3. El terreno consiste principalmente de valles separados por varias pequeñas cordilleras, de las cuales destacan la Sierra Madre Occidental, la Sierra Madre Oriental, la Sierra del carmen, las Montañas Sacramento, las Montañas Sandia, las Montañas Manzano, las Montañas Magdalena-San Mateo, los Montes Chisos, las Montañas Guadalupe, y las Montañas Davis. Estos forman islas de Microclimas frescos y húmedos dentro del desierto que llegan a albergar árboles de hoja ancha y Coniferas , llegando inclusive a formar bosques de éstos.
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7. La destrucción directa del hábitat ocasionada por el desarrollo de complejos agrícolas de papa y alfalfa en el desierto es una de las amenazas más serias y difíciles de resolver. Cada año se desmontan más de 8,000 hectáreas de colonias de perrito llanero, a pesar de que el gobierno federal sanciona y desalienta el cambio del uso de suelo. Asimismo, la sobreexplotación del agua superficial y subterránea en el desierto reduce la calidad de los humedales que representan hábitats críticos para las aves acuáticas y para la vulnerable biodiversidad, comprometiendo la salud de los ecosistemas y las actividades productivas. Cada vez resulta menos común ver el agua correr por los ríos y se vuelve más difícil brindar agua potable a las comunidades, ciudades y complejos agrícolas del desierto. Por otro lado, el sobrepastoreo extensivo que se ha realizado por mas de 100 años, ha modificado la estructura de los pastizales y ahora las aves que dependen del pastizal han pasado a ser uno de los grupos más vulnerables del mundo por la declinación abrupta de sus poblaciones. .