Çarşamba sunusu

1. Dr. N. Volkan Demircan
The New England Journal of Medicine
Comprehensive Molecular Characterization of
Papillary Renal-Cell Carcinoma
The Cancer Genome Atlas Research Network*

2. Giriş
 Papiller RCC tüm RCC lerin %15-20 sini
oluşturmaktadır.
 Papiller RCC sessiz veya agresif, soliter ya da
multifokal gelişim gösterebilen ölümcül bir
tümördür.
 Sporadik papiller RCC nin genetiği hakkında çok
az bilinmektedir.

3. Metod
 161 primer papiller RCC vakasının;
 Bütün ekzon sekanslama
 Kopya sayısı analizi
 mRNA ve microRNA sekanslaa
 DNA metilasyon analizi
 Proteomik analiz kullanılarak moleküler
karakteristiği ortaya konulmuş.

4. Sonuç
 Tip 1 ve 2 papiller RCC farklı genetik
değişiklikler gösteren iki ayrı RCC türü
 Tip 2 RCC sağkalım ile ilişkili moleküler
farklılıklar zemininde 3 ayrı altgruba ayrılıyor.
 Tip 1 papiller RCC MET alterasyonu, tip 2 ise
CDKN2A silencing, SETD2 mutasyonu, TFE3
füzyonu ve artmış NRF2-antioxidant response
element(ARE) ile ilişkili.

5. Sonuç
 CpG island methylator phenotype(CIMP), tip 2
papiller RCC nin kötü prognozlu bir altgrubuyla
ve fumarat hidrataz(FH) enzimini kodlayan
genin mutasyonu ile ilintili
5

6. Özet
 Tip 1 ve 2 papiller RCC klinik ve biyolojik olarak
birbirinden farklı
 Tip 2 papiller RCC de kendi içerisinde en az 3
farklı subgruptan oluşuyor.
6

7. • Tip 1 papiller RCC genelde multifokal olarak
görülür.
• Papiller ve tubuler yapılar uniform oval
nükleuslu bazofilik sitoplazmalı küçük hücreler
tarafından kaplanmıştır.
• Tip 2 de ise daha heterojen bir yapı görülür.
Papillalar belirgin nükleuslu, eozinofilik
sitoplazmalı sferik, büyük hücrelerle
kaplanmıştır.
7

8.  Papiller RCC nin genetiği ile ilgili bilgi dağarcığının
büyük bölümü hastalığın kalıtsal formundan
gelmektedir.
 Hastalığın kalıtsal formu nadir görülen artmış tip 1
papiller RCC riski ile ilişkili, germline MET
mutasyonuna bağlı bir tiptir.
 Somatik MET mutasyonu non-herediter papiller
RCC lerin %13-15 inde görülür.
8

9.  Herediter leimyomatozis ve RCC sendromu
papiller tip 2 RCC nin agresif formuna
predispozandır.
 Bu durum FH(TCA siklus enzimi) enzimini
kodlayan gende meydana gelen bir germline
mutasyona bağlıdır.
 Bu agresif tümörler artmış oksidatif stres ve
NRF2-ARE yolağının aktivasyonu ile ilişkilidir.
9

10.  NFR2-ARE yolağının kodlayan CUL3 ve
NFE2L2 genlerinde mutasyon sporadik papiller
RCC de de görülmektedir.
10

11. Sonuçlar
 161 RCC nin 75 i tip 1, 60’ı tip 2, 26 sı ise her iki
gruba da ait değil olarak tanımlanmış.
 Tip 1 tümörler genellikle 1. evrede tanı alırken,
tip 2 RCC genellikle evre 3-4 iken tanı almış.

12. 12

13. 13

14. 14

15. 15

16. Somatik alterasyonların rolü
 Kopya-sayı değişiklikleri
 3 altgruba ayrılmış
 1. grupta tip 1 papiller RCC predominant
 Tümör evresi düşük
 Genellikle kromozom sayısında artış mevcut
 Sıklıkla 7.-17. kromozom sayısında artış mevcut
 Nadir olarak 2,3,12,16,20

17. Somatik alterasyonların rolü
 Diğer 2 altgrup ise tip 2 papiller RCC ile ilişkili
 Bu altgruplardan biri yüksek derece anaploidi ile
ve multipl kromozom kayıpları ile seyrediyor.
 9p kaybı sık görülüyor ve kötü prognoz ile ilişkili

18. Whole-exome sekanslama
 Bütün ekzom sekanslama 157 tümör ile ilişkili
tanımlanmış 10380 somatik mutasyonun
tanımlanmasına olanak sağladı.
 MutsigCV versiyon 2.0 kullanılarak MET,
SETD2, NF2, KDM6A ve SMARCB1
genlerinin papiller tip RCC de %24 oranında
mutasyona uğradıkkları görülmüş.

19. Whole-exome Sekanslama
 analizler, FAT1, BAP1, PBRM1, STAG2,
NFE2L2 ve TP53 genlerinden en az birinin %36
vakada mutasyona uğradığını göstermiş.
19

20. Hippo ve kromatin modifiye edici
yolaklar
 Papiller RCC de mutasyona uğrayan bazı genler,
NF2 - Hippo sinyal yolağının da içinde
bulunduğu iyi bilinen kanser ilişkili yolakların bir
parçası( SMARCB1 ve PBRM1- SWI/SNF
yolağı, SETD2, KDM6A ve BAP1 çeşitli
kromatin modifiye edici yolaklarda)
20

21. Hippo ve kromatin modifiye edici
yolaklar
 SWI/SNF kompleks mutasyonları tip 1 RCC de
%20, tip 2 RCC de %75 oranında görülüyor.
 Kromatin modifiye edici yolaklarda oranlar tip 1
için %35, tip 2 için %38.
 Hippo sinyal yolağı için ise tip 1 %3, tip 2 %10
21

22. TFE3 ve TFEB gen füzyonları
 17 vakada gen füzyonu saptanmış(%10.6)
 Bunların 8 tanesi TFE3 veya TFEB.
 TFE3 füzyonlarından 4 tanesinde bilinen
füzyonlar partnerleri mevcuttu.(PRCC-SFPQ)
 2 tanesinde ise yeni ortaya çıkan füzyon
partnerleri görüldü.(RBM10-DVL2)
 TFE3 ve TFEB füzyonlarından 7 tanesi tip 2
papiller RCC de görülmüş. (7/60 - %12)
22

23. Tip 1 RCC de MET mutasyonu
 17 hastada MET mutasyonu+ (3 ü germline)
 17 MET mutasyonundan 14 ü tirozin kinaz
domainde ve bunlardan 13 ü tip 1 RCC ile ilişkili
 MET mRNA ekspresyon ve protein
fosforilasyon seviyeleri tip 1 tm de tip 2 tm e
göre belirgin derecede daha yüksek.
 Değişmiş MET durumu veya 7. kromozom
trizomisi tip 1 papiller RCC nin %81 inde
tanımlanmış.
23

24. Tip 1 RCC de MET mutasyonu
 1p36 gen kaybı 18 papiller RCC( %11.2)
görülmüş.
 1p26 delesyonları kromozom 7 sayı artışı ve
EGFR amplifikasyonları ile birlikte görülüyor.
24

25. 25

26. Tip 2 tm de CDKN2A mutasyonu
 9p21 kaybı 13 papiller tip RCC hastasında
(%8.1) görülmüş.
 CDKN2A promoter hipermetilasyonu 11
vakada( 3 tanesi fokal 9p21 kaybı ile ilişkili)
görülmüş.
 Toplam 21 vakada(%13) CDKN2A alterasyonu
mevcut.
26

27. Tip 2 tm de CDKN2A mutasyonu
 CDKN2A alterasyonu tip 2 papiller RCC ile
yakından ilişkili.
 Tip 2 papiller RCC nin %25 inde görülüyor.
 CDKN2A alterasyonu kötü prognozla bağlantılı
saptanmış.
27

28. Tip 2 tm de SETD2, BAP1 ve
PBRM1 mutasyonu
 Chromatin modifiying genes: SETD2, BAP1,
PBRM1
 Tip2 tm lerle ilişkili
 Ayrıca berrak hücreli tipte de 3p kaybıyla birlikte
sıkça görülüyor.
 3p kaybı tip2 papiller tip RCC ile de bağlantılı
28

29. Tip2 tm de CpG island
methylator phenotype(CIMP)
 9 vakada (%5.6) CIMP görülmüş. (bu CDKN2A
nın total metilasyonunu da kapsıyor)
 9 vakanın 8 i tip2 papiller RCC olarak saptanmış.
 5 vakada germline veya somatik fumarat hidrataz
enzim mutasyonu görülmüş.(%56)
 CIMP erken başlangıç ve kötü prognozla
seyrediyor.
29

30. Kümeleştirme
 C1 tip1 tm
 C2a tip2 tm
 C2b tip2 tm
 C3c CIMP ilişkili papiller RCC
30

31. Kümeleştirme
 C1 trizomi 7, MET mut, erken evre
 C2a erken evre, DNA metilasyonu
 C2b ileri evre, DNA metilasyonu,SETD2
 C3c en kötü prognoz
31

32. 32

33.  Trizomi 7 ayrıca:
 Wilm’s tm
 Papiller tiroid ca ile de ilişkili
 Sınıflanamayan 37 papiller RCC nin büyük bir
kısmı tip 1 tümör özelliği göstermiş.(%70)
33

34. Tartışma
 Tip1 ve tip2 RCC tamamen farklı hastalıklar ve
tip2 hastalık kendi içerisinde çok heterojen.
 CDKN2A alterasyonları tip2 tm de prognostik
marker.
 TFE3 veya TFEB füzyonları genellikle çocuk
genç erişkinlerin hastalıkları ile ilişkili.
 Buna rağmen bu çalışmada 64 ve 71 yaşındaki
hastalarda da TFEB füzyonu saptanmış.
34

35. Tartışma
 CIMP=kötü prognoz
 CIMP ayrıca:
 Glioblastom
 Ac adenokanseri
 Gastrik adenokanser ile de bağlantılı
 CIMP düşük fumarat hidrataz ekspresyonu ile
bağlantılı.
35

36. Tartışma
 FH eksikliği fumaratın birikmesine ve DNA
metilasyonundan sorumlu enzimlerin işleyişinin
bozulmasına neden oluyor.
 Tip2 tm lerin subgruplara ayrılması, hastalığı
daha iyi sınıflamayı ve böylece hedefe yönelik
tedavi uygulanmasını sağlayabilir.
36

37. Tartışma
 MET ve VEGFR2 yolaklarını hedef alan anti-
tümör etklil ilaçlar, papiller tip RCC özellikle
MET mutasyonu olan grupta daha etkili.
 Hippo yolağı tm supresoru olan NF2,
mutasyonu papiller tip RCC de görülüyor.
 Burayı hedef alan dasatinib, tedavide
kullanılabilir.
 NQO1, NRF2-ARE yolağı için değerli bir
marker olabilir.
37