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本間 善夫(ecosci.jp/サイエンスカフェにいがた)
日本コンピュータ化学会2017年秋季年会公開イベント(2017/10/21,熊本市)
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第1回(2011) 第2回(2012) 第3回(2013)
佐藤 健太郎さん 山口 潤一郎さん 本間 善夫
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◆生命誕生と元素;生物と無生物
この中で色彩と形からわかるものは?
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示)
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た」p.73に“硫化鉄が黄鉄鉱になる過程で出てくる化
学エネルギーを使って…”
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◆生命誕生と元素;生物と無生物
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存在し,…” http://www.newtonpress.co.jp/
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“水と油”で見る20種類のアミノ酸
アミノ酸
特性基 R hydropathy
極性 log P
酸性・
塩基性
極性・非極性 Cleftの分類 等電点
O I I/O index
Ile I イソロイシン 80 0 0 4.5 5.2 -1.70 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 6.02
Leu L ロイシン 70 0 0 3.8 4.9 -1.52 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.98
Val V バリン 50 0 0 4.2 5.9 -2.26 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.96
Ala A アラニン 20 0 0 1.8 8.1 -2.85 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 6.00
Phe F フェニルアラニン 140 15 0.107 2.8 5.2 -1.38 中性 非極性(疎水性) Aromatic 5.48
Pro P プロリン 60 10 0.167 -1.6 8.0 -2.54 中性 非極性(疎水性) Pro & Gly 6.30
Met M メチオニン 100 20 0.200 1.9 5.7 -1.87 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.74
Cys C システイン 60 20 0.333 2.5 5.5 -2.49 中性 極性(中性) Cysteine 5.07
Trp W トリプトファン 180 130 0.722 -0.9 5.4 -1.05 中性 非極性(疎水性) Aromatic 5.89
Tyr Y チロシン 140 115 0.821 -1.3 6.2 -2.26 中性 極性(中性) Aromatic 5.66
Lys K リシン 80 70 0.875 -3.9 11.3 -3.05 塩基性 極性(塩基性) Positive 9.74
Gly G グリシン 0 0 - -0.4 9.0 -3.21 中性 非極性(疎水性) Pro & Gly 5.97
His H ヒスチジン 80 152 1.900 -3.2 10.4 -3.32 塩基性 極性(塩基性) Positive 7.59
Arg R アルギニン 80 190 2.375 -4.5 10.5 -4.20 塩基性 極性(塩基性) Positive 10.76
Thr T トレオニン 40 100 2.500 -0.7 8.6 -2.94 中性 極性(中性) Neutral 6.16
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する際に,4次構造で例示されるのが通例ヘモグロビンであ
る。ヘムの鉄原子に酸素分子が結合して体中に運ばれる。
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ように4量体が磁石で接合できるので,サイエンスアゴラや
各地の一般公開イベントでこども達にもパズル感覚で組立
てを楽しんでもらっている。新模型はまだ高価であるが,共
同購入などで高校理科室に一括で備えるようなことを企画
すれば安くなる可能性もあろう。
http://www.rcsb.org/pdb/101/static101.do?p=education
_discussion/educational_resources/
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◆生命を支えるエネルギーと元素
http://www.ecosci.jp/s/bm_m_ps.html
http://www.ecosci.jp/s/bm_m_SF4.html
●「見てわかる構造生命科学」(化学同人)
フルカラー図版・アニメーション動画
http://www.kagakudojin.co.jp/appen
dices/c20092/
生命活動に必要なエネルギーの確保:Mn4CaO5クラスター
“歪んだ椅子”とFe-Sクラスター - 水(親水性)と油(疎水性)
で考える
◆生命を支えるエネルギーと元素
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生命活動に必要なエネルギーの確保:Mn4CaO5クラスター
“歪んだ椅子”とFe-Sクラスター - 水(親水性)と油(疎水性)
で考える http://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/
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http://www.jamstec.go.jp/j/about/press_
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長沼 毅「生命の始まりを探して 僕は
生物学者になった」p.73に“硫化鉄
が黄鉄鉱になる過程で出てくる化学
エネルギーを使って…”
https://www.amazon.co.jp/dp
/4309617018
http://www.ecosci.jp/s/bm_m_ps2.html
光合成光化学系IIに関与する巨大なタ
ンパク質の中にある光化学反応中心の
Mn4CaO5クラスターを含む1つのタン
パク質だけを作成したもの。同クラス
ターの“歪んだ椅子”型構造が解明され
たことが米サイエンス誌の2011年10
大ニュースに選ばれ,関連人工光合成
研究が多数進められている。膜貫通タ
ンパク質であり,膜通過部分の大部分
が緑色の疎水性アミノ酸であることも視
覚的に理解できる。
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◆生命を支えるエネルギーと元素;光合成
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◆生命を支えるエネルギーと元素
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brandcode=000000007817
http://www.ecosci.jp/topic/eye_j.html
※2012年ノーベル化学賞はGPCR
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◆生体分子の使い回し例 GPCR #視覚
画期的分子模型;
Oct1/Sox2/DNA複合体
PDB 1GT0
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DNAを含むデータとして選んだのが,iPS細胞の山中4
因子(Oct3/4・Sox2・Klf4・c-Myc)関連として,
Sox2およびOct4類似のOct1タンパク質がDNAに結
合した構造である。なおOct4は2014年7月に
Nature論文が撤回されたSTAP細胞研究でも登場す
る。今回の発注ではDNAについてもタンパク同様,シリ
コーン樹脂に球棒モデルで石膏構造を内包するよう特
注し,初の試みとして実現していただけた。これにより塩
基対などDNAの2重らせん構造を目の当たりにすること
ができた。
◆脳の発達を戦略としたヒト/人間の誕生
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20160824part-1.html
2017年度ノーベル化学賞
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◆有機概念図発祥の地=熊本大学薬学部
Web資料有機概念図パネル - 熊薬ミュージアム
http://www.pharm.kumamoto-u.ac.jp/museum/exhibition/panel/panel4.html
http://www.sankyoshuppan.co.jp/
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◆有機概念図簡易計算アプリ
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プリによるペニシリンGの計算・表示例
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有機水銀分解酵素(アルキル水銀リアーゼ,
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