Melanie Pierra PhD defense : Coupling dark fermentation and microbial electrolysis for hydrogen production : formation and conservation of electroctive biofilm.
PhD in environmental biotechnology: Coupling dark fermentation and microbial electrolysis for hydrogen production. Main skills developped : Anaerobic process, pure culture in anoxic conditions, bioelectrochemical technics, molecular biology (PCR, CE-SSCP), INRA - LBE, Narbonne, FRANCE, INRA (French national agronomy research institute) LBE (Laboratory of Environmental Biotechnologies) Involved in the Defi H12 project financed by French National Research Agency (ANR) (5 publications, 5 oral communications)
Supervisors: Dr Nicolas Bernet, Dr Eric Trably.
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1. Couplage de la fermentation et de l’électrolyse microbienne pour la production d’hydrogène :
Formation et maintenance du biofilm électro-actif
Mélanie PIERRA,
Directeur de Thèse : Nicolas BERNET
Encadrant : Eric TRABLY
1
2. Hydrogène
Fort pouvoir calorifique 122kJ/g
Limitation des gaz à effet de serre
Contexte
Travaux de Thèse
conclusionss & perspectives
2
Modes de production principaux :
96 % : énergies fossiles
4 % : électrolyse de l’eau
Voies de recherche pour la production d’hydrogène à privilégier:
Voies biologiques
Electrolyse microbienne
(Microbial electrolysis cell - MEC)
Fermentation
Photo-Fermentation
Bio-photolyse de l’eau
Bactéries électroactives
Bactéries anaérobies
Cyanobactéries
Microalgues
Hawkes et al, 2007
Hallembeck et Benemann, 2002
3. 3
La fermentation
Hawkes et al, 2007
Guo et al, 2010
Lactate
Acétone,
Butanol,
Ethanol,
Propionate…
Acétate
CO2 + H2
Matière organique
(biomasse, déchets solides, effluents)
Acides aminés
Sucres simples
Acides gras
Acides gras volatils
(acétate, butyrate)
CO2 + CH4
Bactéries hydrolytiques
Bactéries fermentaires
Bactéries homoacétogènes
Archaea méthanogènes
Conditions opératoires spécifiques
(pH, T°, [S])
Contexte
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Les étapes de la fermentation
4. Lactate
Acétone,
Butanol,
Ethanol,
Propionate…
Acétate
CO2 + H2
Matière organique
(biomasse, déchets solides, effluents)
Acides aminés
Sucres simples
Acides gras
Acides gras volatils
(acétate, butyrate)
CO2 + CH4
Bactéries hydrolytiques
Bactéries fermentaires
Bactéries homoacétogènes
Archaea méthanogènes
Conditions opératoires spécifiques
(pH bas, T°, [S])
4
La fermentation
Hawkes et al, 2007
Guo et al, 2010
Contexte
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Voies de production
5. 6
Anaérobies strictes
Clostridium Y = 1,8 – 2
Anaérobies facultatives
Enterobacter Y = 0,2 – 1
Cultures mixtes anaérobies
Co-cultures Y = 2,5
Complexes Y = 2,0 – 3,0
Rendement
(mole H2/molehexose)
Latrille et al, 2011
La fermentation
Contexte
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Les bactéries productrices d’hydrogène
6. Contexte
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
7
Hydrogène
Voies de recherche pour la production de l’hydrogène à privilégier:
Voies biologiques
Electrolyse microbienne
(Microbial electrolysis cell - MEC)
Fermentation
Photo-Fermentation
Bio-photolyse de l’eau
Bactéries électroactives
Microorganismes anaérobies
Cyanobactéries
Microalgues
Hawkes et al, 2007
Hallembeck et Benemann, 2002
Fort pouvoir calorifique 122kJ/g
Limitation des gaz à effet de serre
Modes de production principaux :
96 % : énergies fossiles
4 % : électrolyse de l’eau
7. Contexte
Rabaey et Vertraete, 2005
8
Les systèmes bioelectrochimiques
CH3COOH
2 CO2
8 e-
8 H+
8 e-
8 e-
2 H2O
8 H+
2 O2
2 H2O
Liu et al, 2005
Rozendal et al, 2006
Production d’hydrogène
CH3COOH
2 CO2
8 e-
8 H+
8 e-
8 e-
Générateur
4 H2
2 H2O
8 H+
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Microbial Fuel cell
MFC
Microbial Electrolysis cell
MEC
Anode (anaérobie)
Cathode (aérobie)
Anode (anaérobie)
Cathode (anaérobie)
Electrolyse microbienne
8. Liu et al, 2010
9
La différence de potentiel à appliquer est inférieure en MEC par rapport à l’électrolyse de l’eau.
Les systèmes bioelectrochimiques
Contexte
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
MFC
MEC
Electrolyse de l’eau
Catalyse microbienne
9. 10
Les bactéries électro-actives
Desulfuromonas acetoxidans
0,16 A/m² [3]
Desulfobulbus propionicus
0,03 A/m² [4]
Shewanella oneidensis
0,12 A/m² [1]
Geobacter sulfurreducens
8,40 A/m² [2]
Klebsiella pneumoniae
1,20 A/m² [5]
Contexte
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
pH = 7-9,
T = 30-37 °C
Bactéries électroactives
[1] Carmona-Martinez et al., 2012
[2] Dumas et al., 2008
[3] Bond et al., 2002
[4] Holmes et al., 2004
[5] Zhang et al., 2008
Kim et al., 1999 Wang et al., 2010
10. 12
Kiely et al., 2011; Freguia et al., 2010
Acétate : substrat modèle pour l’activité électroactive des biofilms
Les bactéries électro-actives
Contexte
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Substrats
퐶퐸= 푛푒−푡푟푎푛푠푓é푟é푠 푛푒−푠푢푏푠푡푟푎푡
Rendement faradique :
Chae et al., 2009
12. 14
Communauté microbienne de la fermentation
Communauté microbienne électroactive en MEC
Paramètres opératoires
Contexte
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Objectifs & Stratégie
pH
Salinité
Acides organiques
Stratégie d’inoculation
Objectifs et stratégie
Structure (composition, diversité)
Fonction (production d’hydrogène, électroactivité)
…des communautés microbiennes
Espèces exogènes
13. 15
pH
Salinité
Acides organiques
Stratégie d’Inoculation
Communauté microbienne de la fermentation
Communauté microbienne électroactive en MEC
Paramètres opératoires
Contexte
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Objectifs & Stratégie
Objectifs et stratégie
Structure (composition, diversité)
Fonction (production d’hydrogène, électroactivité)
…des communautés microbiennes
Espèces exogènes
14. 16
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Objectifs & Stratégie
Contexte
Communauté microbienne de la fermentation
Communauté microbienne électroactive en MEC
Paramètres opératoires
B1
Paramètres abiotiques (pH, AGV)
B2
Nature et adaptation de l’inoculum
A Fermentation en milieu salin :
-pH 8
-pH 6
C
Perturbations biotiques
Stratégie
=> inoculum commun anaérobie et salin
Etude de l’adaptation de cet inoculum aux paramètres spécifiques de chaque procédé.
15. 17
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Objectifs & Stratégie
Contexte
Communauté microbienne de la fermentation
Communauté microbienne électroactive en MEC
Paramètres opératoires
A Fermentation en milieu salin :
-pH 8
-pH 6
Stratégie
=> inoculum commun anaérobie et salin
Etude de l’adaptation de cet inoculum aux paramètres spécifiques de chaque procédé.
B1
Paramètres abiotiques (pH, AGV)
B2
Nature et adaptation de l’inoculum
C Perturbations biotiques
16. 18
Conclusions & Perspectives
Fermentation en milieu salin
Contexte
Travaux de Thèse
2 CH3COOH
4 H2
2 CO2
4 H2O
C6H12O6
Inoculum : sédiments de salins
VL = 200 mL
Substrat : glucose (5g/L)
Oligo-éléments
pH initial : 8
7 salinités de 9 à 75 gNaCl/L
Triplicats
Matériel et Méthodes
17. -0,2
-0,1
0,0
9
19
29
38
48
58
75
Vitesse spécifique de consommation d’H2 (j-1)
0,0
0,2
0,4
0,6
0,8
1,0
9
19
29
38
48
58
75
H2max (molH2 /molGlucose)
salinité (gNaCl/L)
19
Quéméneur et al, 2011; Quéméneur et al, 2011; Oren, 2001
•Diminution de H2max de 9 à 29 gNaClL-1
•Puis augmentation constante => 0,90 (±0,02) molH2 molGlc-1 at 75 gNaClL-1
•Meilleurs taux de conversion en hydrogène pour les plus fortes concentrations en NaCl
•Impact de NaCl sur les consommateurs d’H2
•Inhibition de la voie propionique de consommation d’H2
Conclusions & Perspectives
A / Fermentation en milieu salin
Contexte
Travaux de Thèse
Production d’hydrogène
•Consommation d’hydrogène plus inhibée que production aux plus fortes salinités
•Production d’hydrogène à pH 8 & en milieu salin
18. Communautés microbiennes
20
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
9
19
29
38
48
58
75
Others
VIBRIONALES
Vibrio sp
Vibrionaceae
Vibrio ssp
Vibrio parahaemolyticus
Vibrio nereis
FUSOBACTERIALES
ENTEROBACTERIALES
CLOSTRIDIALES
BACTEROIDALES
ALTEROMONADALES
Concentration en NaCl (gNaCl/L)
58 gNaClL-1 and 75 gNaClL-1 : une nouvelle Vibrionaceae
Conclusions & Perspectives
Contexte
Travaux de Thèse
•9gNaClL-1 : Clostridium & Enterobacter.
•% Clostridium & Enterobacter diminuent avec l’augmentation de la salinité
•58 & 75 gNaClL-1 : l’abondance relative des Vibrionales atteint plus de 79 & 92%
Guo et al, 2010 , , Trably et al, 2011; Quéméneur, 2011; Quéméneur, 2012
Pyroséquençage: Abondance relative (%)
A / Fermentation en milieu salin
19. 21
Espèces isolées à partir d’eaux usées
Conditions non salines
Conclusions & Perspectives
Contexte
Travaux de Thèse
Oh et al, 2003
Vibrio
A / Fermentation en milieu salin
20. 22
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
conclusionss intermédiaires
Contexte
Communauté microbienne de la fermentation
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8
Nouvelle Vibrionaceae
Communauté microbienne électroactive en MEC
Paramètres opératoires
B1 Paramètres abiotiques (pH, AGV)
B2
Nature et adaptation de l’inoculum
C
Perturbations biotiques
Pierra et al, International Journal of Hydrogen Energy, 2013
A Fermentation en milieu salin :
-pH 8
-pH 6
21. g/L
0.5
2.0
0.2
7.6
35.0
1.0 mL
composition:
Working electrode:
Graphite plate
Counter electrode:
Platinium grid
Reference electrode:
SCE
Temperature controlled system at 37 C
Experimental conditions
Electrode de travail :
Plaque de graphite
Electrode de référence :
ECS
Contre électrode :
grille de Platine
2,5 cm
« Anode »
« Cathode »
Platinium grid
Temperature controlled system at 37 C
Continuos stirring at 200 rpm
Anaerobic sediments collected in Gruissan
23
Électrode de travail
Électrode de référence
Contre électrode
U
I
0,2V vs ECS
Système à 3 électrodes
(Demi-cellule)
Température : 37°C
U
I I= f(t)
Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives
I
J
(A/m²)
Cultures mixtes
Matériel et Méthodes
B1 / Paramètres abiotiques (pH, AGV)
Inoculum : sédiment de salin
35gNaCl/L
22. 24
Conclusions & Perspectives
Contexte
Travaux de Thèse
Desulfuromonas acetoxidans & Geoalkalibacter subterraneus : espèces majoritaires
Desulfuromonas acetoxidans / Desulfuromonas spp
Geoalkalibacter subterraneus
Pyroséquençage des communautés des biofilms électroactifs : Enrichissement sur anode de souches dominantes
pH
5,5 ou 7
Acides organiques
Acétate (10mM) ou
Acétate(5mM) + Butyrate (5mM)
2,2 A/m²
4,2 A/m²
6,7 A/m²
7,7 A/m²
Enrichissements
Desulfuromonas spp :
3 ± 2 /1000
Geoalkalibacter subterraneus :
2 ± 0 /1000
B1 / Paramètres abiotiques (pH, AGV)
23. 25
Sélection d’espèces majoritaires dans le biofilm électroactif quelles que soient les conditions de pH et de composition en substrat.
Dominance ou co-dominance
Conclusions & Perspectives
Contexte
Travaux de Thèse
Desulfuromonas acetoxidans :
-Issue de sédiments marins
-Bond et al., 2002 (0,16 A/m²) Geoalkalibacter subterraneus :
-En culture mixte : 4,2 à 8,9 A/m² (Micelli et al., 2012)
-Etude en culture pure (Carmona, Pierra et al., 2013, Badalamenti et al., 2013) : mécanisme de transfert direct
Bond et al., 2002; Micelli et al., 2012; Carmona et al., 2013; Badalamenti et al., 2013
Espèces majoritaires
B1 / Paramètres abiotiques (pH, AGV)
Espèces minoritaires dans l’inoculum
24. 26
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Objectifs & Stratégie
Contexte
Communauté microbienne de la fermentation
Communauté microbienne électroactive en MEC
Paramètres opératoires
B1
Paramètres abiotiques (pH, AGV)
B2
Nature et adaptation de l’inoculum
C
Perturbations biotiques
A Fermentation en milieu salin :
-pH 8
-pH 6
=> Construction du biofilm
25. D. acetoxidans
G. subterraneus
Conclusions & Perspectives
Construction du biofilm
Contexte
Travaux de Thèse
Existe-t-il une synergie entre Geoalkalibacter subterraneus et Desulfuromonas acetoxidans ?
Lavage des cellules
Lavage des cellules
27
Souches de collection
26. 28
100/0
80/20
50/50
20/80
0/100
Desulfuromonas acetoxidans
Geoalkalibacter subterraneus
5,0 A/m²
1,9 A/m²
Conclusions & Perspectives
Construction du biofilm
Contexte
Travaux de Thèse
27. R1
R2
R3
Ratio d’inoculation
D. acetoxidans /
G. subterraneus
100/0
80/20
47/53
05/95%
0/100
Densité de courant maximale A/m²
1,9
3,1
5,8
4,4
5,0
Temps de latence (j)
40
20
15
2
4
Ratio final
dans le biofilm
D. acetoxidans /
G. subterraneus
100/0
02/98
02/98
02/98
0/100
29
Conclusions & Perspectives
Construction du biofilm
Contexte
Travaux de Thèse
28. 30
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
conclusionss intermédiaires
Contexte
Communauté microbienne de la fermentation
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8
Nouvelle Vibrionaceae
Communauté microbienne électroactive en MEC
Paramètres opératoires
Dominance systematique de
G. subterraneus &
D. acetoxidans
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus
Recherche d’une stratégie d’acclimatation de l’inoculum qui permettrait la formation de biofilms reproductibles
B1 Paramètres abiotiques (pH, AGV)
B2
Nature et adaptation de l’inoculum
C
Perturbations biotiques
A Fermentation en milieu salin :
-pH 8
-pH 6
=> Construction du biofilm
29. 31
Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
Acetate
CO2
Fe(III)
Fe(II)
e-
8 e-
Acetate
2 CO2
8 H+
4 H2O
8e-
L’enrichissement sur Fe(III) :
• améliore l’électroactivité après enrichissement d’un biofilm préformé (Wang et al., 2010)
• diminue l’électroactivité du biofilm après 25 cycles d’enrichissement de boues anaérobies
(Kim et al., 2005)
Suivi des communautés microbiennes
Objectifs
30. 32
4x
4x
Sediments
4x
4x
Etude de l’effet de l’enrichissement sur Fe(III) sur :
• Les performances bioélectrochimiques
• La structure de la communauté microbienne du biofilm et de la culture
liquide
E1
E2
E3
B0
B1
B2
B3
Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives B2 / Contexte Nature et adaptation de l’inoculum
Principe
31. 33
푄푚푎푥 퐶 = 푖 푡 푑푡
Anode
CxHyOz
CO2
e-
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
0 10 20 30 40
J(A:m²)
Temps (jours)
0
500
1 000
1 500
2 000
2 500
3 000
3 500
4 000
4 500
0 10 20 30 40
Q(C)
Temps (jours)
퐶퐸 =
푛푒−푡푟푎푛푠푓é푟é푠
푛푒−푡ℎé표푟푖푞푢푒 (푠푢푏푠푡푟푎푡)
Temps de latence
Charge transmise : Qmax
Rendement faradique :
Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives
Matériel et Méthodes
Vmax
B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
32. 1 étape d’enrichissement pour augmenter le rendement faradique de 30,4±4% à 99±7% et la vitesse de transfert d’électrons
Dégradation des performances à la troisième étape d’enrichissement
Augmentation du temps de latence
Electroactivité du biofilm:
de 1,6 to 4,5 A/m²
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Contexte
34
B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
0
5
10
15
20
25
30
35
0
100
200
300
400
500
B0
B1
B2
B3
Vmax (C/j)
biofilms
(dQ/dt)max (C/d)
Lag Phase (d)
Temps de latence (j)
0%
20%
40%
60%
80%
100%
120%
B0
B1
B2
B3
Rendement faradique (%)
biofilms
Transfert d’électrons
33. 35
• SSCP = technique d’empreinte moléculaire
•1 espèce => 1 pic
• Aire sous chaque pic => abondance relative de l’espèce dans la
communauté microbienne
Empreinte
moléculaire
Raclage du
biofilm
Centrifugation de
la culture liquide
Pyroséquençage
0
5
10
15
20
25
30
35
40
Espèces
Abondance relative (%)
1 2 3 4
Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives B2 / Contexte Nature et adaptation de l’inoculum
Matériel et Méthodes
Temps d’elution
Espèce 1
Intensité de
fluorescence
Espèce 2
Profil CE-SSCP
34. 4x
4x
Sédiments
4x
4x
E1
E2
E3
B0
B1
B2
B3
Travaux Contexte de Thèse Conclusions & Perspectives
36
B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
Structure des communautés microbiennes
35. Sediments
Structures de communautés
similaires
(1 ou 2 espèces majoritaires)
Forte simplification de
la communauté
microbienne
Profils CE-SSCP
E1
E2
E3
B0
B1
B2
B3
Travaux Contexte de Thèse Conclusions & Perspectives
37
Structure des communautés microbiennes
B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
36. Augmentation du temps de latence / emergence de Marinobacterium sp
0
20
40
60
80
100
B0
B1
B2
B3
Abondance relative (%)
L’électroactivité du biofilm est améliorée avec l’apparition de Geoalkalibacter subterraneus au 1er enrichissement sur Fe(III)
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Contexte
38
0
5
10
15
20
25
30
35
0
100
200
300
400
500
B0
B1
B2
B3
Vmax (C/d)
biofilms
(dQ/dt)max (C/d)
Lag Phase (d)
Temps de latence (j)
Structure des communautés microbiennes
B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
37. Enrichissements sur Fe(III) Biofilms
• Enrichissement sur Fe(III) : Geobacteraceae & Geoalkalibacter subterraneus
• Enrichissement sur électrode : Geoalkalibacter subterraneus & Marinobacterium sp.
• Sélection de Geoalkalibacter subterraneus en 1 cycle d’enrichissement
• Cycles d’enrichissement répétés => émergence d’une autre Geobacteraceae
=> diminution des performances électroactives.
Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives
39
Structure des communautés microbiennes
B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
38. 40
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Conclusions intermédiaires
Contexte
Communauté microbienne de la fermentation
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8
Nouvelle Vibrionaceae
Communauté microbienne électroactive en MEC
Paramètres opératoires
Dominance systematique de
G. subterraneus &
D. acetoxidans
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle
B2
Nature et adaptation de l’inoculum
A Fermentation en milieu salin :
-pH 8
-pH 6
C
Perturbations biotiques
B1
Paramètres abiotiques (pH, AGV)
=> Construction du biofilm
39. 41
Conclusions & Perspectives
Contexte
Travaux de Thèse
Objectif
C / Perturbations biotiques sur le biofilm
40. 42
pH6
pH7
pH8
pH7
Témoin
CE-SSCP
Ce (%)
Jmax (A/m²)
Conclusions & Perspectives
C / Perturbations biotiques sur le biofilm
Contexte
Travaux de Thèse
0
2
4
6
8
10
12
14
0
5
10
15
20
25
30
35
Densité de courant J (A/m²)
temps (j)
RBC-1
RBC-2
RBC-3
RBC-4
Acétate
Ajout de Biomasse
Retrait électrodes (biofilm)
Matériel et Méthodes
35gNaCl/L
41. Biomasse exogène
CE (%)
Jmax (A/m²)
Cycle 1
Cycle 2
Cycle 3
Témoin
CE
108%
88%
101%
Jmax
9,3±0,1
9,4±0,5
9,2±0,6
pH6
CE
123%
93%
108%
Jmax
9,8±1,0
9,4±1,2
5,7±0,1
pH7
CE
154%
168%
156%
Jmax
7,7±0,2
10,8±1,3
4,1
pH8
CE
105%
132%
105%
Jmax
9,6±0,8
8,4±0,9
5,4±0,5
Conclusions & Perspectives
Contexte
Travaux de Thèse
43
Impact sur l’électroactivité
•Diminution de jmax
•Épaississement du biofilm
Changement de communautés microbiennes ?
C / Perturbations biotiques sur le biofilm
42. 44
pH8
Témoin
Conclusions & Perspectives
Contexte
Travaux de Thèse
Burmolle et al., 2006
Freguia et al., 2007
C / Perturbations biotiques sur le biofilm
Quantités de bactéries équivalentes (qPCR)
Épaississement du biofilm par Exopolymères (EPS)
Transfert de substrat ralenti dans le biofilm
Diminution de jmax
Communautés microbiennes
43. 45
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Conclusions intermédiaires
Contexte
Communauté microbienne de la fermentation
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8
Nouvelle Vibrionaceae
Communauté microbienne électroactive en MEC
Paramètres opératoires
Dominance systematique de
G. subterraneus &
D. acetoxidans
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle
Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS
A Fermentation en milieu salin :
-pH 8
-pH 6
B2
Nature et adaptation de l’inoculum
C
Perturbations biotiques
B1
Paramètres abiotiques (pH, AGV)
=> Construction du biofilm
44. 46
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Contexte
Communauté microbienne de la fermentation
Communauté microbienne électroactive en MEC
Paramètres opératoires
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8
Nouvelle Vibrionaceae
Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle
Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS
Conclusions intermédiaires
A Fermentation en milieu salin :
-pH8
-pH6
B2
Nature et adaptation de l’inoculum
C Perturbations biotiques
B1 Paramètres abiotiques (pH, AGV)
=> Construction du biofilm
45. 47
CONCLUSION GENERALE
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Contexte
Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8
Nouvelle Vibrionaceae
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle
Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS
A partir d’un même inoculum de départ & en condition saline
Communautés microbiennes différentes
Activités différentes
46. Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8
Nouvelle Vibrionaceae
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle
Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS
48
PERSPECTIVES
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Contexte
•Interactions entre G. subterraneus & D. acetoxidans ?
100/0
80/20
50/50
20/80
0/100
47. Dominance systematique de
G. subterraneus &
D. acetoxidans
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8
Nouvelle Vibrionaceae
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle
Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS
49
PERSPECTIVES
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Contexte
•Interactions entre G. subterraneus & D. acetoxidans ?
•Pré-acclimatation sur Fe(III) avec d’autres inocula
100/0
80/20
50/50
20/80
0/100
48. Dominance systematique de
G. subterraneus &
D. acetoxidans
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8
Nouvelle Vibrionaceae
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle
Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS
50
PERSPECTIVES
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Contexte
•Interactions entre G. subterraneus & D. acetoxidans ?
•Pré-acclimatation sur Fe(III) avec d’autres inocula
•Action des paramètres biotiques et abiotiques sur les communautés microbiennes en réacteur continu
100/0
80/20
50/50
20/80
0/100
49. Dominance systematique de
G. subterraneus &
D. acetoxidans
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8
Nouvelle Vibrionaceae
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle
Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS
51
PERSPECTIVES
Travaux de Thèse
Conclusions & Perspectives
Contexte
•Interactions entre G. subterraneus & D. acetoxidans ?
•Pré-acclimatation sur Fe(III) avec d’autres inocula
•Action des paramètres biotiques et abiotiques sur les communautés microbiennes en réacteur continu
•Orientation de la fermentation vers la production d’acétate
100/0
80/20
50/50
20/80
0/100
2 CH3COOH
50. 52
Nicolas BERNET, Eric TRABLY & Jury : E.LOJOU, P. FONTANILLE, C. GHOMMIDH, B.ERABLE, L PREZIOSZI-BELLOY &
•Comité de thèse : A. BERGEL, T. BOUCHEZ
•L’équipe défi H12 / ANR
•Jean-Jacques GODON
•Alessandro CARMONA,
•Caroline RIVALLAND (Stagiaire Master 2)
•Anaïs BONNAFOUS &
•le LBE
•ma famille, mes amis