Este documento describe las diversas herramientas disponibles en el programa TNT para el análisis filogenético de árboles, incluyendo opciones para abrir y editar matrices de datos, reconstruir árboles usando métodos tradicionales y nuevas tecnologías como búsquedas sectoriales aleatorias y constreñidas, y fusionar y descartar árboles subóptimos.

1. TNT : T ree analysis using N ew T echnology

2. TNT 1.x...

3. Asi inicia TNT 1.1 bajo licencia gratis de la WHS...

4. Estos son las Herramientas... Abrir archivos de datos (*.tnt / *.ss) Realizar un analisis con Ratchet, TreeFusing, TreeDrift, Sect.Searches Calcular el largo de los árboles Calcular un consenso (estricto, mayoría) Descartar árboles con base en algún criterio (subóptimo, largo específico, etc.) Seleccionar árboles Borrar árboles de la memoria Borrar “Display buffer” Guardar árbol(es) Mostrar árbol(es)

5. Estos son las Herramientas... Mostrar / quitar números en nodos Bloquear / desbloquear árboles Ejecutar archivo de lotes (Batchfile o *.bat) Disminuir tamaño de letra Aumentar tamaño de letra Retroceder árboles Avanzar árboles Mostrar sinapomorfias Mapear caracteres / estados Ir a un árbol específico o a un terminal particular

6. Estos son las Herramientas... Reconstrucción de estados Sinapomorfias en común (árbol consenso) Clasificar árboles Configuración de memoria

7. Para activar / desactivar otras Herramientas...

8. Para activar / desactivar otras Herramientas... Se pueden seleccionar herramientas adicionales...

9. Menu para abrir o crear matrices... Esta es la opción del menú que permite crear una matriz de datos.

10. Menu para abrir o crear matrices... Con esta opción el programa crea una matriz con 100 caracteres. Con esta opción el programa crea una matriz con 50 terminales. ...inclusive se puede definir que los primeros caracteres sean continuos.

11. Menu para editar matrices... Esta es la opción del menú que permite editar distintos aspectos de la matriz de datos.

12. Matrices... una con datos discretos y otra continua

13. Menu para búsquedas con enumeración implícita... Este es el menú de visualización para realizar la búsqueda por enumeración implícita. En esta son evaluados todos los árboles posibles, en la determinación de la solución exacta. NOTA : SOLO DEBE USARSE PARA MENOS DE 15 TERMINALES!!!

14. Menu para búsquedas tradicionales... Este es el menú de visualización en la búsqueda heurística. En líneas generales es muy similar a WinClada. NOTA : USAR SOLO PARA 15 - 200 TERMINALES!!!

15. Menu para búsquedas con nuevas tecnologías... Este es el menú de visualización en la búsqueda con nuevos métodos. Con esta opción el programa ajusta la “fuerza” de búsqueda a partir de la primera solución óptima. La búsqueda se hace más agresiva. La replicaciones avanzan hasta que se alcanza el largo especificado. Trata de llegar lo más cercano al mínimo conocido. ... o cuando hay árboles en memoria RAM, utilizarlos como punto de inicio... La búsqueda se hace hasta que el mínimo se alcanza un cierto número de veces o hasta que el consenso se estabilice ... o haciendo un cierto número de AAT como punto de inicio, y luego detenerse... NOTA : SIN LIMITES!!!

16. Menu para búsquedas con nuevas tecnologías... Random Sectorial Searches (RSS), selecciona sectores al azar. En “settings” puede determinarse el min/max número de sectores y el número de selecciones. Luego el número de selecciones se determina con el “factor” (números grandes, más selecciones). Constrained Sectorial Searches (CSS), selecciona sectores con base a los grupos del consenso Sectores pequeños son analizados con AAT + TBR. Sectores grandes son analizados con varios ciclos de tree-drifting. Este determina el tamaño por encima del cual el sector se analiza con drift. Después de hacer varios cambios en sectores del árbol, se realiza una ronda de TBR global para garantizar arreglos óptimos. Se determina el número de sectores a cambiar antes del TBR global Exclusive Sectorial Searches (XSS)

17. Menu para búsquedas con nuevas tecnologías... Cada carácter adquiere el doble de su peso (fase up-weighting), o es borrado (fase down-weighting), con probabilidad independiente. Si se selecciona probabilidad cero, se salta esta fase. En up y down-weighting, cada fase se alterna cuando hay re-acomodamientos de igual o mejor valor. Iteraciones auto-constrained son realizadas por consenso de los resultados durante la fase de perturbación.

18. Menu para búsquedas con nuevas tecnologías... Estas opciones determinan el máximo absoluto (en pasos o fit, si usamos IW) y la diferencia relativa que un re-acomodamiento puede ser aceptado. Los re-acomodamientos que exceden el largo de un árbol permutado en más de 1 paso, o con una diferencia relativa de pasos mayor a 0,20, en este caso, son ignorados.

19. Menu para búsquedas con nuevas tecnologías... La ventana de tree-fusing determina el numero de rondas: Tomar el árbol y fusionarlo a otro. Después de encontrar un árbol óptimo, fusionar los subóptimos con el este, para encontrar árboles adicionales. Si se esta realizando una búsqueda, realizar una fusión global cada vez que se encuentre un árbol óptimo. Si varias fusiones fallan en encontrar árboles cortos, estos subóptimos pueden acumularse y perturbar el análisis. Con esta opción los subóptimos luego de cada fusión son descartados.