couplés aux autres innovations agricoles (mécanisation, engrais, sélection
des semences, insecticides et fongicides), ils ont participé à l’explosion des rendements
des grandes cultures céréalières depuis un demi-siècle. La production française de blé
tendre atteint ainsi près de 80 quintaux à l’hectare en moyenne en 2009, contre 50 à la
fin des années 70 et dix seulement vers 1850. Même si cette moyenne d’il y a un demi-
siècle était tirée vers le bas par des terroirs à très faible rendement ensuite
abandonnés, la progression fut fulgurante.

19. Le rôle spécifique des herbicides fut de permettre une «simplification et une
spécialisation extrême» des systèmes agraires, explique l’agronome. Dès lors qu’il peut
écraser les mauvaises herbes sous la puissance de feu de l’herbicide, l’agriculteur peut
industrialiser son mode d’action. En Bourgogne, cela donne souvent la rotation
simplissime «blé, orge, colza, trois cultures dont le cycle cultural est très similaire»,
explique Munier-Jolain, aux rendements élevés.
Le prix de cette évolution radicale ? La pollution des eaux, une moindre variété de
cultures et une synergie avec les insecticides qui sape la biodiversité, l’apparition de
résistances qui poussent à l’usage accru des herbicides… le tout se terminant par un
système «non durable», insiste Munier-Jolain.
Cette absence de durabilité n’est pas seulement biologique mais légale, avec la menace
des interdictions de produits chimiques, comme pour l’atrazine sur le maïs dès 2001, puis
dans toute l’Union européenne en 2004. L’objectif officiel est de diminuer de 50% les
pesticides d’ici à 2018 affirme le plan gouvernemental Ecophyto, dont les herbicides (ici
le programme Ecophyto de l'Inra et ses résultats). Mais comment ?
Il faut «revenir à l’agronomie», répond l’agronome. D’où, après quelques années de
modélisation du «complexe champ et adventices», la mise sur pied d’une expérience à
grande échelle à Epoisses, en l’an 2000. Dix parcelles de deux hectares - un petit champ
mais représentatif du réel - y sont consacrées. Mission : tester sur la durée quatre
stratégies possibles de réduction des herbicides, en double exemplaire, comparées à une
culture en agriculture raisonnée. (photo, binage féverole).
L’objectif n’était pas de tester un outil agronomique particulier «toutes choses égale
par ailleurs», explique Munier-Jolain. Mais une exploitation la plus proche possible des
contraintes réelles d’un agriculteur. Jusqu’au bout de l’exercice : le bilan économique,
coûts et bénéfices de la vente des produits.
Quatre stratégies de «protection intégrée» ont été testées avec différents niveaux de
diminution des herbicides - -50%, -70% et -100%. S’y ajoute l’objectif concomitant de
diminuer les engrais, les insecticides et les fongicides dans la perspective d’une
agriculture économe en «intrants», durable et moins agressive pour les sols et la
biodiversité.

20. Puisque la chimie est exclue, place aux tueurs mécaniques. Passant devant un hangar,
l’agronome détaille différents outils de désherbage mis en œuvre par les techniciens de
l’Inra sous la houlette de Pascal Farcy. Des herses-étrilles, des bineuses ou des houes
rotatives dont les dents arrachent et scalpent les mauvaises herbes entre les rangées.
Ou ces bineuses disposant de doigts souples en caoutchouc qui viennent «grattouiller la
terre au pied des plantes». (A droite, démonstration pour des membres de CUMA,
coopératives d'utilisation du matériel agricole).
Le trio blé, orge, colza bourguignon a été délaissé au profit de rotations complexes
étalées sur plusieurs années (en agriculture biologique des rotations de huit ans sont
courantes). Objectifs : varier les compétitions entre plantes cultivées et mauvaises
herbes. Retarder les dates de semis afin de détruire les mauvaises herbes dès qu’elles
sortent de terre, et semer ensuite. Ou les étouffer par un semis deux fois plus dense
que d’habitude. Introduire «des cultures de légumineuses», dont la luzerne, capables
d’utiliser directement l’azote de l’air et donc d’éviter l’usage d’engrais en ravitaillant le
sol en matière organique…
Le graphique ci-dessous, tiré d'une présentation de Munier-Jolain montre sur l'un des
champs expérimentaux avec une réduction d'au moins 70% de l'usage d'herbicides que
la rotation complexe et les autres techniques utilisées permettent de maîtriser les
mauvaises herbes.
Le bilan technique dressé par l’agronome, publié dans des revues scientifiques (1), semble
positif. Les analyses des sols par carottages montrent que le stock de semences des
mauvaises herbes n’est pas plus élevé qu’il y a douze ans. La biodiversité des sols en
micro-organismes a augmenté comme la densité des fouisseurs (vers de terre). Le bilan
en terme d’émissions de gaz à effet de serre est neutre. Le travail supplémentaire lié au
désherbage mécanique peut se compenser par un étalement des interventions au long de
l’année. Et la diminution du rendement est grossièrement compensée par celle des coûts.

21. Pourtant, Nicolas Munier-Jolain refuse de transformer ce résultat en belle histoire
pour écolo urbain. «Il n’y a pas de miracle», préfère t-il avertir. Démonstration par une
parcelle du scénario sans herbicide. Le champ est semé de luzerne, fauchée il y a peu.
C’est la réponse à une véritable «infestation» de chardons, tandis que de la renouée
liseron s’étale partout. Il faudra trois ans de culture de luzerne, fauchée régulièrement,
pour que les chardons épuisent leur réserve souterraine (les rhizomes) en cherchant à la
dépasser et finissent par mourir. Certes… Mais «je fais quoi de cette luzerne ? Sa vente
couvre-t-elle la non culture de blé durant trois ans ?» s’interrogera l’agriculteur.
Pour l’agronome, qui se mue en économiste agraire, la question relève moins de la valeur
intrinsèque de la production - la luzerne se vend aux éleveurs - que du système
économique. Il faut organiser des marchés permettant la commercialisation de
productions plus variées, inciter à des productions permettant de s’affranchir des
importations de tourteaux de soja pour animaux, déployer une vision agro-systémique à
l’échelle régionale… C’est plutôt là que «le bât blesse», admet-il.
L’agronomie propose des solutions techniques adaptées et non un illusoire et simpliste
retour en arrière au défi des herbicides. Mais le cadre socio-économique susceptible de
les accueillir reste à inventer. Sa mise en œuvre transformerait l’économie agraire, les
circuits de commercialisation et jusqu’aux paysages en s’attaquant aux monocultures et
en promouvant des cultures plus diversifiées.
(1) Violaine Deytieux et al, European Journal of Agronomy, 36 (2012) 55 65.
Ci-dessous une vidéo de l'INRA où Munier-Jolain explique en quelques phrases cette
expérience :
http://www.youtube.com/watch?v=4k6agZT4BV4&feature=player_embedded
Par Sylvestre Huet, le 24 septembre 2012

26. Film INRA Web TV 18 min
Paillard G. (2012). Le Centre Inra de Dijon.
Interprètes : Lemanceau P., Burstin J., Dequiedt S., Steinberg C., Mougel C.,
Wipf D., Munier-Jolain N., Petit S., Salon C., Reboud X., and al.
Ce film invite à découvrir les recherches menées à l'Inra de Dijon : agroécologie,
aliment, sensorialité et goût, territoire et développement, écologie des écosystèmes
microbiens et aquatiques.
L'Inra en Bourgogne
La Bourgogne est une région réputée pour offrir de nombreux terroirs, dont
certains font l’objet de signes officiels de qualité prestigieux. De grandes parties de
territoires marquent leur spécificité agricole (vigne, grandes cultures, prairies…) et
l’inscrivent dans le paysage.
L’INRA est présent en Bourgogne depuis 1946, date de sa création sur le plan
national. Le Centre de Dijon est un centre pluridisciplinaire dont les champs de
recherche et d’action correspondent bien aux grandes thématiques nationales de
l’INRA, à savoir l’alimentation, l’agriculture et l’environnement.
http://www.inra.fr/audiovisuel/web_tv/la_vie_de_l_inra/presentat
ion_du_centre_inra_de_dijon

27. L'agroécologie, un chantier prioritaire pour l'INRA
Le Monde.fr 24.04.2013 par Angela Bolis, journaliste au Monde
Entretien avec Philippe Lemanceau, qui dirige l'unité Agroécologie à l'Institut
national de recherche agronomique (INRA).
Pourquoi l'INRA a-t-elle fait de l'agroécologie un de ses deux champs de
recherche prioritaires ?
On s'est rendu compte que l'agriculture avait, certes, pour objectif la production et la
sécurité alimentaire, mais aussi celui de rendre des services environnementaux – éviter
de contribuer au réchauffement climatique, empêcher la détérioration des sols, garantir
une eau pure, éviter les invasions de pathogène – le tout dans un contexte de forte
croissance démographique au niveau mondial. C'est un changement de paradigme : on
n'est plus dans l'affrontement entre agronomie et écologie, agriculture productiviste et
écosystèmes, mais dans leur réconciliation.
Etes-vous déjà arrivés à des résultats que les agriculteurs pourraient mettre
à profit sur le terrain ?
Pour l'instant, les recherches visent encore à développer les connaissances scientifiques
et à tester leur faisabilité : est-ce satisfaisant au niveau agricole, en termes de
rendement ; au niveau environnemental (diminution des intrants chimiques, des gaz à
effet de serre...) ; au niveau économique, par rapport aux coûts de production et aux
marges d'exploitation ; et au niveau social, en termes d'acceptabilité de ces pratiques
par le plus grand nombre d'agriculteurs. Sans oublier la dimension politique : quelle sera
la part des subventions dédiées à ce type d'agriculture plus écologique dans une future
PAC (politique agricole commune de l'UE) ?
Toutefois, certaines recherches ont déjà montré des preuves de succès. C'est le cas
notamment de dispositifs expérimentaux sur les adventices [mauvaises herbes, dans la
terminologie agronomique] : on peut réduire le recours aux herbicides – dont la France
est une grande consommatrice – en travaillant le sol de manière particulière, en faisant
des rotations de cultures adaptées, en utilisant des plantes "étouffantes", en retardant
les dates des semis, en désherbant mécaniquement... Il s'agit de proposer des systèmes

28. de culture innovants permettant de réduire l'utilisation d'intrants, et de répondre ainsi,
en particulier, aux enjeux du plan Ecophyto 2018 visant à réduire l'usage des pesticides.
Lire les résultats de dix ans d'expérimentation de l'INRA Dijon
Vous êtes professeur en microbiologie des sols. Qu'apporte cette discipline à
l'agroécologie ?
On a réalisé que les sols sont des environnements vivants, peuplés de milliards de micro-
organismes dont on connaît peu la diversité, mais qui jouent un rôle déterminant dans
leur fonctionnement biologique, et par conséquent leurs cycles biogéochimiques
(stockage du carbone, azote), la biofiltration de l'eau, mais aussi la croissance et la
santé des plantes. Certains d'entre eux protègent les plantes contre les maladies en
stimulant leurs défenses et en produisant des antibiotiques. Ils peuvent également
développer des symbioses qui contribuent à la nutrition minérale des plantes, en
particulier en azote.
Un des enjeux de nos recherches est donc de mieux connaître la nature des interactions
complexes entre plantes et microbes. L'idée est en particulier d'identifier les gènes
d'une plante qui lui permettent d'attirer ou de nourrir tout ce cortège microbien autour
de ses racines, ces microbes lui offrant en retour de mieux résister à telle ou telle
maladie, et d'améliorer sa nutrition. Ces gènes ont pu être perdus au cours des
processus de sélection qui ont permis la création de variétés performantes, mais
seulement en situation de forte fertilité (grâce aux apports d'engrais). Une fois
identifiés, ces traits végétaux favorables aux micro-organismes pourraient être
intégrés à une variété par des programmes de sélection variétale.
De façon plus générale, il est essentiel de décrire l'immense biodiversité des sols pour
mieux connaître ce patrimoine dont les applications potentielles concernent l'agriculture
et l'environnement, mais également la biotechnologie, la pharmacie et la phytopharmacie.

29. L'agroécologie est-elle l'avenir de l'agriculture
française ?
Le Monde.fr 24.04.2013 par Angela Bolis, journaliste au Monde
Jacques Morineau dans son exploitation, le GAEC (Groupement agricole
d'exploitation en commun) Ursule, près de Chantonnay en Vendée. Les parcelles
sont entourées de haies, qui favorisent la biodiversité.
Il faut un œil averti pour identifier de quoi sont plantés les champs de Jacques
Morineau, de part et d'autre des chemins de son exploitation vendéenne où bringuebale
son vieux 4x4 tout infiltré de poussière de terre. Vingt-neuf variétés y poussent, sur
une mosaïque de parcelles où il a mêlé ici du pois et de l'orge, là du blé et de la féverole,
ailleurs un carré de maïs entouré de colza, de l'avoine, du sorgho, des prairies et des
bosquets, un champ de peupliers... Sans compter les ruches, les vaches et les poulets.
Ce savant assemblage ne doit rien au hasard. Le pois et l'orge, par exemple : le premier
fixe dans la terre l'azote nécessaire au second, évitant ainsi le recours aux engrais
azotés. L'orge, plus fragile, résiste mieux aux maladies quand elle pousse en mélange,
l'autre variété empêchant que le pathogène ne contamine tout le champ. Au final, le
rendement global de la parcelle s'en trouve accru, assure Jacques Morineau. "On fait
l'inverse de la monoculture et de l'agriculture intensive, où on a spécialisé les plantes :
on cherche un maximum de diversité génétique", explique le paysan agronome.
Les cultures associées sont l'une des méthodes employées dans sa ferme, qu'il a
convertie dans les années 1990 à l'agroécologie. Union d'agronomie et d'écologie, ce
mot-valise désigne une démarche agricole qui utilise les services rendus par les
écosystèmes, plutôt que de chercher à les substituer par des intrants – engrais,
pesticides... "Au lieu de lutter contre la nature, on compose avec", résume Benoît Drouin,
président du réseau Agriculture durable des Civam. "Mon grand-père était agriculteur à
l'époque de la deuxième guerre mondiale, et il mélangeait les cultures. Il faut retrouver
la connaissance des plantes et le sens de l'observation."

30. LA FRANCE, FUTUR LEADER MONDIAL DE L'AGROÉCOLOGIE ?
Ces méthodes, si elles restent marginales en France, sont acquises au gré des
expérimentations de quelques agriculteurs "pionniers", et de plus en plus explorées par
la science agronomique : l'INRA en a fait l'un de ses deux champs de recherche
prioritaires en 2010. La démarche a aussi inspiré le ministre de l'agriculture, qui a
déclaré vouloir faire de la France un leader mondial de l'agroécologie, et présenté un
projet en ce sens fin février. Elle constitue le fil rouge de la future loi d'avenir de
l'agriculture, qui est entrée en phase de concertation lundi 15 avril, avant une
présentation en Conseil des ministres en septembre.
Lire l'entretien : "L'agroécologie, un chantier prioritaire pour l'INRA"
Stéphane Le Foll promet notamment de mobiliser 3 millions d'euros dès 2013 dans ce
domaine, et de créer des "groupements d'intérêt économique et environnemental" pour
permettre aux agriculteurs de s'associer et d'échanger leur savoir. "A ceux qui disent
qu'on ne peut pas produire autant avec l'agroécologie, je réponds : "Venez constater
avec moi, sur le terrain, que l'on peut faire des rendements de 80 quintaux à l'hectare
en blé ou 9 000 litres par an pour une vache laitière avec des systèmes écologiquement
performants", assure-t-il dans un entretien à Terra Eco.
Lire la réaction de la Fédération internationale de l'agriculture biologique au projet
de Stéphane Le Foll sur Basta Mag
Dans l'exploitation de Jacques Morineau, les rendements sont légèrement inférieurs à
ceux de l'agriculture conventionnelle, du moins en ce qui concerne les céréales comme le
blé et le maïs. Mais l'homme se targue, pour compenser une production moindre, d'un
gain de qualité : son blé, par exemple, peut être transformé en pain. Et "depuis cinq ans,
notre productivité ne fait qu'accroître. Alors qu'avant, en chimique, c'était un échec :
les rendements n'augmentaient plus", dit l'agriculteur.
Selon lui, il faudrait d'ailleurs, pour comparer, ramener la production à la surface réelle
et à l'énergie consommées pour un hectare : lui n'achète ni semences cultivées ailleurs,
ni fourrage pour ses animaux, ni engrais ou pesticides. Cette autonomie lui permet,
surtout, de réduire ses coûts de production. Les marges qu'il obtient permettent de
faire travailler sept personnes dans sa ferme.

31. Le gendre de Jacques morineau est l’un des sept employés de l’exploitation.
Parmi les salariés, le gendre de Jacques Morineau, qui souhaite reprendre l'exploitation
avec sa fille, arpente en tracteur un champ de blé et de féverole avant la tombée de la
nuit. Autres méthodes expérimentées dans ces champs : l'épandage de bois et de fumier
pour favoriser le développement des micro-organismes vivant dans la terre – "base de la
productivité des sols" selon M. Morineau –, ou la réduction des labours, pour "ne pas
mettre sens dessus-dessous les couches dans lesquelles vit la microfaune du sol".
En surface, des insectes prédateurs "auxiliaires", utilisés pour remplacer les
insecticides, ont investi les haies qui dessinent les parcelles de l'exploitation.
L'agriculteur tente aussi d'agencer les différentes cultures de sorte qu'y circulent les
coccinelles, qui mangent les pucerons. "Une sorte de parcours gastronomique", s'amuse-
t-il. "C'est une question de regard. Quand mon voisin voit des coccinelles, il se dit qu'il y
a des pucerons, donc il traite. Quand j'en vois, je m'en réjouis car elles mangent les
pucerons."

32. L’agro-écologie au carrefour des sciences et des
pratiques
Inra Actualités, par Eric Lecluyse, publié le 20/06/2013
Priorité de l’Inra, l’agro-écologie explore de nouvelles voies pour améliorer les performances
environnementale et économique des exploitations. L’apparition de modèles innovants change la vision
scientifique, ce qui tend à modifier la représentation des acteurs du monde agricole.
Mots-clés : Agriculture - économie - ENVIRONNEMENT - RESSOURCE NATURELLE - AGRO-ECOLOGIE
Le clivage historique entre les sciences agronomiques et l’écologie n’a plus lieu d’être. «
Ces disciplines - élevage, génétique, santé végétale et animale… - convergent, et nous
travaillons sur les bases théoriques et les applications de ces carrefours, explique Jean-
François Soussana, directeur scientifique Environnement de l’Inra. L’enjeu est de taille :
il s’agit améliorer les performances des systèmes agricoles, menacés par la montée des
aléas, qu’il s’agisse de la variabilité du climat ou de la volatilité des prix »
En réalité, l'agro-écologie, un néologisme apparu dans les années 1930, est déjà bien
représentée dans la littérature scientifique, notamment à l’Inra, sans forcément être
identifiée sous ce vocable. Les mots clés des articles publiés dans ce domaine sont
plutôt « biodiversité », « paysage », « écosystème » ou « agriculture biologique »...
Concrètement, il s’agit de passer d’une approche individuelle à une approche globale du
système agricole. Au lieu d’essayer d’obtenir « l’individu le plus performant dans un
environnement optimal » en apportant pesticides et engrais et en spécialisant les
territoires, les équipes étudient les « arrangements les plus performants dans des
environnements hétérogènes », moins fragiles du point de vue économique et
environnemental.
Comment favoriser la présence d’espèces auxiliaires qui peuvent aider à contrôler les
adventices ou les parasites ? Quelles cultures associer pour valoriser les ressources
naturelles ? Comment intégrer au mieux élevage et production végétale sur une
exploitation ? Quel est l’impact sur les pollinisateurs de la présence de prairies ?
Ces questions sont au cœur de la démarche de certains paysans pionniers de l’agro-
écologie, tel Pierre Rabhi. « Des gens ont été innovants et ont apporté de la réflexion,

33. note Jean-François Soussana. Nous devons maintenant disposer d'innovations
accessibles à tous, afin d’avoir un effet d'entraînement sur les multiples systèmes de
production.»
Le chantier de l’Inra sur l’agro-écologie s’inscrit dans le prolongement d’un mouvement
scientifique de fond qui associe dix des treize départements de recherche de l’Inra et
qui s’accompagne d’un fort potentiel d’innovation. « Il est caricatural de dire que l’Inra
est au service de telle ou telle forme d'agriculture, relève Jean-François Soussana. Il
n’y a pas de rupture, mais une prise de conscience de la nécessité de travailler ensemble,
pour explorer de nouvelles pistes ». Au domaine expérimental d’Epoisses, par exemple,
des essais menés depuis plus de dix ans par l’Inra montrent qu’il est possible d’avoir très
peu recours aux herbicides à condition d’optimiser les rotations des cultures.
La démarche « Produisons autrement » du ministère de l’Agriculture, de
l'Agroalimentaire et de la Forêt encourage cette évolution. Lors de la remise de son
rapport sur l’agro-écologie le 11 juin dernier au ministre Stéphane Le Foll, Marion
Guillou, ancienne présidente directrice générale de l’Inra, a notamment relevé que «
l’agro-écologie ne fait pas baisser les rendements mais prend plus de temps ».
Du temps, il en faudra, admet Jean-François Soussana, « mais en développant des
théories, des modèles, nous changeons la vision scientifique, ce qui changera la
représentation des acteurs à terme. » À ce jour, à l’Inra, neuf centres de recherche
possèdent un identifiant en rapport avec l’agro-écologie (trois autres ont des activités
qui relèvent de l’agro-écologie) et le nouveau méta-programme (Ecoserv) est
entièrement tourné vers les « services de l’agriculture, de la forêt et des
hydrosystèmes en fonction des pratiques de gestion ».
Signe des temps, un important colloque organisé par l’Inra sur l’agro-écologie, le premier
du genre, est programmé en octobre 2013. « Jusqu'à récemment, nous n’avions pas
conscience d’avoir autant de travaux en cours dans le domaine. Grâce à cette nouvelle
animation scientifique transversale, nous changeons d'échelle », se réjouit Jean-
François Soussana.
« SOS santé des plantes » : une innovation agro-écologique sur smartphone
Lancée en 2011 par une équipe de l’UMR Santé et agro-écologie du vignoble (Inra - Bordeaux
Sciences Agro), la plateforme Web ePhytia est rapidement devenue une référence nationale
(voire internationale) pour les professionnels et les jardiniers avertis. En quelques clics, guidé par
des photos, l’utilisateur peut diagnostiquer la maladie qui affecte ses tomates, salades ou melons.
Des versions pour Androïd ou iPhone, baptisées Di@gnoplant, disponibles également pour le tabac
et la vigne, sont également téléchargées en nombre. Prévue dans le courant de l’année 2013,
l'application Vigipl@nt fera la part belle à la science participative : « Un réseau d’observateurs
géolocalisera les maladies, ce qui nous permettra d’anticiper leur développement sur un territoire
», précise Dominique Blancard, l’ingénieur de recherche à l’origine du projet. C’est logiquement
dans le monde viticole, mieux équipé en smartphones, que ces applications mobiles connaissent la
plus forte progression.

34. Remerciements aux agriculteurs enquêtés, M. Liaigre**, P. Boucheny (CA79), M. Potier
(Corab), J.P. Gouraud (Agrobio Poitou-Charentes), J.Lallemand (Syndicat des Eaux du Vivier)
et Olivier Caillé (SMEPDEP de la Vallée de la Courance).
Financement ANR SYSTERRA ADVHERB (ANR-08-STRA-02)
L’intégration d’une luzerne de 3 ans dans la rotation :
un atout agronomique, économique et environnemental !
Zone atelier « Plaine et Val de Sèvre »
500 km² au sud de Niort (79)
Agriculture céréalière (céréales, maïs, tournesol, pois et colza)
15% de la SAU en prairies (contre 60% en 1970)
ZPS au titre du réseau Natura 2000, depuis 2003
Sols argilo-limoneux (groies) peu profonds (20 à 40 cm)
RU = 50 à 80 mm
En 2010, l’INRA de Dijon (UMR Biologie et Gestion des Adventices), en collaboration avec le CNRS
(Centre d’Etudes Biologiques de Chizé), a réalisé une étude des pratiques agricoles sur le territoire sud
Deux-Sèvres (zone atelier « Plaine et Val de Sèvre »).
François BOISSINOT*, Delphine MEZIERE*, Vincent BRETAGNOLLE** et Nicolas MUNIER-JOLAIN*
OBJECTIFS
1. Identifier les stratégies agronomiques permettant aux agriculteurs de réduire leur utilisation
d’herbicides, voire de s’en passer totalement (AB).
2. Comparer les performances de durabilité d’une diversité de SdC contrastés en termes de niveau
d’usage d’herbicides.
IFTH < 1.15 si la rotation comprend au moins 50% de cultures de
printemps et/ou pluriannuelles
Alternance des périodes de semis
(hiver vs. printemps ou été)
Insertion de prairies temporaires (3 ans)
Diversification des cultures de la rotation
Evite une spécialisation de la flore adventice
Gestion plus simple et efficace des espèces adventices
MATERIEL ET METHODES
28 agriculteurs enquêtés
7 SdC en AB + 21 SdC avec un IFT Herbicides variant de 0.43 à 3.09
5 types de rotations
OUTILS D’EVALUATION
OdERA-Systemes® - Agro-Transfert Ressources et Territoires
Simeq® - Arvalis-Institut du Végétal
Indigo® - INRA Nancy et Colmar
RESULTATS
Succession avec luzerne
MSN = [Produit Brut + Aides PAC] – [Charges Opérationnelles et de Mécanisation]
Rentabilité Robustesse
SdC à IFTH faible + +
Diversité des cultures (compensation économique)
+ recours réduit aux intrants
SdC avec Luzerne +++ ++ Faibles coûts de mécanisation + pas ou peu d’intrants
SdC en AB ++ +++ Pas d’intrants de synthèse + soutiens publics plus élevés
* UMR Agroécologie
17, rue Sully
21065 Dijon cedex
francois.boissinot@pl.chambagri.fr
** Centre d’études
biologiques de Chizé,
CNRS, 79360 Beauvoir
sur Niort
Consommation totale (directe et
indirecte) d’énergie / ha / rotation
Echelle de 0 (faible) à 100 (élevée)
Labour : très énergivore
Intégration de légumineuses :
économies sur la fertilisation et la
mécanisation
CONCLUSION
L’intégration d’une luzerne de 3 ans dans la rotation joue un rôle
important dans la gestion de la flore adventice. Ses atouts
environnementaux (flux d’azote, consommation d’énergie, baisse des
intrants), alimentaires (protéines, fourrage) et économiques renforcent
son intérêt.
En Deux-Sèvres, la luzerne constitue également un milieu très favorable
à la préservation de l’outarde canepetière (espèce menacée)
Retrouvez l’intégralité de cette
étude dans l’article « Réduire
l’usage des herbicides en grandes
cultures », Phytoma n°649

35. Role of the AM interaction on S-uptake and
S-starvation resistance in Medicago truncatula
UMR1347 Agroécologie INRA/Agrosup/Université de Bourgogne ERL 6300 CNRS BP 86510, F-21065 Dijon, France. 1 Pôle IPM. 2 UMR1347 Pôle GEAPSI
L. Casieri1, K. Gallardo2, D. Wipf1
Background:
- Sulphur is an essential macronutrient for photosynthetic organisms, used to synthesize various molecules essential to sustain cell growth and viability such as amino acids
(cysteine and methionine), glutathionine (GSH), thiols of proteins and peptides, membrane sulpholipids, cell walls and secondary products like vitamins, cofactors, hormones
and jasmonate. Thus a reduced availability of S can affect growth, development, and response to numerous abiotic and biotic stresses, with dramatic economical impact.
- Plants acquire S from soils mainly as sulphate (SO4
2-) through an H+-dependent co-transport process. As consequence of SO4
2- is highly soluble in water and commonly
leached from soils by precipitations, leaving the 95% of the S pull in the soil as C-bonded moieties hardly available to plants. During the last three decades anthropogenic S
emissions have been strongly reduced in response to increasing environmental and health awareness; consequently, the lack of indirect fertilization by means of S-containing
precipitations led to an important rise of S deficiency cases in crop species.
- Sulfate absorption through the plasma membrane of root cells and its transport within the plant are under the control of different sulfate transporters. Although our
knowledge of SO4
2- transporters has been growing significantly, little is still known about the effect of the AM interaction on sulfur uptake.
Lj SULTR-p chr6.CM0314.360
Medtr2g008470 (Mt SULTR1.1)
MedtrCU651589 3.1 (Mt SULTR1.2)
Medtr5g061880 (Mt SULTR1.3)
100
100
58
53
8 MtSULTRs identified
Aims:
- To understand Medicago responses to S-
starvation at physiological and transcriptional level
Medicago truncatula WT (Jemalong, A17)
cultivated on sterilized quartz sand
Experimental design:
In-silico search for Medicago truncatula
sulphate transporters (MtSULTRs) in the
Mt3.5 v2 genome annotation
Effect of AM interaction and SO4
-2
concentration on growth parameters
0
5
10
15
20
25
30
0 µM 1 µM 10 µM 100 µM 1mM 10mM
Leafsurface(cm2
)
NM
Myc
0
1
2
3
4
5
6
7
0µM 1 µM 10 µM 100 µM 1 mM 10mM
Branchlength(cm)
NM
Myc
a
*
*
**
a
a
b
b
b
a a
a
bc b
c*
b
a
*
***
a a
b b
b
a ab ab ab
c bc
a
C, N, S content of above-ground tissues
from NM and Myc plants
0
200
400
600
800
1000
1200
1400
S0 S1µ S10µ S100µ S1m S10m
mgC
NM
Myc
a
*
a a
b
b
c
a a
ab
b
b
b
*
**
0
20
40
60
80
100
120
S0 S1µ S10µ S100µ S1m S10m
mgN
NM
Myc
a
*
a a
bc
b b
a
a a
ab
c
b
**
*
0
2
4
6
8
10
12
14
16
18
20
S0 S1µ S10µ S100µ S1m S10m
mgS
NM
Myc
a
*
a a
b
d
c
a a
b
c b
e
*
*
***
The evolutionary history was inferred using the Maximum Parsimony (MP). Numbers next to branches
represent the percentage of replicate trees in which the associated taxa clustered together in the
bootstrap test (2000 replicates). Sequence names consist of accession number and transporter IDs. Species
code: At Arabidopsis thaliana; Lj Lotus Japonicus; Mt Medicago truncatula; Os Oryza sativa; Zm Zea mays.
0.00
0.20
0.40
0.60
0.80
1.00
1.20
1.40
1.60
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
NM
Myc
Medtr5g061880 (MtSULTR1.3)
a
*
ab
b
b
aab
*
*0.00
0.05
0.10
0.15
0.20
0.25
0.30
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
NM
Myc
Medtr2g008470 (MtSULTR1.1)
a
*
a
a
b
a
a
*
1.00
1.50
2.00
2.50
3.00
NM
Myc
Medtr2g008470(Mt SULTR 1.1)
a
*
b
c
a
*
*
0.18
0.20
CU651589-3.1 (Mt SULTR 1.2)
*
a
0.00
0.10
0.20
0.30
0.40
0.50
0.60
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
NM
Myc
Medtr3g087740 (MtSULTR2.2)
a
*
b b
b
b
a
*
0.00
0.05
0.10
0.15
0.20
0.25
0.30
0.35
0.40
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
NM
Myc
Medtr5g061860 (MtSULTR2.1)
a
*
b
c
b
aa
*
PhylogenetictreeofplantSULTRs
Roots
Leaves
Myc/NM MtSULTRs transcripts abundance ratios
Medtr5g061880 (Mt SULTR1.3)
tr B6UC24 Zm SULTR 1.2
tr Q6Z9Y1 Os High aff SULTR
sp Q9FEP7 At SUT1.3
sp Q9MAX3 At SUT1.2
sp Q9SAY1 At SUT1.1
tr Q9AT12 Zm SULTR ST1
tr Q8H7X4 Os Os03g0196000
Medtr5g061860 (Mt SULTR2.1)
Lj SULTR-p chr6.LjT23A02.80
Medtr3g087740 (Mt SULTR2.2)
sp O04722 At SUT2.1
sp P92946 At SUT2.2
tr Q8H7X1 Os Putative SULTR1
Lj SULTR-p chr2.LjT17O14.70
gi 112362444 Lj sst1
Medtr6g086170 (Mt SULTR3.2)
sp Q94LW6 At SUT3.5
tr Q8LR58 Os Os01g0593700
Lj SULTR-p chr1.CM0322.220
Medtr1g071530 (Mt SULTR3.1)
Lj SULTR-p chr5.CM0024.290
sp Q9SV13 At SUT3.1
tr Q10RF5 Os Os03g0161200
sp O04289 At SUT3.2
tr B6SYY9 Zm SULTR 3.4
tr Q5VQ79 Os Os06g0143700
sp Q9LW86 At SUT3.4
sp Q9SXS2 At SUT3.3
tr B6SXI4 Zm SULTR 4.1
Medtr7g022870 (Mt SULTR4.1)
sp Q8GYH8 At SUT4.2
sp Q9FY46 At SUT4.1
sp Q12325 Sc SUL2 S permease
sp P38359 Sc SUL1 S permease
100
58
100
73
28
97
84
100
43
16
14
100
91
100
100
92
100
71
94
30
59
99
100
100
84
100
92
100
60
78
100
100
100
0.2
Group 1
Group 4
Group 3
Group 2
- To assess the role of AM interaction on S-uptake
and S-starvation resistance
Nutrient solutions containing different SO4
-2 concentrations on
Rhizophagus irregularis mycorrhized (Myc) and non-mycorrhized(NM) plants
Growth parameters and
Element content assessment
MtSULTRs transcript accumulation in
different tissues and SO4
-2 concentrations
AM affect significantly the C, N, S content in leaves
suggesting direct and/or indirect implication of AM
in plant S-starvation resistance
- Group 1 MtSULTRs generally induced in roots
and repressed in leaves upon AM
SO4
-2
concentration
MtSULTR
1.1
MtSULTR
1.2
MtSULTR
1.3
MtSULTR
2.1
MtSULTR
2.2
MtSULTR
3.1
MtSULTR
3.2
MtSULTR
4.1
Leaves
S1 μM 0.16 0.11 0.11 0.48 0.75 2.76 14.83 0.74
S1 mM 1.72 3.6 0.36 2.72 9.7 6.55 0.97 2.25
S10 mM 0.34 0.51 0.15 5.89 10.8 0.09 0.69 0.61
Roots
S1 μM 4.34 15.25 0.95 0.65 1.09 0.41 0.12 2.39
S1 mM 4.12 3.68 0.34 0.71 0.49 0.46 0.1 0.46
S10 mM 11.71 8.11 0.62 0.94 1.32 3.3 1.11 2.14
Leaf surface (a), vegetative organs branch length (b), shoot DW (c) an roots DW (d)
average values among biological replicates and St.Err. bars are shown. Significant
differences among sulphate concentrations and between Myc and NM plants are
indicated by lowercase letters and asterisks, respectively.
0 µM 1 µM 10 µM 100 µM 1mM 10mM 0µM 1 µM 10 µM 100 µM 1 mM 10mM
0.0
0.5
1.0
1.5
2.0
2.5
3.0
0 µM 1 µM 10 µM 100 µM 1mM 10mM
LeavesDW(g)
NM
Myc
a
*
*
**
a
a
bc b
c
a a
a
b
c bc**
c
0.0
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
1.2
1.4
1.6
1.8
2.0
0 µM 1 µM 10 µM 100 µM 1mM 10mM
RootsDW(g)
NM
Myc
d
ab
**
a
b b
c c
a a
a
b
b b* 0.00
0.50
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
b b
b
*
0.00
0.02
0.04
0.06
0.08
0.10
0.12
0.14
0.16
0.18
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
NM
Myc
a
*
a a
b b
a
* *
0.00
0.01
0.02
0.03
0.04
0.05
0.06
0.07
0.08
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
NM
Myc
Medtr1g071530 (Mt SULTR 3.1)
a
*
a
ba
b
ab *
0.00
0.01
0.02
0.03
0.04
0.05
0.06
0.07
0.08
0.09
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
NM
Myc
Medtr6g086170 (Mt SULTR 3.2)
a
*
a
b
ab
a *
b
S-deficiency effects (reduced biomass, shorter branches, fewer
and smaller leaves which become soon chlorotic) in NM plants
were more evident at concentrations equal or below 100 µM
and repressed in leaves upon AM
- Group 2 MtSULTRs induced in leaves
- Group 3 and Group 4 MtSULTRs differentially
affected according to SO4
-2 concentration
SO4
-2 concentrations affect significantly the growth of NM and Myc plants, suggesting SULTRs regulation
being dependent on S-sensing and availability
In-silico search allowed identifying 8 putative MtSULTRs with phylogenetic relations to already characterized
Arabidopsis and Rice transporters belonging to all 4 SULTRs groups
Transcript analyses revealed a complex picture of S-uptake and mobilization in M. truncatula. SULTRs also belonging to the same
group are differentially regulated in leaves and roots according to SO4
-2 concentrations and AM interaction, suggesting a differential
contribution to direct- (DS ) or mycorrhizal- (MS) sulphate uptake pathways
Main Outcomes:

36. Technosols to reclaim industrial wastelands: depth distribution of
abundance and activity of N-cycling microbial communities
Farhan Hafeez1, Fabrice Martin-Laurent1, Aymé Spor1, Marie-Christine Breuil1, Christophe Schwartz2 and Laurent Philippot1
Introduction
Technosol construction through assemblage of treated soil and recycled wastes is
an innovative technology for the restoration of degraded lands and re-use of
industrial wastes1. Recent studies have evidenced that Technosols could support
primary production1 but knowledge about other ecosystemic services, such as
nutrient cycling, is limited.
Nitrification
Denitrification
NH4
+
NO2
- NO3
-
amoA
The study was carried out on a 1 ha experimental site
built in 2007 on industrial wasteland in Homécourt,
France.
References
Acknowledgements: The PhD work was funded by HEC (Pakistan) and Doctoral School of the University of Burgundy (France). This work
was part of the ‘Biotechnosol program’ carried out as part of the Gessol program, funded by the French Ministry of Ecology, Sustainable
development and Land management in cooperation with the ADEME. We should also like to thank the Valterra Company as well as the
GISFI for soil construction and technical assistance.
1INRA, UMR 1347 AgroEcologie , F-21065 Dijon cedex; France,
2Nancy-Université,Laboratoire Sols et Environnement, UMR INRA/INPL 1120, BP 172, F-54505 Vandœuvre-lès-Nancy cedex; France
1. G. Sere et al. 2008. Soil construction: A step for ecological reclamation of derelict lands. J. Soils Sediments 8 130-136.
2. L. Philippot et al. 2009. Mapping field-scale spatial patterns of size and activity of the denitrifier community. Environ. Microbiol. 11:1518-1526.
3. C.J. Phillips et al. 2000. Effects of agronomic treatments on structure and function of ammonia-oxidizing communities. Appl. Environ. Microbiol.
66:5410-5418.
Conclusions
Both soil properties and abundance of the AOB influenced PNA whereas PDA was
mainly controlled by soil properties and, to a minor extent, by the abundances of the
nirS denitrifiers (Fig. 4). The correlation between the AOB abundance and potential
nitrification suggests that bacteria and not archaea are driving nitrification in
Technosols.
Despite being artificially constructed, our results showed that the vertical distribution
of the microorganisms in Technosols is similar to that observed in other soils with a
decrease of both the activity and the abundance of the ammonia-oxidizers and
denitrifiers with increasing depth. The type of Technosol also had an impact on the
N-cycling communities, especially in the upper horizon. However, Technosol depth
was a more important driver of the studied microbial communities than Technosol
type.
Technosol depth clearly affected the abundance of the N-cycling microbial guilds
with decreasing abundances with increasing depth (Fig. 1). AOB were more
abundant than the AOA in both types of Technosols.
N-cycling activities were comparable to those from agricultural soils and exhibited a
gradual change along the profile with decreasing rates as depth increases (Fig. 2).
Both potential ammonia oxidation (PNA) and potential denitrification activity (PDA)
correlated with the physico-chemical properties but this correlation was stronger for
the latter (Fig. 4).
The main objective of this work was to study the distribution of key microbial guilds
involved in the nitrogen cycle in two types of Technosols and to analyze how they
were influenced by changes in Technosol properties along the depth profile. Shifts in
the total bacterial community structure were also investigated.
Green waste compost, treated industrial soil and paper
by-products were staked to built two different Technosols
(T1 and T2) at the contaminated site. For both
Technosols, the first and second layers consisted of
compost and mixture of paper by-products and treated
industrial soil respectively. The bottom layer of T1 and T2
was composed of paper by-products and limed paper by-
products, respectively.
Soil sampling were carried out across 3-horizons (with an
approximate depth of 0-15; 15-35; 35-85 cm) from three
replicate plots from the two types of Technosols.
Materials and Methods Results
The abundances of the bacterial (AOB) and crenarchaeal
(AOA) ammonia oxidizers and denitrifiers were assessed
by quantitative PCR (qPCR) using the genes encoding
the catalytic enzymes responsible for ammonia oxidation
(amoA), and denitrification (nirK, nirS, nosZ) as molecular
markers.
Technosol Samples
DNA extraction
Real time-PCR Amplification
Fingerprinting
(ARISA)
Denitrification
Rate
Nitrification
Rate
Spectrophoto-
metry
Gas-
Chromatography
A large spatial variability in the genetic structure of the bacterial community was
observed between replicates, which prevents drawing robust conclusions on the
effect of the Technosol type (Fig. 3). However, significant changes in bacterial
community structure with depth were observed suggesting a vertical stratification of
bacterial communities (Fig. 3).
Potential ammonia-oxidation and denitrification were
measured by colorimetry and by the acetylene inhibition
technique, respectively.
We focused on the ammonia-oxidizers performing the first step of the nitrification
process and on the denitrifiers, which are often used as model communities in
microbial ecology since they are responsible for N-losses through leaching and
gaseous N emissions2,3.
Fig. 4. Correlation matrix between the abundance and activity of the ammonia
oxidizer and denitrifier communities and the physico-chemical properties of the
two types of Technosols. The colour scale above the figure indicates the intensity
and the direction of the correlation (red positive, blue negative).
Fig. 3. A-RISA profiles from T1 (a) and T2 (b) Technosols, sampled
at different horizons. Soil depth (in cm) is indicated above the gel
pictures (three replicates per horizon).
856 bp
307 bp
1091 bp
520 bp
0-15 15-35 35-85 cm 0-15 15-35 35-85 cm 0-15 15-35 35-85 cm
0-15 15-35 35-85 cm 0-15 15-35 35-85 cm 0-15 15-35 35-85 cm
856 bp
307 bp
1091 bp
520 bp
a)
b)
16SrRNA(Crenarchaea)
Gravels (0.2-0.5 cm)
Olsen P
Total CaCO3
pH
Organicmatter
Fine soil
Organiccarbon
C:N
Total N
Clay
Fine sand
Coarse sand
Fine silt
Coarse silt
Gravels (>0.5 cm)
Soil Moisture
PDA
PNA
AOB
16SrRNA(Bacteria)
nosZ
nirS
nirK
narG
napA
16SrRNA(Crenarchaea)
Gravels(0.2-0.5cm)
OlsenP
TotalCaCO3
pH
Organicmatter
Finesoil
Organiccarbon
C:N
TotalN
Clay
Finesand
Coarsesand
Finesilt
Coarsesilt
Gravels(>0.5cm)
SoilMoisture
PDA
PNA
AOB
16SrRNA(Bacteria)
nosZ
nirS
nirK
narG
napA
Fig. 1. Abundance of the AOB and the denitrifier community in the two types of
Technosols (T1 and T2 ) at different horizons estimated by qPCR of amoA, nirK,
nirS and nosZ genes. Bars indicate mean ( standard deviation) gene copy numbers per
horizon depth and per Technosol (n = 9) expressed per ng extracted DNA. Letters
adjacent to the bars indicate the significance of the differences between means.
NO2
- NO N2O N2NO3
-
nosZ
nirK
nirS
Fig. 2. Potential nitrification (A) and denitrification (B) rates
measured at different horizons of two types of Technosols
(T1 and T2 ). Means ( standard deviation) per
horizon depths and per Technosol are shown (n = 9).
Letters adjacent to the bars indicate the significance of the
differences between means.
Automated Ribosomal Intergenic Spacer Analysis (A-
RISA) was used to study the genetic structure of baterial
community.
Depth(cm)
0-15
15-35
35-85
0-15
15-35
35-85
nirKgenecopynumberper
ngDNA
nirSgenecopynumberper
ngDNA
103 106104 105
a
c
a
ab
c
103 106104 105
b
c
d
a
b
amoAgenecopynumberper
ngDNA(Bacteria)
103 106104 105
c
b
a
nosZgenecopy numberper
ngDNA
103 106104 105
bc
a
c
c
b
(B)
Potential denitrification rate
ng N2O-N g-1 dw soil min-1
10 200 30 40
b
b
b
b
b
a
4
Potential nitrification rate
ng NO2-N g-1
dw soil min-1
Depth(cm)
0-15
15-35
35-85
0-15
15-35
35-85
1 20 3
(A)
a
ab
b

37. New hypothesis on the ploidy of the hybrid species Phytophthora alni subsp. alni
Genome size comparison using flow cytometry
1Husson C. , 1Aguayo J. , 2Révellin C. , 1Marçais B. and 1Frey P.
1INRA, UMR1136 INRA Université de Lorraine "Interactions Arbres/Micro-organismes",
IFR110 EFABA, Centre INRA de Nancy, 54280 Champenoux, France
2INRA, UMR1147 INRA Université de Bourgogne "Agroécologie " , Centre INRA de Dijon, 21000 Dijon, France
claude.husson@nancy.inra.fr
INTRODUCTION
Alnus glutinosa (common alder) is an important species of riparian ecosystems. At the
beginning of the 1990s, a new lethal disease was described in the United Kingdom in
riparian populations and is now a serious concern for the management of the riverbanks
throughout Europe.
The causal pathogen, named Phytophthora alni subsp. alni (Paa), is a hybrid species
between Phytophthora alni subsp. multiformis (Pam) and Phytophthora alni subsp. uniformis
(Pau). One of the parental species, Pau, which is present in Europe and North America but
probably exotic to Europe, is supposed to be a diploid species. Pam possesses a polyploid
genome and is thought to be tetraploid (Brasier et al. 2004, Ioos et al. 2006, Aguayo et al. in press).
In this study, our aim was to determine the relative genome size and the ploidy level of
the hybrid species Paa using flow cytometry (D’Hondt et al. 2011) and Real-Time PCR.
Foliage symptoms on alder
Flame-shaped bark lesion
CONCLUSION
RESULTS
Results of both methods are consistent and indicate that Paa contains half of the genome of each parental
species.
Thus, hybridization led to a reduction in chromosome number, as in the case of homoploid hybridization. As a
result, the hybrid Paa is most probably a triploid species.
This ploidy level may explain that oospores viability of Paa is low and that no germination was observed (Delcan and
Brasier 2001).
Such a ploidy level in hybrid species has already been described in plants species (Palop-Esteban et al. 2007).
Determination of the ploidy level is of fundamental importance to characterize the population genetic structure
which is mostly based on allele frequencies.
Pam:Paaratios
Pam : Paa ratios for the
allele PAM1 of GPA1 gene
MATERIALS and METHODS
Determination of ploidy level using real-time PCR
Aguayo, J., Adams, G. C, Halkett, F., Catal, M., Husson, C., Nagy, Z. A., Marçais, B and Frey, P. Strong genetic differentiation between North American and European populations of Phytophthora alni subsp. uniformis. Phytopathology (in press)
Brasier C.M., Kirk S.A., Delcan J., Cooke D.E.L., Jung T. and Man in´t Veld W.A. Phytophthora alni sp. nov. and its variants: designation of emerging heteroploid hybrid pathogen spreading on Alnus trees. Mycological Research, 108: 1172–1184 (2004)
D’Hondt L., Höfte M., Van Bockstaele E. and Leus L. Applications of flow cytometry in plant pathology for genome size determination, detection and physiological status. Molecular Plant Pathology, 12: 815–828 (2011)
Delcan J. and Brasier C. M. Oospore viability and variation in zoospore and hyphal tip derivatives of the hybrid alder Phytophthoras. Forest Pathology, 31: 65-83 (2001)
Ioos, R., Andrieux, A., Marçais, B. and Frey, P. Genetic characterization of the natural hybrid species Phytophthora alni as inferred from nuclear and mitochondrial DNA analyses. Fungal Genetics and Biology, 43, 511-529 (2006).
Fluorescencepeakpositions
Total nuclear DNA content: Paa = (Pam + Pau) x 0.5
Pau or Pam : Paa ratios
genes Allele PAU Allele PAM1 Allele PAM2
ASF-like 1.9 2.0 1.9
GPA1 2.6 2.0 2.2
RAS-Ypt 2.5 2.1 1.9
Mean (95%CI) 2.3 (1.9-2.7) 1.9 (1.7-2.2)
The number of copies of each allele
is approximately 2 fold higher in the
parental species than in the hybrid species
Zoospore concentrations
Paa Pam Pau
Fluorescence intensity
Comparison of genome size using flow cytometry
fluorescence
number of cycle
sporangia
Release of
zoospores
Fluorescent
staining of nuclear
DNA in zoospores
1- Preparation of zoospore suspensions in Tris-EDTA buffer
• Production of sporangia in river water from 3 days old colony of P. alni. Addition of cold ultra-pure water in place
of river water to release zoospores. Vortexing of zoospore suspensions, storage for 1 h at 4°C (encystment)
• Filtration of suspensions using 10 µm pore membrane filters to trap zoospores. Incorporation of filters in a new
tube containing Tris-EDTA buffer and vortexing to release zoospores
• Zoospore concentrations measured by using a haemocytometer
2- Flow cytometry analysis
• Addition of Rnase into zoospore suspensions and staining nuclear DNA content with Propidium Iodide
• Measurement of fluorescence emission using a flow cytometer (Cyflow blue, Partec)
• Relative genome sizes calculated from the ratios between the peak position of each Phytophthora species
3- Allele-specific real-time PCR
• Design of 9 allele-specific primer pairs and probes for three single copy nuclear genes: ASF-like, GPA1, RAS-Ypt
• DNA extraction of calibrated zoospore suspensions for 6 isolates per species
• Quantitation of the number of copies of alleles for each gene using real-time PCR (Taqman®)
PAU
PAM1
PAM2
P. alni alni
P. alni
uniformis
PAU
P. alni
multiformis
PAM1
PAM2
Hybridization event: based on 4 nuclear
genes, Paa possesses at least 1 copy of
alleles PAU, PAM1 and PAM2 from its
parental species (Ioos et al. 2006)
PAU
PAM1
PAM2
P. alni alni
P. alni
uniformis
PAU
P. alni
multiformis
PAM1
PAM2
2n 4n
3n
2n 4n ?
? n
PAU PAM2
PAM1
Zoospore concentration (log)
Cyclethreshold(Ct)
32
33
34
35
36
37
38
39
• Quantitative PCR on the three alleles (PAU, PAM1, PAM2) per gene
• Comparison between Pau or Pam and Paa of the amount of amplified DNA
 Calculation of Pam : Paa and Pau : Paa ratios
• A difference of 1 Ct represents a 2 fold higher DNA quantity
Fluorescence peak
of the isolate
Pau300
Gate R1
represents
the zoospore
population
Cycle
threshold
Paa isolates
Pam isolates
Genome size estimation is based on the comparison of the amount of
fluorescence emitted by DNA stained with an intercalating fluorochrome (PI)
Mean (95% CI) = 0.49 (0.45–0.53)

38. Winter
disease
development
Development
stage 2
nodes
Development
on spike
Seed-borne
Inoculum
Soil-borne
inoculum
Soil surface
inoculum
Saprophytic survival of Fusarium graminearum in crop residues
Conclusion :
There is no early indicators enabling to predict and control FHB.
Part of the life cycle of F. graminearum relies on a saprotrophic phase
during which the fungus seems to exhibit weakness.
Therefore, the management of crop residues appears as the key point to
control the development of FHB. A strong emphasis should be placed on
the biological decomposition of crop residues at the soil surface or/and
on the use of suppressive intermediate crops such as mustard to limit the
soil inoculum potential of saprotrophic F. graminearum.
Saprophytic survival of Fusarium graminearum in soil in presence of various crop residues
Population dynamics of F. graminearum were assessed in controlled conditions (small microcosms) by Q PCR measurements
J. Leplat1, L. Falchetto2, P. Mangin2, C. Heraud1, E. Gautheron1, N. Gautheron1, V. Edel-Hermann1, C. Steinberg1
1 INRA, UMR1347 Agroécologie 17 rue Sully, BP 86510, F-21000 Dijon, France. http://www6.dijon.inra.fr/umragroecologie
2 INRA, UE Domaine d’Epoisses, F-21110 Bretenières, France Email : christian.steinberg@dijon.inra.fr
This poster reports part of a PhD work (J. Leplat) funded by the Vitagora–FUI programme Farine+ 2007–11
10
100
1000
10000
100000
1000000
10000000
0 10 20 30 40 50 60 70 80
Days
10
100
1000
10000
100000
1000000
10000000
0 10 20 30 40 50 60 70 80
Days
Number of DNA copies.g-1 of matrix Number of DNA copies.g-1 of matrix
Relative contribution of different sources of
inoculum in the development of Fusarium diseases
Soil
No crop
residues
Seed-borne
inoculum
Buried crop
residues
Soil-borne
inoculum
Air-borne inoculum
Crop residues
on the surface
Weeds,
Adjacent plots
Winter development of the disease
Development
stage 2 nodes Development of the disease on spike
C/N
14
116
Fusarium Head Blight (FHB) is one of the most important disease altering wheat crops.
A field experiment was conducted i) to better understand the saprotrophic development of Fusarium graminearum and its consequences on FHB, ii) to characterize
the relative importance of the different sources of FHB inoculum and the accumulation of mycotoxins in grains and subsequently, iii) to determine early indicators of
future disease development on ears and accumulation of mycotoxins in grains.
No correlation
Relationship between early symptoms and the
severity of Fusarium Head Blight
- No correlation between early symptoms and FHB => No early
indicators
- Climate plays a decisive role
- Image analyses (not shown here) of spikes and spikelets revealed
a positive correlation between symptoms and mycotoxin contents
- Air borne inoculum was not taken into account in this study.
- Crop residues left on the surface are the main source of FHB
symptoms => they need a specific focus !
- Three wheat varieties (susceptible to resistant to FHB)
- Various sources of inoculum of F. graminearum (seed, soil,
buried and non buried crop residues)
- 3 replicates/treatment, bioassay was performed two
consecutive years
- Measurements (field and lab) were carried out throughout the
duration of the culture
Symptoms No symptoms
Disinfected soil + wheat
residues
Disinfected soil without
residues
Natural soil + wheat
residues
Natural soil without
residues
Soil + Maize residues
Soil + Wheat residues
Soil + Rape residues
Soil without residues
Soil + Mustard residues
Soil + Alfalfa residues
The soil-borne biota limits F. graminearum development
The wheat residues provide exploitable resources for F.
graminearum and consequently promote its saprotrophic survival.
The exploitation of trophic and spatial resources provided by the crop
residues depends on their nature (previous crop and C/N) : maize stubbles
provide a greater carrying capacity than wheat straw and rapeseed residues
while mustard has a suppressive effect for the fungus.
The growth promoting effect of Alfalfa for F. graminearum is likely due to the
rich N content of the residues but this effect is short-lived because its
decomposition is probably also facilitated by the presence of N
Leplat, J., H. Friberg, M. Abid, and C. Steinberg. 2013.
Survival of Fusarium graminearum, the causal agent of
Fusarium head blight. A review. Agronomy for Sustainable
Development 33:97-111.

39. Assessment of functionality and integrity of the model
FIGURE 4. Assessment of functionality and integrity of the FAE model.
Development of an improved in vitro model of human intestinal follicle associated
epithelia to study cellular and molecular interactions of Candida albicans with M cells.
LÓPEZ ALAYÓN Carolina, ALBAC Sandrine, SAUTOUR Marc, DALLE Frédéric
Agroécologie UMR 1347 Agrosup, INRA, Université de Bourgogne. Pôle Microbiologie Environnementale et Risques Sanitaires (MERS),
7, Boulevard Jeanne d'Arc BP 87900 - 21079 DIJON CEDEX, France
TEER (Ωcm2) 203±68 445±62
Our results reported that adherence of Candida albicans SC5314 is greater in cultures containing M cells-like (co-cultures) than layers containing Caco-2 cells only (mono-cultures).
Candida albicans seems to adhere preferentially to cells expressing the Glycoprotein 2 (M cell label) on its apical side.
Candida albicans can cross more easily through the cellular layers containing M cells-like as compared to Caco-2 cells alone.
CONCLUSIONS
MONO-CULTURECO-CULTUREMONO-CULTURECO-CULTURE
GLYCOPROTEIN2GLAECTIN9
i j k l
m n o p
1. M CELL MARKER 2. UEA-1 3. DAPI 4. MERGE
a b c d
e f g h
Method:
1. M cells (green) on the cell layers were stained (I and m) with a polyclonalIgG goat anti-galectin9 antibody (Santa cruz) or (a and e) with a polyclonal IgG rabbit anti-GP2(Imgenex)
and were revealed with an Alexa fluor 488 rabbit anti-IgG goat (Invitrogen)or an Alexa fluor 488 goat anti-IgG rabbit antibody respectively(Invitrogen).
2. Enterocytes(red) were labelledwith the UEA-1 (ulex europaeusagglutinin1) lectin ((Sigma).
3. Nuclei (blue) were revealed with a DAPI staining (Invitrogen).
4. Merge: Overlap of the three differentstaining.
Method: Cell layers were fixed and processed for SEM analysis. M cells were identified by their lack or fewer microvilli at their apical surface (c and d). Mono-cultureswere
used as control(a and b) (M = M cell ; E = enterocyte).
Candida albicans is a commensal inhabitant of the human mucosa causing harmful invasive infections in
immuno-compromised patients, taking origin mainly from the gastro-intestinal tract. A better
understanding of the mechanisms by which C. albicans interacts with the intestinal mucosa will improve
our knowledge of the physiopathology of disseminated candidiasis. C. albicans can grow upon mucosal
surfaces in both the yeast and the hyphal forms, the transition from the yeast to the hyphal form playing
a key role in its virulence. Mucosal immunity contributes to both commensalism and pathogenicity of the
fungus, possibly through presentation of C. albicans antigens to the underlying organized lymphoid
structures via transcytosis that could probably be mediated by the specialized epithelial M cells. With this
aim, we developed an in vitro model of the human intestinal Follicle Associated Epithelium (FAE) where
enterocytes of the Caco-2 cell line in close contact with mucosal lymphocytes differentiate in M cells.
Studying adherence, invasion and translocation of C. albicans across co-cultures suggest that C. albicans
interacts differentially with M cells / enterocytes co-cultures as compared to mono-layers of Caco-2 cells
alone. The uptake mechanism allowing C. albicans to translocate across the co-culture model is under
investigation. Moreover, the respective contribution of the yeast and hyphal forms to this process will be
studied using KO mutants of C. albicans unable to produce hyphae. Finally the cytokine production
resulting from C. albicans and M cells / Caco-2 co-cultures interaction will be studied.
ABSTRACT
INVERSED FAE MODEL
Membrane PE
Seeding of
Caco-2 cells
D 0
Reverse
inserts
D 3-5
Co-culture
D 14-16
In-vitro FAE model
D 19-21
Culture of
Caco-2 cells
PE Membrane
Basolatéral
side
Apical side
B Raji
Lymphocytesi
Microparticles
silicone
rubber
M cells
Upper insert side
Lower
insert
side
Membrane PE
Seeding of
Caco-2 cells
D 0
Reverse
inserts
D 3-5
Co-culture
D 14-16
In-vitro FAE model
D 19-21
Culture of
Caco-2 cells
PE Membrane
Basolatéral
side
Apical side
B Raji
Lymphocytesi
Microparticles
silicone
rubber
M cells
Upper insert side
Lower
insert
side
FIGURE 1. Time scale of the protocol to obtain an optimized inverted in vitro FAE model as described by Des Rieux et al. (1)
VALIDATION AND CHARACTERISATION OF THE FAE MODEL
Localisation of M cells in the co-cultures
FIGURE 2. Identification of M cells by immunofluorescence analysis.
GP2 and Galectin-9 expression
was increased on the apical
surface of the co-cultures,
suggesting the presence of M
cells in the layer of cells (2)
The UEA staining decreases in
the co-cultures layers as
compared to mono-cultures
conditions, suggesting changes
in the apical membrane
components induced by the
contact of lymphocyte B with
enterocytes (2).
Mono-cultures were used as a
control.
CO-CULTUREMONO-CULTURE
a b c d
M
M
E
Mono-cultures: <1% of M cells
Co-Cultures: 5% of M cells
FIGURE 3. Visualization of M cells by Scanning Electron Microscopy (SEM) analysis.
References
• des Rieux et al., 2007, European journal of pharmaceutical sciences, 3 0 ( 2 0 0 7 ), 380–391
• Pielage et al., 2007, The International Journal of Biochemistry & Cell Biology, 39 (2007), 1886–1901
ACKNOWLEDGEMENTS
This work was supported by the Agence Nationale de la Recherche (grant ANR-08-MIEN-033–01), the University of Burgundy and the Hôpital du Bocage, Dijon.
INTERACTION OF C. albicans WITH FAE MODEL
0,E+00
5,E-09
1,E-08
2,E-08
2,E-08
3,E-08
0,E+00
2,E-06
4,E-06
6,E-06
8,E-06
1,E-05
CO-CULTURES MONO-CULTURES
Papp10KDaDextran-FITC(cm/s)
%oftransportednanoparticles
0,2 µm nanoparticles
10KDa FITC-Dextran
Transepithelial electrical resistance (TEER)
decrease is considered to be a result of Caco-2
cell conversion into M cells. The observed TEER
values were in the range reported in the
literature for both co-cultures and mono-cultures
with good tightness (1).
10KDa FITC-Dextran apparent permeability
(Papp) were 10 fold higher in co-cultures as
compared to mono-cultures, suggesting that this
molecule may cross the epithelial barrier at the
paracellular level and/or by transcytosis (1).
The number of transported nanoparticles was 20
fold higher in co-cultures than in mono-cultures
suggesting that this molecule may cross the
epithelial barrier by transcytosis (1).
Method: To quantify transcytosis function and permeability of the tissue: 4.5×108 nanoparticles/ml (0.2 µm FITC-labelled carboxylated nanoparticles)(Invitrogen) and 1mg/ml of 10KDa FITC-dextran suspended in HBSS, were added to the apical
pole of the cellular layers. After 4h at 37 ◦C of incubation, the number of transported nanoparticles was evaluated by flow cytometry and the amount of transported 10KDa FITC-dextran was measured by fluorimetry. Integrity of the tissue was
also measured by analysis of TEER (trans epithelial electrical resistance). TEER was measured using a Millicell®-RES(Millipore,Billerica,MA.) ohmmeter. Values appear down each group results. Each condition was tested in triplicate.
FIGURE 8. Co-localisation of C. albicans SC 5314 with M cells of the FAE model
1. GP2 2. UEA-1 3. CALCOFLUOR WHITE 4. MERGE
MONO-CULTURECO-CULTURE
a b c d
e f g h
Method: Cultures were infected with 107 C. albicanslog phase for 2 hours. After rinsing, cultures were fixed and stained as described above.
1. M cells (green) and 2. Enterocytes(red) were labelled as describe above.
3. Adherent yeasts (blue) were revealed with a calcofluorwhite staining.
4. Merge: overlap of the three different staining.
Adherence of C. albicans was
increased in co-culture
conditions
Adherent yeasts mostly co-
localised with GP2 stained cells,
suggesting that yeasts
preferentially adhered to M
cells.
FIGURE 5. Adherence of C. albicans SC 5314
FIGURE 6. Percentage of invasion of C. albicans SC 5314
FIGURE 7. Determination of the C. albicans SC 5314 transport through the mono- and co- cultures.
0,E+00
2,E-04
4,E-04
6,E-04
8,E-04
1,E-03
1,E-03
1,E-03
2,E-03
2,E-03
2,E-03
CO-CULTURES MONO-CULTURES
%oftransportedyeasts
Adherence of C. albicans SC 5314 was 2 fold
higher in co-cultures as compared to mono-
cultures, suggesting that C. albicans interacts
preferentially with M cells of the co-culture
layers.
Method: The reference strain C. albicans SC 5314 was grown in liquid YPD (1% yeast extract,
2% bacto-peptone, 2% D-glucose) medium at 37°C overnight, with shaking. Prior to use C.
albicans cells were diluted to a OD of 0,3 (600nm) into fresh liquid YPD medium and grown to
log phase for 2 h at 37°C. Cultures of epithelial cells were infected with 4 x 104/ml of C.
albicans log phase, for 30 minutes. After rinsing, cultures were fixed and stained with a rabbit
polyclonal anti-C. albicans antibody (Acris) and with an Alexa fluor 488 goat anti-rabbit
secondary antibody (Invitrogen). The percentage of adherence was determined as the ratio of
the number of adherent yeasts to the number of C. albicans cells inoculated. Each condition
was tested in triplicate.
Invasion of C. albicans was significantly
increased in co-cultures after 2 hours of
incubation as compared to mono-cultures,
suggesting that C. albicans can penetrate
more easily into layers containing M cells.
Method: C. albicans was grown as described above. Cultures were infected with 4 x 104/ml of
C. albicans long phase, for 1, 2 or 3 hours. After rinsing, cultures were fixed and stained as
described above. After permeabilisation both invasive and adherent yeasts were stained with
calcofluor white. The percentage of invasive C. albicans cells was determined as the ratio of
the number of [partially] internalized cells to the total number of interacting cells. Each
conditionwas tested in quadruplicate
Method: Cultures were infected with 107/ml of C. albicans log phase for 24 hours. Then, the
totality of the basolateral medium was taken and sowed in YPD plates, at 30°C for 2 days.
The number of colonies grown on plates was then counted. Finally, the percentage of
translocation was estimated by the ratio of the number of colonies to the total number of
yeasts inoculated. Each condition was tested in triplicate.
After 24h of infection, translocation in co-
cultures was 19 fold higher than in the mono-
cultures, suggesting that translocation of C.
albicans is facilitated by M cells.
0
1
1
2
2
3
3
4
4
5
CO-CULTURES MONO-CULTURES
%ofadherence
0
10
20
30
40
50
60
1h 2h 3h
%ofinvasion
CO-CULTURES
MONO-CULTURES

40. REFERENCES
• Jeandroz, S., Murat, C., Wang, Y. J., Bonfante, P. & Le Tacon, F. (2008). Molecular phylogeny and historical biogeography of the
genus Tuber, the 'true truffles'. Journal of Biogeography 35(5): 815-829.
• Murat, C., Riccioni, C., Belfiori, B., Cichocki, N., Labbe, J., Morin, E., Tisserant, E., Paolocci, F., Rubini, A. & Martin, F. (2011).
Distribution and localization of microsatellites in the Perigord black truffle genome and identification of new molecular markers.
Fungal Genetics and Biology 48(6): 592-601.
• Riccioni, C., Belfiori, B., Rubini, A., Passeri, V., Arcioni, S. &Paolocci, F. (2008). Tuber melanosporum outcrosses: analysis of the
genetic diversity within and among its natural populations under this new scenario. New Phytologist 180(2): 466-478
• Song, M. S., Cao, J. Z. &Yao, Y. J. (2005). Occurrence of Tuber aestivum in China. Mycotaxon 91: 75-80.
GENETIC DIVERSITY OF TUBER AESTIVUM / UNCINATUM
RESULTS
 Tuber aestivum-uncinatum ( the Burgundy truffle ) forms ectomycorrhizas with different host trees (oaks, hazels..).
 This species has a European wide distribution and is also found also in North-Africa and China (Song et al., 2005 ; Jeandroz et al., 2008).
 Its taxonomical status is unclear : Morphological and ecological polymorphisms exist but no genetic differentiation indicating the
existence of two different species is found. Tuber aestivum-uncinatum is one species with different ecotypes. (Molinier et al, in prep)
 No population genetic study using specific genetic markers has been performed at the European scale previously.
 Here, we are reporting the first development of specific microsatellite markers (SSRs) in this species.
Our Goal : To infer the evolutionary history of the species and perform a population genetic study using samples from different
European populations
GENERAL BACKGROUND & GOAL
In this study, we report the first identification of polymorphic microsatellite markers (SSRs) of Tuber aestivum - uncinatum by using direct shotgun
pyrosequencing (DSP). Fifteen polymorphic SSRs were identified. Preliminary analyses show a relative high polymorphism. A future population genetic
study performed with more samples from different populations in Europe should confirm the strong polymorphism found in Tuber aestivum. The future study
should address several questions : (1) species genetic distribution within Europe? (2) Is there any population containing non shared alleles? Are there some
differentiated populations in which no gene flow has taken place?
METHODS & STRATEGY
• 1st Step : Development of specific SSR markers by Direct Shotgun Pyrosequencing (454) on genomic DNA extract.
• 2nd Step : Population genetic study : Genotyping of a total of 320 samples coming from 30 different European populations.
1. DEVELOPMENT OF SSR MARKERS BY DIRECT SHOTGUN PYROSEQUENCING
4% agarose gel showing the different
alleles for 1 SSR marker and 7 truffle
isolates.
454-
pyrosequencing
run (Génoscope)
=> 534620 reads
(average length
mean = 561 bp)
Reads < 300 pb
or Reads with at
least one « N »
were removed.
411374
reads
kept
SSRs identification (tri-, tetra-, penta- &
hexa-nucleotide repeats) with MISA.
Conditions:
•More than 5 repeats
•SSRs separated by more than 1bp were
considered as different SSRs
•SSRs must begin between 100 and 300
bp from the 5’ end of the reads.
5265 reads kept
(excluding Di-):
Tri = 3568,
Tetra = 1248,
Penta = 324,
Hexa = 125
Blastx
search
against nr
database
was
performed
SSRs with
more than
10 repeats
were kept
2126
reads
kept
Tri = 114 reads
Tetra = 42 reads
Penta = 23 reads
Hexa = 2 reads
Total= 181 reads
Different softwares used to
develop primers and test
them in silico : « Websat »,
« Oligo Analyzer 3.1 »
and« AmplifX ».
40 SSRs kept
and their relative
primers designed
PCR tests with DNA
extracts from several
truffle ascocarps
25 SSRs
easily
amplified
Polymorphism test
on 14 samples from
different populations
by selection after
visualization on a
4% agarose gel
15
polymorphic
SSRs kept
for the study
2. PRELIMINARY GENOTYPING ON 84 TRUFFLE ISOLATES
Locus
name
SSR Motif
Tm
(°C)
SSR Size
range (bp)
Number
of
alleles
Number of
expected
alleles
Expected
Heterozygoty
aest1 (CCACTC)10 60 236-296 7 4.065 0.754
aest6 (AGTAAT)6 60 212-236 5 2.697 0.629
aest7 (ACAGC)6 60 256-286 6 3.929 0.745
aest10 (AGTAC)6 60 280-310 6 4.618 0.783
aest15 (GGATG)6 60 297-322 4 1.849 0.459
aest18 (ACTG)11 60 136-156 5 2.285 0.562
aest24 (TCA)18 60 292-319 8 4.558 0.781
aest25 (ATT)10 60 122-140 5 3.402 0.706
aest26 (TAT)11 60 124-178 9 4.948 0.798
aest27 (TCA)18 60 314-341 8 4.121 0.757
aest28 (TCA)18 60 344-452 15 7.171 0.861
aest29 (AGTAC)6 60 186-226 7 4.748 0.789
aest31 (CCTAC)6 60 285-325 9 4.388 0.772
aest35 (TTTC)10 60 124-160 4 1.891 0.471
aest36 (GACT)13 60 310-350 8 3.216 0.689
Molinier V.1, Murat C.2, Morin E.2, Wincker P3, Gollotte A.4, Martin F.2, Wipf D.1
1UMR Agroécologie INRA 1347/AgroSup/uB, Pôle IPM ERL CNRS 6300- Dijon - France, UMR 1136, IAM INRA-Nancy Université - Champenoux – France,
3Centre National de Séquençage-Génoscope, 4Inoplant, Aiserey, France.
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1
0
10
20
30
40
50
60
70
80
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
MeanofGenotypicDiversity(Squares)
MeanNumberofGenotypes(Triangles)
Number of loci
Figure 1 : Plots of the mean number of genotypes and genotypic diversity
versus the number of loci.
 84 isolates from 9 European populations were used.
 Genotyping was performed with the 15 specific SSR
markers.
 69 different multilocus genotypes were identified out
the 84 T. aestivum isolates (Figure 1)
 Genotypic diversity was 0.993.
 Number of different alleles (Na) per locus varied from
4 to 15 (mean = 7.067; SE = 0.714) (Table 1)
 Number of expected alleles (Ne) per locus varied
from 1.849 to 7.171 (mean = 3.859; SE = 0.357)
 As expected, no heterozygosity was found as
ascocarp (haploid) were used (Riccioni et al., 2008 ;
Murat et al., 2011)
 Expected heterozygosity (He) values range from
0.449 to 0.861 ( mean = 0.704; SE = 0.031)
Table 1 : Characteristics of the 15 SSRs selected
CONCLUSION