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doc/NEWS.Rdより
                 ― 最近の新機能抄出

                      岡田 昌史
                    2011. 11. 25
               第6回Rユーザ会・統計数理研究所



11年11月26日土曜日                       1
はじめに
         2.13ではcompilerパッケージが標準導入された

         2.14ではparallelパッケージが。

         そろそろ勉強しておかないと困りそう

        ➡      doc/NEWS.Rdを見てみる

        ➡      こんなにあるんですか....

        ➡      R研究会でこの衝撃を共有したい

11年11月26日土曜日                           2
本日の内容
               parallel, compilerについては...
               The Art of R Programming by Norman
               Matloff 等をご参照ください

               本日は R 2.14.0のdoc/NEWS.Rdより、
               R 2.14.0でのSignificant User-Visible
               Changes およびNew Features からいく
               つかピックアップしてご紹介します

11年11月26日土曜日                                        3
古いパッケージは再イン
                      ストールが必要
               All packages must have a namespace, and one is
               created on installation if not supplied in the sources.
               This means that any package without a namespace
               must be re-installed under this version of R (but
               previously-installed data-only packages without R
               code can still be used).

               R_HOME以下にインストールしていると毎回再インス
               トールですが、ホームディレクトリやマイドキュメント
               にインストールしてバージョン変わっても使い回している
               ときは要注意。とくに古いパッケージ。



11年11月26日土曜日                                                             4
分散分析表のp値の列名
         R 2.14.0
    > anova(glm(Sepal.Length Species,data=iris),test="Chisq")
          Df Deviance Resid. Df Resid. Dev Pr(>Chi)

    > anova(glm(Sepal.Length Species,data=iris),test="Chisq")[ Pr(>Chi) ]
                Pr(>Chi)
         NULL
         Species < 2.2e-16 ***


         R 2.10.0
    > anova(glm(Sepal.Length Species,data=iris),test="Chisq")
          Df Deviance Resid. Df Resid. Dev Pr(>¦Chi¦)

11年11月26日土曜日                                                                5
iconv()にtoRawオプション

          バイト列(クラスraw)への変換

      > iconv("あいう",to="UTF-8",toRaw=T)
          [[1]]
          [1] e3 81 82 e3 81 84 e3 81 86



11年11月26日土曜日                               6
read.table()とscan()に
                 文字列が渡せる
   > read.table(text="1 2 3 4 5n2 4 6 8 10")
         V1 V2 V3 V4 V5
        1 1 2 3 4 5
        2 2 4 6 8 10

   > scan(text="1 2 3 4 5")
        Read 5 items
        [1] 1 2 3 4 5
11年11月26日土曜日                                    7
gl() の高速化
               factor()を呼ばないようにしたらしい

         > system.time(gl(100,1000)) # 2.10
                ユーザ システム        経過
                 0.070 0.000    0.073

         > system.time(gl(100,1000)) # 2.14
                ユーザ システム        経過
                 0.002 0.000    0.002
11年11月26日土曜日                                  8
plot.function()
       今までもplot(sin)とかcurve(sin)とか
       は可能だったが、正式にplot関数の
       methodとなった(使い方は変化なし)



                                    1.0
                                    0.5
                           sin(t)

                                    0.0
       xname属性が新設
                                    -1.0



                                           -3   -2   -1   0   1   2   3

       plot(sin(xname= t ),xlim=c(-pi,pi))                t

11年11月26日土曜日                                                              9
try()がオリジナルのエラー
                            を値として返す
               > res[[98]]
                  [1] "Error in doit(x) : too few unique pointsn"
                  attr(,"class")
                  [1] "try-error"
                  attr(,"condition")
                  <simpleError in doit(x): too few unique points>

               > conditionCall(attr(res[[98]],"condition"))
                  doit(x)

               > conditionMessage(attr(res[[98]],"condition"))
                  [1] "too few unique points"
11年11月26日土曜日                                                         10
Rdドキュメント中で図が使える
               figure で図が使える。HTMLヘル
               プとLaTeXヘルプに反映される。

               par()とpoints()で早速使われている




11年11月26日土曜日                             11
regmatches(), regexec()
       > x <- "http://stat.umn.edu:80/xyz"
       > m <- regexec("^(([^:]+)://)?([^:/]+)(:([0-9]+))?(/.*)", x)
       > m
               [[1]]
               [1] 1 1 1 8 20 21 23 # ()でマッチした文字列の開始位置
               attr(,"match.length")
               [1] 26 7 4 12 3 2 4 # マッチした文字列の長さ

       > regmatches(x, m) # マッチした文字列自体
               [[1]]
               [1] "http://stat.umn.edu:80/xyz" "http://"             "http"
               [4] "stat.umn.edu"          ":80"              "80"
               [7] "/xyz"
11年11月26日土曜日                                                                   12
postscript()とpdf()での
                    colormodel=”grey”
               pdf(..., colormodel= srgb )       5
                                                     4   3


                                                              2




                                             6                     1




                                             7                     12




                                                 8            11


                                                     9   10




                                                     4   3


               pdf(..., colormodel= gray )       5            2




                                             6                     1




                                             7                     12




                                                 8            11


                                                     9   10


11年11月26日土曜日                                                           13
dev.capture()で
               ビットマップキャプチャ
               dev.capabilities()で
               $capture==TRUEのグラフィック
               デバイスの場合に、表示中の画像を
               ラスターイメージ(1ピクセルごとの
               カラーのmatrix)として得る。

               rasterImage{graphics}などで使用
               できる
11年11月26日土曜日                                14
その他
         help.search()でビネットが検索される
         unlink(false=TRUE)が可能に
         pbirthday(), qbirthday()でcoincident = 2の時にexactな計算が行わ
         れるようになってWikipediaと合うようになった
         .RDataが壊れていてもとりあえず起動はするようになった
         strptime()が24:00を受け入れるようになった
         Sys.setFileTime()でファイルの日時設定
         Rd2HTML()でstylesheetオプション
         pdf()で生成されるPDFファイルが圧縮されるように
         R CMD INSTALLに --byte-compile オプション
         base, recommended パッケージはバイトコンパイル済みに

11年11月26日土曜日                                                     15
おわりに
               2.14.0のNEWSは209項目

               新機能だけでも178項目

               Significant User-Visible Changes
               だけでも毎リリースごとに読んでお
               くべき


11年11月26日土曜日                                     16
ご報告

        Rパッケージガイドブック
        おかげさまで4月に無事出版
        させていただきました。
        ご協力いただきました皆様に
        篤くお礼申し上げます。



11年11月26日土曜日            17

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R新機能抄出

  • 1. doc/NEWS.Rdより ― 最近の新機能抄出 岡田 昌史 2011. 11. 25 第6回Rユーザ会・統計数理研究所 11年11月26日土曜日 1
  • 2. はじめに 2.13ではcompilerパッケージが標準導入された 2.14ではparallelパッケージが。 そろそろ勉強しておかないと困りそう ➡ doc/NEWS.Rdを見てみる ➡ こんなにあるんですか.... ➡ R研究会でこの衝撃を共有したい 11年11月26日土曜日 2
  • 3. 本日の内容 parallel, compilerについては... The Art of R Programming by Norman Matloff 等をご参照ください 本日は R 2.14.0のdoc/NEWS.Rdより、 R 2.14.0でのSignificant User-Visible Changes およびNew Features からいく つかピックアップしてご紹介します 11年11月26日土曜日 3
  • 4. 古いパッケージは再イン ストールが必要 All packages must have a namespace, and one is created on installation if not supplied in the sources. This means that any package without a namespace must be re-installed under this version of R (but previously-installed data-only packages without R code can still be used). R_HOME以下にインストールしていると毎回再インス トールですが、ホームディレクトリやマイドキュメント にインストールしてバージョン変わっても使い回している ときは要注意。とくに古いパッケージ。 11年11月26日土曜日 4
  • 5. 分散分析表のp値の列名 R 2.14.0 > anova(glm(Sepal.Length Species,data=iris),test="Chisq") Df Deviance Resid. Df Resid. Dev Pr(>Chi) > anova(glm(Sepal.Length Species,data=iris),test="Chisq")[ Pr(>Chi) ] Pr(>Chi) NULL Species < 2.2e-16 *** R 2.10.0 > anova(glm(Sepal.Length Species,data=iris),test="Chisq") Df Deviance Resid. Df Resid. Dev Pr(>¦Chi¦) 11年11月26日土曜日 5
  • 6. iconv()にtoRawオプション バイト列(クラスraw)への変換 > iconv("あいう",to="UTF-8",toRaw=T) [[1]] [1] e3 81 82 e3 81 84 e3 81 86 11年11月26日土曜日 6
  • 7. read.table()とscan()に 文字列が渡せる > read.table(text="1 2 3 4 5n2 4 6 8 10") V1 V2 V3 V4 V5 1 1 2 3 4 5 2 2 4 6 8 10 > scan(text="1 2 3 4 5") Read 5 items [1] 1 2 3 4 5 11年11月26日土曜日 7
  • 8. gl() の高速化 factor()を呼ばないようにしたらしい > system.time(gl(100,1000)) # 2.10 ユーザ システム 経過 0.070 0.000 0.073 > system.time(gl(100,1000)) # 2.14 ユーザ システム 経過 0.002 0.000 0.002 11年11月26日土曜日 8
  • 9. plot.function() 今までもplot(sin)とかcurve(sin)とか は可能だったが、正式にplot関数の methodとなった(使い方は変化なし) 1.0 0.5 sin(t) 0.0 xname属性が新設 -1.0 -3 -2 -1 0 1 2 3 plot(sin(xname= t ),xlim=c(-pi,pi)) t 11年11月26日土曜日 9
  • 10. try()がオリジナルのエラー を値として返す > res[[98]] [1] "Error in doit(x) : too few unique pointsn" attr(,"class") [1] "try-error" attr(,"condition") <simpleError in doit(x): too few unique points> > conditionCall(attr(res[[98]],"condition")) doit(x) > conditionMessage(attr(res[[98]],"condition")) [1] "too few unique points" 11年11月26日土曜日 10
  • 11. Rdドキュメント中で図が使える figure で図が使える。HTMLヘル プとLaTeXヘルプに反映される。 par()とpoints()で早速使われている 11年11月26日土曜日 11
  • 12. regmatches(), regexec() > x <- "http://stat.umn.edu:80/xyz" > m <- regexec("^(([^:]+)://)?([^:/]+)(:([0-9]+))?(/.*)", x) > m [[1]] [1] 1 1 1 8 20 21 23 # ()でマッチした文字列の開始位置 attr(,"match.length") [1] 26 7 4 12 3 2 4 # マッチした文字列の長さ > regmatches(x, m) # マッチした文字列自体 [[1]] [1] "http://stat.umn.edu:80/xyz" "http://" "http" [4] "stat.umn.edu" ":80" "80" [7] "/xyz" 11年11月26日土曜日 12
  • 13. postscript()とpdf()での colormodel=”grey” pdf(..., colormodel= srgb ) 5 4 3 2 6 1 7 12 8 11 9 10 4 3 pdf(..., colormodel= gray ) 5 2 6 1 7 12 8 11 9 10 11年11月26日土曜日 13
  • 14. dev.capture()で ビットマップキャプチャ dev.capabilities()で $capture==TRUEのグラフィック デバイスの場合に、表示中の画像を ラスターイメージ(1ピクセルごとの カラーのmatrix)として得る。 rasterImage{graphics}などで使用 できる 11年11月26日土曜日 14
  • 15. その他 help.search()でビネットが検索される unlink(false=TRUE)が可能に pbirthday(), qbirthday()でcoincident = 2の時にexactな計算が行わ れるようになってWikipediaと合うようになった .RDataが壊れていてもとりあえず起動はするようになった strptime()が24:00を受け入れるようになった Sys.setFileTime()でファイルの日時設定 Rd2HTML()でstylesheetオプション pdf()で生成されるPDFファイルが圧縮されるように R CMD INSTALLに --byte-compile オプション base, recommended パッケージはバイトコンパイル済みに 11年11月26日土曜日 15
  • 16. おわりに 2.14.0のNEWSは209項目 新機能だけでも178項目 Significant User-Visible Changes だけでも毎リリースごとに読んでお くべき 11年11月26日土曜日 16
  • 17. ご報告 Rパッケージガイドブック おかげさまで4月に無事出版 させていただきました。 ご協力いただきました皆様に 篤くお礼申し上げます。 11年11月26日土曜日 17