Diversité Génétique, des repères pour agir - Satellite 3R - Coralie Danchin-Burge

1. 3 R – Décembre 2015
VARUME, un observatoire de la
variabilité génétique
C. Danchin-Burge
Institut de l’Elevage
coralie.danchin@idele.fr
1
Inventaire des situations en ruminants

2. 3 R– Décembre 2015
Projet CASDAR: VARiabilité génétique
des RUMinants et des Equidés
Création d’un observatoire de la variabilité génétique basé
sur les généalogies
• Opérationnel en juin 2015 pour les ruminants
• Des indicateurs:
 consultables librement sur idele.fr (données agglomérées par
race) – Onglet Domaines Techniques/Améliorer le troupeau
/Ressources Génétiques
 mise à jour annuelle
 valorisation de bases de données déjà existantes et maintenues
pour d’autres usages

3. 3 R– Décembre 2015
Indicateurs de variabilité génétique
calculés à partir des généalogies

4. 3 R– Décembre 2015
Ce que permettent de décrire les
généalogies…
• La transmission des gènes de génération en génération :
Importance relative des différents ancêtres
=> repérage des « goulets d’étranglement »
• L’utilisation qui est faite des reproducteurs :
=> Calcul des tailles de descendance
• Les liens génétiques entre animaux : parenté
Un animal est consanguin si ses 2 parents sont apparentés entre eux

5. 3 R– Décembre 2015
“Contrôle qualité” vérifié à partir de l’analyse de la
profondeur des généalogies
Une race connue sur 10 générations aura des indicateurs plus
fiables qu’une race connue sur 2 générations
=> La comparaison entre races ne peut se faire que
si elles ont la même profondeur de généalogies
Quelle est la fiabilité des indicateurs ?

6. 3 R– Décembre 2015
Les races étudiées
9 Bovins Lait
7 petits ruminants laitiers
22 petits ruminants viande
9 Bovins Viande
17 races à petits
effectifs (> 1 000 et <
5 000 femelles analysées)
20 races à très petits
effectifs (< 1 000 femelles
analysées)

7. 3 R– Décembre 2015
Indicateurs utilisés pour l’analyse
de la variabilité génétique
• Goulets d’étranglement: d’où proviennent les allèles portés
par un individu ?
=> Indicateur Ae : nombre d’ancêtres efficaces
• Consanguinité: les allèles portés par un individu sont-ils identiques
(= homozygotes) ?
=> Indicateur Ne: taille efficace de la population
• Qualité des généalogies
Pour cette étude, en moyenne la qualité de généalogies est supérieure
à 5 générations: bonne qualité des indicateurs

8. 3 R– Décembre 2015
Ancêtres efficaces par filière
(= goulet d’étranglement)
0
20
40
60
80
100
120
140
160
180
Races TPE Bovins lait Petits
ruminants lait
Races PE Petits
ruminants
viande
Bovins
allaitant
Moyenne Min Max

9. 3 R– Décembre 2015
0
100
200
300
400
500
600
700
800
Races TPE Bovins Lait Races PE Petits
ruminants
Lait
Petits
ruminants
Viande
Bovins
allaitant
Moyenne Min Max
9
Taille efficace par filière
(= accroissement consanguinité)

10. 3 R– Décembre 2015
Enseignements majeurs
Les indicateurs de variabilité génétique sont le
reflet de plusieurs facteurs :
 Organisation programme sélection
 Pouvoir diffusion IA
 Taille population
 Gestion génétique

11. 3 R– Décembre 2015
Application: définition d’une « race
menacée d’abandon par l’agriculture »
Avec l’aide d’E. Verrier, AgroParisTech

12. 3 R– Décembre 2015
La MAE « Protection des races
Menacées »
Une aide financière européenne directe aux éleveurs
des races animales locales « menacées d’abandon
pour l’agriculture »
L’effectif ainsi que l’état de danger dans lequel se
trouve la race concernée doivent être «certifiés par
un organisme scientifique reconnu»
12

13. 3 R– Décembre 2015
Une approche multicritère
1. Nombre de femelles reproductrices
2. Evolution démographique récente
3. Proportion de femelles ne se reproduisant pas en
race pure
4. Taille efficace de la population (Ne)
5. Organisation des éleveurs, gestion génétique, appui
technique
6. Contexte social et économique
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14. 3 R– Décembre 2015
La taille efficace (Ne)
Deux situations
• Races avec suffisamment d’information généalogique
=> Ne « Cervantes »
• Races avec uniquement de l’information démographique
=> Ne « FAO », moins précis
Notion de 10eme de vie :
D1/10 = nombre de générations nécessaires pour perdre 1/10 de la
variabilité génétique
Note de 5 (risque maximal) à 0
14
Ne45 95 145 195 245
5 4 3 2 1 0

15. 3 R– Décembre 2015
C’est à vous d’interpréter
vos indicateurs !
Pour vous aider:
Un guide et un document annoté disponible
sur le site
Une formation annuelle (17/11/2016)
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16. 3 R– Décembre 2015
Et vous, comment allez-vous
utiliser ces indicateurs pour
gérer vos races ?
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17. 3 R– Décembre 2015
Application: quelle utilisation des
données de VARUME par les
gestionnaires de races
Intervention de P. Martin, CAPGENES