Lista de Periódicos por Fator de Impacto (JCR) e Qualis (CAPES)
Introdução à Documentação do PubMed Central (PMC) para Marcação de Artigos Científicos em XML - Biblioteca MZ USP
1. Introdução à Documentação do
PubMed Central (PMC) para
Marcação de Artigos Científicos em
XML
Viviane Neves dos Santos
Biblioteca MZ-USP
Contato: viviane.neves.santos@usp.br
4. PubMed Central (PMC)
• texto completo em livre acesso
• coletar e preservar a literatura
• Ciências Biomédicas e da Vida
• lançada em 2000
• National Center for Biotechnology Information
(NCBI), U.S. National Library of Medicine (NLM)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
5.
6. Documentação PMC
Journal Article
Tag Suite
(JATS)
ANSI/NISO
Z39.96-2012
Journal
Archiving and
Interchange
Journal
Publishing
Article
Authoring
JATS-Con
7. Documentação PMC
• Journal Article Tag Suite (JATS)
(http://jats.nlm.nih.gov/index.html)
• Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con)
(http://jats.nlm.nih.gov/jats-con/ )
• Journal Publishing Tag Set
(http://jats.nlm.nih.gov/publishing/)
14. Atual
- ago. 2012 - NISO JATS Version 1.0: http://jats.nlm.nih.gov/publishing/1.0/
Anteriores
- mar. 2011 - NISO/JATS Version 0.4: http://jats.nlm.nih.gov/publishing/0.4/
- nov. 2008 - NLM Version 3.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/3.0/
- mar. 2007 - NLM Version 2.3: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.3/
- jun. 2006 - NLM Version 2.2: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.2/
- set. 2005 - NLM Version 2.1: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.1/
- nov. 2004 - NLM Version 2.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.0/
- nov. 2003 - NLM Version 1.1: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/1.1/
- mar. 2003 - NLM Version 1.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/1.0/
Documentação PMC
Histórico das Versões Lançadas da DTD
15. • Journal Publishing Tag Library NISO JATS Version 1.0 -
http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/
• PubMed Central Tagging Guidelines -
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-
guidelines/article/style.html
• PubMed Central Citations -
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-
guidelines/citations/v3/toc.html
Documentação PMC
O que é importante conhecer?Biblioteca de
elementos e
atributos
Regras de
Marcação de
Artigos
Amostras de
Referências
Marcadas
22. XML PMC
Declaração do DOCTYPE
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal
Publishing DTD v1.0 20120330//EN" "JATS-journalpublishing1.dtd">
Versão anterior (NLM 3.0)
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD Journal Publishing DTD
v3.0 20080202//EN" "journalpublishing3.dtd">
Versão atual (JATS 1.0)
23. XML PMC
Macroestrutura
Article
Front
Body
Back
Floats
Group
Sub-article
e Response
Metadados Periódico (journal-meta) e
Artigo (article-meta)
Estruturas do texto (seções,
parágrafos, links, figuras, material
suplementar, tabelas etc.)
Agradecimentos, referências, notas de
rodapé, apêndices etc.
Grupo de objetos não referenciados
no texto (tabelas, figuras etc).
Estruturas de artigo dentro do
artigo (cartas, resumos, artigo
com comentário, carta e
resposta).
24. XML PMC
Estruturas de Bloco
• Array - <array>
• Boxed Text - <boxed-text>
• Chemical Structure Wrapper -
<chem-struct-wrap>
• Figure - <fig>
• Figure Group - <fig-group>
• Supplementary Material -
<supplementary-material>
• Table Wrapper - <table-wrap>
• Table Wrapper Footer -
<table-wrap-foot>
• Table Wrapper Group -
<table-wrap-group>
• Formula - <disp-formula>
• Definition List - <def-list>
• List - <list>
• Quote - <disp-quote>
• Speech - <speech>
• Formal Statement -
<statement>
• Verse Form for Poetry -
<verse-group>
25. XML PMC
Exemplo de Artigo
FREE, Caroline. The effectiveness of mobile-health technology-
based health behaviour change or disease management
interventions for health care consumers: a systematic review.
PLoS Medicine, v. 10, n. 1, e1001362, Jan. 2013.
PUBMED:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3548655/
PLOS:
http://www.plosmedicine.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%
2Fjournal.pmed.1001362
32. XML PMC
Front: Article Metadata – Author Notes
Contribuição dos Autores
Marcação de Links
33. XML PMC
Front: Article Metadata
Datas de publicação
e dados do fascículo
em que o artigo foi
publicado.
Se houver paginação as páginas inicial e final são marcadas com
as tags <fpage> e <lpage>
Electronic
Location Identifier
36. XML PMC
Informação de Financiamento
de Projeto
Contagem de Páginas,
Tabelas, Referências...
Front: Article Metadata
Fim do Article Metadata e do Front
41. XML PMC
Back – Referências
<ref>...</ref>
<ref>...</ref>
...
Lista de
Referências
Referência 1
Referência 2
42. XML PMC
Back: Referências
2 formas
de marcar
Mixed Citation
Element Citation
Amostras de Referências em “PubMed Central Citations”:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/citations/v3/toc.html
43. XML PMC
Back: Estrutura de Bloco – Lista de Definições
Lista de
Definições
Termo,
Acrônimo ou Sigla
Definição