Optimiser recherche d'information scientifique dans le domaine biomedical - Periodiques, bases de donnees, Pubmed

Optimiser sa recherche d’information
dans le domaine biomédical

Patricia Volland-Nail - Inra

URFIST Rennes -9 décembre 2011

Ce que nous allons voir …
 Rechercher l’information : une stratégie simple à mettre en
place : identifier ses besoins, connaître les ressources
 Mettre en place un système de veille efficace
 TD sur la mise en place d’un système de veille
 Les sources d’information dans le domaine biomédical et
comment mieux les utiliser (TD)
 Le Web en général et quelques sites biomédicaux en particulier
 Les périodiques biomédicaux
 Les bases de données bibliographiques : Pubmed, Embase, …
 Nouvelles ressources : les « avatars » de Pubmed (GoPumed,
Quertle, etc…), les blogs, …
 Utilisation de moteurs spécialisés : exemple de Scirus

Une stratégie à mettre en place

Des besoins à définir

La stratégie, c’est quoi ?
 Avoir de la méthode :
 Connaître ou mieux déceler ses besoins
 Connaître et identifier l’offre disponible
 Adapter l’offre à ses besoins
 Utiliser les bons « outils » aux bons moments
 S’organiser : se ménager du temps régulièrement pour
« faire sa biblio » …
 Mettre en place un système de « veille » bibliographique
adapté
 Evaluer et exploiter l’information obtenue
 Gérer l’information collectée de manière efficace :
 Pour ne pas refaire ce qui a déjà été fait
 Ne pas rechercher plusieurs fois la même chose

Le besoin d’information
Comment l’exprimer ?

 Définir son besoin :
 Explorer les sources d’information générales et spécifiques sur
un sujet : vue d’ensemble et idées quant à la terminologie à
utiliser pour rechercher l’information
 Définir ou modifier le besoin pour arriver à un besoin ciblé
et opérationnel : restreindre un sujet large ou élargir un
sujet trop restreint
 Identifier les concepts et les termes clés qui décrivent le
besoin d’information

D’après : Simonnot B. (2006). Le besoin d’information : principes et compétences.
In Themat’IC 2006, Information : besoins et usages.

En matière de besoin d’information dans le
domaine biomédical : différentes situations
Pour le chercheur :
 Au démarrage d’un sujet de recherche :
 Connaissance globale et plus ou moins spécifique du
sujet : Qu’est-ce qui est connu sur la question ?
 Identification des questions spécifiques sur le sujet
 Tout au long d’un travail de recherche :
 Suivi de l’actualité sur le sujet pour une mise à jour
régulière des connaissances
 Réponse à des questions ponctuelles
 Tout au long de sa carrière de scientifique …
 Culture générale scientifique

Mettre en place un système de « veille »
et de suivi de l’information

Mettre en place un système de veille
 Indispensable pour tout scientifique ou toutes personnes
voulant suivre actuellement au plus près l’actualité sur un sujet
 Face à la surabondance de l’information, via Internet en
particulier, le scientifique est confronté à différents problèmes :
 Connaître les sources d’information et les évaluer
 Maîtriser des fonctionnalités de veille et utiliser des outils
appropriés
 Suivre l’évolution constante des sources et des outils
 Sans mettre en place un système de veille trop sophistiqué, on
peut néanmoins utiliser des techniques permettant de
maintenir un flux régulier et ciblé d’informations dans
son champ d’intérêt : c’est la veille documentaire

Comment ?
 Mise en place d’alertes sur les sommaires des périodiques
d’intérêt après les avoir sélectionnés
 Elaboration de « profils d’alerte » spécifiques sur des
bases de données bibliographiques spécialisées (ex : profil sur
Pubmed)
 Suivi de l’actualités sur certains sites Web ciblés et spécialisés
sur le(les) sujet(s) à l’aide des « flux » RSS
 Abonnement à des bulletins d’information (news), à des
blogs, listes de diffusion ciblées
 Se tenir informé sur les congrès,colloques, rencontres à
venir
Utiliser un « agrégateur » de contenu type Netvibes

Les « fils » RSS ou « flux » RSS

 Utilisés par les producteurs et utilisateurs d’information :
 Producteur : diffuser de l’information en produisant
des fils RSS sur ses actualités
 Utilisateur : accéder à l’information dans une
démarche de « veille » scientifique ou autre
 Les « fils »ou « flux » RSS doivent être lus via un
agrégateur ou un lecteur de flux :
 IE, Firefox, Thunderbird, intègrent par défaut des outils
de lecture de fils RSS
 Il existe des agrégateurs clients : exemple FeedReader
http://www.feedreader.com/
 Intégration dans des pages Netvibes, Google Reader,
Bloglines ou MyYahoo, etc…

Qu’est-ce-que Netvibes ?
 Un agrégateur en ligne avec une double fonction : lecture de flux
et gestion de signets http://www.netvibes.com

Exemple : BiblioCNRS via Netvibes

Pourquoi Netvibes ?

 Outil servant à la fois à la « veille » par la lecture de
« flux » RSS et gestionnaire « signets » via des
« widgets » (interfaces graphiques spécifiques)
 Outil totalement personnalisable qui peut être rendu
« public » ou rester « privé »
 Simple à utiliser et rapide à mettre en œuvre
 Nomade : accès à distance à partir de n’importe quel
ordinateur

Netvibes : Comment ça marche ?
Va permettre la gestion globale de
ses accès et de son suivi de l’information

1. Se créer un compte sur le site de Netvibes
2. Créer sa(ses) propre(s) page(s)
3. Inclure ses fils RSS pour le suivi de l’information
4. Mais attention ! Ne pas vouloir chercher l’exhaustivité
et pointer sur de trop nombreuses sources au risque
d’induire des pertes de temps…
Démonstration
http://www.netvibes.com

TD 1 (15 min)

 Si vous n’en avez pas, mettre en place une page
Netvibes qui servira à positionner vos alertes et vos
profils au fur et à mesure des TD de la session de
formation
 Si vous avez déjà une page Netvibes, explorez les
possibilités de Google Reader ou autre agrégateur de flux
pour comparer

Les sources d’information du
domaine biomédical
Présentation des différentes ressources

Différents types de sources
d’information
 Le Web en général et les sites biomédicaux en particulier
 Les périodiques scientifiques spécialisés dans les
thématiques biomédicales
 Les bases de données bibliographiques généralistes et
spécialisées :
 Medline (Pubmed)
 Embase
 Web of Science, base généraliste
 Nouvelles sources d’information :
 Les « avatars » de Pubmed
 les blogs spécialisés

Le Web en général
 Prudence quant à l’utilisation du Web en général … et à
Google ou Wikipedia en particulier …
 Wikipedia peut être utilisé (avec prudence) pour un
premier sondage sur un sujet inconnu
 Google Scholar peut permettre d’avoir une première
approche des documents scientifiques sur le sujet
 Permet d’avoir quelques idées sur le vocabulaire à
utiliser pour une recherche plus ciblée de l’information
 Exemple : Que savons-nous des « perturbateurs
endocriniens » ?

Des sites Web thématiques
spécialisés
Sites d’exploration et/ou de suivi spécifique

Des moteurs de recherche
spécialisés

Système « Entrez » du NCBI
 « Entrez » : moteur de recherche spécialisé « Sciences de la
Vie » pour interroger les bases de données du NCBI, dont PubMed,
PubMed Central et GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/

OmniMedical Search

http://www.omnimedicalsearch.com/index.html

Un moteur de recherche spécialisé pour
les ressources du domaine biomédical

http://www.hon.ch/index_f.html
HON : Health On the Net

Panorama de quelques sites
Web spécialisés

Nombreux liens vers des
Portail Inserm sites et services gratuits sélectionnés
par l’Inserm : à explorer en détail

http://biblioinserm.inist.fr/

Amedeo http://www.amedeo.com/
News et alertes sur certaines thématiques

Information « vulgarisée » mais permettant d’avoir
une 1ère approche sur un sujet
http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/

Medpedia : un Wikipedia « médical »

http://www.medpedia.com/

http://www.cochrane.org/
The Cochrane Collaboration

Répertoires de bases de données
biomédicales

http://databases.biomedcentral.com/browsecatalog

Sites francophones
 CiSMeF : Catalogue et Index des Sites Médicaux de langue
Française
http://www.chu-rouen.fr/cismef/
 Projet initié par la CHU de Rouen depuis 1995
 BDSP : Banque de Données en Santé Publique
http://www.bdsp.ehesp.fr/
 La Banque de données en santé publique est un réseau
documentaire d'informations en santé publique dont la gestion
est assurée par l'Ecole des hautes études en santé publique
(EHESP)
 Le réseau BDSP est un groupement d'organismes qui
développe, depuis 1993, des services d'information en ligne
destinés aux professionnels des secteurs sanitaire et social

Produit par le CHU de Rouen : catalogue et
Index des Sites médicaux francophones
http://www.chu-rouen.fr/cismef/

BDSP http://www.bdsp.ehesp.fr/
Banque de Données en Santé Publique

Sites « Sciences de la Vie »

 Sites non spécifiques du domaine biomédical mais
importants et incontournables pour suivre certaines
thématiques, particulièrement les recherches en biologie
moléculaire ou autres

EMBL
Base de données de séquence nucléotidiques

http://www.ebi.ac.uk/embl/

EBI – European Bioinformatics Institute

http://www.ebi.ac.uk/

EBI – European Bioinformatics Institute

Pour la recherche
de séquences en
particulier

Toutes les bases du NCBI

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/

NextBio associé avec ScienceDirect

Les périodiques du domaine
biomédical

Les périodiques du domaine biomédical

Les périodiques scientifiques

 Source d’information primaire la plus importante dans le
domaine scientifique
 Véhiculent une information contrôlée et validée (via le
système du « peer-review ») : articles de recherche, articles
de synthèse
 L’information « article de périodique » représente 80% du
contenu des bases de données bibliographiques
 Différents types de périodiques :
 Périodiques scientifiques d'intérêt général,
pluridisciplinaires
 Périodiques spécialisés : dans le domaine scientifique ou
dans le type d'article publié

Identifier les périodiques intéressants dans
son domaine

 Périodiques « généralistes » incontournables pour
l’actualité médicale de base :
 BMJ, JAMA, New England Journal of Medicine, The Lancet, …
 Périodiques spécialisés dans son domaine :
 Les identifier via la connaissance des « pairs »
 Les identifier plus précisément via les principales plateformes
éditoriales : ScienceDirect (Elsevier), Springer, Wiley …
 Les identifier par une interrogation ciblée de base de données :
exemple avec l’interrogation du Web of Science et
l’utilisation de la fonction « Analyze results »

Comment identifier les revues
d’intérêt sur un sujet ?
A partir d’une recherche sur le sujet

Recherche thématique via le
Web of Science
Exemple : perturbateurs endocriniens et fertilité

A partir des résultats, utilisation
de la fonction « Analyze Results » du WoK

« Analyze » sur le champ « Source Title »

Via Pubmed : « Sort by Journal »

Plus laborieux … mais néanmoins possible

Via les « avatars » de Pubmed
 Les « avatars » de Pubmed permettent pour certains de
trier l’information par journaux
 Exemple : GoPubMed http://www.gopubmed.org

Connaître les revues via les
plateformes éditoriales

Principales « plateformes » éditoriales

 Sciverse / ScienceDirect de l’éditeur Elsevier
http://www.sciencedirect.com/
 Springer
http://www.springerlink.com/ ou http://www.springer.com
 Highwire Press
http://highwire.stanford.edu/
 Wiley Interscience
http://onlinelibrary.wiley.com/
 Nature Publishing Group
http://npg.nature.com/

ScienceDirect /SciVerse : Elsevier

Highwire Press

http://highwire.stanford.edu/

Plateforme HighWire Press

 Diffuse des périodiques édités par des « petits » éditeurs, des
sociétés savantes, des associations …

 Caractéristique : prône et encourage le « libre accès » à
l’Information Scientifique et Technique et encourage les
périodiques qu’il diffuse à « ouvrir » leurs accès au texte
intégral des articles après un délai plus ou moins long (entre 4
mois et 24 mois)

Exemple « d’archives » en libre accès
via Highwire Press

Molecular Cancer Research diffusé via Highwire Press
Archives en libre accès au bout de 12 mois

Outils d’aide à la recherche
d’information : d’une
thématique générale
à un article spécifique …

Périodiques en libre accès
Plateforme BioMed Central

http://www.biomedcentral.com/

 Novembre 2011 : 223 revues à comité de lecture en libre accès
en biologie, médecine, bioinformatique, …
 Accès à ces revues totalement gratuit
 Le chercheur qui publie paie les frais administratifs du « peer
review » et de la mise en ligne
 Revues compatibles OAI
 Copyright laissé au chercheur

Périodiques en libre accès
PLoS : Public Library of Science

 A l'origine une coalition de chercheurs soucieux de
rendre librement accessible les résultats de la
recherche scientifique
 PLOS Biology paru en octobre 2003
 PLOS aujourd’hui : 7 périodiques dans le domaine biomédical
« élargi »

http://www.plos.org/

Alertes sur les périodiques

Flux RSS ou alertes par mail

Alertes sur les tables des matières
Alertes de 2 types possibles :
 Via les flux RSS :
 Manière très efficace de récupérer les dernières tables des
matières ou les derniers articles publiés mais …
 Pas toujours possible sur tous les périodiques
 Il faut faire la démarche d’aller surveiller ses flux via son
agrégateur de flux
 Alertes par e-mail :
 Idem aux flux, mais nécessite souvent de s’enregistrer sur le site
 Arrivent régulièrement, au fur et à mesure de la parution, dans sa
boîte aux lettres
 Encombrement possible de sa boîte mail si trop d’alertes

Sur les plateformes éditoriales

 Il est souvent obligatoire de s’inscrire sur la plateforme
pour mettre en place des alertes par e-mail
 L’inscription est gratuite et apporte d’autres services

 Quelques exemples …

Mise en place d’une alerte e-mail sur
plusieurs périodiques de Highwire Press

1 - Enregistrement sur la plateforme

2 - « My Alerts »

94

Mise en place d’une alerte e-mail sur
plusieurs périodiques de Highwire Press

95

Mise en place d’une alerte e-mail directement
sur le site d’un périodique de HighWire Press

Ouvrir un numéro :
numéro en cours
ou les archives

96

Sign up for PNAS
PNAS (2) Online eTOC Alerts

97

PNAS (3)

Enregistrement
avec adresse e-mail

98

Alertes par e-mail : Springer
http://www.springer.com/
My Springer

99

Alertes par e-mail : Springer
http://www.springer.com/

Enregistrement
préalable sur la
plateforme
puis SpringerAlerts

100

Exemple de ScienceDirect (1)
Enregistrement
préalable sur le site
http://www.sciencedirect.com puis login/mot de passe

101

Formulaire d’enregistrement

102

Sur un périodique spécifique,
cocher la case Alert-me

Il est aussi possible de
103
se faire des alertes par lots


Le mail d’alerte

Lien sur la table
de matières
et liens direct sur
les articles

104

Utilisation des fils ou flux RSS

105

http://npg.nature.com/
Nature
E-Alert

106

Séance TP/TD

Sélection et mise en place d’alertes

TD (30 min)

 Sélectionner quelques périodiques généralistes et les
principaux périodiques de sa spécialité par
l’exploration des plateformes éditoriales ou par
l’interrogation d’une base de données

 Mise en place d’alertes e-mail ou par flux RSS dans
Netvibes

Des bases de données
bibliographiques spécialisées
Pubmed, Embase

Medline via Pubmed
Quelques rappels
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

Medline
 LA base de données internationale du domaine biomédical
 Produite par la NLM aux USA depuis 1966
 Couvre tous les domaines biomédicaux : biochimie,
biologie, biologie moléculaire, médecine clinique, économie,
éthique, odontologie, pharmacologie, psychiatrie, santé
publique, médecine vétérinaire, toxicologie …
 Indexe des articles depuis 1950 (OldMedline) voire plus
anciens (1940)
 Plus de 5200 périodiques indexés dans Medline
 Spécificité : indexation contrôlée avec le thésaurus
MeSH

Les sites complémentaires de la NLM

http://www.nlm.nih.gov/
 Toxnet
 PubChem Bioassay
 MedlinePlus
 Etc…

Pubmed

 Interface d’interrogation gratuite de Medline via le web,
produite par le NCBI (National Center for Biotechnology
Information) et connectée avec les autres bases du NCBI

Pubmed et le NCBI
Nombreux sites associés et complémentaires

Exemples de quelques services complémentaires du NCBI :
Nucleotide : recherche de nucleotides dans GenBank
Protein : séquences protéiques de Swiss-Prot, PIR, PRF, PDB
Genome : références et données sur le génome
Structure : Molecular Modeling Database structure 3D
PMC : PubMed Central : accès aux articles accessibles
en texte intégral via PubMedCentral
Bookshelf : livres biomédicaux mis en ligne
Etc …

Système « Entrez » du NCBI
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/

Exemple de recherche dans « Entrez »
Saisie d’une requête simple

Indication du nombre d’occurrences
trouvées dans chaque base

Pubmed

Rappels et démonstration

Page d’accueil : services disponibles
Recherche « avancée »

Tutoriels
& aide

« Outils » Autres
Recherche basique ressources
• Entrer un terme ou
dont le MeSH
une expression (entre
« »)
• Utilisation possible
de la troncature *
• Utilisation des AND,
OR, NOT à mettre
en majuscule

Interrogation par défaut
 Se fait dans tous les champs des références, dont le
champ mots-clés (MeSH), les mots du texte (titre, abstract),
etc…
 Quand on entre plusieurs termes à la suite les uns des autres,
Pubmed les combine avec l’opérateur AND

 Pour rechercher une « expression » spécifique : la mettre
entre guillemets « »
 « Mapping » automatique : traduction automatique des
mots en termes « MeSH » grâce à une table de transcodage

Exemple de recherche sur la vitamine H

Utilisation du MeSH Term « biotin »

Une référence dans Pubmed

Display Settings : Abstract
Affiliation 1er auteur
Lien vers le texte intégral

LinkOut More ressources
 LinkOut : propose des liens externes à PubMed :

 Web d’éditeurs pour les articles en texte intégral
 bases de données complémentaires
 autres ressources Web diverses complémentaires comme
MedlinePlus

Statut des références dans PubMed
Différent selon l’état de mise à jour :
 Mise à jour quotidienne : références pas encore « indexées » :
pas de termes MeSH : mention [PubMed - in process]
 Soumission directe des sommaires des périodiques
dès leur parution par l’éditeur : pas de termes MeSH
[PubMed - as supplied by publisher]
 Références indexées avec les termes du MeSH
[PubMed - indexed for MEDLINE]
 Références d’avant 1966
[PubMed - OLDMEDLINE]
 Références anciennes non indexées
[PubMed]

Related articles - Substance

Related Articles : accès à une nouvelle liste
de références sélectionnées via un algorithme
basé sur les mots communs du titre, du
résumé et des descripteurs du document
source
Substance : accès à PubChem (sélection avec
les termes MeSH – Substances) du document
source

Le « MeSH »
MeSH : Medical Subject
Headings : thesaurus de
Medline
Vocabulaire contrôlé et
hiérarchisé qui permet de
décrire précisément le contenu
d’un article

Les descripteurs « MeSH »
sont choisis parmi un ensemble
de synonymes pour décrire
un concept de façon univoque

Thesaurus : arborescence qui permet d’aller d’un concept général
à un concept plus spécifique …

Exemple : quand on recherche un terme comme « Reproduction »,
via le Mesh on aura tous les termes « sous » le terme
« Reproduction »

… etc

Thesaurus MeSH

 Notion de mapping : quand c’est possible, remplacement
automatique d’un terme « non-MeSH » par un terme MeSH
Dans Pubmed, le mapping se fait par défaut : facilite la
recherche de base, transparent pour l’utilisateur

 Notion de pondération : utilisation des descripteurs MeSH
« majeurs » : intéressant quand on veut limiter sa
recherche aux documents où le terme MeSH recherché est
le sujet principal de l’article

Le MeSH : détail sur le descripteur

Les « Subheadings » ou qualificatifs

Qualificatifs :
blood
pathology
cytology
metabolism

Précisent le sens d’une terme

Le MeSH : détail sur le descripteur

Attention ! En utilisant le MeSH, on trouve
uniquement les références indexées : cela exclut
le PreMedline [PubMed in Process],
[PubMed - as supplied by publisher]
des éditeurs ou les références anciennes non
indexées

Recherche avancée
 Rassemble sur un seul écran, via différents blocs, l’accès à
différentes fonctions de recherche et de limites

Historique de la
recherche

Recherche sur champs
spécifiques

Recherche avancée – « Limits »
Pour « affiner » ses résultats,
restriction possible
(« Limits ») sur certains
critères :
• disponibilité du texte
intégral …
• groupe de population
spécifique (âge, genre)
• type de publication
• langue
• groupe de revues
• Attention : les limites
sont actives tant que
l’utilisateur ne les a pas
désactivées

Démonstration sur Pubmed

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

TD (30 min)

 Requête sur le thème de votre choix
 Exploration des différentes bases ou fonctionnalités non
connues de Pubmed
 Utilisation du MeSH

Un exemple de recherche à réaliser avec
« MeSH Database »
 Question :
Quelles sont les études réalisées sur
la leptine et l’obésité
chez les jeunes enfants ?
 Méthode :
 décomposer sa requête en concepts
 choisir les termes appropriés dans le MeSH
 les associer entre eux

 Concepts :
leptine obésité jeunes enfants

Enregistrer un historique de
recherche : My NCBI
Mise en place d’une alerte sur profil

« My NCBI »
 Espace personnel gratuit sur inscription (Register) qui
permet de :
 sauvegarder des stratégies de recherche et de recevoir
automatiquement des alertes ou dernières mises à jour
(cliquer sur Save Search après une recherche)
 sauvegarder définitivement des références à partir d’une
liste de résultats (option : My collections)
 d’appliquer des filtres automatiques sur les résultats

Sauvegarde d’une recherche pour créer
une alerte par mail ou RSS

PubMed Single Citation Matcher
 Permet de rechercher la référence bibliographique d'un article
bien précis ou la table des matières d'un numéro particulier
d'un périodique

Séance TP/TD

S’enregistrer dans MyNCBI et créer une alerte

Les « avatars » de Pubmed

Outils pour interroger Pubmed autrement

Pubmed et ses « avatars » …

 Un certain nombre d’outils qualifiés d’« avatars » ont
été développés autour de Pubmed pour des
thématiques, des besoins et des attentes spécifiques
…

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Lu/search/

Ils sont recensés par le NCBI

Pourquoi des avatars … ?
Pour disposer d’outils permettant d’améliorer / d’enrichir
la recherche ou l’analyse de résultats dans Pubmed

 Interfaces de Recherche  Affichage, tri
Recherche guidée
  Par pertinence
 Recherche par similarité  Par journal, par auteur…
 Recherche en langage naturel  Catégorisation - clustérisation
 Recherches prédéfinies pour (traitement statistique de résultats)
identifier un expert, un périodique de  Cartographies - représentation graphique
publication, des références pertinentes  Sauvegarde
autrement que par des mots-clés …
 Export direct
 Indexation – Aide linguistique
 Alertes
 MESH thésaurus bilingue/multilingue
 Services associés
 Utilisation de taxonomies / ontologies
 Annotations / Folksonomies
 Accès aux PDF

GoPubmed

http://www.gopubmed.org/web/gopubmed/

Doms A, Schroeder M, 2005. GoPubMed : exploring PubMed
with the Gene Ontology. Nucleic Acids Res, 33 (suppl 2):W783-W786.
doi: 10.1093/nar/gki470

Qu’est-ce que GoPubmed ?
 Interface de recherche de Pubmed qui marche comme un
nouveau type de « moteur de recherche »
 La recherche via GoPubmed renvoie les références
recherchées, mais permet ensuite d’analyser les résultats et
de répondre à des questions spécifiques
 GoPubmed exploite différents systèmes de classification
sémantique, dont le thésaurus MeSH et la Gene Ontology,
pour développer des analyses statistiques des résultats,
accessibles de façon conviviale à l’utilisateur

Gene Ontology

 Gene Ontology : permet de décrire des produits de gènes
(protéines, ARNs)(« gene product ») dans un organisme donné :
 Fonctions moléculaires (kinase, protéase, liaison à l’ADN …)
 Processus biologiques (signalisation, métabolisme …)
 Composants cellulaires (noyau, cytoplasme, membrane …)

 C’est l’ontologie la plus développée et la plus utilisée (depuis
2000)

Exploitation des résultats
 Les résultats de recherche sont analysés et clustérisés selon 4
filtres prédéfinis :

 What : regroupement thématique
 When : filtre sur la date
 Who et Where : pour cerner un auteur et son laboratoire :
aspect « Social Network » qui permet de visualiser les
réseaux de collaborations d’auteurs sous forme de cartes

En bref …
Avec GoPubmed, on obtient :
 le « top 20 » des auteurs ayant le plus publié sur le sujet
 le « top 20 » des publications classées par pays
 le « top 20 » des journaux dans lesquels on trouve le plus de
publications en rapport avec le sujet
 une courbe temporelle qui permet de visualiser la
progression (ou le recul) du nombre de publications par an
sur le sujet
 une visualisation sous forme de graphe des réseaux de
collaboration entre auteurs (répondant à la question « qui
publie avec qui ? »)

Comment travailler dans GoPubmed ?

 Deux façons de travailler :
 Pour une requête simple : interrogation directe de GoPubmed
 Pour une requête plus « complexe » : réaliser la recherche
dans Pubmed au préalable et faire un copier/coller de
l’équation de recherche
 Exemple d’une requête « complexe » :
 Allergies aux cacahuètes :
 (("Allergy and Immunology"[Mesh] OR "Hypersensitivity"[Mesh] OR
"Peanut Hypersensitivity"[Mesh] OR "Food Hypersensitivity"[Mesh]))
AND (« Arachis hypogaea »[Mesh] OR « arachis oil » [Substance
Name])

Copier – Coller de la requête
Pubmed dans la fenêtre de
recherche GoPubmed

(("Allergy and Immunology"[Mesh] OR
"Hypersensitivity"[Mesh] OR "Peanut
Hypersensitivity"[Mesh] OR "Food
Hypersensitivity"[Mesh])) AND ("Arachis
hypogaea"[Mesh] OR "arachis oil "[Substance
Name])

Recherche simple
 Par sujet, auteur, journal … : la recherche est
exécutée (et peut être saisie) selon la syntaxe de
Pubmed
Exemples :
 Si on ne précise pas de champ de recherche, le terme saisi est
recherché dans l’ensemble des champs
 Pour rechercher un concept dans les champs Title et/ou
Abstract, utiliser [TIAB]
 Pour rechercher un nom d’auteur, utiliser [AU]
 Pour rechercher une affiliation (University, Institute, Company,
etc), utiliser [AD]
 Pour rechercher un mot-clé, utiliser [MeSH]

Résultats

Résultats : 2887 références
analysées de façon sémantique

Clusters Accès direct aux statistiques générales
selon 4 axes

top author

Affichage de l’auteur
le plus représenté
dans le lot des 2887
références

Statistiques générales Tous les éléments sont
cliquables

Statistiques générales

Nombre de publications /
année

Localisation / monde

Cartographie : réseaux de
collaboration / auteurs

Affichage des références
Affichage des
références résultats

Possibilité
d’affinage
selon 4 axes
différents

Quelle utilisation ?

 Exploration d’un résultat de recherche issu de Pubmed
 Quel est le bon mot ? : l’exploration facilite l’identification de
termes intéressants
 Analyse rapide et conviviale d’un lot de références
 Analyse statistique et mise en forme
 Recherche de partenaires, de collaborations
 Qui publie le plus sur un concept ?
 Quels sont les thèmes de prédilection d’un laboratoire ? et ses
principaux partenaires ?

Autres outils d’analyse à partir
de Pubmed

• Analyse statistique
des résultats et
présentation sous Pubmed PubReminer
forme de tableaux
cliquables (pas plus de
1000 références)
• Ajustement de la
requête manuellement
ou via les liens
disponibles / colonnes

http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi

Accès à la
liste des
références
dans Pubmed

Traitement des
références

ClusterMed : http://clustermed.info

Basé sur le moteur de recherche Vivisimo

Clustermed

 A partir d’une requête, liste d’articles
 En cliquant sur chaque article : liens vers les Related
Articles

Quertle : recherche « sémantique »
eTBLAST : recherche par similarité (résumé)
JANE : Journal/Author Name Estimator : recherche par
similarité (résumé)

Recherche sémantique
ou par similarité

Quertle : http://www.quertle.info/v2/
 Moteur de recherche sémantique gratuit qui traite
l’information biomédicale (PubMed/MEDLINE, full-text articles,
news, whitepapers …)
 Utilise des traitements linguistiques et du langage naturel pour
détecter des relations conceptuelles au sein des
documents (par exemple : A régule B, C est causé par D)
 L’utilisation de Power Terms (qui représentent de grandes
classes de concepts, par exemple « les maladies ») permet de
construire des requêtes du type : « quels produits chimiques
causent le cancer »
 Interface simple et intuitive avec des possibilités d’affinage
(filtres de date, types de document …) qui facilitent la
navigation au sein d’un corpus de résultats

Notion de Power Terms

 Leur utilisation permet de construire des requêtes en langage
naturel du type : « endocrine disruptors $AdverseEffects»

180

eTBLAST
http://etest.vbi.vt.edu/etblast3/

 Propose une recherche par similarité à partir d’un texte
pertinent, un résumé par exemple ou un extrait d’article, ou
n’importe quel autre texte …
 Présenté aussi comme un outil de détection de plagiats
 Permet aussi une analyse des résultats : principaux auteurs,
journaux, mots-clés et évolution dans le temps du nombre
d’articles

Copier / Coller d’un abstract

Jane : Journal/Author Name Estimator
http://biosemantics.org/jane
Saisir :
- soit le titre ou le résumé d’un
article
- soit une requête de recherche

Pour identifier :
- des personnes (reviewers potentiels) ou
des journaux qui ont publié des articles
« similaires »
- des articles proches d’un point de vue
sémantique

Aide linguistique de CISMef
• Exploration du MeSH, de l’arborescence des termes
et des qualificatifs
• Interrogation de PubMed à partir de l’onglet

189

Aide linguistique avec BabelMeSH

Interface de recherche multilingue pour Medline/PubMed
développée à l’intention des utilisateurs non anglophones
http://babelmesh.nlm.nih.gov/index_fre.php?com

190

TD (30 min)
 Recherches à partir des avatars de PubMed sur la requête
de son choix et comparaison des résultats
 GoPubmed
 Quertle
 eTBLAST
 …

Embase

 Produit par Elsevier, concurrent européen de Medline
 Plus de 7600 périodiques (dont environ 2000 titres non
indexés dans Medline
 Indexation de Congrès du domaine biomédical : environ
800 congrès répertoriés et indexés
 Indexation par un thesaurus : Emtree
 Accès moyennant abonnement préalable privé ou
institutionnel

Autres sites Web d’intérêt
pour le domaine biomédical
Scirus, Bases de données sur les brevets

Scirus (1)
 Moteur de recherche d’information scientifique
 Réalisé par Elsevier en association avec un moteur de
recherche (All the Web) et avec des producteurs de
bases de données
 Permet des recherches sur le Web « scientifique » en
général, sur la collection des titres Elsevier et éditeurs
associés : ScienceDirect, sur Medline/PubMed, Beilstein
on ChemWeb, Neuroscion, BioMed Central, les brevets de
USPTO, les archives ouverts
 Donne à la fois des références d’articles et/ou des
adresses de pages Web répondant à la question posée
http://www.scirus.com/

Scirus (2)

 La recherche se fait sur :
 les sites des universités américaines
 des sites « académiques » en anglais
 des sites en .com ou en .org
 des sites d’archives ouvertes (OAI)

Scirus (3)

 Privilégier l’interface
« Recherche
avancée » qui
permet des options
et des choix

TP (15 min)
 Faire une recherche dans Scirus
 Utiliser les fonctions « Refine » et filtres divers

203

Information Brevets : essentiel dans le
domaine pharmaceutique

 Pour une première exploration sur les brevets, exploiter
la base Espacenet via l’OEB ou l’INPI
 http://www.epo.org/searching_fr.html
 http://fr.espacenet.com/

 Attention ! La recherche de brevets est une affaire de
spécialistes
 Recommandation : si nécessaire suivre un stage de
recherche de brevets par l’INPI

PatentLens
http://www.patentlens.net/patentlens/structured.html

PatentLens
 Permet de faire des recherches sur les brevets au niveau
mondial
 Liens direct vers le texte intégral des brevets
 Bases de brevets recensées :
 World Intellectual Property Organisation (WIPO)
 European Patent Office (EPO)
 US Patent Office (USPTO)
 Australian Patent Office (AU)
 Recherches sur les séquences protéiques publiées dans
la littérature brevet : ce n’est pas exhaustif, mais permet
d’avoir un aperçu des séquences publiées

Les blogs et autres réseaux
sociaux du Web 2.0
Dans le domaine biomédical comme ailleurs

Les blogs
 Un blog : site Web constitué de billets agglomérés au fil du
temps, souvent classés par ordre anté-chronologique (les plus
récents en premier) : espace individuel d’expression,
enrichi d’échanges avec les internautes
 Ces billets (ou « notes » ou « articles ») sont écrits par une
personne physique en général (homme politique, artiste,
scientifique…) selon un rythme périodique (tous les jours,
chaque semaine, au fil du temps…)
 Le contenu souvent textuel, mais pas seulement, est enrichi
d'hyperliens et d'éléments multimédias, sur lequel chaque
lecteur peut généralement déposer des commentaires

(Cf. Wikipédia - http://fr.wikipedia.org/wiki/Blog)

Les blogs scientifiques

 Blogs de chercheurs, de doctorants, de séminaires, blogs
thématiques, etc…

 « According to Adam Bly from Science Blogs (Seed Media Group),
around 33% of scientists are now using blogs for writing, reading
or as a lab notebook »
Source : Judith Kamal Ski in « Blogging about science », Researchtrends, May 2010
http://www.info.scopus.com/researchtrends/archive/RT17/beh_dat_17.html

http://scienceblogs.com/

Trouver des blogs scientifiques

http://blogsearch.google.com/

http://researchblogging.org/

Autres annuaires de blogs scientifiques

Postegenomic : http://postgenomic.com
Annuaire de blogs et de billets scientifiques
Classement par disciplines et par tags
Sélection d’articles et de livres par les blogueurs

http://www.medical-feeds.com/index.php
Medical Feeds

Sites de « partage »
 Réseaux « sociaux » scientifiques
 Plateformes de partage de références bibliographiques :
citeulike, delicious,Connotea, et aussi : Zotero,
Mendeley…

http://www.mendeley.com/

A la fois logiciel de gestion de la bibliographie
et réseau « social » de partage de références

http://www.researchgate.net/

Les réseaux « sociaux » scientifiques

Suivi de l’information « Congrès »

Quelques sites d’intérêt

Conference Alerts
http://www.conferencealerts.com/

AllConferences.com

http://www.allconferences.com/Health/Medicine/

Merci de votre attention

SAV : patricia.volland@tours.inra.fr

Eléments de bibliographie
 Lu Z - PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical literature.
Database 2011 - doi: 10.1093/database/baq036
http://database.oxfordjournals.org/content/2011/baq036.long
 Connor E - Pubmed Search Interface Alternatives : A Descriptive Comparison Journal of
Electronic Resources in Medical Libraries 2010, 7:126-134.
 Henderson M - Pubmed Alternatives Guide [en ligne]
http://guides.library.vcu.edu/content.php?hs=a&pid=111410
 Markland MJ- New tools for searching PubMed
http://www.slideshare.net/mjmarkland/new-tools-for-pub-med
 Mokrý J- Alternatives Medline Interfaces. 2009 [en ligne]
http://web.vscht.cz/mokryj/Content/AlternativeMedlineInterfaces.html
 Présentation des différentes interfaces Medline : Bibliothèque Universitaire de Médecine,
Lausanne, mars 2007 par Isabelle de Kaenel et Pablo Iriarte :
http://www.bium.ch/wiki/lib/exe/fetch.php?cache=cache&media=interfacespub.pdf
 Site des Bibliothèques Universitaires de Médecine et Santé Publique - CHUV
http://www.bium.ch/wiki/doku.php?id=developpements:medline_et_pubmed
 Site de la « Galter Health Sciences Library » - PubMed : Alternative Search Interfaces
http://www.galter.northwestern.edu/GalterLists/PubMed-Alternative-Search-
Interfaces/Page1/Perpage20
 L’Hostis D & Volland-Nail P - Interroger Pubmed différemment – Infodoc Express Inra -
Présentation PPT (Décembre 2010) – 48 diapos. Mise à jour par C Baracco et D Fournier
(Inra) (Novembre 2011)
 Volland-Nail P – Maîtriser l’Information Scientifique et Technique en Recherche – Séminaire de
l’Ecole Doctorale de l’Université de Tours (Janvier 2011) – 204 diapos
 Volland-Nail P – Medline via l’interface PubMed. Formation INRS (Juin 2007) – 90 diapos

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