Introduction à la programmation pour les étudiants de la filière biologie informatique de l'université Paris Diderot - Paris 7

1. Introduction à la
programmation
Pierre Poulain
pierre.poulain@univ-paris-diderot.fr
09/2011

2. Programmer ?

3. Donner des ordres

4. Pourquoi ?

5. Stocker

6. Trier

7. Répéter

8. Exemple

9. Combien y a-t-il d'alanines
dans cette protéine ?
GWGAWILAGAGA

10. Combien y a-t-il d'alanines
dans cette protéine ?
GWGAWILAGAGA
1 2 3 4

11. Et dans celle-ci ?
MRARPRPRPLWATVLALGALAGVGVGGPNICTTRGVSSCQQCLAVSPMCAWCSDEALPLG
SPRCDLKENLLKDNCAPESIEFPVSEARVLEDRPLSDKGSGDSSQVTQVSPQRIALRLRP
DDSKNFSIQVRQVEDYPVDIYYLMDLSYSMKDDLWSIQNLGTKLATQMRKLTSNLRIGFG
AFVDKPVSPYMYISPPEALENPCYDMKTTCLPMFGYKHVLTLTDQVTRFNEEVKKQSVSR
NRDAPEGGFDAIMQATVCDEKIGWRNDASHLLVFTTDAKTHIALDGRLAGIVQPNDGQCH
VGSDNHYSASTTMDYPSLGLMTEKLSQKNINLIFAVTENVVNLYQNYSELIPGTTVGVLS
MDSSNVLQLIVDAYGKIRSKVELEVRDLPEELSLSFNATCLNNEVIPGLKSCMGLKIGDT
VSFSIEAKVRGCPQEKEKSFTIKPVGFKDSLIVQVTFDCDCACQAQAEPNSHRCNNGNGT
FECGVCRCGPGWLGSQCECSEEDYRPSQQDECSPREGQPVCSQRGECLCGQCVCHSSDFG
KITGKYCECDDFSCVRYKGEMCSGHGQCSCGDCLCDSDWTGYYCNCTTRTDTCMSSNGLL
CSGRGKCECGSCVCIQPGSYGDTCEKCPTCPDACTFKKECVECKKFDRGALHDENTCNRY
CRDEIESVKELKDTGKDAVNCTYKNEDDCVVRFQYYEDSSGKSILYVVEEPECPKGPDIL
VVLLSVMGAILLIGLAALLIWKLLITIHDRKEFAKFEEERARAKWDTANNPLYKEATSTF
TNITYRGT
Glycoprotéine plaquettaire humaine ß3

12. Un ordinateur

13. très rapide

14. beaucoup
de mémoire

15. mais bête

16. décomposer
un problème complexe

17. en éléments simples

18. Algorithme

19. Algorithme humain
GWGAWILAGAGA
1 2 3 4
Pour chaque acide aminé de la séquence,
si l'acide aminé est A
alors on compte une alanine de plus.

20. Algorithme Python
sequence = "GWGAWILAGAGA"
nombre_ala = 0
for acide_amine in sequence:
if acide_amine == "A":
nombre_ala = nombre_ala + 1
print nombre_ala

21. Autres langages ?

22. Java
package comptagealanines;
public class Main {
public static void main(String[] args) {
String sequence = "GWGAWILAGAGA";
int nombre_ala = 0 ;
for (int i = 0 ; i < sequence.length(); i++ ){
if (sequence.charAt( i ) == 'A'){
nombre_ala = nombre_ala + 1;
}
}
System.out.println(nombre_ala);
}
}

23. Perl
my @sequence = split('','GWGAWILAGAGA');
my $nombre_ala = 0 ;
foreach my $acide_amine (@sequence)
{
if ($acide_amine eq 'A')
{
$nombre_ala = $nombre_ala + 1;
}
}
print "$nombre_alan";

24. Javascript
<script>
var sequence = "GWGAWILAGAGA";
var nombre_ala = 0;
for(i=0; i<sequence.length; i++) {
if(sequence[i].toUpperCase() == "A") {
nombre_ala = nombre_ala + 1;
}
}
window.alert("Nombre de A : " + nombre_ala);
</script>

25. PHP
<?php
$sequence = "GWGAWILAGAGA";
$nombre_ala = 0;
for($i=0; $i<strlen($sequence); $i++) {
if(strtoupper($sequence[$i]) == "A") {
$nombre_ala = $nombre_ala + 1;
}
}
echo "Nombre de A : ".$nombre_ala;
?>

26. C#
using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;
using System.Text;
namespace ConsoleApplication1
{
class Program
{
static void Main(string[] args)
{
string sequence = "GWGAWILAGAGA";
int nombre_ala = 0;
for (int i = 0; i < sequence.Length; i++)
{
if (sequence[i].ToString().ToUpper() == "A")
{
nombre_ala = nombre_ala + 1;
}
}
Console.WriteLine("Nombre de A : " + nombre_ala.ToString());
}
}
}

27. Points communs

28. 1. Variables

29. 2. Tests

30. 3. Boucles

31. Différences

32. ; { } @ $
using public class
static void

33. Compilation
C, C++, C#, Fortran
code langage programme
source machine exécutable

34. Interprétation (bytecode)
Java, Python, Perl
code bytecode
source (caché)

35. Interprétation
Bash, Javascript, PHP
code source
(ligne par ligne)

36. Illustration bioinfo 1

37. Ensembl
détection de gènes

38. Illustration bioinfo 2

39. sHSP
P. Poulain, J.-C. Gelly, and D. Flatters, Detection and Architecture of Small Heat Shock Protein Monomers, PLoS ONE 5: e9990 (2010).

40. Biologie Informatique @ P7
Unix (bash), R, C L3
Python, C, (R) M1
Python, Java, C, (R) M2

41. Conclusion

42. Investissez !

43. Forgez !

44. Facilitez-vous la vie !

45. Amusez-vous !

47. bio informatique

48. Crédits graphiques
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Wilsoninc (Findicons)
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fe2cruz (Flickr)
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Nicobunu (Openclipart.org)
K Lee (Wikipedia)
VisualPharm (Findicons) selva (Flickr)

49. Crédits graphiques (2)
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AlanHeitz (Flickr) Dahon (Flickr)
Foxymoron (Flickr) Joe Rollerfan (Flickr)
JoeShlabotnik (Flickr) Liz Marion (Flickr)
doi:10.1371/
journal.pone.0009990.g001
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