Package R Markdown

1. Package R Markdown:
Un outil pour générer des pages html avec R Studio
Réunion du Groupe Utilisateurs de R
« FLtauR »
6 Novembre 2013
Sophie LAMARRE – Plateforme GeT-Biopuces à Toulouse
Email: sophie.lamarre@insa-toulouse.fr

2. Plan
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
Qu’est-ce que R Markdown?
Cas d’utilisations
Comment ca marche?
Plus de détails
Vers une mise en page personnalisée
Pour aller plus loin
Conclusion
Annexes
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3. 1. Qu’est ce que R Markdown?
• C’est un package de R qui combiné à R Studio,
permet de créer de manière simplifiée des pages
web.
• Sur la page web on peut mettre:
–
–
–
–
–
–
du code R
le résultat de l‘exécution
des graphiques
des images
des formules
…
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4. 2. Cas d’utilisations
• Pour créer un cours que l’on veut publier en
ligne (avec Rpubs)
• Pour réaliser un compte rendu avec affichage
des résultats (issu des commandes tapées
dans R), que l’on souhaite communiquer à
d’autres personnes (sans avoir à s’initier au
Latex pour écrire des rapports avec Sweave)
• …
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5. 3. Comment ca marche?
• Le package « markdown » fonctionne avec le
package « knitr » (à télécharger sur le CRAN
lors de la première utilisation)
• Ce dernier permet d’inclure et d’exécuter le
code R qui génère des tableaux et/ou des
graphiques (au lieu d’insérer les tableaux
et/ou les graphiques exécutés préalablement)
-> reproductibilité des documents
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6. 3. Comment ca marche?
• On ouvre R Studio
• On créé un fichier R Markdown
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7. 3. Comment ca marche?
• On enregistre le fichier que l’on vient de créer
(de toute façon, R Studio demandera à ce qu’il porte un nom
pour qu’il puisse transformer le fichier en un format .html).
On appuie sur « Knit HTML »
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8. 3. Comment ca marche?
• On obtient notre page html générée
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9. 3. Comment ca marche?
• Dans notre dossier, on a:
– Un fichier .rmd: contenu de la page web
Package Knitr:
Permet la
compilation du
code R
– Un fichier .md: contient le code R traduit (ex: résultats des
tableaux et des graphiques)
Package
markdown:
Génère la
page web
– Un fichier .html: page web créée
– Un dossier « figure »: contient les graphiques, images
créés
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10. 3. Comment ca marche?
• Si on souhaite publier en ligne notre page:
On clique sur « Publish »
Attention, la page sera publique
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11. 3. Comment ca marche?
• Une autre fonctionnalité intéressante Notebooks:
Créer une page web directement à partir du code R!
On clique sur le dernier icône à droite
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12. 3. Comment ca marche?
• Une autre fonctionnalité intéressante Notebooks:
Créer une page web directement à partir du code R!
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13. 4. Plus de détails
• Ajouter du code et voir le résultat:
Le code sur le fichier .Rmd
Le résultat de la page Html
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14. 4. Plus de détails
• Affichage d’un graphique généré avec R:
Le résultat de la page Html
Le code sur le fichier .Rmd
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15. 4. Plus de détails
• Insérer un tableau:
Le code sur le fichier .Rmd
Le résultat de la page Html
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16. 4. Plus de détails
• Insérer une équation:
Le code sur le fichier .Rmd
Le résultat de la page Html
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17. 4. Plus de détails
• Insérer une image:
Le code sur le fichier .Rmd
Le résultat de la page Html
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18. 4. Plus de détails
• Insérer un lien vers une page Internet:
Le code sur le fichier .Rmd
Le résultat de la page Html
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19. 4. Plus de détails
• Insérer une citation:
Le code sur le fichier .Rmd
Le résultat de la page Html
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20. 5. Vers une mise en page personnalisée
•
Par défaut, la mise en page est un peu sommaire:
– Pas de couleurs
– Tableaux sans bordures
– Texte non souligné
– …
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21. 5. Vers une mise en page personnalisée
•
On peut grâce à la feuille de style CSS modifier cette mise en page.
La procédure à suivre est la suivante:
– copier la feuille de style CSS nommée “markdown.css” qui se trouve dans le
répertoire du package “Markdown” (endroit où tous les packages sont stockés)
– la renommer
– Modifier la feuille de style avec la mise en page que l’on souhaite (exemple:
couleurs aux titres, bordures aux tableaux …)
– la placer à l'endroit où on a stocké notre fichier .Rmd .
– Ensuite, dans notre fichier .Rmd, on écrit en haut: la ligne suivante entourée de
“<” et “>”:
link href=“my_custom.css” rel=“stylesheet”
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22. 5. Vers une mise en page personnalisée
Sans mise en forme
Avec mise en forme
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23. 5. Vers une mise en page personnalisée
Sans mise en forme
Avec mise en forme
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24. 5. Vers une mise en page personnalisée
Sans mise en forme
Avec mise en forme
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25. 6. Pour aller plus loin
D’autres fonctionnalités existent et n’ont pas été montrées lors de cette séance:
• Réaliser des graphiques interactifs avec GoogleVis et les afficher sur la page
web créée
http://rpubs.com/gallery/googleVis
• Convertir la page web en format pdf avec Pandoc
Sous Linux, une fois la page web créée:
- Ouvrir une console
- Se placer dans le répertoire où se trouve le fichier « .md »
- Taper: pandoc-s Nom_fichier.md –o Nom_fichier.pdf
Attention: la mise en page est altérée (tableaux déformés, couleurs non originales …).
Sinon, la méthode basique, imprimer dans fichier pdf marche bien aussi!
• Et bien d’autres encore!
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26. 7. Conclusion
Package intéressant qui permet de créer des
rapports reproductibles sous forme de pages
web, facilement sans avoir à connaître
Le langage Latex ni Html.
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27. 8. Annexes
Le code .Rmd utilisé dans cette présentation
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28. 8. Annexes
Le code .Rmd utilisé dans cette présentation
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29. 8. Annexes
Le code .Rmd utilisé dans cette présentation
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30. 8. Annexes
Le code .css utilisé dans cette présentation
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31. 8. Annexes
Le code .css utilisé dans cette présentation
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32. 8. Annexes
Le code .css utilisé dans cette présentation
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33. 8. Annexes
Le code .css utilisé dans cette présentation
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