Ringkasan dokumen tersebut adalah: 1. Dokumen tersebut membahas tentang pemeriksaan virus TSV pada udang vannamei menggunakan pendekatan biomolekuler di Balai Karantina Ikan Kelas II Tanjung Emas Semarang. 2. Tujuannya adalah mengetahui gejala klinis dan proses diagnosis virus TSV secara molekuler menggunakan metode PCR. 3. Hasilnya berupa deteksi keberadaan atau ketidakberadaan virus TSV p

1. PEMERIKSAAN VIRUS TSV (Taura Syndrome Virus) PADA UDANG
VANNAMEI DENGAN PENDEKATAN BIOMOLEKULER DI BKIPM
KELAS II TANJUNG EMAS SEMARANG
LAPORAN PRAKTEK KERJA LAPANGAN
Oleh:
PUNGKI NANDA PRATAMA
26010210130100
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
UNIVERSITAS DIPONEGORO
SEMARANG
2013

2. LEMBAR PENGESAHAN
Judul PKL
: Pemeriksaan Virus TSV (Taura Syndrome
Virus)
Pada
Udang
Vannamei
Dengan
Pendekatan Biomolekuler Di BKIPM Kelas II
Tanjung Emas Semarang
Nama Mahasiswa
: Pungki Nanda Pratama
NIM
: 26010210130100
Jurusan/ Program Studi
: Perikanan/ Budidaya Perairan
Mengetahui,
Pembimbing,
Prof. Dr. Ir. Slamet Budi P, M.Sc
NIP. 19550628 198103 100 5
Ketua Program Studi,
Dr. Ir. Sri Rejeki, M.Sc.
NIP. 19560307 198303 200 1

3. DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL ......................................................................................
i
HALAMAN PENGESAHAN ........................................................................
ii
KATA PENGANTAR ....................................................................................
iii
DAFTAR ISI ..................................................................................................
iv
DAFTAR TABEL ..........................................................................................
v
DAFTAR GAMBAR ......................................................................................
vi
DAFTAR LAMPIRAN ..................................................................................
vii
I. PENDAHULUAN ......................................................................................
1.1. Latar Belakang .....................................................................................
1.2. Rumusan Masalah ................................................................................
1.3. Tujuan ..................................................................................................
1.4. Manfaat ................................................................................................
1.5. Waktu dan Tempat ...............................................................................
1
1
2
3
3
4
II. TINJAUAN PUSTAKA ............................................................................
2.1. Udang Vannamei ................................................................................
2.1.1. Taksonomi ................................................................................
2.1.2. Morfologi .................................................................................
2.1.3. Kebisaan makan ......................................................................
2.1.4. Lingkungan hidup ...................................................................
7
2.2. Taura Syndrome Virus (TSV) .............................................................
2.2.1. Epidemologi TSV.............................................................. ......
2.2.2. Biologi TSV................................................................................
2.2.3. Mekanisme serangan TSV................................................... .......
2.3. Polymerase Chain Reaction PCR................................................ .........
2.3.1. Tahapan Reaksi PCR........................................................... .......
5
5
5
7
7
7
7
8
9
9
11
III. MATERI DAN METODE .................................................................................
12
3.1.Materi ..................................................................................................
3.1.1. Sampel udang uji .......................................................................
3.1.2. Alat ...........................................................................................
3.1.3. Bahan ........................................................................................
12
12
12
13

4. 3.2.Metode ................................................................................................
3.2.1. Prosedur pemeriksaan TSV dengan metode PCR .......................
3.2.2. Penanganan sampel uji ..............................................................
3.2.3. Tahapan ekstraksi RNA.............................................................
3.2.4. Tahapan amplifikasi ..................................................................
16
3.2.5. Tahapan elektroforesis......................................................... `
3.2.6. Pengamatan dan dokumentasi............................................
3.2.7. Pembacaan hasil...............................................................
14
15
15
15
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN………………………………………….
4.1.Hasil.....................................................................................................
4.1.1. Gejala klinis udang terserang penyakit ......................................
4.1.2. Pemeriksaan TSV dengan PCR .................................................
4.1.3. Kualitas air ................................................................................
4.2.Pembahasan .........................................................................................
4.2.1. Gejala klinis udang terserang viral disease.................................
4.2.2. Pemeriksaan TSV dengan metode PCR .....................................
4.2.3. Kualitas air ................................................................................
20
20
20
21
23
24
24
25
27
V. KESIMPULAN DAN SARAN............................................................. .......
5.1.Kesimpulan ..........................................................................................
5.2.Saran ....................................................................................................
29
29
30
DAFTAR PUSTAKA........................................................................................
31
LAMPIRAN.......................................................................................................
33
18
19
19

5. DAFTAR TABEL
Halaman
1. Alat-alat dalam pemeriksaan TSV dengan metode PCR................................ 12
2.Bahan dalam pemeriksaan TSV dengan metode PCR .................................... 13
3.Suhu pada Themalcycler PCR. ...................................................................... 17
4.Gejala Klinis Udang yang Diduga Terserang Viral Disease ............................ 21
5. Hasil Pengamatan PCR pada Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei) ....... 23

6. DAFTAR GAMBAR
Halaman
1. Udang Vannamei ....................................................................................
6
2. Hasil pemeriksaan TSV ...........................................................................
22

7. I.
PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang.
Udang vannamei (Litopenaeus vannamei) merupakan primadona budidaya
air payau pada saat ini. Udang vannamei merupakan udang yang memiliki nilai
ekonomi tinggi dan merupakan salah satu komoditas ekspor. Pembudidayaan
udang vannamei di Indonesia mengalami perkembangan yang sangat pesat,
terutama di Lampung, Jawa Timur dan Bali. Pesatnya perkembangan budidaya
udang vannamei di berbagai tempat,dikarenakan udang vannamei memiliki
beberapa keunggulan yaitu pertumbuhan lebih cepat, ukuran panen yang lebih
seragam, relatif tahan dengan serangan penyakit, dan memiliki produktivitas per
satuan luas lahan lebih tinggi.
Introduksi udang vannamei (L. vannamei) telah dirilis (release) secara resmi
melalui SK MenteriKelautan dan Perikanan No. KEP.41/MEN/2001 pada tanggal
14 Juli 2001. Sampai tahun 2003, budidaya udang vannamei telahmenyebar di 15
(lima belas) provinsi di Indonesia, danProvinsi Jawa Timur merupakan produsen
dan pemasok utama benur vannamei ke berbagai daerah di Indonesia. Pada
tahunyang sama juga terjadi kematian massal udang vannamei pada beberapa area
pertambakan di Jawa Timur. Hasil uji dengan teknikPolymerase Chain Reaction
(PCR) menunjukkan bahwaudang terinfeksi Taura Syndrome Virus (TSV).
Penyakit yang disebabkan virus umumnya sangat sulitdikendalikan, seperti
halnya infeksi White Spot SyndromeVirus (WSSV) pada udang windu, TSV
merupakan virus yang menginfeksi udangvannamei dan rostris (Litopenaeus.
stylirostris) yang keduanya telahdiintroduksi di Indonesia. Serangan TSV pada

8. umumnyaterjadi pada umur 14 – 40 hari setelah penebaran di tambak,dengan
tingkat kematian dapat mencapai 95%.
Studi yang dilakukan pada saat praktek kerja lapangan terhadap kasus
serangan penyakit yang disebabkan oleh virus dilakukan di area pertambakan
wilayah Pati Jawa Tengah. Kegiatan ini merupakan tindakan pemantauan guna
memonitoring penyebaran hama penyakit ikan yang ada di Jawa Tengah. Balai
Karantina Ikan, Pengedalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas II
Tanjung Emas Semarang, merupakan unit pelaksana teknis karantina ikan yang
mempunyai tugas melaksanakan pencegahan masuk dan tersebarnya hama dan
penyakit ikan karantina dari luar negeri dan dari suatu area ke area lain di dalam
negeri atau keluarnya dari dalam wilayah negara Republik Indonesia. Balai
Karantina Ikan Kelas II Tanjung Emas Semarang, melakukan beberapa metode
pemeriksaan seperti metode pemeriksaan parasit, bakteri, jamur, dan virus secara
histologi, mikrobiologi, kimiawi maupun molekuler
1.2. Rumusan Masalah
Penyakit ekor merah atau virus TSV (Taura Sindrome Virus) yang
menyerang budidaya udang vannamei dapat mengakibatkan kerugian yang sangat
besar bagi para petambak udang akibat kematian masal yang terjadi.Diagnosa
penyakit TSV dapat dilakukan melalui duametode yaitu diagnosa awal yang
merupakan pendugaan(presumptive diagnose) dan diagnosa definitif. Diagnosa
awaldilakukan berdasarkan gejala klinis. Adapun diagnosadefinitif dilakukan
untuk mendapatkan kepastian mengenaipenyebab suatu penyakit antara lain
dengan uji PCR,imunokimia dan imunohistokimia, hingga saat ini metodeyang

9. cepat dan sensitif adalah uji PCR. Pemeriksaan TSV terhadap udang vannamei ini
sangat diperlukan karena udang vannamei rawan terinveksi oleh virus TSV
sehingga perlu dilakukan penelitian ini.
1.3. Tujuan
Tujuan dari kegiatan Praktek Kerja Lapangan yang dilakukan di Balai
Karantina Ikan, Pengedalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas II
Tanjung Emas adalah sebagai berikut:
1.
Mengetahui gejala klinis pada sampel udang vannamei yang terserang virus
TSV; dan
2.
Mengetahui proses diagnosis secara molekuler dengan menggunakan PCR.
1.4. Manfaat
Manfaat dari kegiatan Praktek Kerja Lapangan yang dilakukan di Balai
Karantina Ikan,Pengedalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas II
Tanjung Emas antara lainmemberikan data dan informasi mengenai penggunaan
metode PCRyang merupakan aplikasi bidang bioteknologi molekuler yang
bermanfaat untuk mendiagnosis adanya serangan organisme patogen khususnya
sindrom ekor merah pada udang vannamei dengan menggunakan PCR yang
disebabkan oleh serangan Taura Syndrome Virus (TSV).

10. 1.5. Waktu dan Tempat
Praktek Kerja Lapangan ini dilaksanakan dan dimulai pada tanggal
18Februari– 03Maret 2013 di Balai Karantina Ikan,Pengedalian Mutu dan
Keamanan Hasil Perikanan Kelas II Tanjung Emas, Semarang.

11. II.
TINJAUAN PUSTAKA
2.1. Udang Vannamei ( Litopenaeus vannamei)
Udang vannamei (Litopenaeus vannamei)adalah salah satu spesies udang
unggul yang sejak tahun2002 mulai dikultur di tambak-tambak di Indonesia.
Udang yang biasa disebut pacific white shrimp atau rostris ini berasal dari
perairan Amerika dan Hawaii. Sebenarnya ada dua spesies udang yang dikenal
sebagai pacific white shrimp yang merupakan udang introduksi yaitu L. vannamei
dan L. stylirostris. Spesies yang paling banyak di budidayakan adalahL. vannamei.
Secara ekologis udang vannamei mempunyai siklus hidup identik dengan udang
windu (Penaeus monodon) dan udang putih (P. merguensis) yaitu melepaskan
telur di tengah laut, kemudian terbawa arus dan gelombang menuju pesisir
menetas menjadi nauplius, sterusnya menjadi stadia zoea, mysis, post larva, dan
juvenil. Pada stadia juvenil telah tiba di daerah pesisir, selanjutnya kembali ke
tengah laut untuk proses pendewasaan dan bertelur (Kordi,2011).
2.1.1. Taksonomi udang vannamei
Udang vannamei juga mempunyai nama F.A.O yaitu Whiteleg shrimp,
Crevette pattes blanches dan Cammaron patiblanco (Gulf States Marine Fisheries
Commmision, 2006). Klasifikasi udang vannamei menurut Boone (1931), sebagai
berikut:
Kingdom
: Animalia
Filum
: Arthropoda
Subfilum
: Crustacea
Kelas
: Malacostraca

12. Ordo
: Decapoda
Famili
: Penaeidae
Genus
: Litopenaeus
Spesies
: Litopenaeus vannamei
Gambar 1. Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei)
2.1.2. Morfologi
Udang vannamei memiliki tubuh yang berbuku dan aktifitas berganti kulit
luaratau eksoskeleton (moulting) secara periodik. Tubuh udang terdiri dari kepala
danabdomen, bagian kepala terdiri dari antenula, antena, mandibula dan 2 pasang
maxillae, kepala udang dilengkapi dengan 3 pasang maxilliped dan 5 pasang kaki
jalan (periopoda) dan atau kaki sepuluh (decapoda). Maxilliped sudah mengalami
modifikasi dan berfungsi sebagai organ untuk makan endopodite kaki
jalanmenempel pada cephalothorax yang dihubungkan dengan coxa, bentuk
periopoda beruas-ruas yang berujung pada bagian dactylus. Dactylus ada yang
berbentuk capit (kaki ke-1, ke-2 dan ke-3) dan tanpa capit (kaki ke-4 dan ke-5).
Abdome terdiri dari 6 ruas. Pada bagian abdomen terdapat 5 pasang kaki renang
(pleopode) dan sepasang uropode yang berbentuk kipas bersama-sama telson
(Haliman dan Adijaya, 2005 dalam Nuraini 2008).

13. 2.1.3. Kebiasaan makan
Kebiasaan makan dan cara makan (Feeding and Food Habit)udang
vannamei identik dengan udang windu yaitu tergolong udang omnivorous
scavanger, pemakan segala ( hewan , tumbuhan dan bangkai. Jenis makanan yang
di makan oleh udang vannamei antara lain plankton alga bentik, detritus dan
bahan organik lainya yang membedakan dengan udang windu adalah pada udang
vannamei lebih rakus ( piscivorous) dan membutuhkan proteinyang lebih rendah(
Kordi,2011).
2.1.4. Lingkungan hidup
Lingkungan Hidup optimal yang menunjang pertumbuhan dan sintasan
atau kelangsungan hidup udang vannamei memiliki toleransi yang sangat luas
terhadap perubahan lingkungan , seperti salinitas 0,1-60 ppt ( tumbuh dengan baik
10 – 30 ppt, (ideal 15 – 25 ppt) dan suhu 12 – 37 0C ( tumbuh dengan baik pada
suhu 24 – 34 0C dan ideal pada suhu 28 – 31 0C) ( Kordi,2011).
2.2. Taura Syndrome Virus(TSV)
2.2.1. Epidemologi TSV
Taura sindrommuncul pada tahun 1994. Taura sindrom pertama kali muncul
pada kegiatan akuakultur yang dilakukan di wilayah Hawaii dan Arizona dan
dikenal hingga sekarang sebagai Taura Syndrome Virus (TSV). Para peneliti di
UniversityofArizonatelah menyimpulkan bahwaTSVsebagai penyebablangsung
penyakit
TauraSyndrome.TauraSyndrome
baikPenaeusvannameidanP.stylirostris
namun
Virusdapatmenginfeksi
denganekspresipenyakit
dankeparahangejalayangberbedadimasing-masing.Secara umum, P.stylirostrisjauh

14. lebihtahan terhadapTSVdibandingkan denganP.vannamei. Kasus serangan TSV
pada P.stylirostris pada udang masih bisaberhasildipanendan dijualolehpetani
denganpraktekmanajemen yang baik.Sebaliknya, kasus serangan pada P.vannamei
oleh virus TSVdapat menyebabkantingkat kematianyang tinggi antara75-80%,
secara signifikan mempengaruhiekonomi masyarakat pembudidaya (CTSA,
1996).
Penyakit yang disebabkan oleh TSV sering disebutTaura Syndrome Disease
atau disebut juga “penyakit ekormerah”. Infeksi TSV bersifat sistemik, pertama
kalidilaporkan dari tambak udang di sekitar Sungai Taura,Ekuador pada tahun
1992. Penyakit TSV dengan cepatmenyebar ke sentra pengembangan budidaya
udang vannameilainnya di benua Amerika, dan beberapa negara Asia sepertiCina
dan Taiwan. Penyakit TSV telah mengakibatkan dampakyang serius pada industri
budidaya udang vannamei di sebagianbesar negara yang membudidayakan udang
tersebut, termasukIndonesia. Pada awal tahun 2003, Laboratorium RisetKesehatan
Ikan Pasar Minggu bekerja sama dengan BalaiBudidaya Air Payau Situbondo,
berhasil mendeteksi adanya infeksi penyakitTSV dari puluhan sampel udang
vannamei dari sentra budidayayang mengalami kematian massal (Direktorat
Kesehatan Ikan dan Lingkungan, 2005).
2.2.2. Biologi TSV
Taura sindrome Virus adalah virus RNA yang sangat kecil. TSV memiliki
virion dengan diameter 31-32 nm, berbentuk icosahedron tidak memiliki anvelope
dengan buoyant density of 1.338 g/ml. GenomTSVterdiri dari, linearpositif-sense
RNA
beruntai
tunggaldari10.205nukleotida,
termasukpoli-A
ekor3',
dan
berisiduaopen reading frames (ORFs). ORF1mengandungmotifurutanuntuk

15. proteinnonstruktural, sepertihelikase, protease, dan RNA-dependent RNA
polimerase.
ORF2berisiurutanuntukprotein
strukturalTSV,
termasuktiga
proteinkapsid, besarVP1VP2danVP3(55, 40, dan 24kDa, masing-masing). Virus
bereplikasidalamsitoplasmasel inang. Berdasarkankarakteristiknya, TSVtelah
ditetapkanoleh International
Cripavirus
dan
Committee Virus Taxonomy(ICVT)
merupakangenusbaru
kegenus
dalamkeluargaDicistroviridaedalam
superfamiliPicoranviruses (Lightner, 2004).
2.2.3. Mekanisme serangan TSV
TSV merupakan virus yang menginfeksi udang vannamei dan rostris (L.
stylirostris) yang keduanya telah diintroduksi di Indonesia. Serangan TSV pada
umumnya terjadi pada umur 14 – 40 hari setelah penebaran di tambak, dengan
tingkat kematian dapat mencapai 95%. Apabila penyakit terjadi pada umur 30 hari
pertama, berarti infeksi berasal dari induk (vertikal), jika lebih dari 60 hari berarti
infeksi berasal dari lingkungan (horisontal). Udang vannamei dewasa dapat
terinfeksi TSV, namun tingkat kematiannya relatif rendah. Infeksi TSV ada 2
(dua) fase, yaitu fase akut dan kronis. Pada fase akut akan terjadi kematian
massal. Udang yang bertahan hidup dari serangan penyakit TSV, akan mengalami
fase kronis. Pada fase kronis, udang mampu hidup dan tumbuh relatif normal,
namun udang tersebut merupakan pembawa (carrier) TSV yang dapat ditularkan
ke udang lain yang sehat ( Direktorat Kesehatan Ikan dan Lingkungan, 2005).
2.3. Polymerase Chain Reaction (PCR)
Menurut Koesharyani
(2001), PCR termasuk metode deteksi penyakit
secara molekuler yang efektif dan efisien, yaitu dengan cara perbanyakan fragmen
DNA spesifik tanpa bantuan sel bakteri. Teknik ini merupakan teknik enzymatik

16. secara invitro untuk memperbanyak fragmen DNA dengan memperpanjang
primer secara stimultan pada strand DNA yang teramplifikasi sekitar 2 kali lebih
dari banyak setiap siklus. Pemeriksaan dengan metode PCR terdiri dari tiga
tahapan. Proses ini bermula dari ekstraksi DNA/RNA sampel untuk penyedia
cetakan, Amplifikasi DNA/RNA dengna bantuan mesin PCR (thermocycler) dan
analisa hasil amplifikasi dengan elektroforesis, pewarnaan DNA dan dokumentasi.
(Surfianti, 2010).Pendekatan yang dapat dilakukan adalah melalui pemanfaatan
teknik polymerase chain reaction (PCR) yang bekerja secara spesifik dan sensitif.
Teknik
PCR dapat digunakan untuk mendeteksi virus pada udang yang
dibudidayakan. Virus yang menginfeksi udang dalam jumlah sedikit dan belum
menimbulkan gejala penyakit pada udang dapat dideteksi dengan menggunakan
teknik tersebut. Keberadaan virus dapat dilacak sejak dini karena DNA/RNA virus
yang jumlahnya sedikit dapat digandakan dengan PCR sehingga keberadaannya
dapat segera terlacak ( Dwinanti, 2009)
Proses PCR, memerlukan (1) DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan
dilipatgandakan, (2) oligonukleotida primer yang berupa oligonukleotida pendek
(18-30 basa nukleotida) dan merupakan unsur penting untuk mencapai sensitivitas
dan spesivitas dalam proses amplifikasi (Fuadi, 2010). Tang & Lightner dalam
Mekata (2012), penyakit virus sangat sulit untuk dikontrol setelah timbulnya
infeksi karena pada prophylaxes. Untuk mencegah atau mengurangi kerugian
dilakukan pendeteksian secara vertikal maupun horizontal. Berbagai metode telah
berkembang untuk mendeteksi virus termasuk bioassay, histopathologi, dot blot
dengan hybridisasi in situ, Polymerase Chain Reaction secara insitu maupun realtime PCR.

17. 2.3.1. Reaksi dalam PCR
Menurut Wuryastuti (2002) pada dasarnya teknik PCR pada setiap
siklusnya terdiri dari tiga tahap reaksi yaitu:
a. Denaturation DNA, yaitu pemecahan DNA terget dari untai ganda DNA
(dsDNA) menjadi dua untai tunggal yang identik. Proses denaturasi dapat secara
mudah dicapai dengan pemanasan secara cepat yang diikuti dengan pendinginan
secara cepat pula. Secara umum untai ganda DNA akan mengalami denaturasi
pada suhu sekitar 940 C. Waktu denaturasi yang baik untuk setiap putaran berkisar
antara 30 detik sampai 2 menit. Waktu denaturasi yang optimal untuk beberapa
macam cetakan adalah 1 menit.
b. Annealing, yaitu perlekatan primer kepada DNA untai tunggal. Dalam tahap
ini, temperatur harus diturunkan secepat mungkin untuk mencegah terjadinya
perlekatan kembali antara untai tunggal DNA. Suhu dan waktu annealing
berperan penting dalam menentukan spesifisitas dan sensifitas dari reaksi. Pada
suhu 600C primer akan menempel pada pangkal dan ujung dari masing-masing
DNA untai tunggal yang komplementer sehingga mengapit suatu daerah tertentu
dari sequence DNA target. Waktu yang umumnya dipergunakan dalam proses
primer annealing berkisar antara 0,5 - 2 menit.
c. Extension, yaitu pemanjangan primer dengan bantuan enzime Taq Polymerase
menggunakan rantai komplementer sebagai template dan deoksiribonukleotida
sebagai bahan untuk membentuk untai DNA yang lengkap. Kisaran temperatur
untuk proses perpanjangan primer adalah 750-800C, sedangkan temperatur optimal
adalah 720. Sehingga pada akhir proses ini, akan terbentuk 2 buah DNA untai
tunggal yang baru yang komplementerhadap sekuen (urutan) DNA target.

18. III.
MATERI DAN METODE
3.1. Materi
Materi yang digunakandalam Praktek Kerja Lapangan(PKL) ini meliputi
udang uji yaitu udangvannamei (Litopenaeus vannamei) dengan berat rata-rata 2
gram yang berasal dari hasil kegiatan pemantauan atau survey HPI dan HPIK dari
area tambak di wilayah Pati,Jawa Tengah.
3.1.1. Sampel udang uji
Udang yang digunakan dalam Praktek Kerja Lapangan adalah udang
vannamei(Litopenaeus vannamei) yang diduga telah terinveksi viral disease dan
diperoleh dari area pertambakan di wilayah Pati, Jawa Tengah
3.1.2. Alat
Alat-alat yang digunakan dalam pemeriksaan TSV dengan metode PCR
adalah sebagai berikut :
Tabel 1. Alat-alat yang digunakan dalam pemeriksaan TSV dengan metode PCR
No
NamaAlat
Ketelitian
Kegunaan
1
Micro centrifuge
-
Mencampurkan larutan (homogen)
2
Vortex mixer
-
Mencampurkan larutan
3
Timbangan analitik
4
Heating block
5
Mikropipet
0,001 g
-
Menimbang sampel dan bahan
Memanaskan larutan
100 – 1000µm, Mengukur volume larutan
20 -100µm,
10 – 20µm,dan
0,5 – 10 µm.
6
Disetting set
-
Menggunting dan menempatkan
sampel

19. Lanjutan Tabel 1.
7
Thermal cycler
-
Reaksi PCR
8
UV transilluminator
-
Pembacaan hasil pada sel agarose
9
Freezer
-200 C
Menyimpan reagen dan sampel uji
Mesin
Electrophoresis with
Power Supply
11. Digital Photo System
-
Pembacaan hasil pada sel agarose
-
Visualisasi hasil elektroforesis
12. Tube ependorff
-
Tempat sampel
10
13. Microtube
100 – 1000µm, Tempat sampel
20 -100µm,
10 – 20µm,dan
0,5 – 10 µm.
14. Penggerus
Plastik
-
Penggerus sampel
15. Masker dan Glove
-
Pelindung muka dan tangan
-
Pencetak lubang pada agarose
(Pestell)
Latec
16. Sisir (Comb)
3.1.2. Bahan
Bahan yang digunakan dalam pemeriksaan TSV dengan metode PCR
adalah sebagai berikut :
Tabel 2. Bahan yang digunakan digunakan dalam pemeriksaan TSV dengan
metode PCR
No
Bahan
Jumlah
Kegunaan
1.
Udang Vannamei
2.
Bahan
Ekstraksi
5 ekor
RNA
Sebagai sampel yang di uji
500µl
Sebagai reagen ekstraksi
(RNA Ekstraction Solution)
3.
Alkohol 95%
50 ml
Sebagai medium pengawet sampel
4.
Isopropanal
200µl
Sebagai medium pelarut pada proses
ekstraksi

20. Lanjutan Tabel 2.
5. Chloroform
6.
100µl
Primer Kit TSV (IQ 2000)
Sebagai pelarut pada proses ekstraksi
Sebagai
Reagen
pada
proses
Reagem
pada
proses
ekstraksi
7.
TAE Buffer 1X
500µl
Sebagai
amplifikasi
8.
DEPC ddH2O
9.
DNA Marker
10. Agarose
500µl
Pelarut pellet RNA
Sebagai kontrol TSV
500µl
Sebagai cetakan tempat pembacaan
hasil elektoforesis
11. Loading Dye 6X
12. Ethidium Bromide
5µl
100 ml
Sebagai pemberat larutan Sampel
Sebagai pemuncul warna pada proses
UV transiluminator
13. Aquades Steril
600 ml
Sebagai
pengencer
kepekatan
Ethidium Bromide
3.2. Metode
Metode yang digunakan dalam Praktek Kerja Lapangan ini menggunakan
metode survey melalui pengambilan sampel pada lokasi secara langsung yang
selanjutnya dilakukan pemeriksaan terhadap udang yang diduga terserang virus.
Lokasi tempat pengambilan sampel yaitu area tambak di wilayah Pati, Jawa
Tengah yang merupakan daerah pemantauan yang sebelumnya telah dilakukan
monitoring hama penyakit ikan dan kemudian dilakukan pemeriksaan secara
biomolekuler.
Data yang di ambil merupakan data primer dan data sekunder. Data Primer
meliputi gejala klinis udang vannamei (Litopenaeus vannamei) yang diduga
terserang virus serta pembacaan hasil dari proses PCR. Data sekunder merupakan
data yang diperoleh dari instansi yang berkaitan dengan Praktek Kerja Lapangan

21. di Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil PerikananKelas
II Tanjung Emas, Semarang.
3.2.1. Prosedur pemeriksaan TSV dengan metode PCR
Prosedur dalam pemeriksaan KHV dengan metode PCR sesuai dengan
Instruction Manual IQ2000TM (Farming Intelligence Corp, 2003), yang
dilakukan adalah sebagai berikut:
3.2.2. Penanganan sampel uji
Tahap awal yang dilakukan adalah melihat kenampakan sampel udang yang
diduga terkena serangan virus, kemudian segera menyiapkan seluruh alat yang
akan digunakan untuk pemeriksaan. Pemeriksaan dilakukan dengan kadaan steril
agar tidak terjadi kontamisi seperti halnya penggunaan pinset atau gunting yang
berbeda pada masing–masing sampel yang akan di uji. Bahan uji diambil dari
udang dengan cara mengambil bagian organ pleopode, periopode, insang dan ekor
dengan menggunakan gunting dan pinset. Organ target yang telah diambil
selanjutnya disimpan dalam alkohol 95% kemudian dilakukan pemberian label
atau pengkodean sampel pada masing-masing tube sesuai dengan nomor contoh.
Selanjutnya disimpan sampel pada suhu -200C dalam freezer.
3.2.3. Tahapan ekstraksi RNA
Tahap ekstraksi RNA ini menggunakan prosedur ekstraksi DTAB-CTAB
solution (Kit IQ2000TM). Meletakan pleopoda, periopoda, atau insang sebanyak 2
pieces (20 mg), 30 ekor untuk ukuran udang < PL 12 atau PL 12 – 20 kemudian
masukan ke dalam tube dengan ukuran 1,5 ml. Kemudian tambahkan 500 µm
RNA Extraction Solution ke dalam microtube dan hancurkan sampel dengan
menggunakan pestel hingga tercampur rata dan kemudian diamkan pada suhu

22. ruang selama 5 menit. Tambahkan 100µm cloroform (CHCl3) kemudian vortex
selama 20 detik dan diamkan dalam suhu ruang selama 3 menit. Setelah itu
masukan microtube ke dalam mesin sentrifuge dengan kecepatan 12000rpm
selama 15 menit. Setelah proses sentrifus selesai pindahkan supernatan sebanyak
200µl kedalam microtube baru dengan ukuran 1,5 ml dan tambahkan isopropanol,
tahap selanjutnya memvorteks dan mensentrifus kembalidengan kecepatan
12000rpm selama 10 menit. Setelah proses sentrifus ke dua selesai kemudian
buang isopropanol yang ada pada tabung akan terlihat lapisan tipis ataupun
endapan putih berada pada dasar maupun dinding tabung lapisan tersebut adalah
pellet yang berisi untaian RNA. Selanjutnya mencuci pellet tersebut dengan
menggunakan ethanol 75% sebanyak 500µm lalu sentrifuskembali dengan
kecepatan 7500rpm selama 5 menit. Setelah proses sentrifuge terakhir telah
dilakukan maka ethanol yang ada pada tube dibuang kemudian keringkan pellet
pada suhu ruang. Setelah pellet mengering dilakukan pemberian DEPC ddH2O
sebanyak 500µm untuk melarutkan pellet. Pellet RNA telah siap digunakan untuk
proses selanjutnya atau dapat dilakukan penyimpanan dengan suhu -200C.
3.2.4. Tahapan amplifikasi
Sebelum mencampur reagen, pastikan reagen dalam keadaan cair (jangan
sampai ada cairan yang menggumpal/beku) yaitu dengan cara divorteks.
Komposisi larutan kit PCR untuk deteksi TSV berdasarkan Farming Intelligence
Tech. Corp (2003), dibuat dengan mencampurkan bahan-bahan sebagai berikut:
a. Bahan reaksi FirstPCR: 8 μl/reaksi
First PCR PreMix
7.0 μl x 5 sampel : 35μl
Iqzyme DNA Polymerase
0.5 μl x 5 sampel : 2,5 μl

23. RT Enzyme Mix
0.5μlx 5 sampel : 2.5μl
b. Bahan Reaksi Nested PCR: 15 μl/reaksi
Nested PCR PreMix
14 μl x 5 sampel : 70μl
Iqzyme DNA Polyemerase
1 μl x 5 sampel : 5 μl
Setelah semua bahan dicampur (kecuali template RNA), bagikan ke dalam
mikrotube 0,2 mL dengan volume masing-masing 8 μL. Tambahkan template
RNA, termasuk kontrol positif ( RNA positif TSV) dan kontrol negatif (ddH2O),
masing-masing sebanyak 2 μL. Vorteks sebentar sebelum dimasukkan ke dalam
mesin PCR (Thermalcycler). Pastikan progam yang akan dijalankan adalah TSV.
Tabel 3. Suhu pada Themalcycler PCR
Reaksi
Suhu (0C)
Waktu (detik)
Jumlah Siklus
First PCR
Denaturation
94
20
15
Annealing
62
40
15
Extension
72
30
15
Final Elongation
20
30
15
Denaturation
94
20
30
Annealing
62
20
30
Extension
72
30
30
Final Elongation
20
30
30
Nested PCR
Prosedur Reaksi Polymerase Chain Reaction (PCR)
a. Disiapkan bahan campuran first PCR dan Nested PCR yang diperlukan sesuai
nomor sampel. Untuk masing-masing reaksi, dibuat tiga positif standar (103,
102, 101) dan 1 kontrol negatif (ddH20)
b. Dilakukan pemipetan sebanyak 8 μl larutan campuran First PCR ke dalam
masing-masing tabung 0.2 ml yang telah diberi label

24. c. Ditambahkan sebanyak 2 ml ekstraksi sampel DNA atau standar ke masingmasing larutan reaksi
d. Dilakukan proses amplifikasi first PCR
e. Ditambahkan sebanyak 15 μl larutan Nested PCR ke dalam masing-masing
tabung setelah first PCR selesai
f. Dilakukan proses amplifikasi Nested PCR
g. Ditambahkan sebanyak 2 μl loading dye 6X ke dalam masing-masing tabung
setelah reaksi nested PCR selesai, kemudidan campurkan merata
h. Dilakukan tahapan elektroforesis pada sampel setelah bahan dicampur
3.2.5. Tahapan elektroforesis
Tabung yang telah selesai pada tahapan amplifikasi disiapkan dan
ditambahkan 5 mL 6X loading dye pada masing-masing tabung dan mengganti tip
mikropipet untuk tiap-tiap pengambilan loading dye dan campurkan hingga
larutan homogen. Letakan Gel yang sudah gel yang sudah di cetak kedalam tangki
elektroforesis lalu tangki diisi dengan larutan TAE 1X sebanyak 500 mL (sampai
gel terendam).HasilProduk PCR yang sudah dicampur dengan loading dye
kemudian dimasukkan ke dalam sumuran gel sebanyak 5-10 mL dengan
mikropipiet. Marker atau penanda DNA yang sudah diketahui berat molekulnya
(284 bp dan 476 bp) juga dimasukkan sebanyak 5 mL. Marker diletakkan di awal
atau di akhir deretan sumuran gel. Setelah semua sampel disuntikkan dalam
sumuran, tutup elektroforesis dipasang dan listrik dihidupkan dengan voltase
diatur 100 V selama 30 menit.

25. 3.2.5. Pengamatan dan dokumentasi
Setelah proses electrophoresis selesai, maka gel yang berada pada pada
alat dipindahkan dengan menggunakan sarung tangan kemudian rendam gel dalam
larutan zat ethidium bromida (ETBR) 0,005 % selama 10 menit.Setelah itu angkat
gel dan rendam kembali dengan menggunakan aquades steril selama 10 menit.
Amati gel diatas mesin UV Transiluminator dan didokumentasi.
3.2.6. Pembacaan hasil

 Hasil positif TSV bila terlihat garis perpendaran pita DNA (band) dengan
ukuran 284 bp, 476 bp.

Hasil negatif bila tidak terlihat garis perpendaran pita DNA (band) atau
pendaran hanya pada 848 bp

26. IV.
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1. Hasil
Hasil yang diperoleh dari pemeriksaan sampel udang dengan metode
Polymerase Chain Reaction (PCR) yang dilaksanakan di Balai Karantina Ikan
Kelas II, Semarang adalah sebagai berikut:
4.1.1. Gejala klinis udang terserang viral disease
Pemeriksaan gejala klinis selama Praktek Kerja Lapangan dilakukan pada
udang vannamei yang diduga terinfeksi virus dengan mengamati kondisi fisik
udang. Pengamatan dilakukan pada saat pengambilan sampel. Udang sampel
merupakan benur udang yang memiliki panjang 5cm yang berasal dari tambak
yang dilaporkan mengalami banyak kematian di wilayah Pati, Jawa Tengah.
Pengambilan sampel dilakukan pada tambak bp Suprio dan bp. Redi Sujoko.
Secara umum kondisi benur udang pada tambak bp. Suprio memiliki kondisi baik,
terlihat dari aktifnya udang ketika dilakukan pemberian pakan untuk
mempermudah pengambilan
sampel udang
dengan
menggunakan anco.
Berbanding terbalik dengan kondisi benur udang pada tambak milik bp. Redi
Sujoko, sebagian besar benur udang mengalami kematian dengan kondisi
membusuk didasar tambak. Udang yang masih hidup cenderung pasif dan berada
pada pinggiran tambak dan menyendiri di antara algae yang tumbuh dekat dengan
permukaan air. Udang yang masih hidup tersabar merata pada bagian pinggir
tambak. Secara rinci gejala klinis yang terjadi pada kedua tambak disajikan pada
tabel di bawah ini.

27. Tabel 4. Gejala Klinis Udang yang Diduga Terserang Viral Disease
Tingkah Laku
Kondisi
No
Sampel
Acuan
Udang
Fisik Udang
1.
S.04.03.0471.P
Aktif bergerak
Normal
2.
S.04.03.0472.P
Normal
3.
S.04.03.0473.P
4.
S.04.03.0474.P
5.
S.04.03.0475.P
Aktif bergerak
Pasif di pinggir
tambak
Pasif di pinggir
tambak
Pasif di pinggir
tambak
Tubuh lunak
Surfianti , 2010
Tubuh lunak
Surfianti , 2010
Tubuh unak
Surfianti , 2010
Sampel udang yang digunakan diduga telah mengalami infeksi Viral
Disease yang mengacu pada gejala klinis yang ditunjukan pada saat survey lokasi
yang telah mengalami kematian pada sebagian besar udang yang dipelihara di
tambak. Untuk sampel udang vannamei dilakukan analisis laboratorium
menggunakan PCR untuk mengetahui secara pasti akan serangan infeksi WSSV,
TSV dan IMNV pada udang. Sampel udang yang digunakan merupakan capuran
sampel udang dari dua tambak tambak yang berbeda yaitu dua ekor sampel udang
berasal dari tambak bp. Suprio dan tiga sampel udang dari tambak bp.Redi Sujoko
4.1.2. Pemeriksaan TSV dengan PCR
Udang yang didiagnosis memiliki tingkah laku yang cenderung pasif dan
memiliki kondisi fisik tubuh yang lunak ketika dipegang. Pemeriksaan lanjutan
yang dilakukan pada udang vannamei setelah mengamati gejala klinis adalah
pengambilan sampel pleopoda, periopoda, insang dan ekor. Selanjutnya dilakukan
proses ekstraksi RNA agar sampel bisa digunakan pada proses PCR dan terakhir
adalah proses elektroforesis untuk mengetahui gambaran gel agarose yang
akanmenunjukan indikasi positif atau negatif
infeksi TSV tersebut. Secara
lengkap proses pemeriksaan TSV dengan PCR dijelaskan dalam gambar 2.

28. M
K+ K -KV
K+ K-
TS1 TS2 TS3 TS4 TS5
1500 bp
1000 bp
500 bp
476 bp
284 bp
100 bp
Gambar 2.Hasil pemeriksaan TSV (metode PCR) pada gel agarose dengan
menggunakan Kit IQ2000TM; menunjukkan bahwa contoh udang
yang berasal dari tambak udang di Desa Geneng Mulyo, Kecamatan
Juwana, Kabupaten Pati, terdeteksi negatif terinfeksi TSV.
Hasil dari visualisasi gel agarose pada pemeriksaan TSV menunjukan pada
5 sampel udang yang tidak terdeteksi sample tersebut terinfeksi virus TSV.
Mengacu pada intruction manual IQ 2000TM, menyatakan bahwa hasil positif TSV
bila terlihat garis perpendaran pita DNA (band) dengan ukuran 284 bp dan atau
476 bp sedangkan hasil negatif bila tidak terlihat garis perpendaran pita DNA
(band) atau pendaran hanya pada 848 bp. Keseluruhan sampel yang telah di uji
menggunakan pemeriksaan molekuler ini tidak terdeteksi telah terinfeksi virus
TSV hal ini dapat dilihat pada hasil visualisasiyang menunjukan tidak adanya
pendaran pita (band) pada ukuran 284 bp dan atau 476 bp. Tidak berpendarnya
pita dapat dimungkinkan karena buruknya kualitas RNA yang ada ataupun keteika
proses ekstraksi RNA tidak sengaja ikut terbuangsehingga tidak menunjukkan
adanya pendaran pada gel agarose. Keterangan gambar secara lengkap disajikan
dalam tabel 5.

29. Tabel 5. Hasil Pengamatan PCR pada Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei)
Kode
Keterangan/ asal sampel udang
Hasil
M
Marker
K(+)
Kontrol positif (TSV)
Positif
K(-)
Kontrol negativ (TSV)
Negatif
S.04.03.0471.P
Contoh Udang dari tambak Bp. Suprio
Negatif
S.04.03.0472.P
Contoh Udang dari tambak Bp. Suprio
Negatif
S.04.03.0473.P
Contoh Udang dari tambak Bp. Redi S
Negatif
S.04.03.0474.P
Contoh Udang dari tambak Bp. Redi S.
Negatif
S.04.03.0475.P
Contoh Udang dari tambak Bp. Redi S.
Negatif
4.1.6. Kualitas air
Parameter kualitas air yang diamati dalam pemeriksaan infeksi TSV
meliputi salinitas suhu, pH, DO, CO2, dan Alkalinitas. Parameter yang menjadi
perhatian adalah suhu. Hal ini dikarenakan suhu sangat berpengaruh terhadap
serangan infeksi firus TSV dan merupakan salah satu faktor pemicu serangan
TSV. Suhu berpengaruh terhadap siklus replikasi virus. Secara lengkap, data
pengamatan kualitas air tersaji dalam tabel 6.
Tabel 6. Data Kualitas Air Tambak Pembudidaya Udang Vannamei Desa Margo
Tuhu, Kecamatan Juwana, Pati.
Baku Mutu Air Untuk
Tambak Tambak
Perikanan
Parameter
1
2
Nilai
Acuan
Warna air
0
Jernih
Jernih
-
0
Suhu ( C)
34
34
28-32 C
SNI pemeliharaan
pH
7,2
7,3
7,5 – 8,5
Kordi, 2011
DO
9
6
>3
Kordi, 2011
CO2
0
0
< 12
Kordi, 2011
Salinitas
24
32
24 –34 ppt
Kordi, 2011
Alkalinitas (mg/l)
60
90
50-300
Kordi,2011
Lanjutan Tabel 6.

30. Waktu Sampling
14.26
14.56
Cuaca
Cerah
Cerah
Hasil pemeriksaan kualitas air pada saat survey dilakukan menunjukan
bahwa kondisi kualitas air secara umum masih memenuhi standart kelayakan
untuk proses budidaya. Dari semua parameter yang diukur hanya salinitas air
yang berbeda pada kedua tambak pada tambak bp. Suprio memiliki salinitas 25
ppm sedangkan pada tambak bp. Redi Sujoko memiliki salinitas 32 ppm, hal ini
dapat dikarena kemungkinan sumber air yang berbeda ataupun telah tercampurnya
air tambak dengan air hujan yang terjadi sebelum survey dilakukan.
4.2. Pembahasan
4.2.1. Gejala klinis udang terserang viral disease
Sampel udang yang akan diperiksa merupakan sampel hidup dengan gejala
klinis didasarkan pada pengamatan yang dilakukan pada saat pengambilan
sampel.Udang yang berada di dalam tambak menunjukan adanya serangan infeksi
virus yang menyerang benur udang dengan panjang rata-rata 5 cm dengan usia
pemeliharaan tiga minggu. Tingkah laku udang yang terlihat adalah sebagian
besar udang berada pada pinggiran tambak dan menyendiri cenderung diam atau
pasif diantara algae yang tumbuh dekat dengan permukaan air. Tubuh udang
terasa lunak ketika dipegang namun tidak menunjukan adanya melanisasi pada
lapisan epidermis. Pengambilan sampel ini didasarkan atas laporan pemilik
tambak yang mengalami kematian pada sebagian besar benur udang yang telah
dipelihara dan pendugaan tersebut menjadi dasar dilakukan pemeriksaan secara

31. biomolekuler sampel udang tersebutapakah telah terkena serangan virus TSV,
WSSV ataupun IMNV atau tidak.
Menurut Surfianti (2010), Udang sampel diambil dalam kondisi hidup,
secara klinis sampel yang diambil atau akan digunakan dalam uji telah
menunjukan gejal TSV, yaitu berenang menuju pinggir tambak, daging agak
lunak, ekor kipas atau telson kemerahan, kaki renang berwarna kemerahan dan
bercak hitam (melanisasi) di bawah kutikula. Berdasarkan Kajian dari Direktorat
Kesehatan Ikan dan Lingkungan (2005) , membagi dua indikator kemungkinan
adanya infeksi TSV, antara lain:
1.
Pada infeksi berat (akut) sering mengakibatkan kematian massal, udang
yang mengalami kematian didominasi oleh udang yang sedang/baru selesai
proses pergantian kulit(moulting), saluran pencernaan kosong dan warna
tubuhkemerahan. Warna merah yang lebih tegas dapat dilihatpada ekor
kipas (telson).
2.
Udang yang selamat dari fase akut, umumnya mampu hidup dan tumbuh
normal dengan tanda bercak hitam (melanisasi) yang tidak beraturan di
bawah lapisan kutikula.
4.2.2. Pemeriksaan TSV dengan metode PCR
Pengamatan gejala klinis pada udang sampel dilakukan sebagai diagnosis
awal yang mengindikasikan udang tersebut telah positif terinveksi TSV.
Pemeriksaan dengan mengunakan metode PCR bertujuan untuk memastikan ada
atau tidak adanya infeksi virus TSV pada tubuh udang. Pemeriksaan dengan
metode PCR bertujuan untuk melipat gandakan sekuen nukleotida tertentu secara
eksponensial dalam waktu yang singkat secara invitro. Proses Pemeriksaan TSV

32. dengan menggunakan metode PCR memerlukan sejumlah siklus untuk
mengamplifikasi sekuen RNA spesifik. Setiap siklusya terdiri tiga tahap yaitu
denaturation
(pemotongan),
annealing
(penempelan)
dan
extention
(pemanjangan).Pada pengujian yang dilakukan dengan menggunakan kit
IQ2000TM, marker PCR menggunakan primer spesifik KHV dengan berat
molekul 848 bp, 284 bp dan. 476 bp. Hasil positif ditunjukan apabila mucul atau
berpendarnya pita atau band pada ke tiga fragmen spesifik tersebut dan dapat
digolongkan dengan infeksi berat, apabila terjadi perpendaran pada fragmen 284
bp - 476 bp hal ini menunjukan sampel positif terinfeksi virus TSV dengan status
infeksi sedang, apabila hanya terjadi perpendaran band pada fragmen 284 diduga
sampel positif ringan sedangakan
apabila hanya terjadi perpendaran pada
fregmen 848 bp atau tidak terjadi perpendaran pada ke tiga fragmen maka hal ini
menunjukan bahwa firus TSV tidak terdeteksi pada sampel udang yang telah diuji.
Didasarkan pada kajian Surfianti (2010), TSV memiliki genom +ssRNA dengan
panjang 9 bp. Sampel TSV yang diduga terinfeksi TSV positif ringan ditandai
dengan munculnyaband pada 276 bp, sampel yang terinfeksi TSV positif sedang
ditandai dengan munculnya band pada 276 bp dan 476 bp, sedangkan sampel yang
terinfeksi TSV positif berat ditandai dengan munculnya band pada 276 bp, 476 bp
dan 848 bp. Hal ini menunjukan bahwa batasan sekuen TSV yang dikenali oleh
primer adalah 848 bp.
Hasil yang diperoleh adalah pada kelima sampel udang yang telah diuji
secara biomolekuler tidak terdeteksi adanya infeksi virus TSV pada benur udang.
Hal ini ditunjukan dari hasil visualisasi proses amplifikasi dan elektroforesis yang
telah dilakukan. Pada ke lima sampel tidak terlihat munculnya pendaran band

33. pada fragmen 276 bp, 476 bp, dan 848 bp. Hal ini dimungkinkan karena buruknya
kualitas RNA yang ada akibat tidak sesuainya sampel udang yang digunakan
ataupun DNA ikut terbuang pada proses ekstraksi sehingga dalam proses
elektroforesis tidak menunjukan pendaran pada gel agarose. Menurut Surfianti
(2010), salah satu sifat RNA adalah mudah sekali mengalami degradasai yang
dapat disebabkan oleh beberapa hal seperti handling yang kurang baik cepat serta
suhu penyimpanan yang rendah berperan dalam menjaga kualitas maupun
kuantitas sampel RNA yang disimpan. Di dukung dengan pernyataan Surfianti
(2010), bahwa tahapan ekstraksi merupakan tahap awal dalam proses pemisahan
DNA/RNA dan merupakan tahapan penting untuk uji berikutnya, sehingga harus
bebas dari kontaminasi.
Menurut Dwinanti (2011), Penggunaan teknik PCR memeilki beberapa
kelemahan antara lain kemungkinan memperoleh hasil positif maupun negatif
yang salah. Hasil positif yang keliru dapat disebabkan karena adanya kontaminasi
oleh kontrol positif maupun sampel yang lain sebelum proses amplifikasi. Hasil
negatif yang salah dapat disebabkan karena jumlah kopian DNA/RNA yang tidak
mencukupi dan tingkat infeksiyang terlalu rendah sehingga pita DNA/RNA
berpendar redup atau bahkana tidak berpendar, adanya inhibitor sehingga reaksi
enzim terhambat, kerusakan mesin PCR, kesalahan pada penggunaan atau
pengaturan alat, kualitas sampel yang buruk, serta kesalahan konsentrasi bahanbahan seperti primer dan ion Mg2+.
4.2.3. Kualitas air
Kualitas air merupakan salah satu faktor yang dapat menyebabkan
penyebaran virus TSV pada areal. Dari hasil pengukuran kualitas air pada tambak

34. bp Suprio dan bp. Redi Sujoko dapat dikatakan kedua tambak tersebut memiliki
kualitas air yang baik dengan kisaran suhu keduanya 340C tingginya suhu ini
dikarenakan pengukuran dilakukan pada saat matahari terik, Salinitas 25 - 32
ppm, DO 9 mg/l, pH 7,2 – 7,3, CO2 0 mg/l, dan alkalinitas 60 – 90 mg/l.
Lingkungan Hidup optimal yang menunjang pertumbuhan dan sintasan atau
kelangsungan hidup udang vannamei memiliki toleransi yang sangat luas terhadap
perubahan lingkungan , seperti salinitas 0,1-60 ppt ( tumbuh dengan baik 10 –
30ppt, (ideal 15 – 25 ppt) dan suhu 12 – 37 0C (tumbuh dengan baik pada suhu 24
– 34 0C) dan ideal pada suhu 28 – 31 0C) ( Kordi,2011). Disamping kualitas air
yang harus di perhatikan, sistem budidaya turut andil dalam proses penyebaran
virus pada area pertambakan disuatu daerah, ketika dilakukan pengambilan
sampel udang di area tambak desa Margo Tuhu, hampir semua pertambakan
menerapkan sistem tambak tradisional maupun sistem semi intensif. Hal ini
merupakan salah satu faktor cepatnya penyebaran penyakit viral. Sistem
pertambakan yang baik untukpengendalian penyakit TSV adalah sistem
semitertutup (semi closed system) dan tertutup (closedsystem), sehingga desain
dan
konstruksi
harusdisesuaikan.
Tambak
yang
ideal
terdiri
dari
petakanpemeliharaan dan petakan tandon, sertadilengkapidengan saluran inlet dan
outlet yang terpisah. Hal ini perlu dilakukan untuk menjaga sistem
pertambakandari kemungkinan masuknya patogen dari luar dan keluarnya patogen
dari dalam ke luar sistem. Cara lain untuk menghindari resiko infeksi virus dapat
dilakukan dengan pergiliran pola tanam atau mengistirahatkan tambak untuk
jangka waktu tertentu. (Direktorat Kesehatan Ikan dan Lingkungan , 2005).

35. V. KESIMPULAN DAN SARAN
5.1. Kesimpulan
Kesimpulan yang dapat diambil dari hasil Praktek Kerja Lapangan yang
dilakukan adalah sebagai berikut:
1.
Gejala klinis udang vannamei yang diduga terinfeksi TSV diantaranya
adalah memiliki gejala klinis seperti tubuh lunak dan memiliki tingkah laku
yang cenderung pasif di pinggir tambak. Sebagian besar udang yang berada
di tambak milik bp Redi Sujoko berada pada pinggiran tambak dan
cenderung diam dan tersebar merata di antara alga yang tumbuh pada
pinggiran tambak.
2.
Pemeriksaan biomolekuler dengan menggunakan PCR untuk memastikan
dan mendeteksi adanya virus RNA yang mengindikasikan bahwa kematian
udang yangterjadi disebabkan oleh serangan virus TSV memberikan hasil
negatif, hal ini memberikan indikasi bahwa diagnosa dengan pendekatan
biomolekuler tidak selalu sejalan dengan tanda-tanda klinis. Metode analisis
biomolekuler tersebut pada setiap siklusnya terdiri dari tiga tahapan yaitu
proses denaturasi, annealing, dan extention. Berdasarkan analisis PCR yang
dilakukan terhadap 5 sampel yang terdiri dari 2 sampel udang dari tambak
bp. Suprio dengan kode sampel S.04.03.0471.P dan S.04.03.0472.P dan 3
sampel udang dari tambak bp. Redi sujoko dengan kode sampel
S.04.03.0473.P, S.04.03.0473.P, dan S.04.03.0475.P memberikan hasil
negatif.

36. 5.2. Saran
Saran yang dapat diambil dari hasil Praktek Kerja Lapangan yang dilakukan
adalah sebagai berikut:
1. Pada saat pengambilan sampel hendaknya teliti dalam mengamati ciri-ciri
fisik maupun tingkah laku udang yang diduga terserang viral disease agar
tidak terjadi kekeliruan dalam pendiagnosisan secara molekuler.
2. Dalam pengujian sampel dengan menggunakan PCR hendakanya
dilakukan secara hati-hati dan teliti agar hasil akhir proses ini dapat
divisualisasikan dengan baik untuk menentukan positif atau tidaknya
sampel udang terinfeksi TSV. Sampel yang digunakan hendaknya telah
menunjukan gejala-gejala umum serangan virus TSV karena disini
merupakan dugaan awal agar proses PCR tidak sia-sia dilakukan.

37. DAFTAR PUSTAKA
Boone. 1931. Litopenaeus vannamei. http://www.itis.gov (12 Agustus 2008).
Center for Tropical and Subtropical Aquaculture (CTSA). 1996. Shrimp Diseases.
The Oceanic Institute: Makapu‘u PointWaimanalo. Publication No. 121.
Dwinanti, S.2009.Keberadaan White Spot Syndrome Virus (WSSV), Taura
Syndrome Virus (TSV) Dan Infectious Hypodermal Haematopoitic Necrosis
Virus (IHHNV) Di Tambak Intensif Udang Vaname Litopenaeus Vannamei Di
Bakauheni, Lampung Selatan.Jurnal Akuakultur Indonesia, 8(2): 1-8.
Direktorat Kesehatan Ikan dan Lingkungan. 2005. Petunjuk Pengendalian
Penyakit Taura Sindrome Virus (TSV) pada Budidaya Udang Vannamei (
litopenaeus vannamei). DKP: Jakarta.
Farming Intelligence Tech.Corp. 2003. IQ 2000TM. TSV Detection and
Prevention System. (Instruction Manual). Taiwan. ISSP
Fuadi, M. 2010. Deteksi Kemampuan Artemia dan Kutu Air dalam Uptake bakteri
mengandung DNA asing menggunakan PCR. Program Studi Teknologi dan
Manajemen Akuakultur Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut
Pertanian Bogor.
Kordi, M Ghufrran.2011. Budidaya 22 Komoditas Laut untuk Konsumsi Lokal
dan Ekspor. Andi Publisher : Yogyakarta.
Lightner, V Donald. 1992. Shrimp Virususes diseases: Diagnosis, Distribution
and Management. University of Arizona : LA. hal: 245 - 245.
Lightner, V Donald. 2004. The Penaeid Shrimp Viral Pandemics due to IHHNV,
WSSV, TSV and YHV: History in the Americas and Current
Status.Department of Veterinary Science and Microbiology : University of
Arizona.
Surfianti, O. 2010. Deteksi Penyakit TSV (Taura Syndrome Virus) secara PCR pada
Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei) dengan Berbagai Ekstraksi, Suhu
dan Waktu Penyimpanan. BKI Kelas I Juanda : Surabaya.
Nuraini, Y L. 2008. Prevalensi Dan Perubahan Histopatologik Infectious
Myonecrosis (Imn) Pada Udang Putih (Litopenaeus Vannamei) Di Jawa
Timur. Universitas Gadjah Mada: Yogyakarta.
Tang F. J. Kathy&, Lightner V. 2001. Donald. Detection And Quantification Of
InfectiousHypodermal And Hematopoietic Necrosis Virus InPenaeid

38. Shrimp By Real-Time PCR. Inter Research Diseases aquatic organisms :
USA. Vol. 44: 79 – 85.
Widayati, D Eka. 2010. Studi Histopatologi Insang Ikan Mujair (Oreochromis
Mossambicus)Pada Konsentrasi Sublethal Air Lumpur Sidoarjo. Institut
sepuluh November : Surabaya.
Wuryastuti, H. 2002. Polymerase Chain Reaction and Revers Transcription
Polymerase Chain Reaction : Teknik dasar dan Aplikasi Diagnostik.
Fakultas Kedokteran Hewan : Universitas Gajah Mada.