Grand livre de PubMed

Le « grand livre »
de PubMed
à lire sur ordinateurs
ou sur tablettes
Philippe Eveillard
phe@club-internet.fr
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voir page suivante
Version mai 2015

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Ouverture
Iconoclaste
PubMed est une banque de données bibliographiques qu’il
convient d’apprivoiser en parlant son langage et en tenant
compte des modalités de son exploration.
Ce n’est pas la façon habituelle de présenter le mode d’emploi de cet outil de
recherche. Les vidéos sur le Web et les copies d’écran sur papier sont la norme.
Comme si PubMed était une machine à laver avec des cadrans, des manettes et
des boutons dont il faut connaitre le maniement.
En réalité, il est inutile de savoir à quoi servent les intitulés qui occupent la partie
basse de la page d’accueil et les cadres qui entourent la page de résultat car la
seule question qui se pose est : qu’est-ce que je mets dans la fenêtre ?

Ouverture
Iconoclaste (suite et fin)
A l’évidence, c’est le cadet des soucis des tutoriels (vidéos et copies d’écran),
plus préoccupés de décrire l’environnement des différentes fonctionnalités que
d’aider l’internaute à franchir l’obstacle de la « fenêtre blanche ».
Premier obstacle : comment traduire en termes simples ce que vous cherchez
dans la banque de données ? Un temps de réflexion est nécessaire. La création
d’un tableau de mots clés est conseillée.
Deuxième obstacle : comment traduire ces termes simples en langage adapté et
comment tenir compte des modalités d’exploration de l’outil ?
Le « grand livre » de PubMed tente de remédier aux insuffisances des tutoriels
classiques. Il se donne pour objectif de « remplir » la fenêtre d’interrogation sans
l’aide des automates et algorithmes censés faire le travail à votre place mais qui,
en retour, vous font perdre le contrôle de votre requête.
Philippe Eveillard (décembre 2014 – mai 2015)

Si vous n’avez pas lu le texte d’ouverture
jusqu’au bout, la synthèse en image est
dans les pages suivantes

L’essentiel est dit :
les détails sont à venir

Présentation
PubMed
PubMed n’est
pas MEDLINE
Comprendre
PubMed n’est
pas Google
01 02 03 04
Formuler
La 1ére
équation n’est
pas la bonne
Veiller
Veiller n’est pas
rechercher

PubMed ≠ MEDLINE
01Trois composants
Trois conséquences

Indexée = MEDLINE
Non indexée
Les 2 parties de PubMed

Deux parts de camembert
PubMed rassemble plus de 24 millions de références
réparties en 2 catégories (voir la page précédente) :
- les références indexées ; c’est la catégorie la plus
grande ; elle constitue la banque de données MEDLINE ;
ses références sont étiquetées indexed for MEDLINE ;
- les références non indexées ; certaines sont en
cours ou en attente d’indexation et étiquetées in
process ou as supplied by publisher ; d’autres
proviennent des périodiques de PubMed Central non
indexés dans MEDLINE et sont étiquetées PubMed.
PubMed ne se limite
pas à MEDLINE et ce
n’est pas sans
conséquences
PubMed

Trois conséquences
Première conséquence
Toute équation de recherche formulée en langage
d’indexation n’affiche que des références MEDLINE.
Deuxième conséquence
Les équations de recherche à la Google élargissent le
champ de la recherche. Elles prennent en compte la
présence des mots clés dans l’index, le titre, le
résumé et la notice de l’article.
Troisième conséquence
L’équation de veille unit (OR) une recherche dans la
partie indexée et une dans la partie non indexée.
Langage d’indexation =
langage utilisé pour
indexer les articles
= langage composé de
termes appartenant au
thesaurus MeSH
PubMed

Comprendre les fondamentaux
02
L’équation de recherche
L’affiliation descripteur/qualificatif
Les champs
Au secours !

Désolé, les fondamentaux
sont un passage obligé

Antibacterial Agents/TU AND
Respiratory Tract Infections/DT
AND Pseudomonas Infections
[mh] AND review [pt]
Recherche des revues générales sur le
traitement antibiotique des infections
respiratoires à Pseudomonas

L’équation-type
Les références de PubMed sont indexées avec des
descripteurs (des termes du thesaurus MeSH), des
affiliations descripteur/qualificatif (des combinaisons
originales entre un descripteur et un qualificatif) et
des mots clés correspondant à des types de
publication et des substances.
Conséquence :
il est logique de formuler l’équation de recherche avec
ces mots plutôt qu’avec des mots du langage courant
(interrogation dite à la Google).
Le thesaurus MeSH
rassemble des termes
(descripteurs) constituant
le vocabulaire utilisé pour
caractériser les articles.
Fondamentaux

Antibacterial Agents/TU AND Respiratory Tract Infections/DT
AND Pseudomonas Infections [mh] AND review [pt]
Les deux affiliations n’ont pas besoin de
champ car PubMed reconnait qu’il s’agit
d’affiliations descripteur/qualificatif.
En revanche, la nature de
Pseudomonas Infections (descripteur)
et celle de review (type de publication)
sont reconnues par leur champ : [mh]
pour le descripteur et [pt] pour le type
de publication.
Cette équation de recherche est
composée de 2 affiliations
(Antibacterial Agents/TU et Respiratory
Tract Infections/DT), d’un descripteur
(Pseudomonas Infections) et d’un type
de publication (review).
Les qualificatifs (therapeutic use et
drug therapy) sont sous leur forme
abrégée.
Fondamentaux

L’index
L’index rassemble les termes choisis par le
documentaliste pour caractériser le contenu de
l’article.
Les termes indexés sont :
- des descripteurs et des affiliations
descripteur/qualificatif (MeSH Terms) ;
- des types de publication (Publication Types) ;
- des substances (Substances) qui sont soit des
molécules, soit des classes thérapeutiques, soit des
concepts supplémentaires (v. plus loin)
L’index est situé sous le
résumé de la notice au
format abstract.
La notice au format
abstract s’affiche en
activant le lien de l’article
dans la page de résultat.
Fondamentaux

Exemple d’index
Index de l’article :
Döring G, Flume P, Heijerman H, Elborn
JS; Consensus Study Group.
Treatment of lung infection in patients
with cystic fibrosis: current and future
strategies.
J Cyst Fibros. 2012 Dec;11(6):461-79.
doi: 10.1016/j.jcf.2012.10.004. Epub
2012 Nov 6. Review.
Publication Types
Review
MeSH Terms
Anti-Bacterial Agents/therapeutic use*
Cystic Fibrosis/microbiology*
Humans
Pneumonia, Bacterial/drug therapy*
Pneumonia, Bacterial/microbiology
Pseudomonas Infections/drug therapy*
Pseudomonas aeruginosa*
Substances
Anti-Bacterial Agents
Fondamentaux

PubMed n’est pas
Google China par bfishadow Licence CC BY

Interroger PubMed à la Google
L’interrogation à la Google consiste à entrer dans la
fenêtre d’interrogation de PubMed les mots clés les
uns à côté des autres, séparés par un espace.
L’équation à la Google relative aux recommandations
sur le traitement de l’asthme s’écrit :
Asthma « drug therapy » guideline
L’équation selon PubMed est formulée différemment :
Asthma/drug therapy AND Guideline [pt]
Dans la page suivante figure la comparaison des 2
formulations.
L’interprétation d’une
requête par PubMed
s’affiche dans le cadre
search details.
Le cadre search details se
trouve dans la colonne de
droite de la page de
résultat.
Fondamentaux

Comparaison PubMed - Google
Interprétation de l’équation
formulée selon PubMed
(d’après Search Details)
"asthma/drug
therapy"[Mesh Terms] AND
guideline[pt]
104 références le 3/01/2015
Interprétation de l’équation formulée à la Google
(d’après Search Details)
("asthma"[MeSH Terms] OR "asthma"[All Fields])
AND "drug therapy"[All Fields] AND
("guideline"[Publication Type] OR "guidelines as
topic"[MeSH Terms] OR "guideline"[All Fields])
1265 références le 3/01/2015
Fondamentaux
Commentaire
L’équation selon PubMed a été interprétée comme elle a été formulée.
L’équation à la Google a subi l’assaut de l’Automatic Term Mapping qui a
reformulé l’équation initiale en comparant les mots clés entrés dans la fenêtre
d’interrogation à des tables de correspondance (descripteurs MeSH – Auteur –
Titre de périodique). V. page suivante

Automatic Term Mapping : le gâchis
La gestion d’une requête à la Google par un
automate (Automatic Term Mapping) est
désastreuse.
Comme le montre l’exemple des recommandations
sur le traitement de l’asthme, l’automate compare
les mots clés à des tables de correspondance
(descripteur ; titre de périodique ; auteurs).
Quand la moisson est incomplète, il étend sa
recherche à tous les champs (all fields), soit au
contenu de la notice complète (titre, résumé, auteur,
titre de périodique, index…).
Fondamentaux
Une interrogation à la
Google génère du bruit,
parfois assourdissant

Notice = étiquette
La notice est l’étiquette accrochée à chaque article.
La notice est disponible sous 3 formats :
- summary  l’étiquette se résume à la référence ;
- abstract  l’étiquette rassemble la référence, le
résumé et l’index ;
- MEDLINE  la notice est complète.
Dans l’exploration de PubMed, le meilleur résultat
est obtenu quand la fenêtre d’interrogation contient
des termes figurant dans la notice au format
abstract des articles (ou dans celle au format
MEDLINE).
Fondamentaux
Hors de la notice point
de salut

Attention : à partir de maintenant et pendant
quelques pages, ce que vous allez rencontrer
« c’est du lourd »

L’affiliation descripteur/qualificatif est
au cœur de l’équation de recherche
Greece sunset par MattJP licence Cc BY

L’affiliation est un obstacle à franchir
L’affiliation descripteur/qualificatif est
l’obstacle qui se dresse devant tout utilisateur. En
cause : le caractère inhabituel et insolite du concept.
C’est un concept suffisamment déstabilisant pour
être systématiquement occulté par tous les tutoriels
pour ne pas effrayer les débutants.
Pourtant, une ou plusieurs affiliations doivent figurer
dans toute équation de recherche comme l’atteste
leur présence dans les index de tous les articles
hébergés dans PubMed.
Fondamentaux
Premier saut par Joseph Sardin
Licence CC BY

L’affiliation est au cœur de l’équation
Une affiliation descripteur/qualificatif :
• Associe un descripteur et un qualificatif qui
précise le sens du descripteur.
• Est formée de la juxtaposition des deux termes,
simplement séparés par un slash.
• N’a pas besoin de champ* pour être reconnue
comme une expression du langage de PubMed.
*Champ : indication de la nature d’un mot clé. Cette
notion de champ sera développée plus loin.
Fondamentaux
Asthma/drug therapy
Asthma/DT
Note : le qualificatif peut
être sous forme abrégée

Les descripteurs : le thesaurus
Les descripteurs sont les termes du thesaurus* de
PubMed (thesaurus MeSH – Medical Subject
Headings).
Ils sont plus de 25 000 dans la version 2015 du
thesaurus.
Ces descripteurs ont entre eux des relations
hiérarchiques illustrées par la structure arborescente
du thesaurus.
* Un thesaurus est un « vocabulaire contrôlé » dont
les termes ont entre eux des relations hiérarchiques.
Fondamentaux
Le thesaurus MeSH est
actualisé chaque année

Fondamentaux
Le thesaurus MeSH est un arbre
avec neuf branches maitresses.
Les deux principales branches
maitresses sont :
- la branche maladies (Diseases) qui
donne 26 branches secondaires;
- la branche médicaments (Chemicals
and Drugs).
La structure arborescente du
thesaurus rend compte du phénomène
de l’explosion (v. page suivante).
Respiratory Tract Diseases
Bronchial Diseases
Asthma
Asthma, Aspirin-Induced
Asthma, Exercise- Induced
Asthma, Occupational
Status Asthmaticus
Arborescence du descripteur Asthma avec
2 descripteurs de niveau hiérarchique
supérieur et 4 de niveau hiérarchique
inférieur
Les descripteurs : l’arborescence

Fondamentaux
L’explosion est l’extension d’une requête sur un
descripteur aux descripteurs de niveau hiérarchique
inférieur.
L’explosion se produit par défaut, c’est-à-dire dans
tous les cas sauf mention contraire (non-explosion).
La non-explosion est indiquée dans le champ du
descripteur ou de l’affiliation descripteur/qualificatif.
La non-explosion participe à la précision de la requête
(cette notion sera abordée plus loin).
Explosion
Asthma [mh]
Asthma/DT
Non-explosion
Asthma [mh:noexp]
Asthma/DT [mh:noexp]
Les descripteurs : l’explosion

Fondamentaux
Une requête avec le descripteur
Asthma est étendue (par défaut) aux
4 descripteurs de niveau
hiérarchique inférieur :
- Asthma, Aspirin-Induced
- Asthma, Exercise-Induced
- Asthma, Occupational
- Status Asthmaticus
Respiratory Tract Diseases
Bronchial Diseases
Asthma
Asthma, Aspirin-Induced
Asthma, Exercise- Induced
Asthma, Occupational
Status Asthmaticus
Arborescence du descripteur Asthma avec
2 descripteurs de niveau hiérarchique
supérieur et 4 de niveau hiérarchique
inférieur
Les descripteurs : l’explosion (exemple)

Fondamentaux
C’est la pondération.
Elle est indiquée dans l’index par un astérisque
accompagnant certains termes : descripteurs ou
affiliations (v. ci-contre).
L’internaute qui interroge PubMed peut demander
dans sa requête que seuls les termes pondérés soient
recherchés.
La pondération est indiquée par le champ [majr].
Elle augmente la précision de la requête.
Asthma [majr] ; Asthma/diagnosis [majr]
Asthma/diagnosis
Asthma/etiology
Asthma/therapy*
Disease Management*
Humans
Index de l’article :
Newer strategies in the
management of asthma
Les descripteurs : leur accorder du poids

Fondamentaux
Les qualificatifs sont « condamnés » à se combiner
aux descripteurs sous la forme d’affiliations
descripteur/qualificatif (asthma/diagnosis).
Dans les index de PubMed, les qualificatifs n’existent
pas en dehors d’une affiliation avec un descripteur.
Il y a 83 qualificatifs.
Un qualificatif s’affilie à un descripteur si « affinité ».
Pour vérifier l’affinité d’un qualificatif pour un
descripteur, consulter la banque de données du MeSH
(MeSH Database).
Pas de qualificatif sans
descripteur
Les qualificatifs : toujours affiliés

Détendez-vous : la notion de champ est plus
simple que celle d’affiliation

Un champ indique la
nature ou la localisation
d’un mot-clé
[mh]

Fondamentaux
L’intérêt des champs ne fait aucun doute.
Vous interrogez PubMed sur les accidents vasculaires
cérébraux (en langage MeSH : Stroke).
Le 20 janvier 2015, l’entrée de stroke dans la fenêtre
d’interrogation de PubMed (interrogation à la Google)
affiche 223 178 références…
… mais, l’entrée de stroke :
avec le champ [mh] en affiche 87 576
avec le champ [ta] 16 842
avec le champ [ti] 62 897
avec le champ [tw] 189 639
Stroke peut être :
- un descripteur [mh]
- un titre de journal [ta]
- un mot du titre [ti]
- un mot de la notice [tw]
Les champs : pourquoi ?

Fondamentaux
La liste des champs est affichée dans les appendices
du menu help (rubrique : search field descriptions
and tags).
Il y a 51 champs, mais une dizaine seulement sont
d’usage courant (v. page suivante).
Certains indiquent la nature du mot clé : descripteur,
langue de publication, type de publication, date…
D’autres, la localisation du mot clé qui peut se
trouver dans le titre, le titre et le résumé ou dans la
notice.
Une dizaine de champs
sont d’usage courant
Les champs : combien ?

Fondamentaux
Nature
Descripteur [mh]
Type de publication [pt]
Date de publication [dp]
Concept supplémentaire [nm]
Titre de périodique [ta]
Langue [la]
Auteur [au]
Localisation
Mot du titre [ti]
Mot du titre et du résumé [tiab]
Mot de la notice [tw]
Les champs : nature et localisation

Fondamentaux
L’automate est votre
ennemi
Les champs sont ajoutés de façon
automatique quand vous :
- interrogez PubMed « à la Google » (avec
l’Automatic Term Mapping) ;
- passez par MeSH Database pour formuler une
équation de recherche avec des descripteurs et
des affiliations descripteur/qualificatif ;
- sélectionnez vos mots clés (date, type de
publication…) à partir du cadre des filtres dans
la partie gauche de la page de résultats.
Les champs « automatiques »

Fondamentaux
Ne pas indiquer le champ d’un mot clé expose à un
défaut de précision.
Formuler une équation de recherche sans indiquer le
champ des mots clés fait du « bruit ». Un grand
nombre de références affichées dans la page de
résultats n’ont qu’un lointain rapport avec votre
requête.
Il ne sert à rien d’avoir une banque de données
structurée si c’est pour l’interroger n’importe
comment, sans tenir compte ni de son langage ni de
son usage.
Les champs : synthèse
Path par Nichola A. Tonelli Licence CC BY

Help et MeSH Database
volent à votre secours
P1010206 par Perin J-C Licence CC BY

Fondamentaux
L’aide du service Help est concentrée dans la rubrique
appendices.
Dans cette rubrique, trois intitulés sont précieux :
• Search field descriptions and tags qui fournit la
liste des champs avec leur abréviation et leur
description.
• MeSH Subheadings hierarchies qui précise les
relations hiérarchiques entre les qualificatifs.
• PubMed Publication Types qui donne la liste
complète des types de publication.
Help
Help – I Need Somebody – Help par
Au Kirk Licence CC BY 2.0

Fondamentaux
La banque de données du MeSH (MeSH Databse) est
le service-clé pour formuler une affiliation en 2 temps.
Premier temps : trouver l’équivalent MeSH du mot
clé correspondant à votre requête.
Entrez votre mot clé (en anglais) dans la fenêtre de
MeSH Database. Parmi les descripteurs qui s’affichent
sélectionnez celui en adéquation avec votre requête.
Deuxième temps : formuler l’affiliation.
Affichez le descripteur et choisissez le qualificatif
adéquat. Entrez dans la fenêtre de PubMed le
descripteur et le qualificatif accolés.
MeSH Database
MeSH Database est en
échec dans 5 à 10% des
cas (v. stratégie : en cas
d’échec)

Fondamentaux
Premier temps : entrée de bariatric dans la fenêtre
d’interrogation de MeSH Database.
Deuxième temps : parmi les descripteurs qui
s’affichent, sélection de Bariatric Surgery.
Dans la page Bariatric Surgery, repérage du
qualificatif adverse effects.
Au lieu de solliciter l’automate « PubMed Search
Builder », l‘affiliation Bariatric Surgery/adverse
effects est formulée et entrée directement dans la
fenêtre d’interrogation de PubMed.
MeSH Database (exemple)
Formuler une équation de
recherche sur les effets
indésirables de la
chirurgie bariatrique

Vous entrez (enfin) dans le vif du sujet

Formuler
03
Les mots clés et la grammaire
La première équation
Filtrer ?
Reformuler
Stratégie

La requête est formulée directement
dans la fenêtre d’interrogation
Last in thought par _MaRiNa_ Licence CC BY

Formuler
Où ? : dans la fenêtre d’interrogation
L’apprentissage de la formulation passe par
l’adoption d’emblée des bonnes habitudes.
L’entrée de l’équation de recherche directement
dans la fenêtre d’interrogation est la plus
représentative de ces bonnes habitudes.
Même si vous avez besoin de passer par MeSH
Database pour trouver l’équivalent MeSH de votre
mot clé et le qualificatif qui lui convient, ne sollicitez
pas la formulation automatique add to search builder
– search PubMed, mais formulez directement dans la
fenêtre de PubMed avec les 2 termes.
L’automate est votre
ennemi

Formuler
Pourquoi ? : pour établir une liste de références
PubMed est une banque de données bibliographiques.
Son interrogation affiche des références d’articles et
ne fournit pas des informations pour résoudre telle ou
telle situation clinique.
Il y a d’autres outils pour cela.
En général, ils proposent des réponses immédiates
(CRAT, Antibioclic) ou différées (Dynamed, UpToDate,
CISMeF, BDBfr…).
La docdudoc sur le site de la SFMG propose une liste
cohérente d’espaces documentaires pour les médecins.
L’article de Jean-Gabriel Jeannot dans la Revue
Médicale Suisse (2015, 1060-1063) fait de même.
PubMed, c’est juste pour
établir une liste de
références

Formuler
Comment ? : avec des mots clés et une grammaire
L’équation de recherche est composé de mots clés
reliés par des agents de liaison.
Les mots clés sont les termes qui expriment le mieux
le thème de la recherche.
Ces termes obéissent à une grammaire. ils sont :
- soit combinés à un autre mot clé et on parle alors
d’affiliation descripteur/qualificatif (v. fondamentaux)
- soit accompagnés d’un champ précisant leur
nature ou leur localisation (v. fondamentaux).
Les agents de liaison sont les 3 opérateurs booléens.
Dans la fenêtre, le mot clé
n’est jamais seul.
Il est toujours combiné ou
accompagné

Dans la fenêtre, le mot clé est
combiné à un autre mot clé ou
accompagné d’un champ
New-Year’s Eve 2012-2013 par bortescristian Licence CC BY

Formuler
Les mots clés (1) : l’obstacle
Le choix des mots clés et la façon de les utiliser
constituent le seul véritable obstacle d’une recherche
bibliographique dans PubMed.
C’est aussi le seul obstacle qui ne peut être franchi
aisément que par des professionnels de santé
aguerris (étudiants en fin de cursus ; praticiens).
Les autres obstacles (navigation dans l’interface ;
fonctions annexes) ne sont que les faire-valoir des
tutoriels qui fleurissent ici et là. Ils sont à la portée
des enfants (niveau grande section de maternelle).
PubMed, c’est juste une
fenêtre à remplir

Formuler
Les mots clés (2) : la méthode
La première série de mots clés destinés à intégrer le
« tableau des mots clés » est obtenue par une
démarche en 2 temps.
Premier temps
Décomposition du titre de l’article ou de la thèse en
plusieurs thèmes : un thème central et un ou
plusieurs thèmes complémentaires.
Deuxième temps
Attribution des mots clés (du langage courant) à
chacun des thèmes et intégration dans la partie du
tableau qui leur est réservée (2è colonne).
La première série de
mots clés oriente le choix
des synonymes, puis celui
des termes MeSH (v.
exemples)

Formuler
Les mots clés (3) : les 3 types
Les mots clés figurent dans un tableau qui rassemble :
- des mots du langage courant (placés dans la 2è
colonne) ;
- les synonymes de ces mots (3è colonne) ;
- les descripteurs appartenant au thesaurus MeSH et
correspondant aux mots du langage courant et aux
synonymes (dernière colonne).
Trois outils vous aident à construire ce tableau :
- le Portail terminologique de santé (PTS) ;
- le grand dictionnaire terminologique (GDT) ;
- la banque de données du MeSH (MeSH Database).
Les détails sur les aides
et des exemples de
tableau sont dans les
pages suivantes

Formuler
Les mots clés (4) : les aides
Le PTS
Le Portail terminologique
de santé est un des
services du catalogue du
CHU de Rouen (CISMeF).
Il a 2 fonctions : il traduit
les mots clés du langage
courant (français) en
descripteurs et propose
des synonymes des
descripteurs.
MeSH Database
MeSH Database est le
meilleur outil de
traduction d’un mot clé
du langage courant
(anglais) en descripteur
MeSH.
MeSH Database propose
une liste de synonymes
de chaque descripteur.
Le GDT
Le Grand dictionnaire
terminologique est un
dictionnaire français-
anglais.
Sa particularité est
d’indiquer les différents
domaines et sens dans
lequel un mot est
employé.

Formuler
Les mots clés (5) : le tableau (thèse)
Thèmes Mots clés Synonymes Descripteurs
Suivi périnatal Suivi périnatal Surveillance
périnatale
Soins périnataux
Perinatal Care
Médecin
généraliste
Médecin
généraliste
Médecin de
premier recours
Médecine de
famille
Physicians,
Primary Care
Family Medicine
Le titre : Etat des lieux du suivi périnatal par le médecin généraliste dans
l’Audomurois et le littoral (Thèse Lille 2014)
La liste de référence concerne le suivi périnatal par le médecin généraliste.
La première équation :
Perinatal Care [mh] AND (Physicians, Primary Care [mh] OR Family Medicine [mh])
Pour améliorer la précision affilier le qualificatif organisation & administration à
Perinatal Care ou éviter l’explosion de Perinatal Care.

Formuler
Les mots clés (6) : le tableau (article)
Le titre : Vieillissement et infection par le VIH : suivi de 149 patients âgés de plus
de 60 ans infectés par le VIH (La Presse Médicale. 2013;42(5):e145-52)
La première équation :
HIV infections/EP AND Aging [mh] AND Disease Progression [mh]
Pour améliorer la sensibilité : supprimer Disease Progression et le qualificatif
epidemiology.
Thèmes Mots clés Synonymes Descripteurs
Vieillissement Vieillissement Sénescence
Avancée en âge
Aging
Infection par le
VIH
Infection à VIH HIV infections
Suivi Surveillance Evolution Disease
progression

La grammaire
combine, accompagne
et relie les mots
SAKURAKO – Came with me par MIKI Yoshihito

Formuler
La grammaire (1) : la combinaison
La combinaison d’un descripteur et d’un qualificatif
(affiliation descripteur/qualificatif) est l’élément
central de la grammaire de PubMed.
Un coup d’œil sur l’index de chaque référence (sous le
résumé de la notice au format abstract) suffit pour
s’en convaincre. Tous les index contiennent au moins
une affiliation descripteur/qualificatif.
Conclusion : formuler une équation de recherche
sans au moins une affiliation est incohérent…
… même si cela ne semble pas contrarier un grand
nombre d’utilisateurs.
Le « grand livre de
PubMed » est un
plaidoyer en faveur de
l’utilisation de l’affiliation
descripteur/qualificatif

Formuler
La grammaire (2) : l’accompagnement
Chaque mot clé, que ce soit un descripteur isolé, un
type de publication, une sous-rubrique, une langue ou
une date doit être accompagné d’un champ.
Ne pas le faire, c’est interroger à la Google, laisser le
champ libre à l’Automatic Term Mapping et ouvrir la
porte au grand n’importe quoi.
Le « bruit », souvent assourdissant, est la rançon du
manque de précision lié à l’absence d’indication de
champ, celui-ci précisant la nature ou la localisation
du mot clé.
Seule l’affiliation
descripteur/qualificatif
n’a nul besoin de
l’indication d’un champ

Formuler
La grammaire (3) : les agents de liaison
Dans PubMed, les opérateurs booléens sont AND,
OR et NOT.
Leur utilisation obéit à certaines règles :
- leur saisie se fait obligatoirement en lettres
capitales ;
- l’opérateur AND ne doit pas être remplacé par un
espace (comme dans Google) ;
- les mots clés qui encadrent l’opérateur OR sont mis
entre parenthèses.
Note : la gestion des parenthèses, plus complexe
dans certaines équations, sera abordée avec la veille.
George Boole (1815-
1864) est un
mathématicien anglais
créateur des opérateurs
logiques (booléens).

Formuler
La grammaire (4) : les dates
Date précise
Une année
2005 [dp]
Un mois
2005/03 [dp]
Un jour
2005/03/15 [dp]
Créneau de
dates
D’une année à une
autre
2005:2010 [dp]
D’un mois à un autre
2005/03:2010/03 [dp]
D’un jour à l’autre
2005/03/15:2010/03/15 [dp]
Au cours des…
15 derniers jours
« last 15 days » [dp]
10 derniers mois
« last 10 months » [dp]
3 dernières années
« last 3 year » [dp]

Formuler
La grammaire (5) : les classes d’âge
Les documentalistes de la National Library of Medicine
indexent les classes d’âge d’un article en fonction des
populations décrites dans le chapitre « Methods ».
Ainsi, plusieurs classes d’âge peuvent figurer dans
l’index quand elles correspondent aux différentes
populations étudiées dans l’article. C’est une
éventualité très fréquente dans PubMed.
Conséquence : dans certaines requêtes ciblées sur
une classe d’âge, il peut être justifié d’écarter les
autres classes. Deux exemples.
Arborescence des classes
Adolescent
Adult
Aged
Aged, 80 and over
Frail Elderly
Middle Aged
Young Adult
Child
Child, Preschool
Infant
Infant, Newborn
Infant, Low Birth…
Infant, postmature
Infant, Prémature

Formuler
La contraception de l’adolescente
est un bon exemple de recherche
ciblée sur une classe d’âge.
La classe d’âge à éliminer est celle
des adultes. Elle se fait
simplement avec l’opérateur NOT.
Premier exemple
Contraception/MT AND Adolescent [mh] NOT Adult [mh]
La contraception de l’adolescente
Le résultat est très sélectif puisqu’il
divise par 5 le nombre de références.
Le 4 avril 2015, la requête
contraception/MT AND Adolescent [mh]
affiche 1088 références quand celle
excluant les adultes en affiche 229.

Formuler
Cet exemple montre les particularités
des relations hiérarchiques du
thesaurus MeSH.
L’équation de recherche Sleep
Disorders/EP AND Aged [mh] NOT
Adult [mh] n’affiche aucune référence.
Deuxième exemple
Sleep Disorders/EP AND Aged [mh] NOT Adult [mh:noexp]
Les troubles du sommeil de la personne âgée
La raison en est que Aged fait partie de
la descendance de Adult. Formuler
Aged NOT Adult revient à formuler
Aged NOT Aged.
La solution consiste à éviter l’explosion
de Adult (Adult [mh:noexp]).

Formuler
La grammaire (8) : les médicaments
A la différence des MeSH
Terms (descripteurs),
les supplementary
concepts n’ont pas de
qualificatifs
Les médicaments (molécules et spécialités) sont
identifiés :
- soit par des descripteurs (MeSH Terms),
- soit par des Supplementary Concepts.
En pratique, les médicaments intégrés dans la
banque de données avant le milieu des années
« 80 » l’ont été comme MeSH Terms et ceux intégrés
après l’ont été comme Supplementary Concepts.
MeSH Terms : digoxin, streptomycin, indomethacin
Supplementary Concepts : valsartan, ezetimib,
olanzapine…

One par andrechinn Licence CC BY
Il n’y a qu’une seule bonne façon de
formuler la première équation

Formuler
La première équation (1)
Dans une affiliation descripteur
qualificatif, le qualificatif peut être
formulé sous forme abrégée.
Exemples :
Asthma/DI (diagnosis);
Asthma/CO (complications)
Asthma/ET (etiology).
Une affiliation descripteur qualificatif
Asthma/diagnosis
Diagnostic de l’asthme
Rappel :
Dans une équation de recherche,
l’affiliation descripteur/qualificatif n’a
pas besoin de champ, sauf si l’affiliation
est pondérée ([Majr]) ou si vous
souhaitez éviter son explosion
([mh:noexp] ou [majr:noexp]).

Formuler
Une affiliation et un descripteur
Asthma/diagnosis AND Bronchial Provocation Tests [mh]
Les tests de provocation bronchique dans le diagnostic de l’asthme
Dans cette équation, l’affiliation n’a pas
besoin de champ (v. page précédente).
En revanche, le descripteur Bronchial
Provocation Tests doit être reconnu
comme tel et identifié avec le champ
[mh] (terme du MeSH).
En l’absence de champ, l’expression
« bronchial provocation tests » sera
interprétée par PubMed (cadre Search
Details) comme un mot clé de « tous
les champs ».
"Bronchial Provocation Tests"[All
Fields]

Formuler
Deux affiliations descripteur qualificatif
Asthma/etiology AND Bronchiolitis/complications
L’asthme, complication des bronchiolites
Le croisement de deux affiliations
descripteur/qualificatif est l’équation de
base dans PubMed.
Souvent, il existe un phénomène de
correspondance entre les qualificatifs :
le qualificatif du premier descripteur
entrainant celui du second.
Exemples de correspondance
Etiology  Complications
Drug therapy  Therapeutic Use
Chemically induced  Adverse effects
Ref : Tout savoir sur le MeSH ou presque (F. Dailland)

Formuler
Equation complexe
Asthma/DT AND Growth/CI AND Adrenal
Cortex Hormones/AE AND Administration,
Inhalation [mh] AND Child [mh]
Retentissement des corticoïdes inhalés sur la croissance de l’enfant
asthmatique
L’équation est plus compliquée : elle est
composée de 3 affiliations
(Asthma/drug therapy, Adrenal Cortex
Hormones/adverse effects,
Growth/chemically induced) et de deux
descripteurs (administration, Inhalation
et Child).
Noter l’existence d’une correspondance
entre le qualificatif de Growth
(chemically induced) et celui de Adrenal
Cortex Hormones (adverse effects).
Cette correspondance est évoquée dans
la page précédente.

Les filtres, c’est pas
automatique
Bicolor Filter par Fr Antunes Licence CC BY 2.0

Formuler
La mise en place d’un filtre dans la première équation
de recherche est rarement justifiée.
Elle peut le devenir au moment de la reformulation (v.
plus loin) quand un type de publication ou un créneau
de date peut améliorer la précision si cette dernière
est nécessaire
Dans les cas (rares) où la requête comporte une
indication de filtre, celui-ci fait souvent partie des
Publication Type (review ; guideline) ou des subsets
comme Free Full Text ou Core Clinical Journals.
systématique
Quand filtrer ?

Formuler
Les filtres sont alignés dans la colonne de gauche de
la page de résultat. Ils sont sélectionnés en naviguant
dans des rubriques et en activant des items.
Cette façon de faire n’est pas la meilleure car elle fait
appel à des automatismes et nécessite de gérer à la
fois la sélection et sa suppression (régulièrement
oubliée) quand vous formulez une nouvelle équation.
La meilleure façon consiste à connaitre les principales
familles de filtres et, dans ces familles, les filtres
auxquels vous faites appel le plus souvent (v. plus
loin : la hiérarchie des filtres de deux familles)
Comment filtrer ?
automatique

Nuage de tags réalisé avec Wordle

Formuler
La liste des champs constitue l’éventail des filtres
que vous pouvez utiliser. Ainsi, le champ [mh] est un
filtre (comparez une requête avec Asthma et une avec
Asthma [mh] !).
En réalité, il y a 4 grandes familles de filtres :
- les types de publication, famille la plus sollicitée ;
- les sous rubriques (subsets), autre famille majeure ;
- les 2 dernières (date et langue de publication) sont
plus accessoires.
Fait capital : contrairement aux idées reçues, l’auteur
et le titre du journal sont encore plus « accessoires »
et leur utilisation doit rester anecdotique.
Les champs des quatre
principaux filtres
Type de publication : [pt]
Sous rubrique [sb]
Date de publication [dp]
Langue de publication [la]
Les 4 grandes familles de filtres

La hiérarchie des types de publication

Formuler
Les revues générales (Review) sont les types de
publication les plus fréquemment mentionnés dans
les équations de recherche.
Trois types de publication sont sollicités avec la même
fréquence : les recommandations (Practice
Guideline), les essais cliniques contrôlés (Randomized
Controlled Trial) et les méta-analyses (Meta-analysis).
Les lettres (Letter) et les éditoriaux (Editorial) sont
généralement cités pour les écarter de la requête
avec l’opérateur NOT (NOT Letter [pt]).
Il y a 72 types de
publication… mais
moins d’une dizaine sont
couramment utilisés
La hiérarchie des types de publication

La hiérarchie des sous rubriques

Formuler
Trois sous rubriques forment le gros de la troupe des
« subsets » les plus souvent mentionnés dans les
équations : Systematic (pour Systematic Reviews),
Core Clinical Journals et Free Full Text.
Il est parfois judicieux de les associer : Systematic
[sb] AND Core Clinical Journals [sb] AND Free Full
Text [sb].
MEDLINE est formulé systématiquement dans les
équations de veille pour l’écarter de l’exploration de la
partie non indexée de PubMed (v. plus loin).
Dans PubMed, 20% des
articles sont disponibles
en texte intégral
La hiérarchie des sous rubriques

Restez vigilant car la notion de reformulation est
originale, nouvelle et surtout… inconnue des tutoriels

La première équation, c’est juste pour voir
car la reformulation est systématique
Poker par Boa-sorte&Careca Licence CC BY 2.0

Formuler
Pour être en accord avec le langage et la « façon de
faire » de PubMed, la première équation de recherche
doit comporter :
- une ou deux affiliations descripteur/qualificatif,
- ou une affiliation et un descripteur,
- ou plusieurs affiliations ou plusieurs descripteurs.
Dans la première équation, il est rarement nécessaire
d’ajouter un filtre (date ou type de publication).
Dans la première équation, il n’est pas justifié de
pondérer ou d’éviter l’explosion d’un membre.
Le croisement de deux
affiliations est la plus
fréquente des équations
de base
Une seule « bonne » façon de formuler…

Formuler
Après avoir formulé l’équation « de la bonne façon »,
trois éventualités se présentent :
 c’est parfait… mais ce n’est qu’un rêve !
 c’est silencieux ; les références affichées, même si
elles sont adéquates, sont trop peu nombreuses ;
vous devez reformuler pour améliorer la sensibilité.
 c’est bruyant ; un grand nombre de références
n’ont qu’un lointain rapport avec votre requête ;
vous devez reformuler votre équation pour
améliorer la précision.
La reformulation est le
seul moyen d’obtenir un
meilleur résultat
… mais ce n’est jamais la bonne !

Comment définir
et améliorer la sensibilité ?
SometimesICry–I’mOnlyHumanparMarleahJoyLicenceCCBY

Formuler
La sensibilité d’une recherche peut être assimilée à la
sensibilité d’un test diagnostique (v. page suivante le
tableau à deux entrées)
L’adéquation des documents est appréciée par :
- l’internaute dans la page de résultat ;
- les « experts » dans la banque de données.
Note : les experts ont analysé le contenu de la
banque de données (ou une partie de celle-ci).
Exemple
Une banque de données
contient 100 documents
en adéquation avec le
thème de la requête.
L’interrogation de la
banque en retrouve 75.
La sensibilité est de 75%
La sensibilité d’une recherche (1)
Document adéquats trouvés par l’outil de recherche
Sensibilité =
Documents adéquats trouvés par les experts

Formuler
La sensibilité d’une recherche (2)
La sensibilité d’une recherche
documentaire est assimilée à
celle d’un test diagnostique
Sensibilité = a/a+c
Test
diagnostique
Recherche
documentaire

Formuler
Pour améliorer la sensibilité de cette
équation de recherche, il est possible
de supprimer le qualificatif prevention
& control de l’affiliation Stroke/PC et/ou
le qualificatif therapy de l’affiliation
Hypertension/TH.
Améliorer la sensibilité…
… en supprimant un qualificatif
Stroke/PC AND Hypertension/TH
Équation de départ
Stroke [mh] AND Hypertension/TH
Equation après suppression du qualificatif prevention & control
Si vous supprimez un qualificatif, il est
capital d’attribuer un champ au
descripteur avec lequel le qualificatif
était affilié.
Pour cela vous n’avez guère le choix : le
champ d’un descripteur est [mh] (MeSH
Terms).

Formuler
Dans cette équation, le descripteur
Stroke est uni (opérateur OR) au terme
voisin cerebrovascular accident.
Cerebrovascular est considéré comme
un mot de la notice (champ [tw]).
… en unissant deux termes voisins
Stroke [mh] AND Hypertension/TH
(Stroke [mh] OR Cerebrovascular accident [tw]) AND Hypertension/TH
Equation après union (opérateur OR) de Stroke et de Cerebrovascular Accident
Deux rappels
Vous devez respecter la règle des OR :
- les mots clés qui encadrent
l’opérateur OR sont mis entre
parenthèses ;
- les opérateurs sont saisis en lettres
capitales.

Formuler
Le champ [mh] est le champ des
descripteurs figurant dans l’index.
Le champ [tw] est le champ de tous les
mots clés figurant dans la notice,
notamment les mots du titre et du
résumé.
… en changeant un champ [mh] en champ [tw]
(Stroke [mh] OR Cerebrovascular accident [tw]) AND Hypertension/TH
(Stroke [tw] OR Cerebrovascular accident [tw]) AND Hypertension/TH
Equation après changement de champ pour Stroke
Au terme des 3 reformulations,
l’équation finale affiche 5026 références
quand l’équation de départ en affichait
1075.
L’interrogation de PubMed a été faite le
22 février 2015.

Comment définir
et améliorer la précision ?
_MG_6890.jpg par BF_OBrien Licence CC BY

Formuler
La précision d’une recherche peut être assimilée à la
valeur prédictive positive d’un test diagnostique (v. la
page suivante et le tableau à 2 entrées).
Dans la page de résultat :
- l’adéquation des documents affichés est appréciée
par l’internaute,
- et le nombre de documents considérés comme
adéquats est comparé à celui des documents affichés.
Exemple
affiche 100 documents
dont 30 sont en
adéquation avec le thème
de la recherche.
La précision est de 30%
La précision d’une recherche
Document adéquats trouvés par l’outil de recherche
Précision =
Le total des documents trouvés par l’outil de recherche

Formuler
La précision d’une recherche (2)
La précision d’une recherche
documentaire est assimilée à
la valeur prédictive positive
d’un test diagnostique
précision = a/a+b
Test
diagnostique
Recherche
documentaire

Formuler
Dans l’équation prise en exemple, la
pondération peut être appliquée soit à
Stroke/PC, soit à Hypertension/TH, soit
éventuellement aux deux affiliations.
La pondération de l’affiliation est
indiquée par le champ [majr].
Améliorer la précision…
… en pondérant une affiliation
Stroke/PC AND Hypertension/TH
Stroke/PC [majr] AND Hypertension/TH
Equation après pondération de Stroke/PC
En donnant du poids à une des deux
affiliations, vous limitez l’espace
documentaire à explorer.
Seul l’espace où l’affiliation a été
pondérée par le documentaliste est pris
en compte par l’outil de recherche.

Formuler
Dans l’arborescence de la catégorie
Diseases, les descripteurs Stroke et
Hypertension donnent naissance à des
descripteurs qui sont des branches de
niveau hiérarchique inférieur .
Ils peuvent donc exploser.
… en évitant l’explosion d’une affiliation
Stroke/PC [majr] AND Hypertension/TH
Stroke/PC [majr:noexp] AND Hypertension/TH
Equation après l’indication de la non explosion de Stroke
Cette capacité à exploser est la
condition pour que la non explosion
améliore la précision.
La non explosion est indiquée dans le
champ mh ([mh:noexp]) ou dans le
champ majr ([majr:noexp]).

Formuler
Tout ajout d’un membre dans l’équation
de recherche améliore la précision.
Cet ajout concerne le plus souvent un
type de publication (review ; guideline ;
randomized controlled trial) ou un
créneau de dates.
… en ajoutant un membre à l’équation
Stroke/PC [majr:noexp] AND Hypertension/TH
Stroke/PC [majr:noexp] AND Hypertension/TH AND review [pt]
Equation après changement de champ pour Stroke
Au terme des 3 reformulations,
l’équation finale affiche 211 références
quand l’équation initiale en affichait
1075.
L’interrogation de PubMed a été faite le
23 février 2015.

La « référence adéquate » est au
cœur de la stratégie
ChessplayparCarlosSauvageotLicenceCCBY

Formuler
La première équation de recherche est formulée
selon le langage et la « grammaire » de PubMed en
s’aidant du tableau des mots clés.
Conséquence Il n’y a qu’une seule façon de la
formuler : avec 2 ou 3 affiliations (ou 2 ou 3
descripteurs) croisés avec l’opérateur AND.
Les équations suivantes sont formulées en fonction
du résultat de la première :
- trop « bruyant »  formuler plus précis ;
- trop « silencieux »  formuler plus sensible.
Ce n’est pas le nombre de
références affichées qui
authentifie la « bonne
stratégie »
La stratégie générale

Formuler
La première difficulté concerne un mot clé pour lequel
vous ne trouvez pas le descripteur correspondant.
C’est une éventualité rencontrée dans 5 à 10% des cas
quand vous faites appel à MeSH Database.
Cette difficulté est résolue par la recherche du mot clé
dans le titre de l’article et l’analyse des index affichés.
La deuxième difficulté est rencontrée quand le résultat
de votre formulation ne répond pas à votre attente.
Cette difficulté est résolue par la reformulation de
l’équation en s’appuyant sur le contenu de l’index
d’une référence adéquate.
Les deux stratégies
sont développées dans
les pages suivantes
La stratégie en cas de difficultés

Formuler
Si la recherche d’un descripteur dans MeSH Database
échoue, il reste la possibilité de le trouver par la
stratégie du « mot clé dans le titre ».
Le mot clé pour lequel vous cherchez un équivalent
dans le thesaurus MeSH est recherché dans le titre
des articles (champ [ti]).
Vous analysez les index (format abstract – MeSH
Terms) des 3 premières références indexed for
MEDLINE. Il y a de grandes chances pour que vous
trouviez le descripteur correspondant à votre mot-
clé.
Pour afficher d’emblée
les références indexed
for MEDLINE, il suffit
d’associer un descripteur
au mot clé recherché
dans le titre.
Voir les 3 exemples
dans les pages suivantes
La stratégie du « mot clé dans le titre »

Formuler
Premier exemple
Vous recherchez le descripteur correspondant au mot-
clé microtraumatismes.
L’exploration de la banque de données du MeSH
(MeSH Database) ne donne rien.
PubMed est interrogé avec l’équation :
Microtrauma [ti] AND Joint Diseases [mh]
L’index d’une des références est dans l’encadré.
Le descripteur correspondant à microtraumatismes
est Cumulative Trauma Disorders
Animals
Cartilage Diseases/etiology
Cartilage Diseases/pathology
Cartilage Diseases/physiopath.
Cartilage Articular/injuries
Cartilage Articular/pathology
Cartilage Articular/physiopath.
Cumulative Trauma Disorders
Synovitis/etiology
Synovitis/pathology
Synovitis/physiopathology
Fengler H, Franz R [microtauma and
cartilage injury] Beitr. Orthop Traumatol
1989 ; 36 (10-11) : 498:502

Formuler
Deuxième exemple
clé maladie de Sever.
Sever’s Disease [ti] AND Bone Diseases [mh]
Deux descripteurs correspondent à la maladie et
doivent être associés Calcaneus et Osteochondritis
Adolescent
Calcaneus
Case-Control Studies
Child
Foot
Humans
Male
Muscle, Skeletal/physiopath.
Osteochondritis
Weight-Bearing/physiology
Becerro de Bengoa Vallejo R, Losa Iglesias
ME, and all. Plantar pressures in children
with and without sever's disease. J Am
Podiatr Med Assoc. 2011 Jan-
Feb;101(1):17-24

Formuler
Troisième exemple
clé métastases hépatiques.
Liver metastasis [ti] AND Neoplasms [mh]
Les métastases hépatiques sont formulées : Liver
Neoplasms/secondary
Colorectal Neoplasms/mortality
Colorectal Neoplasms/surgery
Hepatectomy/mortality
Humans
Liver Neoplasms/secondary
Liver Neoplasms/surgery
Neoplasm Staging
Neoplasms, Multiple
Primary/surgery
Prognosis
Survival Rate
Kelly ME, Spolverato G, Lê GN, Mavros MN,
Doyle F, Pawlik TM, Winter DC. Synchronous
colorectal liver metastasis: a network meta-
analysis review comparing classical, combined,
and liver-first surgical strategies. J Surg Oncol.
2015 Mar;111(3):341-51

Formuler
La stratégie de l’index des références adéquates (1)
Exemple d’équation justifiant un coup d’œil sur l’index des références adéquates
Exercise therapy [mh] AND Osteoarthritis, Knee/TH AND Pain/TH
Impact de l’exercice aérobie sur la douleur du genou du patient arthrosique
Le 21 avril 2015, cette équation affiche
70 références et suscite les 2
remarques suivantes.
Première remarque
Certaines références concernent les
exercices en résistance, ce qui justifie
de les exclure (NOT Resistance training)
Deuxième remarque
L’analyse de deux « références
adéquates » montre que le qualificatif
therapy mérite d’être changé.
Dans la page suivante :
- les 2 « références adéquates »;
- l’index d’une d’entre elles.

Formuler
Deux « références adéquates »
Juhl C, Christensen R, Roos EM, Zhang W, Lund H.
Impact of exercise type and dose on pain and disability in
knee osteoarthritis: a systematic review and meta-regression
analysis of randomized controlled trials.
Arthritis Rheumatol. 2014 Mar;66(3):622-36.
Henriksen M, Klokker L, Graven-Nielsen T, Bartholdy C,
Schjødt Jørgensen T, Bandak E, Danneskiold-Samsøe B,
Christensen R, Bliddal H.
Association of exercise therapy and reduction of pain
sensitivity in patients with knee osteoarthritis: a randomized
controlled trial.
Arthritis Care Res (Hoboken). 2014
Disabled Persons
Exercise therapy/methods
Osteoarthritis,knee/rehabilitat
ion
Pain/rehabilitation
Quality of Life
Randomized Controlled Trials
as topic
Index de la première
référence

Formuler
L’équation modifiée pour tenir compte des 2 remarques
Exercise therapy [mh]AND Osteoarthritis, Knee/RH AND Pain/RH
NOT Resistance Training [mh]
Impact de l’exercice aérobie sur la douleur du genou du patient arthrosique
Le 22 avril 2015, cette équation affiche
21 références.
Elle est donc plus précise et correspond
mieux à la requête.
Le qualificatif rehabilitation a remplacé
le qualificatif therapy.
En revanche le qualificatif methods n’a
pas été affilié à Exercise therapy
(précision confinant au silence).
L’exclusion du descripteur Resistance
Training améliore l’adéquation des
résultats de l’équation de recherche.

Prêtez une attention particulière aux pages suivantes :
elles sont « nulle part ailleurs »

Veiller
04
Une équation plus qu’un service
Les deux parties de PubMed
Fromage et dessert
Les flux RSS, outils de la veille

Avant d’être un
service, la veille
est une équation
Le sémaphore veille le jour par 8Uhr Licence CC BY

La veille
My NCBI est le service de PubMed chargé de la veille.
Vous formulez une équation et la placez dans l’espace
de sauvegarde de la requête (saved searches) de My
NCBI.
Vous récupérez le résultat de votre veille :
- soit en allant visiter régulièrement l’espace de
stockage de vos sauvegardes ;
- soit dans la boite aux lettres de votre messagerie si
c’est l’option que vous avez choisie.
Note : vous devez être « inscrit » à My NCBI.
« Mauvaise pioche » car
My NCBI ne vous dit pas
que vous devez formuler
une équation de veille,
ni surtout comment le
faire !
My NCBI : le (très) mauvais choix

non
indexé
indexé = MEDLINE
PubMed
La veille porte sur tout le camembert

La veille
Chaque notice au format abstract contient un des
4 intitulés permettant de distinguer les références
indexées de celles qui ne le sont pas.
Les références indexées sont celles signalées par
l’intitulé PubMed - Indexed for MEDLINE.
Les références non indexées sont celles qualifiées :
- PubMed - in process (en cours d’indexation) ;
- PubMed - as supplied by publisher (en attente
d’indexation) ;
- PubMed (référence d’un périodique de PubMed
Central non indexé dans MEDLINE).
La veille porte sur les
références indexées et
sur celles qui ne le sont
pas
Ce qui est indexé et ce qui ne l’est pas

La veille
Faire de la veille, c’est « marquer à la culotte » les
articles les plus récents.
Certains articles sont indexées immédiatement et
c’est relativement simple. C’est le cas des articles des
périodiques comme NEJM, Jama ou Annals of Internal
Medicine.
D’autres qui représentent le gros de la troupe des
articles les plus récents sont en cours ou en attente
d’indexation. Ils n’en méritent pas moins d’être
surveillées, même si c’est plus compliqué et moins
précis en raison de l’absence d’index.
L’objectif est de ne pas
« laisser sur la touche »
les articles non indexés
Indexés + non indexés : pourquoi ?

La veille
L’équation de veille est composée de deux équations :
une qui explore la partie indexée et l’autre qui
interroge celle qui ne l’est pas.
La partie indexée de PubMed est interrogée de façon
classique, selon le langage et la grammaire de
PubMed.
La partie non indexée est interrogée de façon
originale, avec des mots clés recherchés dans le titre
et le résumé des articles (puisqu’il n’y a pas d’index),
en écartant de l’interrogation la partie indexée (NOT
MEDLINE).
La précision caractérise
la requête de la partie
indexée et la sensibilité
celle de la partie non
indexée
Indexés + non indexés : comment ?

La veille
Dans la partie non indexée, les mots clés sont les
descripteurs (sans virgule) de la partie indexée
auxquels sont associés leurs synonymes.
Ces synonymes sont ceux de la banque de données
du MeSH (MeSH database), à l’exception de ceux
(parfois nombreux) comportant une virgule.
Dans l’équation de la partie non indexée, les
descripteurs et les synonymes sont unis par
l’opérateur OR ; sont recherchés dans le titre et le
résumé des articles ([tiab]) et exclusivement dans la
partie non indexée de PubMed (NOT MEDLINE).
Les synonymes avec une
virgule sont exclus car ils
ne figurent jamais ni dans
les titres, ni dans les
résumés
Partie non indexée : quels mots clés ?

L’équation de veille, c’est
fromage et dessert
French Restaurant par RubyGoes Licence CC BY 2.0

La veille
Les deux membres de l’équation, celui de la partie
indexée et celui de la partie non indexée sont liés
avec l’opérateur OR.
Il peut paraitre paradoxal que la veille qui concerne la
partie indexée ET la partie non indexée se traduise
dans l’équation finale par l’opérateur OR.
En réalité, le paradoxe n’est qu’apparent car
l’opérateur OR en unissant les deux membres de
l’équation affiche :
- les résultats de la partie indexée,
- et ceux de la partie non indexée.
L’équation de veille, c’est
fromage et dessert ou
le ET est formulé comme
un OU
Partie indexée OR partie non indexée

La veille
Le schéma
Descripteur [mh] OR ((descripteur [tiab] OR synonyme1
[tiab] OR synonyme2 [tiab]) NOT MEDLINE [sb])
Schéma simplifié d’une équation de veille
Une équation de veille sur l’asthme
Asthma [mh] OR ((asthma [tiab] OR asthmas [tiab] OR
bronchial asthma [tiab]) NOT MEDLINE [sb])
Il est peu probable qu’un praticien
mette en place une veille sur un thème
général comme celui de l’asthme.
Mais, l’exemple permet de se rendre
compte de la structure de l’équation.
L’essentiel des difficultés réside dans la
mise en place des parenthèses.
Les 2 exemples suivants, plus
conformes aux thèmes habituels de
veille, permettront de les aborder.

La veille
Premier exemple d’équation de veille
Osteoarthritis, knee/SU OR ((osteoarthritis of knee* [tiab]
OR knee osteoarthritis [tiab]) AND (surgery [tiab] OR
operations [tiab] OR operative procedures [tiab] OR
invasive procedures [tiab]) NOT MEDLINE [sb])
Equation de veille sur la chirurgie de la gonarthrose
(une affiliation descripteur/qualificatif)
Le choix des synonymes porte à la fois
sur le descripteur et sur le qualificatif.
Les mots clés de la partie non indexée
sont recherchés dans les titres et les
résumés.
Dans l’équation de la partie non indexée,
les parenthèses encadrent :
- l’union (opérateur OR) des mots clés ;
- l’exclusion (opérateur NOT) de la partie
non indexée de PubMed (MEDLINE).

La veille
Deuxième exemple d’équation de veille
Hypertension/TH AND Exercise therapy [mh] OR
((hypertension [tiab] OR high Blood Pressure* [tiab]) AND
(treatment [tiab] OR disease management [tiab]) AND
(exercise therapy [tiab] OR exercise therapies [tiab]) NOT
MEDLINE [sb])
Equation de veille sur l’activité physique dans le traitement de l’HTA
(croisement d’une affiliation descripteur/qualificatif et d’un descripteur)
mot (pressure et pressures).
Cette troncature droite est plus
évidente dans la page précédente ou le
mot clé knee est recherché en tant que
knee et en tant que knees.
L’astérisque indique la troncature droite,
c’est-à-dire l’extension de la recherche à
tous les mots qui commencent par
« pressure », en pratique, cela
correspond au singulier et au pluriel du

La veille
Deux règles
Les mots qui encadrent l’opérateur OR sont mis entre
parenthèses
Dans une équation, il doit y avoir autant de
parenthèses entrantes que de sortantes.
Deux exceptions
Si l’opérateur OR est le premier opérateur de
l’équation, les parenthèses sont superflues.
Si l’opérateur NOT concerne une partie seulement de
l’équation, placer une parenthèse au début de la
partie concernée et à la fin
mot clé1 AND (mot clé2
OR mot clé 3)
mot clé1 OR mot clé 2
AND mot clé 3
mot clé1 OR ((mot clé 2
OR mot clé 3) NOT mot
clé 4)
Parenthèses : règles et exceptions

Les flux RSS sont l’outil privilégié
de la veille
RSS par marycat879 Licence CC BY

La veille
Un flux RSS (ou fil RSS) est un lien avec une page
évolutive.
Une page évolutive est une page dont le contenu
change fréquemment.
Exemples : la page d’actualités d’un site ou la page
d’accueil d’un blog.
Dans PubMed, la page de résultat d’une équation de
veille est aussi un bon exemple de page évolutive.
Son contenu change très régulièrement selon l’entrée
des références dans la banque de données
bibliographiques.
Dans PubMed, la veille se
fait au mieux avec un fil
RSS accroché à l’équation
de veille.
Qu’est-ce qu’un flux RSS ?

La veille
La gestion des flux RSS se fait en 3 temps.
Premier temps : repérage d’une « page à flux » :
- soit dans la barre de commandes du navigateur ;
- soit dans la page elle-même (logo RSS ou XML).
Deuxième temps : intégrer le flux dans votre
navigateur en suivant la procédure correspondant à
votre navigateur.
Dernier temps : veiller sur vos flux.
Là encore, cette veille s’exerce dans l’espace qui lui
est réservé dans votre navigateur.
La gestion de vos flux se
fait au mieux dans votre
navigateur.
Plus simplement que dans
un agrégateur de flux
de type Netvibes.
Comment gérer vos flux RSS ?

La veille
Dans PubMed, le logo Create RSS s’affiche sous la
fenêtre d’interrogation dès que le résultat de
l’équation est à l’écran.
Pour intégrer le flux dans votre navigateur, vous
devez :
- d’abord, suivre la procédure indiquée par PubMed
qui consiste à créer un fichier XML et à l’activer;
- ensuite, vous conformer aux modalités d’intégration
du flux dans votre navigateur, ce qui suppose de vous
abonner au flux.
L’intégration et la gestion
des flux RSS dépend de
votre navigateur
(Explorer, Firefox ou
Safari)
Le flux RSS d’une équation de veille

Plus
+Moulinettes et guide-âne
Originalité du guide

Maintenant, le « Grand Livre » aborde sur la pointe
des pieds des services qu’il estime peu utiles, puis
conclut avec les 10 points qui font son originalité

Les moulinettes
sont-elles utiles ?
Boy making applesauce par woodleywonderworks Licence CC BY 2.0

Utiles ?
Votre objectif est de remplir une fenêtre
d’interrogation avec des mots clés, conformément au
langage et à la grammaire de PubMed.
Toutes les procédures plus ou moins automatiques
qui vous détournent de cet objectif doivent être
abandonnées.
C’est le cas des moulinettes, guide-âne et autres
services (de type MyNCBI) dont l’intérêt s’avère, à la
longue, des plus douteux et dont l’utilisation ne peut
être considérée comme sensée.
PubMed n’est pas une
machine à laver avec
des cadrans, des boutons
et des programmes qui
justifient son
apprentissage à l’aide de
vidéos ou de copies
d’écran.
Une utilisation sensée

Utiles ?
Les moulinettes « moulinent » votre équation pour :
- interroger PubMed à la Google ( Automatic Term
Mapping) ;
- formuler des équations toutes faites (Clinical
Queries) ;
- afficher des références voisines (Related Citations in
PubMed).
Ce n’est plus vous qui formulez, mais un robot qui
compare vos mots clés à des tables de
correspondance, ajoute un filtre à votre équation ou
algorithme cette dernière.
Les moulinettes vous font
perdre le contrôle de
vos équations
Les moulinettes

Utiles ?
Les guide-âne sont des poteaux indicateurs, des
cadrans, des manettes ou des boutons qui jalonnent
le chemin à emprunter pour interroger PubMed.
Désolé, mais vous n’avez nul besoin de signalétique
particulière pour trouver la fenêtre d’interrogation :
elle crève les yeux dès que la page d’accueil est à
l’écran.
Et formuler une équation de recherche ne nécessite
nullement de flécher un parcours, mais plus
simplement de comprendre ce qu’il faut mettre dans
la fenêtre.
Pourquoi emprunter un
chemin détourné,
même balisé, quand la
fenêtre d’interrogation
vous tend les bras.
Les guide-âne

Utiles ?
Rien sauf faire fonctionner une usine à gaz qui :
- veille (mal) car nulle part n’est indiquée comment
formuler une équation de veille !
- stocke (médiocrement) vos références car elle ne
peut être comparée à une bibliothèque de références
(comme End Note ou, à un degré au dessus, Zotero);
- personnalise les filtres (inutilement) car la gamme
des filtres est facilement accessible et rien ne justifie
d’avoir à portée de mains ceux que vous utilisez le
plus souvent.
Les principales
fonctions de MyNCBI
sont mieux assurées
par d’autres outils
Que faire avec MyNCBI ?

C’est la fin…
En prime : une « quatrième de couverture » qui
rassemble les dix points originaux, ceux que les vidéos
et les copies d’écran ont oublié de mentionner…

MERCII
Aux photographes dont les clichés (sous
licence Creative Commons Paternité CC BY
2.0) illustrent le Grand Livre de PubMed
How to photograph a squirrel par Mostly Dans
https://www.flickr.com/photos/dannyboymalinga/5111632774/
Mozilla Paris Bugs Squashing Party#1 par mozilla paris
https://www.flickr.com/photos/123602897@N04/14292486269/
Le catalogue à roue de la BIUM par marleneDD
https://www.flickr.com/photos/marlened/4486618966/
Reine par florent chretien Licence CC BY
[5/365] Silence in the Library (Explored) par pasukaru76 (domaine
public Licence CC0 1.0)
https://www.flickr.com/photos/38451115@N04/4960069667
Google China par bfishadow Licence CC BY
https://www.flickr.com/photos/bfishadow/5668460325/
Greece sunset par MattJP licence CC BY
https://www.flickr.com/photos/mattphipps/14471666201/
Premier saut par Joseph Sardin
Path par Nicholas A Tonelli
P1010206 par Perin J-C
Help – I Need Somebody – Help par Au Kirk
Lost in thought par _MaRiNa_
https://www.flickr.com/photos/marinadelcastell/15123637900/
New-Year’s Eve 2012-2013 par borteschristian
SAKURAKO – Came with me par MIKI yoshihito
One par andrechinn
https://www.flickr.com/photos/andrec/2893549851/
Bicolor Filter par Fr Antunes
Poker par Boa-sorte&Careca
https://www.flickr.com/photos/boasorteecareca/2568385468/
Sometimes I Cry – I’m Only Human par MarleahJoy
_MG_6890.jpg par BF_OBrien
https://www.flickr.com/photos/bfobrien/5886335491/
Chess Play par Carlos Sauvageot

MERCII
Aux photographes dont les clichés (sous
licence Creative Commons Paternité CC BY
2.0) illustrent le Grand Livre de PubMed
Le sémaphore veille le jour par 8Uhr Licence CC BY
French Restaurant par RubyGoes
https://www.flickr.com/photos/rubygoes/13972035023/
RSS par marycat879
Boy making applesauce par woodleywonderworks
https://www.flickr.com/photos/wwworks/6223920013/
Photograph of Lady Bird Johnson Visiting a Classroom
The US National Archives/Aucune restriction de droits d’auteur connue
https://www.flickr.com/photos/usnationalarchives/4100754477/
Tree par Robert Couse-Baker
Scrable like game par Gergely Schmidt
https://www.flickr.com/photos/schmidtgergely/3276642328/
Doing math at Story Brook par Bryan Alexander
https://www.flickr.com/photos/bryanalexander/17182506391/
Whiteboard par Anders Sandberg
https://www.flickr.com/photos/arenamontanus/2392587656/
Untitled vs untitled par Procsilas Moscas
https://www.flickr.com/photos/procsilas/1283513775/
Enjoying a chat onboard ship, Brisbane
State Library of Queensland/Flickr : The Commons
https://www.flickr.com/photos/statelibraryqueensland/4442639
474/
A Nancy Duarte qui a créé les slidedocs et
les modèles de maquette qui permettent de
participer à l’aventure de ces présentations
« à lire ».
http://www.duarte.com/fr/slidedocs/
Au site Haiku Deck qui permet de faire des
présentations ou seul l’essentiel est dit.
https://www.haikudeck.com/

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