Manejo de Información en el Banco de Germoplasma del CIP.

1. U n i v e r s i d a d N a c i o n a l A g r a r i a L a M o l i n a ( U N A L M ) - L I M A P E R U
Agosto, 2020
Manejo de Información en el Banco de
Germoplasma del CIP
Edwin Rojas (CIP)
Especialista en TI & Administrador del GRIN-Global

2. Agenda: Manejo de Información en el Banco de Germoplasma del CIP
• Visión General del Banco de Germoplasma
• Acerca del Banco del CIP
• Colecciones en el Banco del CIP
• Tipos de Datos en el Banco del CIP
• El Banco del CIP y Vinculo con otros Repositorios
• Organigrama del Team en TI
• Estándares Internacionales y Buenas Practicas en Manejos de Datos
• Elevar a Estándares Internacionales el Manejo de Datos
• Buenas Practicas para Ganar Eficiencias
• Plataforma Tecnológica: GRIN-Global
• Que es el GRIN-Global
• Componentes del GRIN-Global
• Niveles de Información del GRIN-Global
• Quienes lo Usan
• Comunidad del GRIN-Global
• Documentación del GRIN-Global
• Casos de Uso de Manejo de Datos con GRIN-Global
• Dendrogramas para analizar distancias genéticas
• Búsquedas de Información
• Actualización de la Información e Impresiones
• Manejo de imágenes y documentos
• Soluciones móviles (Android/Windows)
• Manejo de Grupo de datos (Datasets)

3. Acerca del Banco de Germoplasma del CIP
El banco del CIP tiene la acreditación ISO 17025 revalidada
desde el 2008 esto para ofrecer a los usuarios del banco
una visible garantía de la calidad del germoplasma que se
les distribuye.
CIP tiene en custodia una
de la mas grandes
colecciones In vitro del
mundo en papa, camote y
RTAs.
CIP tiene en custodia una
de los mas grandes crio
bancos clonales de
plantas.

4. Colecciones en el Banco del CIP
RETO: Entidades Físicas a Entidades Digitales

5. Tipos de datos en el Banco de Germoplasma
Disponibilidad
- Inventario
- Pruebas de viabilidad
- Evaluación de crecimiento
Fito Sanidad
- Pruebas de diagnósticos
- Pruebas de cuarentena
- Fito Certificación
Regeneración
- Ambientes/Libros de campo
- Métodos de propagación
- Polinización
Distribución
- Orden de germoplasma
- SMTA, Manejo del IPR
Adquisición de la Accesión (pasaporte)
- Procedencia - Eco geografía - Herbario
- Nombres, Fechas, Estado Biológico, ….
- Mejoramiento (Breeding) - Pedigrí
Fenotípico
- Morfología - Fenología
- Resistencia al estrés
- Componentes del rendimiento
- Resistencia a plagas
Genotípico
- Marcadores
– Análisis de Poblaciones
- Referencias a base de datos genómicas
RETO: Soporte a diferentes cultivos, colecciones, formatos y sus tipos de datos

6. CIP y Vínculos con otros Repositorios
Datos de Pasaporte/
Taxonomía/
Geografía
Datos de
Morfología
Datos de
Rasgos
(Traits)
Datos de
Distribución
Datos
Agrupados
(Datasets)
Datos de
Genómica
RETO: Aumentar la Visibilidad, Integrándose e Interoperando

7. Ambientes de Trabajo en el Banco
Cámaras frías/
Laboratorios
Invernaderos Campos
RETO: Mejorar Movilidad para Manejo de Datos (captura, consulta e impresión)

8. Administradores
del Banco
Especialista de
TI y
Administrador
del GG
Analista y
Programador de
Apoyo
Manejo de
Reportes y
Análisis
Estadísticos
Analista de
Programador
(Crio)
Unidad de
Soporte
Tecnológico
(ITU)
Organización del Team de TI

9. Elevar a Estándares Internacionales el Manejo de Datos
Descriptores de
Pasaporte para Cultivos
Múltiples (MCPD)
• Facilitar el Intercambio de información de Pasaporte
• Compatible con Sistema de Información y Alerta Mundial “SIAM -WIEWS”
• Compatible con Genesys-PGR
• Compatible con el Sistema de Información Global del Tratado Internacional
• Compatible con GRIN-Global
• Tiene 28 descriptores
• Se le aplica el PDCI, que es un indicador de medida de completitud del pasaporte
MCPD: https://www.bioversityinternational.org/fileadmin/user_upload/FAO_Bioversity_MCPD_SPA_2015.pdf
Genesys-PGR: https://www.genesys-pgr.org/
FAO GLIS: https://ssl.fao.org/glis/
PDCI: https://doi.org/10.1017/S1479262111000682
EASY-SMTA: https://mls.planttreaty.org/itt/
GLIS-DOI
SMTA
• Asignar un identificador permanente cuando se requiere que la accesión sea publica
• Tener información vinculada a nivel de accesión y de documentos para compartir mas
• Define el tipo de acuerdo de transferencia del germoplasma y sus datos
• Lista de materiales con numero de accesión o DOI

10. Uso de Buenas Practicas para Ganar Eficiencias
• Uso de una base de datos centralizada en donde usuarios internos y externos manejen los
datos y una manera única de administrarlos. Para usuarios internos facilitar el seguimiento
y monitoreo
• Uso de código de barras en todos los procedimientos
• Envés de leer las etiquetas hay que escanearlas y envés de escribir en etiquetas hay que
imprimirlas
• Uso de diferentes tipos de etiquetas de acuerdo al formato de la colección
• Captura de datos donde se origina el dato con el apoyo de soluciones móviles: Hardware +
Software
• Documentar los procedimientos para tener criterios comunes, roles claros y estandarizados
• Documentar los flujos de trabajo para encontrar rutas cortas, detectar cuellos de botella y
detectar ciclos repetitivos
Consiste en desarrollar nuevos modelos de trabajo para ganar eficiencias
en la reducción de tiempos y reducir el error humano:

11. Etiquetas de estacas
Etiquetas de corbata
Etiquetas autoadhesivas
Tipos de Etiquetas

12. Uso de Soluciones Móviles
In Vitro Conservación
Eliminar procedimientos basados en lapicero
Eliminar demoras y reducir el error humano

13. Uso de Soluciones Móviles
In Vitro Conservación

14. Caso de procedimiento de validación de subcultivos
Uso de Soluciones Móviles
In Vitro Conservación

15. Uso de Soluciones Móviles
Crio Preservación

16. Crio viales
In Vitro Distribucion
Uso de Soluciones Móviles
Crio Preservación y Distribución

17. Uso de Soluciones Móviles
Crio Preservación

18. Product: Label 8000T Cryocool (350 labels to 100USD)
Manufacture: Zebra
Print method: Thermal transfer
Polypropylene label with a cold-temp permanent acrylic
adhesive that offers extremely low-temperature performance down to -320° F.
Cryogenic applications involving a deep freezing process; medical labs, hospitals.
Uso de Soluciones Móviles
ADN Preservación

19. Uso de Soluciones Móviles
Herbario

20. Uso de Soluciones Móviles
Herbario

21. Uso de Soluciones Móviles
Semilla

22. Uso de Soluciones Móviles
Invernadero

23. Uso de Soluciones Móviles
Cruza de plantas para regeneración de semillas

24. Uso de Soluciones Móviles
Campo

25. Que es el GRIN-Global
La plataforma del GRIN-Global plataforma es un sistema de
información Open Source que permite a los bancos almacenar y
manejar información asociada a los recursos genéticos de
plantas y compartir la información globalmente.
El GG es multi cultivo, multi formato de colección, multi base de datos y multi
idioma.
El GG es extensible en la funcionalidad e interfaz para los usuarios mediante:
Wizards y Triggers
El GG ha sido probado por mas de 10 años.
Es una herramienta para manejo de datos para todos los
bancos y se esta convirtiendo en un estándar global el cual
permitirá que los bancos estén interconectados.

26. Componentes del GRIN-Global
Search Tool
(PC)
Public Web
Tool
(Navegador)
Admin Tool
(PC)
Servidor de
Base de
Datos
Servidor
Web
Curator Tool
(PC)
Updater Tool
(PC)
Usuario:
Curador, Técnico y Publico
Administrador
Wizard 1
Wizard 2
Wizard n
Trigger 1
Trigger 2
Trigger n

27. Niveles de Informacion del GRIN-Global

28. Sub Niveles de Informacion del GRIN-Global

29. Quienes lo Usan
https://apg.pir.sa.gov.au/gringlobal/search.aspx Australian Pastures Genebank
https://cipotato.org/genebankcip/ CIP
http://www.inia.cl/recursosgeneticos INIA - Chile
http://200.87.120.158/gringlobal/ INIAF- Bolivia
http://bpgv.iniav.pt/gringlobal/ Banco Portugues
http://mgb.cimmyt.org/gringlobal/ CIMMYT, Maize Genebank
http://wgb.cimmyt.org/gringlobal/ CIMMYT, Wheat Genebank
http://germplasm.icrisat.org/gringlobal/ ICRISAT
http://www.tn-grin.nat.tn Tunisian GeneBank
https://grinczech.vurv.cz/gringlobal/ Czech Republic
https://npgsweb.ars-grin.gov/gringlobal/ USA – NPGS
https://www.nordic-baltic-genebanks.org/gringlobal/search.aspx Noruega
https://grip.oapgrc.gov.om/gringlobal/search.aspx Oman

30. Comunidad y Documentación del GG
• https://www.grin-global.org
Portal Web
• https://www.facebook.com/gringlobal/
Facebook
• https://www.youtube.com/channel/UCWexOCDi
l5l7VJP1WrdEjeQYouTube
• https://gitlab.com/GRIN-Global
GitLab
• USA, Noruega, Checoslovaquia, Australia,
CIMMYT, CIP, CIAT y Crop TRUSTComité de Dirección

31. Casos de Uso de Manejo de Datos con GG
DEMO
• Dendrogramas para analizar distancias genéticas
• Búsquedas de Información
• Actualización de la Información e Impresiones
• Soluciones móviles (Android/Windows)
• Manejo de imágenes y documentos
• Manejo de Grupo de datos (Datasets)

32. The International Potato Center (known by its Spanish acronym CIP) is
a research-for-development organization with a focus on potato, sweetpotato,
and Andean roots and tubers. CIP is dedicated to delivering sustainable
science-based solutions to the pressing world issues of hunger, poverty,
gender equity, climate change and the preservation of our Earth’s fragile
biodiversity and natural resources.
www.cipotato.org
CIP is a member of CGIAR
CGIAR is a global agriculture research partnership for a food secure future. Its
science is carried out by the 15 research centers who are members of the
CGIAR Consortium in collaboration with hundreds of partner organizations.
www.cgiar.org