4. Задача
Определить близость
выбранных европейских
геномов к геномам древнего
человека
Критерии оценки
Оценка «отлично» ставится за
имплементирование программы по оценки
генетической близости и успешное
использование её для генома неандертальца и
денисовца
9. Задача
Разбить раковые линии на кластеры и
сравнить с биологическим разбиением
Критерии оценки
Оценка «отлично» ставится за
имплементирование программы по разбиению
раковых линий на приближенные к
биологическим кластеры
11. Секвенирование – процесс чтения генома
из биологического материала (слюна,
кровь, ткань). На выходе много коротких
(30-1000) последовательностей (ридов)
взятых из случайных мест генома
Выравнивание – определение
того, где эти риды
встречаются в эталонном
геноме
Чтение генома
12. Измерение качества
~10 различных секвенаторов
~100 различных алгоритмов
выравнивания
Нужен инструмент сравнения и
измерения качества
13. Научиться генерировать риды из заранее
известных мест, вносить в них ошибки,
подобные тем, что получаются в ходе работы
секвенатора
Сравнить на полученных данных различные
алгоритмы выравнивания
Задача
Критерии оценки
Оценка “отлично” ставится за построение
правдоподобного генератора и успешно
проведенное сравнение нескольких алгоритом
выравнивания
18. Задачи
● Front-end:
* Сайт
* Очередь задач
* Почтовые уведомления
● Back-end:
* Чтение входных файлов (*.pdb, *.ct)
* Создание крупно-зернистой модели
* Подготовка входных файлов для GROMACS
* Чтение *.pdb и восстановление полноатомной модели
(немного линейной алгебры)