PyMOLでのKabsch法によるRMSD計算と表示方法

1. KabschFit on PyMOL @tonets

2. Agenda RMSDとKabsch法 PyMOLについて PyMOL上でのKabsch法の実行 2

3. RMSD RMSD・・・Root Mean Square Deviation 2つの構造間の対応する原子の距離の二乗平均根(RMS) 3 http://is-education.naist.jp/Data/Syllabus/2007/TeachingMaterial/info-0048_1192617014.pdfより引用

6. PyMOL 分子ビューワ Pythonによる機能拡張が可能 学生/教員向けのEducational版(ver.1.3)は無料で使用可 6

7. PyMOL上でKabsch法を実行 以下よりPythonスクリプト「QKabsch.py」を取得 コードをコピーして「QKabsch.py」という名前で保存 PyMOL(ver.0.97以上)を実行 QKabsch.pyのあるディレクトリ上で （lsコマンドを実行した結果の中にQKabsch.pyがあればOK） run QKabsch.py と入力 PyMOL>run QKabsch.py以外に何も表示されていなければOK 7 http://www.pymolwiki.org/index.php/Kabsch#The_Code

8. PyMOL上でKabsch法を実行 対象の2つのPDBファイルをloadする load A_PDB.pdb load B_PDB.pdb 配列上でフィットさせる範囲の番号を確認する 8 PyMOL上での配列の確認はこのボタンで

9. PyMOL上でKabsch法を実行 配列上でフィットさせる範囲の番号を確認する->このPDBの場合は残基番号30~355までは全く同じなので，この範囲でフィッティングを行うことにする 以下のコマンドを入力 RMSD(Å)と構造が表示されれば成功 9 optAlignA_PDB and n. CA and i. 30-355, B_PDB and n. CA and i. 30-355 RMSD=0.507241

10. PyMOL上でKabsch法を実行 デフォルトでは指定した残基間の色が赤，それ以外はグレー等で表示される 10

11. PyMOL上でKabsch法を実行 適当に表示を変更したもの A_PDBは赤色，B_PDBは青色で示した． ->水色で囲ったヘリックスはB_PDBに，オレンジで囲ったNO3 はA_PDBにのみ存在することがわかる． 11

12. References 蛋白質立体構造比較 http://is-education.naist.jp/Data/Syllabus/2007/TeachingMaterial/info-0048_1192617014.pdf Kabsch- PyMOLWiki http://www.pymolwiki.org/index.php/Kabsch Kabsch algorithm – Wikipedia http://en.wikipedia.org/wiki/Kabsch_algorithm 12