Unix Master

Unix for Bioinformaticians A survival guide Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Agenda ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Unix He can smell your fear Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

What is Unix ? Unix Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

What is Unix ? ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Unix Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Types of Unix ,[object Object],[object Object],[object Object],Unix Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Unix Operating System Unix Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

What’s in Unix? ,[object Object],[object Object],Unix Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Unix Filesystem Unix Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Terminal ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Unix Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Our Task Today Yes, I can! Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Human Immunoglobulins Task Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

The data ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Task Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

The Task ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Task Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Folders: read and write Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Change Directory ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Folders Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Folder content ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Folders Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Wildcards ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Folders Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Commands ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Folders Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Unix Permissions Folders Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Folders - summary ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Folders Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Files: read and write Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Backup original data ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Files Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Read a file ,[object Object],[object Object],Files Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Read a file ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Files Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Look for text ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Files Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Edit a file ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Files Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Look for text ,[object Object],[object Object],[object Object],Files Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Grep ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Files Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Grep ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Files Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Files: sumary ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Files Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Processes Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Run a process ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Processes Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Run - It’s simple ,[object Object],[object Object],Processes Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Run - It’s simple ,[object Object],[object Object],[object Object],Processes Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Controlling processes ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Processes Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Controlling processes ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Processes Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Redirection Control the force Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Inputs and outputs Keyboard Mouse Tablet Kernel Display Printer File Redirection Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Write into a file ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Redirection Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Append to a file ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Redirection Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

The big one! ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Redirection Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Extract headers ,[object Object],[object Object],[object Object],Redirection Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Extract headers ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Redirection Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Redirect everything! ,[object Object],[object Object],Redirection Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Redirect - summary ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Redirection Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Quiz ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Paolo Marcatili - Programmazione 08-09

Unix Master

Empfohlen

Empfohlen

Weitere ähnliche Inhalte

Andere mochten auch

Andere mochten auch (20)

Ähnlich wie Unix Master

Ähnlich wie Unix Master (20)

Mehr von Paolo Marcatili

Mehr von Paolo Marcatili (8)

Kürzlich hochgeladen

Kürzlich hochgeladen (20)

Unix Master