1. 全てをRでやらないという事
東京大学 大学院新領域創成科学研究科
情報生命科学専攻 岩崎研究室
博士一年 福永 津嵩

2. 自己紹介
• 柏キャンパスで計算機を用いた生物学の研究
– ソフトウェア開発をベースとした研究
• 研究テーマ
– mRNAの二次構造が遺伝子発現に与える影響
– ミトゲノムアノテーションシステムの開発
– バイオイメージインフォマティクスから探るメダカ
の社会性行動解析
• Twitterアカウントは@fukunagaTsu

3. メダカトラッカー
高性能メダカトラッキングシステムを用い
た定量的動物行動学

4. 今日のお話
1. なぜ全てをRでやらないのか？
1. 簡単なRuby言語の解説

5. なぜ全てをRでやらないの
か？

6. なぜKashiwa.RでRの話をしないのか
• そもそも研究でRをほとんど使わない
– 話すネタがない
– Java 20%, C++ 10%, Ruby 65%, R 5%
• なぜ私がRを使わないかを話そうと思った
• Rubyの話を聞きたいという話が出た

7. R言語の得意不得意
• R言語が得意な事・メリット
– 統計解析
– グラフィックス
– コードを書くのが易しい
• R言語が不得意な事・デメリット
– 高速処理
– Webアプリケーション開発
– UI開発

8. for文のテストプログラム
特に、Rはfor文が遅い事が知られている
ただし、プログラムの改善により高速化は可能。
詳しくは、Kashiwa.R#1での露崎さんの発表を参考
for(i in1:size){
for(j in 1;size){
temp_matrix[i,j] = i*j
}
}
C++はDebugモード

9. Rが苦手なケース
N個のDNA配列が存在し、２種の配列同士
の類似度を全ペアについて比較したい。比
較するソフトはM個存在し、全てのソフト
で比較をするものとする。
ナイーブな実装→for文を三回回す事になる

10. プログラミング言語の使い分け
統計解析、グラフ作成
C++
文字列処理、解析
ソフトウェア開発

11. RとRubyによるデータ解析入門
目次
1:武器と防具の装備
2:いざマトリックスへ
3:8つの魔法の習得
4:オフィスとトイレの関係
5:ランチタイムの経済学
者になる方法
6:メールから自分を発見
する
7:心臓の鼓動
8:鳥の群れを表現する
9:お金と性別と進化

12. 簡単なRuby言語の解説

13. 基本的な文法は大体同じ
• if文による条件分岐
• for文による制御構造
• Rのベクトル→Rubyの配列
• Rは1-originだが、Rubyは0-origin
• temp <- [“0”, “1”, “2”]
temp[1] temp[0]

14. ハッシュ
キーと値のペアを要素として持つ配列
DNA_hash =
{„A‟ => 3, „C‟ => 4, „G‟ => 2, „U‟ => 1}
puts DNA_hash[„A‟]
#=> 3

15. 例題設定
test.txtの各行には
“p値 遺伝子名”
が並んでいる。このデータの中から、p値が
0.05を下回る遺伝子名だけ取り出して来た
い。
test.txt

16. 良くある処理
input_file = File.new(“./test.txt”, “r”)
gene_array = Array.new
while line = input_file.gets
line = line.chomp
if(line.split(“ ”)[0].to_f < 0.05)
gene_array.push line.split(“ ”)[1]
end
end
input_file.close

17. 良くある処理
input_file = File.new(“./test.txt”, “r”)
gene_array = Array.new
while line = input_file.gets
line = line.chomp
if(line.split(“ ”)[0].to_f < 0.05)
gene_array.push line.split(“ ”)[1]
end
end
input_file.close
読み出すファイル
の指定
欲しい遺伝子リス
トの配列
ファイルはもう使
わないよ宣言

18. 良くある処理
input_file = File.new(“./test.txt”, “r”)
gene_array = Array.new
while line = input_file.gets
line = line.chomp
if(line.split(“ ”)[0].to_f < 0.05)
gene_array.push line.split(“ ”)[1]
end
end
input_file.close
ファイルを一行ず
つ読み込む
改行の削除

19. 改行の削除とは何か
“0.93 geneA
0.07 geneB” は、本当は
“0.93 geneA rn 0.07 geneB”となっている。
chomp関数は
“0.93 geneA rn”を”0.93 geneA”とする。
改行コード
なお、改行コードはr,rn,nの三種類が存在し、OSにより異なる。
良くあるバグの原因の１つである。

20. 良くある処理
input_file = File.new(“./test.txt”, “r”)
gene_array = Array.new
while line = input_file.gets
line = line.chomp
if(line.split(“ ”)[0].to_f < 0.05)
gene_array.push line.split(“ ”)[1]
end
end
input_file.close
p値が0.05より小
さいかどうかを判
定
遺伝子を
gene_arrayに入れ
る

21. split関数
split関数→文字列を配列に変換する
line→”0.93 geneA”
line.split(“ ”)→[“0.93”,”geneA”]
line.split(“ ”)[0] →”0.93”

22. split関数の応用
文字列をランダムにしたい
line.split(//).shuffle.join
前半と後半の文字列に分けてランダムにしたい
line.slice(0, line.size/2).split(//).shuffle.join
+ line.slice((line.size/2)+1, line.size-
1).split(//).shuffle.join

23. まとめ
• プログラム言語は多様で、それぞれ良い
点悪い点がある。
• 文字列処理など解析については、Rubyを
始めとするスクリプト言語の方が高速で
あり、また柔軟な操作が可能である。
• もちろん、頑張ればRで全て出来る