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Couplage de la fermentation et de l’électrolyse microbienne pour la production d’hydrogène : 
Formation et maintenance du biofilm électro-actif 
Mélanie PIERRA, 
Directeur de Thèse : Nicolas BERNET 
Encadrant : Eric TRABLY 
1
Hydrogène 
Fort pouvoir calorifique 122kJ/g 
Limitation des gaz à effet de serre 
Contexte 
Travaux de Thèse 
conclusionss & perspectives 
2 
Modes de production principaux : 
96 % : énergies fossiles 
4 % : électrolyse de l’eau 
Voies de recherche pour la production d’hydrogène à privilégier: 
Voies biologiques 
Electrolyse microbienne 
(Microbial electrolysis cell - MEC) 
Fermentation 
Photo-Fermentation 
Bio-photolyse de l’eau 
Bactéries électroactives 
Bactéries anaérobies 
Cyanobactéries 
Microalgues 
Hawkes et al, 2007 
Hallembeck et Benemann, 2002
3 
La fermentation 
Hawkes et al, 2007 
Guo et al, 2010 
Lactate 
Acétone, 
Butanol, 
Ethanol, 
Propionate… 
Acétate 
CO2 + H2 
Matière organique 
(biomasse, déchets solides, effluents) 
Acides aminés 
Sucres simples 
Acides gras 
Acides gras volatils 
(acétate, butyrate) 
CO2 + CH4 
Bactéries hydrolytiques 
Bactéries fermentaires 
Bactéries homoacétogènes 
Archaea méthanogènes 
Conditions opératoires spécifiques 
(pH, T°, [S]) 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Les étapes de la fermentation
Lactate 
Acétone, 
Butanol, 
Ethanol, 
Propionate… 
Acétate 
CO2 + H2 
Matière organique 
(biomasse, déchets solides, effluents) 
Acides aminés 
Sucres simples 
Acides gras 
Acides gras volatils 
(acétate, butyrate) 
CO2 + CH4 
Bactéries hydrolytiques 
Bactéries fermentaires 
Bactéries homoacétogènes 
Archaea méthanogènes 
Conditions opératoires spécifiques 
(pH bas, T°, [S]) 
4 
La fermentation 
Hawkes et al, 2007 
Guo et al, 2010 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Voies de production
6 
Anaérobies strictes 
Clostridium Y = 1,8 – 2 
Anaérobies facultatives 
Enterobacter Y = 0,2 – 1 
Cultures mixtes anaérobies 
Co-cultures Y = 2,5 
Complexes Y = 2,0 – 3,0 
Rendement 
(mole H2/molehexose) 
Latrille et al, 2011 
La fermentation 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Les bactéries productrices d’hydrogène
Contexte 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
7 
Hydrogène 
Voies de recherche pour la production de l’hydrogène à privilégier: 
Voies biologiques 
Electrolyse microbienne 
(Microbial electrolysis cell - MEC) 
Fermentation 
Photo-Fermentation 
Bio-photolyse de l’eau 
Bactéries électroactives 
Microorganismes anaérobies 
Cyanobactéries 
Microalgues 
Hawkes et al, 2007 
Hallembeck et Benemann, 2002 
Fort pouvoir calorifique 122kJ/g 
Limitation des gaz à effet de serre 
Modes de production principaux : 
96 % : énergies fossiles 
4 % : électrolyse de l’eau
Contexte 
Rabaey et Vertraete, 2005 
8 
Les systèmes bioelectrochimiques 
CH3COOH 
2 CO2 
8 e- 
8 H+ 
8 e- 
8 e- 
2 H2O 
8 H+ 
2 O2 
2 H2O 
Liu et al, 2005 
Rozendal et al, 2006 
Production d’hydrogène 
CH3COOH 
2 CO2 
8 e- 
8 H+ 
8 e- 
8 e- 
Générateur 
4 H2 
2 H2O 
8 H+ 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Microbial Fuel cell 
MFC 
Microbial Electrolysis cell 
MEC 
Anode (anaérobie) 
Cathode (aérobie) 
Anode (anaérobie) 
Cathode (anaérobie) 
Electrolyse microbienne
Liu et al, 2010 
9 
La différence de potentiel à appliquer est inférieure en MEC par rapport à l’électrolyse de l’eau. 
Les systèmes bioelectrochimiques 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
MFC 
MEC 
Electrolyse de l’eau 
Catalyse microbienne
10 
Les bactéries électro-actives 
Desulfuromonas acetoxidans 
0,16 A/m² [3] 
Desulfobulbus propionicus 
0,03 A/m² [4] 
Shewanella oneidensis 
0,12 A/m² [1] 
Geobacter sulfurreducens 
8,40 A/m² [2] 
Klebsiella pneumoniae 
1,20 A/m² [5] 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
pH = 7-9, 
T = 30-37 °C 
Bactéries électroactives 
[1] Carmona-Martinez et al., 2012 
[2] Dumas et al., 2008 
[3] Bond et al., 2002 
[4] Holmes et al., 2004 
[5] Zhang et al., 2008 
Kim et al., 1999 Wang et al., 2010
12 
Kiely et al., 2011; Freguia et al., 2010 
Acétate : substrat modèle pour l’activité électroactive des biofilms 
Les bactéries électro-actives 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Substrats 
퐶퐸= 푛푒−푡푟푎푛푠푓é푟é푠 푛푒−푠푢푏푠푡푟푎푡 
Rendement faradique : 
Chae et al., 2009
13 
H2 
H2 
Fermentation 
Electrolyse Microbienne 
Substrat 
Acides organiques (acétate, butyrate) 
Effluent 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Couplage Fermentation / MEC 
37°C pH 5,5 
Milieu salin (conductivité) 
pH 7 
2 CH3COOH 
4 H2 
2 CO2 
4 H2O 
C6H12O6 
16 e- 
16 e- 
Générateur 
2 CH3COOH 
4 CO2 
16 H+ 
4 H2O 
16 H+ 
8 H2 
16e-
14 
Communauté microbienne de la fermentation 
Communauté microbienne électroactive en MEC 
Paramètres opératoires 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Objectifs & Stratégie 
pH 
Salinité 
Acides organiques 
Stratégie d’inoculation 
Objectifs et stratégie 
Structure (composition, diversité) 
Fonction (production d’hydrogène, électroactivité) 
…des communautés microbiennes 
Espèces exogènes
15 
pH 
Salinité 
Acides organiques 
Stratégie d’Inoculation 
Communauté microbienne de la fermentation 
Communauté microbienne électroactive en MEC 
Paramètres opératoires 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Objectifs & Stratégie 
Objectifs et stratégie 
Structure (composition, diversité) 
Fonction (production d’hydrogène, électroactivité) 
…des communautés microbiennes 
Espèces exogènes
16 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Objectifs & Stratégie 
Contexte 
Communauté microbienne de la fermentation 
Communauté microbienne électroactive en MEC 
Paramètres opératoires 
B1 
Paramètres abiotiques (pH, AGV) 
B2 
Nature et adaptation de l’inoculum 
A Fermentation en milieu salin : 
-pH 8 
-pH 6 
C 
Perturbations biotiques 
Stratégie 
=> inoculum commun anaérobie et salin 
Etude de l’adaptation de cet inoculum aux paramètres spécifiques de chaque procédé.
17 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Objectifs & Stratégie 
Contexte 
Communauté microbienne de la fermentation 
Communauté microbienne électroactive en MEC 
Paramètres opératoires 
A Fermentation en milieu salin : 
-pH 8 
-pH 6 
Stratégie 
=> inoculum commun anaérobie et salin 
Etude de l’adaptation de cet inoculum aux paramètres spécifiques de chaque procédé. 
B1 
Paramètres abiotiques (pH, AGV) 
B2 
Nature et adaptation de l’inoculum 
C Perturbations biotiques
18 
Conclusions & Perspectives 
Fermentation en milieu salin 
Contexte 
Travaux de Thèse 
2 CH3COOH 
4 H2 
2 CO2 
4 H2O 
C6H12O6 
 Inoculum : sédiments de salins 
 VL = 200 mL 
 Substrat : glucose (5g/L) 
 Oligo-éléments 
 pH initial : 8 
 7 salinités de 9 à 75 gNaCl/L 
 Triplicats 
Matériel et Méthodes
-0,2 
-0,1 
0,0 
9 
19 
29 
38 
48 
58 
75 
Vitesse spécifique de consommation d’H2 (j-1) 
0,0 
0,2 
0,4 
0,6 
0,8 
1,0 
9 
19 
29 
38 
48 
58 
75 
H2max (molH2 /molGlucose) 
salinité (gNaCl/L) 
19 
Quéméneur et al, 2011; Quéméneur et al, 2011; Oren, 2001 
•Diminution de H2max de 9 à 29 gNaClL-1 
•Puis augmentation constante => 0,90 (±0,02) molH2 molGlc-1 at 75 gNaClL-1 
•Meilleurs taux de conversion en hydrogène pour les plus fortes concentrations en NaCl 
•Impact de NaCl sur les consommateurs d’H2 
•Inhibition de la voie propionique de consommation d’H2 
Conclusions & Perspectives 
A / Fermentation en milieu salin 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Production d’hydrogène 
•Consommation d’hydrogène plus inhibée que production aux plus fortes salinités 
•Production d’hydrogène à pH 8 & en milieu salin
Communautés microbiennes 
20 
0 
10 
20 
30 
40 
50 
60 
70 
80 
90 
100 
9 
19 
29 
38 
48 
58 
75 
Others 
VIBRIONALES 
Vibrio sp 
Vibrionaceae 
Vibrio ssp 
Vibrio parahaemolyticus 
Vibrio nereis 
FUSOBACTERIALES 
ENTEROBACTERIALES 
CLOSTRIDIALES 
BACTEROIDALES 
ALTEROMONADALES 
Concentration en NaCl (gNaCl/L) 
58 gNaClL-1 and 75 gNaClL-1 : une nouvelle Vibrionaceae 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
Travaux de Thèse 
•9gNaClL-1 : Clostridium & Enterobacter. 
•% Clostridium & Enterobacter diminuent avec l’augmentation de la salinité 
•58 & 75 gNaClL-1 : l’abondance relative des Vibrionales atteint plus de 79 & 92% 
Guo et al, 2010 , , Trably et al, 2011; Quéméneur, 2011; Quéméneur, 2012 
Pyroséquençage: Abondance relative (%) 
A / Fermentation en milieu salin
21 
Espèces isolées à partir d’eaux usées 
Conditions non salines 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Oh et al, 2003 
Vibrio 
A / Fermentation en milieu salin
22 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
conclusionss intermédiaires 
Contexte 
Communauté microbienne de la fermentation 
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 
Nouvelle Vibrionaceae 
Communauté microbienne électroactive en MEC 
Paramètres opératoires 
B1 Paramètres abiotiques (pH, AGV) 
B2 
Nature et adaptation de l’inoculum 
C 
Perturbations biotiques 
Pierra et al, International Journal of Hydrogen Energy, 2013 
A Fermentation en milieu salin : 
-pH 8 
-pH 6
g/L 
0.5 
2.0 
0.2 
7.6 
35.0 
1.0 mL 
composition: 
Working electrode: 
Graphite plate 
Counter electrode: 
Platinium grid 
Reference electrode: 
SCE 
Temperature controlled system at 37 C 
Experimental conditions 
Electrode de travail : 
Plaque de graphite 
Electrode de référence : 
ECS 
Contre électrode : 
grille de Platine 
2,5 cm 
« Anode » 
« Cathode » 
Platinium grid 
Temperature controlled system at 37 C 
Continuos stirring at 200 rpm 
Anaerobic sediments collected in Gruissan 
23 
Électrode de travail 
Électrode de référence 
Contre électrode 
U 
I 
0,2V vs ECS 
Système à 3 électrodes 
(Demi-cellule) 
Température : 37°C 
U 
I I= f(t) 
Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives 
I 
J 
(A/m²) 
Cultures mixtes 
Matériel et Méthodes 
B1 / Paramètres abiotiques (pH, AGV) 
 Inoculum : sédiment de salin 
 35gNaCl/L
24 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Desulfuromonas acetoxidans & Geoalkalibacter subterraneus : espèces majoritaires 
Desulfuromonas acetoxidans / Desulfuromonas spp 
Geoalkalibacter subterraneus 
Pyroséquençage des communautés des biofilms électroactifs : Enrichissement sur anode de souches dominantes 
pH 
5,5 ou 7 
Acides organiques 
Acétate (10mM) ou 
Acétate(5mM) + Butyrate (5mM) 
2,2 A/m² 
4,2 A/m² 
6,7 A/m² 
7,7 A/m² 
Enrichissements 
Desulfuromonas spp : 
3 ± 2 /1000 
Geoalkalibacter subterraneus : 
2 ± 0 /1000 
B1 / Paramètres abiotiques (pH, AGV)
25 
Sélection d’espèces majoritaires dans le biofilm électroactif quelles que soient les conditions de pH et de composition en substrat. 
Dominance ou co-dominance 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Desulfuromonas acetoxidans : 
-Issue de sédiments marins 
-Bond et al., 2002 (0,16 A/m²) Geoalkalibacter subterraneus : 
-En culture mixte : 4,2 à 8,9 A/m² (Micelli et al., 2012) 
-Etude en culture pure (Carmona, Pierra et al., 2013, Badalamenti et al., 2013) : mécanisme de transfert direct 
Bond et al., 2002; Micelli et al., 2012; Carmona et al., 2013; Badalamenti et al., 2013 
Espèces majoritaires 
B1 / Paramètres abiotiques (pH, AGV) 
Espèces minoritaires dans l’inoculum
26 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Objectifs & Stratégie 
Contexte 
Communauté microbienne de la fermentation 
Communauté microbienne électroactive en MEC 
Paramètres opératoires 
B1 
Paramètres abiotiques (pH, AGV) 
B2 
Nature et adaptation de l’inoculum 
C 
Perturbations biotiques 
A Fermentation en milieu salin : 
-pH 8 
-pH 6 
=> Construction du biofilm
D. acetoxidans 
G. subterraneus 
Conclusions & Perspectives 
Construction du biofilm 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Existe-t-il une synergie entre Geoalkalibacter subterraneus et Desulfuromonas acetoxidans ? 
Lavage des cellules 
Lavage des cellules 
27 
Souches de collection
28 
100/0 
80/20 
50/50 
20/80 
0/100 
Desulfuromonas acetoxidans 
Geoalkalibacter subterraneus 
5,0 A/m² 
1,9 A/m² 
Conclusions & Perspectives 
Construction du biofilm 
Contexte 
Travaux de Thèse
R1 
R2 
R3 
Ratio d’inoculation 
D. acetoxidans / 
G. subterraneus 
100/0 
80/20 
47/53 
05/95% 
0/100 
Densité de courant maximale A/m² 
1,9 
3,1 
5,8 
4,4 
5,0 
Temps de latence (j) 
40 
20 
15 
2 
4 
Ratio final 
dans le biofilm 
D. acetoxidans / 
G. subterraneus 
100/0 
02/98 
02/98 
02/98 
0/100 
29 
Conclusions & Perspectives 
Construction du biofilm 
Contexte 
Travaux de Thèse
30 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
conclusionss intermédiaires 
Contexte 
Communauté microbienne de la fermentation 
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 
Nouvelle Vibrionaceae 
Communauté microbienne électroactive en MEC 
Paramètres opératoires 
Dominance systematique de 
G. subterraneus & 
D. acetoxidans 
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus 
Recherche d’une stratégie d’acclimatation de l’inoculum qui permettrait la formation de biofilms reproductibles 
B1 Paramètres abiotiques (pH, AGV) 
B2 
Nature et adaptation de l’inoculum 
C 
Perturbations biotiques 
A Fermentation en milieu salin : 
-pH 8 
-pH 6 
=> Construction du biofilm
31 
Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives B2 / Nature et adaptation de l’inoculum 
Acetate 
CO2 
Fe(III) 
Fe(II) 
e- 
8 e- 
Acetate 
2 CO2 
8 H+ 
4 H2O 
8e- 
L’enrichissement sur Fe(III) : 
• améliore l’électroactivité après enrichissement d’un biofilm préformé (Wang et al., 2010) 
• diminue l’électroactivité du biofilm après 25 cycles d’enrichissement de boues anaérobies 
(Kim et al., 2005) 
Suivi des communautés microbiennes 
Objectifs
32 
4x 
4x 
Sediments 
4x 
4x 
Etude de l’effet de l’enrichissement sur Fe(III) sur : 
• Les performances bioélectrochimiques 
• La structure de la communauté microbienne du biofilm et de la culture 
liquide 
E1 
E2 
E3 
B0 
B1 
B2 
B3 
Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives B2 / Contexte Nature et adaptation de l’inoculum 
Principe
33 
푄푚푎푥 퐶 = 푖 푡 푑푡 
Anode 
CxHyOz 
CO2 
e- 
0 
1 
2 
3 
4 
5 
6 
7 
8 
9 
0 10 20 30 40 
J(A:m²) 
Temps (jours) 
0 
500 
1 000 
1 500 
2 000 
2 500 
3 000 
3 500 
4 000 
4 500 
0 10 20 30 40 
Q(C) 
Temps (jours) 
퐶퐸 = 
푛푒−푡푟푎푛푠푓é푟é푠 
푛푒−푡ℎé표푟푖푞푢푒 (푠푢푏푠푡푟푎푡) 
Temps de latence 
Charge transmise : Qmax 
Rendement faradique : 
Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives 
Matériel et Méthodes 
Vmax 
B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
1 étape d’enrichissement pour augmenter le rendement faradique de 30,4±4% à 99±7% et la vitesse de transfert d’électrons 
Dégradation des performances à la troisième étape d’enrichissement 
Augmentation du temps de latence 
Electroactivité du biofilm: 
de 1,6 to 4,5 A/m² 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
34 
B2 / Nature et adaptation de l’inoculum 
0 
5 
10 
15 
20 
25 
30 
35 
0 
100 
200 
300 
400 
500 
B0 
B1 
B2 
B3 
Vmax (C/j) 
biofilms 
(dQ/dt)max (C/d) 
Lag Phase (d) 
Temps de latence (j) 
0% 
20% 
40% 
60% 
80% 
100% 
120% 
B0 
B1 
B2 
B3 
Rendement faradique (%) 
biofilms 
Transfert d’électrons
35 
• SSCP = technique d’empreinte moléculaire 
•1 espèce => 1 pic 
• Aire sous chaque pic => abondance relative de l’espèce dans la 
communauté microbienne 
Empreinte 
moléculaire 
Raclage du 
biofilm 
Centrifugation de 
la culture liquide 
Pyroséquençage 
0 
5 
10 
15 
20 
25 
30 
35 
40 
Espèces 
Abondance relative (%) 
1 2 3 4 
Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives B2 / Contexte Nature et adaptation de l’inoculum 
Matériel et Méthodes 
Temps d’elution 
Espèce 1 
Intensité de 
fluorescence 
Espèce 2 
Profil CE-SSCP
4x 
4x 
Sédiments 
4x 
4x 
E1 
E2 
E3 
B0 
B1 
B2 
B3 
Travaux Contexte de Thèse Conclusions & Perspectives 
36 
B2 / Nature et adaptation de l’inoculum 
Structure des communautés microbiennes
Sediments 
Structures de communautés 
similaires 
(1 ou 2 espèces majoritaires) 
Forte simplification de 
la communauté 
microbienne 
Profils CE-SSCP 
E1 
E2 
E3 
B0 
B1 
B2 
B3 
Travaux Contexte de Thèse Conclusions & Perspectives 
37 
Structure des communautés microbiennes 
B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
Augmentation du temps de latence / emergence de Marinobacterium sp 
0 
20 
40 
60 
80 
100 
B0 
B1 
B2 
B3 
Abondance relative (%) 
L’électroactivité du biofilm est améliorée avec l’apparition de Geoalkalibacter subterraneus au 1er enrichissement sur Fe(III) 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
38 
0 
5 
10 
15 
20 
25 
30 
35 
0 
100 
200 
300 
400 
500 
B0 
B1 
B2 
B3 
Vmax (C/d) 
biofilms 
(dQ/dt)max (C/d) 
Lag Phase (d) 
Temps de latence (j) 
Structure des communautés microbiennes 
B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
Enrichissements sur Fe(III) Biofilms 
• Enrichissement sur Fe(III) : Geobacteraceae & Geoalkalibacter subterraneus 
• Enrichissement sur électrode : Geoalkalibacter subterraneus & Marinobacterium sp. 
• Sélection de Geoalkalibacter subterraneus en 1 cycle d’enrichissement 
• Cycles d’enrichissement répétés => émergence d’une autre Geobacteraceae 
=> diminution des performances électroactives. 
Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives 
39 
Structure des communautés microbiennes 
B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
40 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Conclusions intermédiaires 
Contexte 
Communauté microbienne de la fermentation 
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 
Nouvelle Vibrionaceae 
Communauté microbienne électroactive en MEC 
Paramètres opératoires 
Dominance systematique de 
G. subterraneus & 
D. acetoxidans 
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus 
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle 
B2 
Nature et adaptation de l’inoculum 
A Fermentation en milieu salin : 
-pH 8 
-pH 6 
C 
Perturbations biotiques 
B1 
Paramètres abiotiques (pH, AGV) 
=> Construction du biofilm
41 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Objectif 
C / Perturbations biotiques sur le biofilm
42 
pH6 
pH7 
pH8 
pH7 
Témoin 
CE-SSCP 
Ce (%) 
Jmax (A/m²) 
Conclusions & Perspectives 
C / Perturbations biotiques sur le biofilm 
Contexte 
Travaux de Thèse 
0 
2 
4 
6 
8 
10 
12 
14 
0 
5 
10 
15 
20 
25 
30 
35 
Densité de courant J (A/m²) 
temps (j) 
RBC-1 
RBC-2 
RBC-3 
RBC-4 
Acétate 
Ajout de Biomasse 
Retrait électrodes (biofilm) 
Matériel et Méthodes 
35gNaCl/L
Biomasse exogène 
CE (%) 
Jmax (A/m²) 
Cycle 1 
Cycle 2 
Cycle 3 
Témoin 
CE 
108% 
88% 
101% 
Jmax 
9,3±0,1 
9,4±0,5 
9,2±0,6 
pH6 
CE 
123% 
93% 
108% 
Jmax 
9,8±1,0 
9,4±1,2 
5,7±0,1 
pH7 
CE 
154% 
168% 
156% 
Jmax 
7,7±0,2 
10,8±1,3 
4,1 
pH8 
CE 
105% 
132% 
105% 
Jmax 
9,6±0,8 
8,4±0,9 
5,4±0,5 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
Travaux de Thèse 
43 
Impact sur l’électroactivité 
•Diminution de jmax 
•Épaississement du biofilm 
Changement de communautés microbiennes ? 
C / Perturbations biotiques sur le biofilm
44 
pH8 
Témoin 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
Travaux de Thèse 
Burmolle et al., 2006 
Freguia et al., 2007 
C / Perturbations biotiques sur le biofilm 
Quantités de bactéries équivalentes (qPCR) 
Épaississement du biofilm par Exopolymères (EPS) 
Transfert de substrat ralenti dans le biofilm 
Diminution de jmax 
Communautés microbiennes
45 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Conclusions intermédiaires 
Contexte 
Communauté microbienne de la fermentation 
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 
Nouvelle Vibrionaceae 
Communauté microbienne électroactive en MEC 
Paramètres opératoires 
Dominance systematique de 
G. subterraneus & 
D. acetoxidans 
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus 
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle 
Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS 
A Fermentation en milieu salin : 
-pH 8 
-pH 6 
B2 
Nature et adaptation de l’inoculum 
C 
Perturbations biotiques 
B1 
Paramètres abiotiques (pH, AGV) 
=> Construction du biofilm
46 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
Communauté microbienne de la fermentation 
Communauté microbienne électroactive en MEC 
Paramètres opératoires 
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 
Nouvelle Vibrionaceae 
Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans 
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus 
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle 
Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS 
Conclusions intermédiaires 
A Fermentation en milieu salin : 
-pH8 
-pH6 
B2 
Nature et adaptation de l’inoculum 
C Perturbations biotiques 
B1 Paramètres abiotiques (pH, AGV) 
=> Construction du biofilm
47 
CONCLUSION GENERALE 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans 
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 
Nouvelle Vibrionaceae 
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus 
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle 
Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS 
A partir d’un même inoculum de départ & en condition saline 
Communautés microbiennes différentes 
Activités différentes
Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans 
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 
Nouvelle Vibrionaceae 
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus 
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle 
Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS 
48 
PERSPECTIVES 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
•Interactions entre G. subterraneus & D. acetoxidans ? 
100/0 
80/20 
50/50 
20/80 
0/100
Dominance systematique de 
G. subterraneus & 
D. acetoxidans 
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 
Nouvelle Vibrionaceae 
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus 
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle 
Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS 
49 
PERSPECTIVES 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
•Interactions entre G. subterraneus & D. acetoxidans ? 
•Pré-acclimatation sur Fe(III) avec d’autres inocula 
100/0 
80/20 
50/50 
20/80 
0/100
Dominance systematique de 
G. subterraneus & 
D. acetoxidans 
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 
Nouvelle Vibrionaceae 
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus 
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle 
Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS 
50 
PERSPECTIVES 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
•Interactions entre G. subterraneus & D. acetoxidans ? 
•Pré-acclimatation sur Fe(III) avec d’autres inocula 
•Action des paramètres biotiques et abiotiques sur les communautés microbiennes en réacteur continu 
100/0 
80/20 
50/50 
20/80 
0/100
Dominance systematique de 
G. subterraneus & 
D. acetoxidans 
Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 
Nouvelle Vibrionaceae 
Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus 
Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle 
Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS 
51 
PERSPECTIVES 
Travaux de Thèse 
Conclusions & Perspectives 
Contexte 
•Interactions entre G. subterraneus & D. acetoxidans ? 
•Pré-acclimatation sur Fe(III) avec d’autres inocula 
•Action des paramètres biotiques et abiotiques sur les communautés microbiennes en réacteur continu 
•Orientation de la fermentation vers la production d’acétate 
100/0 
80/20 
50/50 
20/80 
0/100 
2 CH3COOH
52 
Nicolas BERNET, Eric TRABLY & Jury : E.LOJOU, P. FONTANILLE, C. GHOMMIDH, B.ERABLE, L PREZIOSZI-BELLOY & 
•Comité de thèse : A. BERGEL, T. BOUCHEZ 
•L’équipe défi H12 / ANR 
•Jean-Jacques GODON 
•Alessandro CARMONA, 
•Caroline RIVALLAND (Stagiaire Master 2) 
•Anaïs BONNAFOUS & 
•le LBE 
•ma famille, mes amis
53 
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Melanie Pierra PhD defense : Coupling dark fermentation and microbial electrolysis for hydrogen production : formation and conservation of electroctive biofilm.

  • 1. Couplage de la fermentation et de l’électrolyse microbienne pour la production d’hydrogène : Formation et maintenance du biofilm électro-actif Mélanie PIERRA, Directeur de Thèse : Nicolas BERNET Encadrant : Eric TRABLY 1
  • 2. Hydrogène Fort pouvoir calorifique 122kJ/g Limitation des gaz à effet de serre Contexte Travaux de Thèse conclusionss & perspectives 2 Modes de production principaux : 96 % : énergies fossiles 4 % : électrolyse de l’eau Voies de recherche pour la production d’hydrogène à privilégier: Voies biologiques Electrolyse microbienne (Microbial electrolysis cell - MEC) Fermentation Photo-Fermentation Bio-photolyse de l’eau Bactéries électroactives Bactéries anaérobies Cyanobactéries Microalgues Hawkes et al, 2007 Hallembeck et Benemann, 2002
  • 3. 3 La fermentation Hawkes et al, 2007 Guo et al, 2010 Lactate Acétone, Butanol, Ethanol, Propionate… Acétate CO2 + H2 Matière organique (biomasse, déchets solides, effluents) Acides aminés Sucres simples Acides gras Acides gras volatils (acétate, butyrate) CO2 + CH4 Bactéries hydrolytiques Bactéries fermentaires Bactéries homoacétogènes Archaea méthanogènes Conditions opératoires spécifiques (pH, T°, [S]) Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Les étapes de la fermentation
  • 4. Lactate Acétone, Butanol, Ethanol, Propionate… Acétate CO2 + H2 Matière organique (biomasse, déchets solides, effluents) Acides aminés Sucres simples Acides gras Acides gras volatils (acétate, butyrate) CO2 + CH4 Bactéries hydrolytiques Bactéries fermentaires Bactéries homoacétogènes Archaea méthanogènes Conditions opératoires spécifiques (pH bas, T°, [S]) 4 La fermentation Hawkes et al, 2007 Guo et al, 2010 Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Voies de production
  • 5. 6 Anaérobies strictes Clostridium Y = 1,8 – 2 Anaérobies facultatives Enterobacter Y = 0,2 – 1 Cultures mixtes anaérobies Co-cultures Y = 2,5 Complexes Y = 2,0 – 3,0 Rendement (mole H2/molehexose) Latrille et al, 2011 La fermentation Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Les bactéries productrices d’hydrogène
  • 6. Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives 7 Hydrogène Voies de recherche pour la production de l’hydrogène à privilégier: Voies biologiques Electrolyse microbienne (Microbial electrolysis cell - MEC) Fermentation Photo-Fermentation Bio-photolyse de l’eau Bactéries électroactives Microorganismes anaérobies Cyanobactéries Microalgues Hawkes et al, 2007 Hallembeck et Benemann, 2002 Fort pouvoir calorifique 122kJ/g Limitation des gaz à effet de serre Modes de production principaux : 96 % : énergies fossiles 4 % : électrolyse de l’eau
  • 7. Contexte Rabaey et Vertraete, 2005 8 Les systèmes bioelectrochimiques CH3COOH 2 CO2 8 e- 8 H+ 8 e- 8 e- 2 H2O 8 H+ 2 O2 2 H2O Liu et al, 2005 Rozendal et al, 2006 Production d’hydrogène CH3COOH 2 CO2 8 e- 8 H+ 8 e- 8 e- Générateur 4 H2 2 H2O 8 H+ Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Microbial Fuel cell MFC Microbial Electrolysis cell MEC Anode (anaérobie) Cathode (aérobie) Anode (anaérobie) Cathode (anaérobie) Electrolyse microbienne
  • 8. Liu et al, 2010 9 La différence de potentiel à appliquer est inférieure en MEC par rapport à l’électrolyse de l’eau. Les systèmes bioelectrochimiques Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives MFC MEC Electrolyse de l’eau Catalyse microbienne
  • 9. 10 Les bactéries électro-actives Desulfuromonas acetoxidans 0,16 A/m² [3] Desulfobulbus propionicus 0,03 A/m² [4] Shewanella oneidensis 0,12 A/m² [1] Geobacter sulfurreducens 8,40 A/m² [2] Klebsiella pneumoniae 1,20 A/m² [5] Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives pH = 7-9, T = 30-37 °C Bactéries électroactives [1] Carmona-Martinez et al., 2012 [2] Dumas et al., 2008 [3] Bond et al., 2002 [4] Holmes et al., 2004 [5] Zhang et al., 2008 Kim et al., 1999 Wang et al., 2010
  • 10. 12 Kiely et al., 2011; Freguia et al., 2010 Acétate : substrat modèle pour l’activité électroactive des biofilms Les bactéries électro-actives Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Substrats 퐶퐸= 푛푒−푡푟푎푛푠푓é푟é푠 푛푒−푠푢푏푠푡푟푎푡 Rendement faradique : Chae et al., 2009
  • 11. 13 H2 H2 Fermentation Electrolyse Microbienne Substrat Acides organiques (acétate, butyrate) Effluent Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Couplage Fermentation / MEC 37°C pH 5,5 Milieu salin (conductivité) pH 7 2 CH3COOH 4 H2 2 CO2 4 H2O C6H12O6 16 e- 16 e- Générateur 2 CH3COOH 4 CO2 16 H+ 4 H2O 16 H+ 8 H2 16e-
  • 12. 14 Communauté microbienne de la fermentation Communauté microbienne électroactive en MEC Paramètres opératoires Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Objectifs & Stratégie pH Salinité Acides organiques Stratégie d’inoculation Objectifs et stratégie Structure (composition, diversité) Fonction (production d’hydrogène, électroactivité) …des communautés microbiennes Espèces exogènes
  • 13. 15 pH Salinité Acides organiques Stratégie d’Inoculation Communauté microbienne de la fermentation Communauté microbienne électroactive en MEC Paramètres opératoires Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Objectifs & Stratégie Objectifs et stratégie Structure (composition, diversité) Fonction (production d’hydrogène, électroactivité) …des communautés microbiennes Espèces exogènes
  • 14. 16 Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Objectifs & Stratégie Contexte Communauté microbienne de la fermentation Communauté microbienne électroactive en MEC Paramètres opératoires B1 Paramètres abiotiques (pH, AGV) B2 Nature et adaptation de l’inoculum A Fermentation en milieu salin : -pH 8 -pH 6 C Perturbations biotiques Stratégie => inoculum commun anaérobie et salin Etude de l’adaptation de cet inoculum aux paramètres spécifiques de chaque procédé.
  • 15. 17 Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Objectifs & Stratégie Contexte Communauté microbienne de la fermentation Communauté microbienne électroactive en MEC Paramètres opératoires A Fermentation en milieu salin : -pH 8 -pH 6 Stratégie => inoculum commun anaérobie et salin Etude de l’adaptation de cet inoculum aux paramètres spécifiques de chaque procédé. B1 Paramètres abiotiques (pH, AGV) B2 Nature et adaptation de l’inoculum C Perturbations biotiques
  • 16. 18 Conclusions & Perspectives Fermentation en milieu salin Contexte Travaux de Thèse 2 CH3COOH 4 H2 2 CO2 4 H2O C6H12O6  Inoculum : sédiments de salins  VL = 200 mL  Substrat : glucose (5g/L)  Oligo-éléments  pH initial : 8  7 salinités de 9 à 75 gNaCl/L  Triplicats Matériel et Méthodes
  • 17. -0,2 -0,1 0,0 9 19 29 38 48 58 75 Vitesse spécifique de consommation d’H2 (j-1) 0,0 0,2 0,4 0,6 0,8 1,0 9 19 29 38 48 58 75 H2max (molH2 /molGlucose) salinité (gNaCl/L) 19 Quéméneur et al, 2011; Quéméneur et al, 2011; Oren, 2001 •Diminution de H2max de 9 à 29 gNaClL-1 •Puis augmentation constante => 0,90 (±0,02) molH2 molGlc-1 at 75 gNaClL-1 •Meilleurs taux de conversion en hydrogène pour les plus fortes concentrations en NaCl •Impact de NaCl sur les consommateurs d’H2 •Inhibition de la voie propionique de consommation d’H2 Conclusions & Perspectives A / Fermentation en milieu salin Contexte Travaux de Thèse Production d’hydrogène •Consommation d’hydrogène plus inhibée que production aux plus fortes salinités •Production d’hydrogène à pH 8 & en milieu salin
  • 18. Communautés microbiennes 20 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 9 19 29 38 48 58 75 Others VIBRIONALES Vibrio sp Vibrionaceae Vibrio ssp Vibrio parahaemolyticus Vibrio nereis FUSOBACTERIALES ENTEROBACTERIALES CLOSTRIDIALES BACTEROIDALES ALTEROMONADALES Concentration en NaCl (gNaCl/L) 58 gNaClL-1 and 75 gNaClL-1 : une nouvelle Vibrionaceae Conclusions & Perspectives Contexte Travaux de Thèse •9gNaClL-1 : Clostridium & Enterobacter. •% Clostridium & Enterobacter diminuent avec l’augmentation de la salinité •58 & 75 gNaClL-1 : l’abondance relative des Vibrionales atteint plus de 79 & 92% Guo et al, 2010 , , Trably et al, 2011; Quéméneur, 2011; Quéméneur, 2012 Pyroséquençage: Abondance relative (%) A / Fermentation en milieu salin
  • 19. 21 Espèces isolées à partir d’eaux usées Conditions non salines Conclusions & Perspectives Contexte Travaux de Thèse Oh et al, 2003 Vibrio A / Fermentation en milieu salin
  • 20. 22 Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives conclusionss intermédiaires Contexte Communauté microbienne de la fermentation Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 Nouvelle Vibrionaceae Communauté microbienne électroactive en MEC Paramètres opératoires B1 Paramètres abiotiques (pH, AGV) B2 Nature et adaptation de l’inoculum C Perturbations biotiques Pierra et al, International Journal of Hydrogen Energy, 2013 A Fermentation en milieu salin : -pH 8 -pH 6
  • 21. g/L 0.5 2.0 0.2 7.6 35.0 1.0 mL composition: Working electrode: Graphite plate Counter electrode: Platinium grid Reference electrode: SCE Temperature controlled system at 37 C Experimental conditions Electrode de travail : Plaque de graphite Electrode de référence : ECS Contre électrode : grille de Platine 2,5 cm « Anode » « Cathode » Platinium grid Temperature controlled system at 37 C Continuos stirring at 200 rpm Anaerobic sediments collected in Gruissan 23 Électrode de travail Électrode de référence Contre électrode U I 0,2V vs ECS Système à 3 électrodes (Demi-cellule) Température : 37°C U I I= f(t) Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives I J (A/m²) Cultures mixtes Matériel et Méthodes B1 / Paramètres abiotiques (pH, AGV)  Inoculum : sédiment de salin  35gNaCl/L
  • 22. 24 Conclusions & Perspectives Contexte Travaux de Thèse Desulfuromonas acetoxidans & Geoalkalibacter subterraneus : espèces majoritaires Desulfuromonas acetoxidans / Desulfuromonas spp Geoalkalibacter subterraneus Pyroséquençage des communautés des biofilms électroactifs : Enrichissement sur anode de souches dominantes pH 5,5 ou 7 Acides organiques Acétate (10mM) ou Acétate(5mM) + Butyrate (5mM) 2,2 A/m² 4,2 A/m² 6,7 A/m² 7,7 A/m² Enrichissements Desulfuromonas spp : 3 ± 2 /1000 Geoalkalibacter subterraneus : 2 ± 0 /1000 B1 / Paramètres abiotiques (pH, AGV)
  • 23. 25 Sélection d’espèces majoritaires dans le biofilm électroactif quelles que soient les conditions de pH et de composition en substrat. Dominance ou co-dominance Conclusions & Perspectives Contexte Travaux de Thèse Desulfuromonas acetoxidans : -Issue de sédiments marins -Bond et al., 2002 (0,16 A/m²) Geoalkalibacter subterraneus : -En culture mixte : 4,2 à 8,9 A/m² (Micelli et al., 2012) -Etude en culture pure (Carmona, Pierra et al., 2013, Badalamenti et al., 2013) : mécanisme de transfert direct Bond et al., 2002; Micelli et al., 2012; Carmona et al., 2013; Badalamenti et al., 2013 Espèces majoritaires B1 / Paramètres abiotiques (pH, AGV) Espèces minoritaires dans l’inoculum
  • 24. 26 Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Objectifs & Stratégie Contexte Communauté microbienne de la fermentation Communauté microbienne électroactive en MEC Paramètres opératoires B1 Paramètres abiotiques (pH, AGV) B2 Nature et adaptation de l’inoculum C Perturbations biotiques A Fermentation en milieu salin : -pH 8 -pH 6 => Construction du biofilm
  • 25. D. acetoxidans G. subterraneus Conclusions & Perspectives Construction du biofilm Contexte Travaux de Thèse Existe-t-il une synergie entre Geoalkalibacter subterraneus et Desulfuromonas acetoxidans ? Lavage des cellules Lavage des cellules 27 Souches de collection
  • 26. 28 100/0 80/20 50/50 20/80 0/100 Desulfuromonas acetoxidans Geoalkalibacter subterraneus 5,0 A/m² 1,9 A/m² Conclusions & Perspectives Construction du biofilm Contexte Travaux de Thèse
  • 27. R1 R2 R3 Ratio d’inoculation D. acetoxidans / G. subterraneus 100/0 80/20 47/53 05/95% 0/100 Densité de courant maximale A/m² 1,9 3,1 5,8 4,4 5,0 Temps de latence (j) 40 20 15 2 4 Ratio final dans le biofilm D. acetoxidans / G. subterraneus 100/0 02/98 02/98 02/98 0/100 29 Conclusions & Perspectives Construction du biofilm Contexte Travaux de Thèse
  • 28. 30 Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives conclusionss intermédiaires Contexte Communauté microbienne de la fermentation Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 Nouvelle Vibrionaceae Communauté microbienne électroactive en MEC Paramètres opératoires Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus Recherche d’une stratégie d’acclimatation de l’inoculum qui permettrait la formation de biofilms reproductibles B1 Paramètres abiotiques (pH, AGV) B2 Nature et adaptation de l’inoculum C Perturbations biotiques A Fermentation en milieu salin : -pH 8 -pH 6 => Construction du biofilm
  • 29. 31 Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives B2 / Nature et adaptation de l’inoculum Acetate CO2 Fe(III) Fe(II) e- 8 e- Acetate 2 CO2 8 H+ 4 H2O 8e- L’enrichissement sur Fe(III) : • améliore l’électroactivité après enrichissement d’un biofilm préformé (Wang et al., 2010) • diminue l’électroactivité du biofilm après 25 cycles d’enrichissement de boues anaérobies (Kim et al., 2005) Suivi des communautés microbiennes Objectifs
  • 30. 32 4x 4x Sediments 4x 4x Etude de l’effet de l’enrichissement sur Fe(III) sur : • Les performances bioélectrochimiques • La structure de la communauté microbienne du biofilm et de la culture liquide E1 E2 E3 B0 B1 B2 B3 Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives B2 / Contexte Nature et adaptation de l’inoculum Principe
  • 31. 33 푄푚푎푥 퐶 = 푖 푡 푑푡 Anode CxHyOz CO2 e- 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 0 10 20 30 40 J(A:m²) Temps (jours) 0 500 1 000 1 500 2 000 2 500 3 000 3 500 4 000 4 500 0 10 20 30 40 Q(C) Temps (jours) 퐶퐸 = 푛푒−푡푟푎푛푠푓é푟é푠 푛푒−푡ℎé표푟푖푞푢푒 (푠푢푏푠푡푟푎푡) Temps de latence Charge transmise : Qmax Rendement faradique : Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Matériel et Méthodes Vmax B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
  • 32. 1 étape d’enrichissement pour augmenter le rendement faradique de 30,4±4% à 99±7% et la vitesse de transfert d’électrons Dégradation des performances à la troisième étape d’enrichissement Augmentation du temps de latence Electroactivité du biofilm: de 1,6 to 4,5 A/m² Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Contexte 34 B2 / Nature et adaptation de l’inoculum 0 5 10 15 20 25 30 35 0 100 200 300 400 500 B0 B1 B2 B3 Vmax (C/j) biofilms (dQ/dt)max (C/d) Lag Phase (d) Temps de latence (j) 0% 20% 40% 60% 80% 100% 120% B0 B1 B2 B3 Rendement faradique (%) biofilms Transfert d’électrons
  • 33. 35 • SSCP = technique d’empreinte moléculaire •1 espèce => 1 pic • Aire sous chaque pic => abondance relative de l’espèce dans la communauté microbienne Empreinte moléculaire Raclage du biofilm Centrifugation de la culture liquide Pyroséquençage 0 5 10 15 20 25 30 35 40 Espèces Abondance relative (%) 1 2 3 4 Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives B2 / Contexte Nature et adaptation de l’inoculum Matériel et Méthodes Temps d’elution Espèce 1 Intensité de fluorescence Espèce 2 Profil CE-SSCP
  • 34. 4x 4x Sédiments 4x 4x E1 E2 E3 B0 B1 B2 B3 Travaux Contexte de Thèse Conclusions & Perspectives 36 B2 / Nature et adaptation de l’inoculum Structure des communautés microbiennes
  • 35. Sediments Structures de communautés similaires (1 ou 2 espèces majoritaires) Forte simplification de la communauté microbienne Profils CE-SSCP E1 E2 E3 B0 B1 B2 B3 Travaux Contexte de Thèse Conclusions & Perspectives 37 Structure des communautés microbiennes B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
  • 36. Augmentation du temps de latence / emergence de Marinobacterium sp 0 20 40 60 80 100 B0 B1 B2 B3 Abondance relative (%) L’électroactivité du biofilm est améliorée avec l’apparition de Geoalkalibacter subterraneus au 1er enrichissement sur Fe(III) Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Contexte 38 0 5 10 15 20 25 30 35 0 100 200 300 400 500 B0 B1 B2 B3 Vmax (C/d) biofilms (dQ/dt)max (C/d) Lag Phase (d) Temps de latence (j) Structure des communautés microbiennes B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
  • 37. Enrichissements sur Fe(III) Biofilms • Enrichissement sur Fe(III) : Geobacteraceae & Geoalkalibacter subterraneus • Enrichissement sur électrode : Geoalkalibacter subterraneus & Marinobacterium sp. • Sélection de Geoalkalibacter subterraneus en 1 cycle d’enrichissement • Cycles d’enrichissement répétés => émergence d’une autre Geobacteraceae => diminution des performances électroactives. Contexte Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives 39 Structure des communautés microbiennes B2 / Nature et adaptation de l’inoculum
  • 38. 40 Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Conclusions intermédiaires Contexte Communauté microbienne de la fermentation Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 Nouvelle Vibrionaceae Communauté microbienne électroactive en MEC Paramètres opératoires Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle B2 Nature et adaptation de l’inoculum A Fermentation en milieu salin : -pH 8 -pH 6 C Perturbations biotiques B1 Paramètres abiotiques (pH, AGV) => Construction du biofilm
  • 39. 41 Conclusions & Perspectives Contexte Travaux de Thèse Objectif C / Perturbations biotiques sur le biofilm
  • 40. 42 pH6 pH7 pH8 pH7 Témoin CE-SSCP Ce (%) Jmax (A/m²) Conclusions & Perspectives C / Perturbations biotiques sur le biofilm Contexte Travaux de Thèse 0 2 4 6 8 10 12 14 0 5 10 15 20 25 30 35 Densité de courant J (A/m²) temps (j) RBC-1 RBC-2 RBC-3 RBC-4 Acétate Ajout de Biomasse Retrait électrodes (biofilm) Matériel et Méthodes 35gNaCl/L
  • 41. Biomasse exogène CE (%) Jmax (A/m²) Cycle 1 Cycle 2 Cycle 3 Témoin CE 108% 88% 101% Jmax 9,3±0,1 9,4±0,5 9,2±0,6 pH6 CE 123% 93% 108% Jmax 9,8±1,0 9,4±1,2 5,7±0,1 pH7 CE 154% 168% 156% Jmax 7,7±0,2 10,8±1,3 4,1 pH8 CE 105% 132% 105% Jmax 9,6±0,8 8,4±0,9 5,4±0,5 Conclusions & Perspectives Contexte Travaux de Thèse 43 Impact sur l’électroactivité •Diminution de jmax •Épaississement du biofilm Changement de communautés microbiennes ? C / Perturbations biotiques sur le biofilm
  • 42. 44 pH8 Témoin Conclusions & Perspectives Contexte Travaux de Thèse Burmolle et al., 2006 Freguia et al., 2007 C / Perturbations biotiques sur le biofilm Quantités de bactéries équivalentes (qPCR) Épaississement du biofilm par Exopolymères (EPS) Transfert de substrat ralenti dans le biofilm Diminution de jmax Communautés microbiennes
  • 43. 45 Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Conclusions intermédiaires Contexte Communauté microbienne de la fermentation Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 Nouvelle Vibrionaceae Communauté microbienne électroactive en MEC Paramètres opératoires Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS A Fermentation en milieu salin : -pH 8 -pH 6 B2 Nature et adaptation de l’inoculum C Perturbations biotiques B1 Paramètres abiotiques (pH, AGV) => Construction du biofilm
  • 44. 46 Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Contexte Communauté microbienne de la fermentation Communauté microbienne électroactive en MEC Paramètres opératoires Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 Nouvelle Vibrionaceae Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS Conclusions intermédiaires A Fermentation en milieu salin : -pH8 -pH6 B2 Nature et adaptation de l’inoculum C Perturbations biotiques B1 Paramètres abiotiques (pH, AGV) => Construction du biofilm
  • 45. 47 CONCLUSION GENERALE Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Contexte Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 Nouvelle Vibrionaceae Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS A partir d’un même inoculum de départ & en condition saline Communautés microbiennes différentes Activités différentes
  • 46. Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 Nouvelle Vibrionaceae Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS 48 PERSPECTIVES Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Contexte •Interactions entre G. subterraneus & D. acetoxidans ? 100/0 80/20 50/50 20/80 0/100
  • 47. Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 Nouvelle Vibrionaceae Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS 49 PERSPECTIVES Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Contexte •Interactions entre G. subterraneus & D. acetoxidans ? •Pré-acclimatation sur Fe(III) avec d’autres inocula 100/0 80/20 50/50 20/80 0/100
  • 48. Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 Nouvelle Vibrionaceae Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS 50 PERSPECTIVES Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Contexte •Interactions entre G. subterraneus & D. acetoxidans ? •Pré-acclimatation sur Fe(III) avec d’autres inocula •Action des paramètres biotiques et abiotiques sur les communautés microbiennes en réacteur continu 100/0 80/20 50/50 20/80 0/100
  • 49. Dominance systematique de G. subterraneus & D. acetoxidans Production de bioH2 par fermentation en milieu salin à pH8 Nouvelle Vibrionaceae Construction du biofilm en culture pure => dominance de G. subterraneus Stratégie d’enrichissement => Pré-acclimatation de l’inoculum en 1 cycle Couplage avec biomasse exogène issue de fermentation saline => Pas de contamination/production d’EPS 51 PERSPECTIVES Travaux de Thèse Conclusions & Perspectives Contexte •Interactions entre G. subterraneus & D. acetoxidans ? •Pré-acclimatation sur Fe(III) avec d’autres inocula •Action des paramètres biotiques et abiotiques sur les communautés microbiennes en réacteur continu •Orientation de la fermentation vers la production d’acétate 100/0 80/20 50/50 20/80 0/100 2 CH3COOH
  • 50. 52 Nicolas BERNET, Eric TRABLY & Jury : E.LOJOU, P. FONTANILLE, C. GHOMMIDH, B.ERABLE, L PREZIOSZI-BELLOY & •Comité de thèse : A. BERGEL, T. BOUCHEZ •L’équipe défi H12 / ANR •Jean-Jacques GODON •Alessandro CARMONA, •Caroline RIVALLAND (Stagiaire Master 2) •Anaïs BONNAFOUS & •le LBE •ma famille, mes amis
  • 51. 53 Merci de votre attention