第一回 Galaxy 開発者会議 http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/wiki/DevConf2010

1. mn@dbcls.jp
DBCLS, ROIS, Japan
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2. • 2010/05/15-17
•
• Biology of Genome
• 65
• 13 talks
• 9 lightning talks
• 6 breakout sesstions
• http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/wiki/DevConf2010
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3. • Galaxy PSU, Emory
• Galaxy
• Harvard Dana-Faver .., CHOP, MGH
• Biology of Genome 2010
• NGS JGI, modENCODE
• NGS
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4. • Galaxy
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•
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5. •
•
•
•
•
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6. 10 9 13 6

7. • UCSC
• BioMart
•
•
• EMBOSS
•
•
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8. • GUI
• Ensembl Biomart UCSC
•
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9. • Data Library
• Trackstar
• Pages
• Galaxy Cloud Console
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10. •
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11. 10 9 13 11

12. http://main.g2.bx.psu.edu/u/jgoecks/h/pileup-analysis-for-mouse-brain-data-on-sample-e18
•
•
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13. • UCSC
•
•
HTML5 canvas, jQuery, Ajax
•
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14. 10 9 13 14

15. 10 9 13 15

16. 10 9 13 15

17. •
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•
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18. 10 9 13 17

19. •
•
10 9 13 18

20. • Amazon EC2 East
• Worker
•
•o
•x 24/7
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21. http://community.g2.bx.psu.edu/
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22. •
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•
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23. • DB sqlite3 mysql
postgresql
•
IO
•
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24. •
• XML
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25. •
•
•
•
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26. http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/wiki/DevConf2010
• NGS • SOAP/REST Web service
• NGS • Composite datatype
• Bowtie
• FMI •
• JGI • i18n
• Cistrome
• EVA
• CHOP
• PerM, Clippers, ComB
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27. •
•
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28. • 50 +
• Solexa
GUI
• LIMS
• Galaxy UI
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29. • 67
•
•
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30. •
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•
•
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31. • 100
• ChIP-chip/seq
• 600 ChIP-* 500 modENCODE
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32. •
• CNV ChIP-seq
RNA-seq
• Galaxy
•
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33. •
• http://galaxy.fml.mpg.de/
•
•
Quota
Galaxy
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34. • Biocatalogue 1500 WS
• WADL REST
• WSDL SOAP
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35. • 150
•
•
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36. •
•
GUI
• GUI
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37. •
• TogoDB TogoWS
•
•
• 125 350 9000
47MB
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38. •
•
•
• ASCII
•
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39. • Documentation
• API
• Workflow
• NGS
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40. •
•
• Pages
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41. http://genomebiology.com/2010/11/8/R86
accessibility of computational tools
reproducibility
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42. • 5,000 jobs / day
• CSHL DOI-JGI
•
-
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43. 10 9 13 42

44. • NGS UCSC
•
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45. • admin SaaS
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• Data Library
•
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46. 10 9 13 45

47. 10 9 13 46