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Acceso inteligente a la
información: aplicaciones
en biomedicina
       Manuel de Buenaga Rodríguez
        José María Gómez Hidalgo
      Departamento de Sistemas Informáticos
         Universidad Europea de Madrid



                     VI Workshop REBIUN sobre proyectos digitales:
             Las bibliotecas digitales en el espacio global compartido
                                   Madrid 19 y 20 de octubre de 2006
1. Introducción

• Sistemas Inteligentes de Acceso a la
  Información
• El dominio Biomédico
• Casos representativos
  – SINAMED
  – ISIS
  – MAVIR
2. Los proyectos SINAMED e ISIS

• Mejoras en el acceso a la información mediante
  integración
   – Categorización de texto
   – Generación de resúmenes
   – Elementos clave complementarios
• Proyecto SINAMED
   – (PN I+D, Ministerio de Educación y Ciencia y FEDER)
   – UEM, UHU, UCM
• Proyecto ISIS
   – (PROFIT, Ministerio de Industria, Turismo y Comercio y
     FEDER)
   – UEM, UHU, Hospital de Fuenlabrada, Bitext
Objetivos
• Proyecto SINAMED
   – Investigación básica
   – Diseño e integración de técnicas de categorización y
     generación de resúmenes
   – Utilización de ontologías y recursos léxicos
   – Información bilingüe (español, inglés) del dominio biomédico
• Proyecto ISIS
   – Orientación práctica y de transferencia de tecnología
   – Mejorar el acceso a la información del personal sanitario y
     de los pacientes
   – Herramientas avanzadas de búsqueda
   – Dominio: historiales clínicos de pacientes y artículos
     científicos relacionados
Categorización de texto

• Objetivo
  – Mejorar la organización de la información
• Tarea
  – Clasificar informes médicos utilizando MeSH
    (Medical Subject Heading)
• Retos
  – Variabilidad del lenguaje médico
  – Escasez de recursos necesarios para el
    aprendizaje
  – No se ha abordado previamente esta tarea para el
    español
Generación de resúmenes

• Objetivos
  – Mejorar la efectividad de la búsqueda de
    información
  – Ayudar en la comprensión de los textos
• Tareas
  – Resúmenes mono y multidocumento
• Retos
  – Manejar documentos en español e inglés
  – Aplicación a un dominio amplio (biomedicina)
Elementos clave complementarios

•   Ontologías
•   Dispositivos móviles
•   Visualización
•   Evaluación médica
    – Entorno final
       • Aplicación (SELENE)
    – Usuarios
3. El programa de I+D MAVIR y el
dominio Biomédico
• El programa de I+D Mavir (CAM)
  – Mejorando la Accesibilidad y la Visibilidad de la
    Información Multilingüe en la Comunidad de
    Madrid
• Participantes
  – Universidades (CAM, 25 doctores)
     • UAM, UC3M, UEM/UCM, UNED, UPM, CSIC (CINDOC)
     • Departamentos con orientación interdisciplinar:
       informática, lingüística, medicina, documentalista
  – Centros de investigación y empresas asociadas
     • Daédalus, Bitext, Isoco, U. Alicante, RAE, Agencia Efe,
       Hospital de Fuenlabrada, Instituto Cervantes, RAE, Casa
       de América, UPC, U. Alicante, U. Huelva, U. Maryland,
       U. Sheffield
Organización del programa de I+D:
Actividades
•   Programa científico
    –   1.1.7.1 Recursos, técnicas y herramientas
    –   1.1.7.2 Organización y participación en evaluaciones competitivas
    –   1.1.7.3 Sistemas de diálogo e interfaces
    –   1.1.7.4 Portales
    –   1.1.6.5 Casos de uso
•   Formación
    – Postgrado
         • Diseño de postgrado (Interuniversitario, Erasmus Mundus)
    – Plan de atracción y movilidad del capital humano
•   Gestión
         • Coordinación/gestión
         • Promoción, difusión y proyectos conjuntos en convocatorias
           competitivas
         • Transferencia de tecnología
Casos de uso. Biomedicina
•   Casos de uso
    – Biomedicina
    – Seguridad
    – Cultural
•   Objetivos
    – Plasmar las técnicas desarrolladas en forma de prototipos en
      dominios de alto impacto en el ámbito del acceso y la visualización
      de la información
    – (Los prototipos deben) mostrar la viabilidad tecnológica y comercial
      de las técnicas desarrolladas por los integrantes del grupo y
    – Facilitar su transferencia e impacto social
•   El caso de uso biomédico
    – Transferencia de tecnología
    – Investigación básica
    – Interrelación con otras actividades (e.g. recursos, evaluaciones
      competitivas, proyectos conjuntos)
• Estado actual:
   – Plan de puesta en marcha
   – Grupos de trabajo formados
• Médico I. Extracción de Información de los historiales
  médicos
   – Objetivos:
      • Búsqueda de respuestas sobre historiales médicos
      • Compleción de formularios de registro de paciente a partir de
        su historial médico (necesarios para auditoría)
   – Usuarios: Hospital de Fuenlabrada
   – Empresas: BITEXT y DAEDALUS
   – Universidades: U. Europea de Madrid y U. Autónoma de
     Madrid
• Médico II. Gestión de flujo documental en los
  historiales médicos
• Médico III. Construcción de un ranking de hospitales
  de acuerdo a indicadores web

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Acceso a la Informacion en Biomedicina, REBIUN, 2006

  • 1. Acceso inteligente a la información: aplicaciones en biomedicina Manuel de Buenaga Rodríguez José María Gómez Hidalgo Departamento de Sistemas Informáticos Universidad Europea de Madrid VI Workshop REBIUN sobre proyectos digitales: Las bibliotecas digitales en el espacio global compartido Madrid 19 y 20 de octubre de 2006
  • 2. 1. Introducción • Sistemas Inteligentes de Acceso a la Información • El dominio Biomédico • Casos representativos – SINAMED – ISIS – MAVIR
  • 3. 2. Los proyectos SINAMED e ISIS • Mejoras en el acceso a la información mediante integración – Categorización de texto – Generación de resúmenes – Elementos clave complementarios • Proyecto SINAMED – (PN I+D, Ministerio de Educación y Ciencia y FEDER) – UEM, UHU, UCM • Proyecto ISIS – (PROFIT, Ministerio de Industria, Turismo y Comercio y FEDER) – UEM, UHU, Hospital de Fuenlabrada, Bitext
  • 4. Objetivos • Proyecto SINAMED – Investigación básica – Diseño e integración de técnicas de categorización y generación de resúmenes – Utilización de ontologías y recursos léxicos – Información bilingüe (español, inglés) del dominio biomédico • Proyecto ISIS – Orientación práctica y de transferencia de tecnología – Mejorar el acceso a la información del personal sanitario y de los pacientes – Herramientas avanzadas de búsqueda – Dominio: historiales clínicos de pacientes y artículos científicos relacionados
  • 5. Categorización de texto • Objetivo – Mejorar la organización de la información • Tarea – Clasificar informes médicos utilizando MeSH (Medical Subject Heading) • Retos – Variabilidad del lenguaje médico – Escasez de recursos necesarios para el aprendizaje – No se ha abordado previamente esta tarea para el español
  • 6. Generación de resúmenes • Objetivos – Mejorar la efectividad de la búsqueda de información – Ayudar en la comprensión de los textos • Tareas – Resúmenes mono y multidocumento • Retos – Manejar documentos en español e inglés – Aplicación a un dominio amplio (biomedicina)
  • 7. Elementos clave complementarios • Ontologías • Dispositivos móviles • Visualización • Evaluación médica – Entorno final • Aplicación (SELENE) – Usuarios
  • 8. 3. El programa de I+D MAVIR y el dominio Biomédico • El programa de I+D Mavir (CAM) – Mejorando la Accesibilidad y la Visibilidad de la Información Multilingüe en la Comunidad de Madrid • Participantes – Universidades (CAM, 25 doctores) • UAM, UC3M, UEM/UCM, UNED, UPM, CSIC (CINDOC) • Departamentos con orientación interdisciplinar: informática, lingüística, medicina, documentalista – Centros de investigación y empresas asociadas • Daédalus, Bitext, Isoco, U. Alicante, RAE, Agencia Efe, Hospital de Fuenlabrada, Instituto Cervantes, RAE, Casa de América, UPC, U. Alicante, U. Huelva, U. Maryland, U. Sheffield
  • 9. Organización del programa de I+D: Actividades • Programa científico – 1.1.7.1 Recursos, técnicas y herramientas – 1.1.7.2 Organización y participación en evaluaciones competitivas – 1.1.7.3 Sistemas de diálogo e interfaces – 1.1.7.4 Portales – 1.1.6.5 Casos de uso • Formación – Postgrado • Diseño de postgrado (Interuniversitario, Erasmus Mundus) – Plan de atracción y movilidad del capital humano • Gestión • Coordinación/gestión • Promoción, difusión y proyectos conjuntos en convocatorias competitivas • Transferencia de tecnología
  • 10. Casos de uso. Biomedicina • Casos de uso – Biomedicina – Seguridad – Cultural • Objetivos – Plasmar las técnicas desarrolladas en forma de prototipos en dominios de alto impacto en el ámbito del acceso y la visualización de la información – (Los prototipos deben) mostrar la viabilidad tecnológica y comercial de las técnicas desarrolladas por los integrantes del grupo y – Facilitar su transferencia e impacto social • El caso de uso biomédico – Transferencia de tecnología – Investigación básica – Interrelación con otras actividades (e.g. recursos, evaluaciones competitivas, proyectos conjuntos)
  • 11. • Estado actual: – Plan de puesta en marcha – Grupos de trabajo formados • Médico I. Extracción de Información de los historiales médicos – Objetivos: • Búsqueda de respuestas sobre historiales médicos • Compleción de formularios de registro de paciente a partir de su historial médico (necesarios para auditoría) – Usuarios: Hospital de Fuenlabrada – Empresas: BITEXT y DAEDALUS – Universidades: U. Europea de Madrid y U. Autónoma de Madrid • Médico II. Gestión de flujo documental en los historiales médicos • Médico III. Construcción de un ranking de hospitales de acuerdo a indicadores web