knitrBootstrapを使ってHTMLレポートをかわいくする
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15.9.19 HiRoshima.R #5 Lightning Talks @imyuaotiの発表資料です。
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knitrBootstrapを使ってHTMLレポートをかわいくする
- 8. １．knitrBootstrapの紹介 KnitrBootstrapでできること 8 • 豊富なテンプレートの選択 • 目次の自動作成 • コード・出力の目隠し機能 • 画像サムネイルの拡大表示 など
- 10. １．knitrBootstrapの紹介 10 目次の自動作成 • 小見出しが収まる • 選択した見出しに リンクする
- 15. ２．HTMLレポート作成の基礎 15 .Rmd .html HTMLレポートができるまでの流れ RStudioを使えばワンクリック！ Knit HTMLボタン 経由している .md
- 16. ２．HTMLレポート作成の基礎 16 .Rmd .html .md .html KnitrBootstrapができること Bootstrapの様式に装飾してファイル形式を変換 .md knit_bootstrap knit_bootstrap_Rmd knit_bootstrap_md or
- 17. ２．HTMLレポート作成の基礎 17 .html .md .html △ .Rmd .md × △× ×できない △できなくもないが微妙 △は作業環境によってはうまくいく？
- 19. 今回の作業環境 • R（3.2.2）（≧ 3.0.0） • RStudio（0.99.446） • knitr（1.11）（≧1.4.1） • markdown（0.7.7）（≧ 0.5.5） • knitrBootdtrap（0.9.0） ※ 赤字はユーザーズガイド記載の対応しているバージョン
- 20. ３．knitrBootstrapの使い方 20 手順 １) knitrBootdtrapパッケージの読み込み ２）元になる.Rmdファイルを作成 ３）knitrBootdtrapの関数を使って .htmlファイルを出力 出力方法 ① 出力方法 ② 頻繁に使いたい場合 手軽に使いたい場合
- 21. ３．knitrBootstrapの使い方 １) knitrBootdtrapパッケージを インストール＆ロード 21 install.packages( "knitrBootstrap“ ) library( "knitrBootstrap“ )
- 24. ３．knitrBootstrapの使い方 ３）出力方法 ② （頻繁に使いたい場合） 24 RStudioのknit HTMLボタンを使った出力を 常にBootstrapで装飾できるように設定 • .Rprofileを作成 • .Rmdのチャンクに特定のコードを入力
- 25. ３．knitrBootstrapの使い方 KnitrBootstrapの関数オプション 25 オプション名 概要 デフォルト設定 boot_style 全体のスタイル設定 NULL code_style コード部分のスタイル設定 NULL chooser bootとcodeの選択肢の表示 NULL thumbsize 画像のサムネイルの大きさ設定 ３ show_code コード部分の表示設定 FALSE show_output 出力部分の表示設定 TRUE show_figure 画像の表示設定 TRUE ※ knitrBootstrapのどの関数でもほぼ同じ など
- 26. ３．knitrBootstrapの使い方 出力方法 ① の例 26 # .Rmd→.md knit_bootstrap_Rmd( “ファイル名.Rmd”, boot_style = “Amelia”, # スタイルの名称 chooser = c( “boot“ , ”code“ ), show_figure = FALSE, encoding = “UTF8“ ) # 文字コードの指定 # .md→.HTML knit_bootstrap_md( “ファイル名.md“ , encoding = "UTF8“ ) 日本語を含む場合は文字コード指定！ .Rかコンソールa ※ Macユーザは必要なさそうです
- 27. ３．knitrBootstrapの使い方 出力方法 ② の例 27 ```{r setup, echo=TRUE, include= FALSE} library( “knitr” ) render_html() ``` options( rstudio.markdownToHTML = function( inputFile, outputFile ) { require( knitrBootstrap ) knit_bootstrap_md( input=inputFile, output=outputFile, boot_style = "Amelia", chooser = c( "code“ , "boot“ ), show_figure = FALSE , encoding = "UTF8“ ) } ) # knit HTMLボタンの裏で機能している関数を設定している .RProfilea .Rmdaaaa Rのホームフォルダか R Projectフォルダに 置いておく .Rmdの始めのチャンク に書いておく
- 30. ４．Rでレポート作成のススメ 30 ４つのメリット • レポート作成時間の削減 • 人為的なミスの削減 • 間違いの見つけやすさの向上 • 解析コードの可読性の向上 金 明哲編・高橋 康介著 シリーズ Useful R ドキュメント・プレゼンテーション生成 より
- 32. 参考にさせていただきました tera monagiさんのスライド ～knitr+pandocではじめる～ 『R MarkdownでReproducible Research』 http://www.slideshare.net/teramonagi/tokyo- r36-20140222?related 32 金 明哲編・高橋 康介著 シリーズ Useful R ドキュメント・プレゼンテーション生成 knitrBootstrapパッケージのページ http://www.jimhester.com/knitrBootstrap/ などなど
Hinweis der Redaktion
- よろしくお願いいたしします。 今回私が発表させていただくテーマは、 Rでのレポート作成についてで 特に、KnitrBootstrapというパッケージを使って HTMLレポートのみためを簡単にかわいくする！ ということについてお話しさせていただきます。 見た目がよくなるだけじゃなくて、 もちろん、使い勝手も便利になるんですが、 私がこのパッケージを気に入った理由が とにかく見た目がかわいいという理由だったので こーゆータイトルにしました。 今回はRstudioを使うことを前提として話をさせていただきます。 ご了承ください。
- よくわかんなくてもとりあえずかっこいい技をみてもらおう！と思いました。 こんなカッコイイコトができちゃうんだよ！ということをご紹介して
- 本日の内容です。 今回は、KnitrBootstrapのご紹介 RでHTMLレポート作成を作成するための基礎 knitrBootstrapの使い方 Rでレポート作成のススメ の４本立てでお話しします。
- では、まず始めにknitrBootstrapを使ってつくったレポートが どんな風に魅力的かお伝えしたいと思います。
- そもそもKnitrBootstrapがどんなものかといいますと、 すごくざっくり説明すると、 WebサイトやWebアプリをつくって、それをデザインするときに使用されている Bootstrapというツール集を RのHTMLレポート作成に適用させたパッケージ です。 例えば、何かwebサイトを作ったけど、自分で一からセンスよくデザインするのが難しい。 そんなときにBootstrapを使ってカスタマイズすると、全体的にまとまりのいい おしゃれなページにすることができる。という感じです。。。 それを、Rの世界でも使えるようにと作られたパッケージです。 では、実際に Rで作ったHTMLレポートにknitrBootstrapを適用させるとどう変わるのか、 ということをご覧ください。
- よくわかんなくてもとりあえずかっこいい技をみてもらおう！と思いました。 こんなカッコイイコトができちゃうんだよ！ということをご紹介して
- では、このようなレポート作成をするためには どうしたらよいか詳しい説明に入っていきたいと思います。 まず、RでHTMLレポートを作成するための基礎知識をご説明いたします。 自分なりにわかりやすく説明できるように頑張りますが、 やはり専門用語を聞いたらうんざりしてしまうという方は耳をふさいでもらって大丈夫です。 この次の実際の使い方から聞くのを再開してください！
- RでHTMLレポートを作成するための流れは こんな感じです。 普段、Rでデータ解析をするときは、拡張子がRになっているスクリプトファイルを作りますが、 HTMLレポートを作成するときは.RmdのRマークダウンファイルからスタートします。 Rスクリプトファイルからいろんな関数を使ってHTMLファイルをつくることもできますが、 こちらのほうが一般的です。 このRmdファイルからhtmlファイルを作るためには一度.mdというマークダウンファイルを経由するんですが、 最近のRstudioだと.mdファイルをいちいち出力せずにできる。 .mdファイルの説明を省ければいいんですが、 今のところknitrBootstrapを使う場合、一度mdファイルを出力しないとhtmlを出力できないようになっています。 Knithtmlボタンを使えば一瞬ですが、裏では関数がいろいろと仕事をしてくれています。 とにかく、Rmdファイルをなんとかしてhtmlファイルに変換することで RでHTMLレポートを作ることができます。
- RでHTMLレポートを作成するための流れは こんな感じです。 普段、Rでデータ解析をするときは、拡張子がRになっているスクリプトファイルを作りますが、 HTMLレポートを作成するときは.RmdのRマークダウンファイルからスタートします。 Rスクリプトファイルからいろんな関数を使ってHTMLファイルをつくることもできますが、 こちらのほうが一般的です。 このRmdファイルからhtmlファイルを作るためには一度.mdというマークダウンファイルを経由するんですが、 最近のRstudioだと.mdファイルをいちいち出力せずにできる。 .mdファイルの説明を省ければいいんですが、 今のところknitrBootstrapを使う場合、一度mdファイルを出力しないとhtmlを出力できないようになっています。 Knithtmlボタンを使えば一瞬ですが、裏では関数がいろいろと仕事をしてくれています。 とにかく、Rmdファイルをなんとかしてhtmlファイルに変換することで RでHTMLレポートを作ることができます。
- では、knitrBootstrapがこの中でどんなはたらきをしてくれるのかといいますと、 それぞれのファイルにBootstrapで装飾するという命令を書きくわえてくれます。 knitrBootstrapを使う場合は、元のrmdファイルからスタートして図の中の赤い矢印のルートを通って Bootstrapで装飾されたhtmlファイルの出力にたどり着くことが目標です。 図の中の赤い矢印のルートを通るための関数が knitrBootsrtapパッケージの中に入っています。 ×と△の矢印についてですが ×そのルートで出力できる関数がありません。 △はできなくもないが微妙な仕上がりです。 なんとなくそれっぽく出力ができても、knitrbootstrapの機能の一部しか使えなくなってしまいます。 元のファイルから、目的のhtmlファイルまで、常にbootstrapを適用できる 関数を使うことが重要です。
- では、knitrBootstrapがこの中でどんなはたらきをしてくれるのかといいますと、 それぞれのファイルにBootstrapで装飾するという命令を書きくわえてくれます。 knitrBootstrapを使う場合は、元のrmdファイルからスタートして図の中の赤い矢印のルートを通って Bootstrapで装飾されたhtmlファイルの出力にたどり着くことが目標です。 図の中の赤い矢印のルートを通るための関数が knitrBootsrtapパッケージの中に入っています。 ×と△の矢印についてですが ×そのルートで出力できる関数がありません。 △はできなくもないが微妙な仕上がりです。 なんとなくそれっぽく出力ができても、knitrbootstrapの機能の一部しか使えなくなってしまいます。 元のファイルから、目的のhtmlファイルまで、常にbootstrapを適用できる 関数を使うことが重要です。
- ではいよいよ実際の使い方をご説明いたします。
- 私がknitrBootsitapを使ったときの各バージョンはこんな感じです。 全て最新かな？と思います。 赤字の方がkniterBootsitapのユーザーズガイドに書かれていた、対応しているバージョンです。 ですが、実際わたしがRの3.2.1でknitrBootdtrapを使おうとするとうまくいかなかったので、 最新のバージョンにアップデートしたほうが良いかと思います。
- 実際にknitrBootstrapパッケージを使ってHTMLレポートを出力するための手順です。 １) 必要なパッケージをインストール＆ロードする ２）レポートの元になる.Rmdファイルを作成する ３）knitrBootdtrapの関数を使って .htmlファイルを出力する だけです。 出力する手順は２通りご紹介いたします。
- 使用するパッケージはだけですknitrBootdtrapです。 インストールして、読み込んでおいてください。
- そしてもとになるRmdファイルを作成しておいてください。 Rマークダウンファイルの書き方については申し訳ないですが今回は説明しません。 Rmarkdownについてわかりやすく説明している書籍もwebページもたくさんありますので、 どうぞそちらで見てみてください。 とにかくすぐにやってみたいという方は、Rmdファイルを新規作成したときに書かれている サンプルコードをそのまま使うだけで十分に試してみることができるので 始めはそれでやってみてください。
- 出力方法その１は、先ほどもお話ししましたように、 RmdからBootstrapで装飾されたhtmlファイルを作成するまでの経路をひたすら 関数を使ってファイルを出力していく方法です。
- もうひとつの方法はRstudioのknitr HTMLボタンを使ったHTMLファイルの出力を デフォルトでBootstrap仕様に設定する方法です。 この方法では、 .RprofileというR起動時のオプションを設定するファイルを作成、 Rのホームフォルダか設定を適応したいRprojectフォルダ内においておきます。 そしてRmdファイルに特定のコードを入力すれば毎回ワンクリックで HTMLファイルにBootstrapを適用することができます。
- knitrBootstrapの関数オプションです。 boot_styleは全体のスタイル設定、code_styleはコード部分のスタイル設定で、 それぞれスタイル名を文字列データで指定します。 入力しなければ出力するたびに、コンソールで、どのスタイルを指定するのか聞いてきます。 Chooserはbootとcodeの選択肢の表示です。Bootかcode、もしくは両方を指定すると レポート作成後もスタイルを自由に変えられます。 Thumbsize画像のサムネイルの大きさ設定 show_code、show_output、show_figure はそれぞれ出力時に表示しておくかどうかtrueをorFALSEで設定できます。 どちらに設定してもhtmlレポートの作成時には いつでもオンオフをスイッチできます。 関数が違ってもオプションはどれも同じです。
- 方法①の出力例です。 Rmd、からmd、mdからhtmlを順に２つを順番に出力します。 このとき、オプションを設定するのはどちらかの一方の関数で大丈夫です。 注意しなければならないは文字コードの指定で、レポートが日本語を含む場合は Rmdをutf8で作成し、出力オプションでも常にエンコードディングで指定してください。
- 方法２では、 Rprofileを作成します。 拡張子がrprofileのファイルをRのホームフォルダか R Projectフォルダに置いておくとRstudio起動時に指定した設定が読み込まれます。 ここでは、なにを指定しているかというと、 rstudio.markdownToHTMLというはおそらく knit HTMLボタンの裏で働いている関数です。 markdownToHTMLというのは、 Mdファイルをhtmlに変換する関数ですので、 knit HTMLボタンを押したときに起こっているこの変換部分で Knitrbootstrapパッケージを読み込むnod Bootstrapの様式を適用する。という設定です。 日本語のレポートを作成するときはこのときも必ず文字コードを指定してください。 このファイルをフォルダにおいて、Rstudioを立ち上げと 下の部のコードを含むrmdファイルを指定して Knithtmlボタンをクリックするをワンクリックで Bootstrapが適用されたHTMLレポートを出力することができます。 よく使う方は方法２のほうが便利です。 方法１も２も、実行すれば 始めにお示ししたような設定のHTMLレポートを出力することができます。
- 最後、Rでレポート作成のススメをほんの少しだけ
- 従来のレポート作成では・・・ その点、Rでレポート作成をすると・・・ レポート作成時間の削減 人為的なミスの削減 間違いの見つけやすさの向上 解析コードの可読性の向上 今回の発表で今まで興味なかったけどやってみようかなと思った方は ぜひぜひ楽しみながらご自分の研究に役立ててみてください。
- きんめいてつさん