Les querelles théologiques virent rapidement à l'affrontement entre catholiques et protestants. Alternant entre tentatives de réconciliation et répression, le pouvoir royal, affaibli par la mort prématurée d'Henri voit son autorité menacée par les différentes factions. Pour les protestants, il n'est question de liberté religieuse mais bien de prise de pouvoir pour établir la religion réformée. Il appartiendra au roi Henri IV, après l'extinction de la branche des Valois, de rétablir une paix provisoire au terme d'un arrangement singulier en Europe dérogeant au traditionnel Cujus regio, ejus religio.