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1 von 20
MDMM
Minería de datos aplicada a la medicina

    Si quieres, en La Salle puedes
                            Dr. Albert Fornells Herrera
                                          Coordinador
                                     afornells@salle.url.edu
                          http://www.salle.url.edu/~afornells
                                       Skype: afornells.salle
Índice

Campus laSalle Barcelona

De dónde venimos, dónde estamos y a dónde vamos

Máster en minería de datos aplicada a la medicina

Ejemplos de proyectos

Becas



                                                     2
Campus laSalle Barcelona
                              • Campus con 5 edificios.
                              • 4000 estudiantes.
                              • Más de 100 años
                              formando profesionales
                              altamente cualificados.

                              Espíritu
                            emprendedor
          Prestigio e                         Metodología
         innovación                           diferencial

      La Salle Technova                       Laboratorios e
          Barcelona                          infraestructuras

              Grupos de                      Carácter
            investigación                 internacional
                                                            3
¿El tiempo lo cura ‘todo’?




                         4
Ahora, ¿sabemos + o -?
                                         Interpretación
                   Sabiduría
          (Conocimiento + experiencia)

                                         Identificación
                  Conocimiento
              (Información + reglas)
Valor




                                          Integración
                  Información
                (Data + Contexto)

                                         Manipulación
                     Datos



        Volumen
                                                          5
Minería de datos
    La minería de datos es el proceso de extraer patrones ocultos y
     establecer relaciones de grandes conjuntos de datos para
     transformar los datos en conocimiento.

             Producción
                            Análisis              ¿Qué tipo de problemas
                           problema               resuelve la minería de datos?
                                                     Asociación: Buscar
                                                    relaciones entre variables.
                                                     Clasificación: Asignar
                                       Análisis     categorías en grupos
    Evaluación                                      predefinidos.
                                        datos
                                                     Clustering: Agrupar los
                                                    datos en grupos sin saber la
                                                    clasificación previa.
                                                     Regresión: Buscar una
                          Preproceso                función que modele los datos.
             Modelado
                             datos                   ….
                                                                             6
Objetivo
   El alumno disponga de recursos técnicos para extraer conocimiento
    original, útil y de valor añadido de datos procedentes del campo de
    las ciencias de la salud y otras ciencias experimentales.
   Al acabar el máster el alumno será capaz de:




                             Aplicar                         Utilizar
                                            Diseñar y
Conocer la tipología de   mecanismos de                   herramientas
                                             abordar
  los datos médicos        análisis de                    de minería de
                                          experimentos
                              datos                           datos


                                                                          7
Perfiles entrada y salida

      Perfil entrada                       Salida profesional


                                       Centros de investigación
                                        de ciencias de la salud
   Centros médicos
                                       Centros de cálculo hospitalarios
   Biólogos y biotecnólogos
                                       Servicios informáticos hospitalarios
   Centros de cálculo de hospitales
                                       Programa de doctorado
   Ingenieros informáticos
                                       Proyectos de las ciencias salud.




                                                                           8
Elementos diferenciales



     Único            Experiencias &    Enfoque práctico de
                       Networking        los conocimientos




TFM en proyectos     Apoyo de Grupos    Carrera profesional
     reales          de investigación
                                                              9
Plan de estudios
• Gestión de bases de datos
                                                                • Minería de datos
  médicas
                                                                • Herramientas de
• Procesamiento de imágenes
                                                                  minería de datos
  digitales


                                   Datos     Minería de
                                  médicos    datos




                              Experiencias   Métodos de
                                        &    análisis         • Análisis estadístico
                               Networking    científicos                    de datos
• Divulgación científica                                   • Análisis estadístico de
• Seminarios TIC y salud                                                  resultados
• Experiencias y networking                                • Visualización de datos
• Trabajo Final de Máster                                      multidimensionales



                                                                                       10
Colaboradores




Consulta el portal web para conocer a los nuevos colaboradores
                                                       11
Calendario
   Créditos: 60 créditos ECTS.
   Duración: Octubre 2011 hasta el Julio 2012.
    – Lunes a Jueves 18:30-21:30
    – Semestre 1 (30 créditos)
    – Semestre 2 (30 créditos)
   Impartición: Castellano.
   Formato: Presencial en el campus LaSalle Barcelona.




                                                          12
Cáncer de mama
    El cáncer de mama es la principal causa de muerte por cáncer en mujeres
     entre 15-54 años
    Si su impacto puede reducirse con una detección precoz,
    ¿dónde está el problema?
     – Los síntomas no suelen ser claramente visibles hasta etapas avanzadas.
     – No existe un patrón objetivo de el porque ni el cuando ni sobre que quien.
   Las campañas de mamografías promovidas por las administraciones
    tienen como objetivo detectar las anormalidades en las primeras fases.
     – Aún así, no hay recursos suficientes fruto del elevado potencial número de pacientes.
   ¿Cómo podemos contribuir a ayudar a los expertos?
     – Las herramientas de apoyo a la toma de decisiones son capaces de ofrecer soporte al
       experto en su día a día.
     – Proponemos el uso de herramientas para recuperar históricos de mamografías similares
       a la actual que está diagnosticando el experto.
     – ¿En qué les beneficia? Mamografías con anormalidades similares, posiblemente tendrán
       evoluciones y diagnósticos similares.

                                                                                               13
Proyecto HRIMAC
                                                                           TIC2002-04160-C02-02

   Objetivo: Desarrollo de una herramienta de recuperación inteligente de
    imágenes mamográficas por contenido




                      Digitalizar, segmentar y
Capturar mamografía                               Recuperar historiales   Soporte al diagnóstico
                      extraer características




                                                                                           14
Melanoma
   Según la American Cancer Society, el melanoma es el cáncer de piel más
    mortal (alrededor 22%).
     – El melanoma aparece cuando los melanocitos se convierten en células cancerígenas.

                         Epidermis

                         Hypodermis
                         Dermis



   El principal factor de riesgo es la radiación solar, y la patología se ha
    incrementado en los últimos años, fruto sobretodo, de los nuevos hábitos
    de exposición solar
   Como el resto de cánceres, su diagnostico no es trivial y detectarlo en las
    etapas iniciales es crucial para minimizar los impactos.
   ¿Cómo podemos ayudar a los expertos?
     – Mediante herramientas que les ayuden a entender la enfermedad.
                                                                                           15
Cáncer de melanoma
                                                                                                             TIN2006-15140-C03-03

   Objetivo: Utilizar técnicas de minería de datos para crear herramientas de
    análisis que aporten un valor añadido a los expertos



                                      x                                                x              x
                                                  x
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                                                  x




      Caracterización de la        Identificación                                                          Protocolos
          enfermedad                 de pautas                                                            de actuación




                                                                                                                           16
Becas y ayudas
   Préstamos Renta Universidad para estudiantes de másters oficiales – Ministerio de
    Educación
    Préstamos para facilitar la financiación de las enseñanzas universitarias de máster
    oficial y/o de doctorado que se impartan en España o las equivalentes en los países
    del Espacio Europeo de Educación Superior, Estados Unidos de América y Canadá,
    mediante una ayuda inicial así como, en su caso, facilitar una renta mensual a los
    estudiantes que lo deseen.
   Programa de Prestamos Universitarios de Postgrado (PREPOST) - AGAUR
    Pago de la matrícula del doctorado, máster o postgrado mediante un préstamo. De
    manera opcional, existe la posibilidad de obtener una disposición mensual de
    carácter compensatorio al estudio, durante el período que duren los estudios.
   www.beslasalle.net/financiacion Financiación a través de créditos (convenio con La
    Caixa y Santander Central Hispano)

        Ayudas oficiales del Ministerio y la Generalitat y los que se pueden
        conseguir en La Salle a través de convenios con entitats bancàries.
                                                                                    17
Becas y ayudas
   Becas La Salle América Latina
    Becas de colaboración para que alumnos latinoamericanos puedan cursar
    presencialmente estudios de Máster en La Salle - Universidad Ramon Llull.
   Becas y Ayudas para postgrado en España de estudiantes iberoamericanos -
    Fundación Carolina
   Becas para ciudadanos mejicanos para estudiar postgrados en el extranjero –
    Conacyt (Méjico)
   Becas para Extranjeros para Estudios de Postgrado, Doctorado e Investigación en
    Universidades españolas - Ministerio de Asuntos Exteriores y de Cooperación
    (MAEC)
    Becas del MAEC y de la Agencia Española de Cooperación Internacional para el
    Desarrollo (AECID) para ciudadanos extranjeros de estudio en España.
   Becas para ciudadanos latinoamericanos para la realización de estudios en España
    – ALBAN
   Becas de la Unión Europea para estudiantes de nacionalidad no europea, para la
    realización de estudios en Europa - PLOTEUS
   Becas para estudios de máster en España - Fundación FORD (latinoamérica)
                                           Becas para estudiantes estrangeros.
                                                                                  18
Becas y ayudas
   Becas predoctorales La Salle – Coordinación de Investigación La Salle
   Contratación a cargo de proyecto de investigación para estudiantes pre
    doctorales- Grupos de Investigación La Salle
   Becas de Formación de Personal Investigador - MICINN
   Becas de Formación de Personal Universitario - Ministerio de Educación
   Becas y contratos predoctorales (Formación de Investigadores – FI) -
    AGAUR
   Ayudas Torres Quevedo - MICIIN
   Ayudas a empresas para la contratación de personal investigador dentro
    del programa Talento empresa (TEM-DGR 2009) - Modalidad A. AGAUR
   Developing Global Scientists and Engineers (International Research
    Experiences for U.S. Students -IRES) - NSF

                                           Becas para la etapa predoctoral.
                                                                             19
Gracias por vuestra atención

                                                          Dr. Albert Fornells Herrera
                                                                        Coordinador
                                                                    afornells@salle.url.edu
                                                        http://users.salleurl.edu/~afornells
                                                                       Skype: afornells.salle




Para más información
      Web del máster http://www.salle.url.edu/mdmm
      Health blog - http://blogs.salleurl.edu/health

                                                                                      20

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Data Mining applied to Medicine

  • 1. MDMM Minería de datos aplicada a la medicina Si quieres, en La Salle puedes Dr. Albert Fornells Herrera Coordinador afornells@salle.url.edu http://www.salle.url.edu/~afornells Skype: afornells.salle
  • 2. Índice Campus laSalle Barcelona De dónde venimos, dónde estamos y a dónde vamos Máster en minería de datos aplicada a la medicina Ejemplos de proyectos Becas 2
  • 3. Campus laSalle Barcelona • Campus con 5 edificios. • 4000 estudiantes. • Más de 100 años formando profesionales altamente cualificados. Espíritu emprendedor Prestigio e Metodología innovación diferencial La Salle Technova Laboratorios e Barcelona infraestructuras Grupos de Carácter investigación internacional 3
  • 4. ¿El tiempo lo cura ‘todo’? 4
  • 5. Ahora, ¿sabemos + o -? Interpretación Sabiduría (Conocimiento + experiencia) Identificación Conocimiento (Información + reglas) Valor Integración Información (Data + Contexto) Manipulación Datos Volumen 5
  • 6. Minería de datos  La minería de datos es el proceso de extraer patrones ocultos y establecer relaciones de grandes conjuntos de datos para transformar los datos en conocimiento. Producción Análisis ¿Qué tipo de problemas problema resuelve la minería de datos?  Asociación: Buscar relaciones entre variables.  Clasificación: Asignar Análisis categorías en grupos Evaluación predefinidos. datos  Clustering: Agrupar los datos en grupos sin saber la clasificación previa.  Regresión: Buscar una Preproceso función que modele los datos. Modelado datos  …. 6
  • 7. Objetivo  El alumno disponga de recursos técnicos para extraer conocimiento original, útil y de valor añadido de datos procedentes del campo de las ciencias de la salud y otras ciencias experimentales.  Al acabar el máster el alumno será capaz de: Aplicar Utilizar Diseñar y Conocer la tipología de mecanismos de herramientas abordar los datos médicos análisis de de minería de experimentos datos datos 7
  • 8. Perfiles entrada y salida Perfil entrada Salida profesional Centros de investigación de ciencias de la salud  Centros médicos Centros de cálculo hospitalarios  Biólogos y biotecnólogos Servicios informáticos hospitalarios  Centros de cálculo de hospitales Programa de doctorado  Ingenieros informáticos Proyectos de las ciencias salud. 8
  • 9. Elementos diferenciales Único Experiencias & Enfoque práctico de Networking los conocimientos TFM en proyectos Apoyo de Grupos Carrera profesional reales de investigación 9
  • 10. Plan de estudios • Gestión de bases de datos • Minería de datos médicas • Herramientas de • Procesamiento de imágenes minería de datos digitales Datos Minería de médicos datos Experiencias Métodos de & análisis • Análisis estadístico Networking científicos de datos • Divulgación científica • Análisis estadístico de • Seminarios TIC y salud resultados • Experiencias y networking • Visualización de datos • Trabajo Final de Máster multidimensionales 10
  • 11. Colaboradores Consulta el portal web para conocer a los nuevos colaboradores 11
  • 12. Calendario  Créditos: 60 créditos ECTS.  Duración: Octubre 2011 hasta el Julio 2012. – Lunes a Jueves 18:30-21:30 – Semestre 1 (30 créditos) – Semestre 2 (30 créditos)  Impartición: Castellano.  Formato: Presencial en el campus LaSalle Barcelona. 12
  • 13. Cáncer de mama  El cáncer de mama es la principal causa de muerte por cáncer en mujeres entre 15-54 años  Si su impacto puede reducirse con una detección precoz, ¿dónde está el problema? – Los síntomas no suelen ser claramente visibles hasta etapas avanzadas. – No existe un patrón objetivo de el porque ni el cuando ni sobre que quien.  Las campañas de mamografías promovidas por las administraciones tienen como objetivo detectar las anormalidades en las primeras fases. – Aún así, no hay recursos suficientes fruto del elevado potencial número de pacientes.  ¿Cómo podemos contribuir a ayudar a los expertos? – Las herramientas de apoyo a la toma de decisiones son capaces de ofrecer soporte al experto en su día a día. – Proponemos el uso de herramientas para recuperar históricos de mamografías similares a la actual que está diagnosticando el experto. – ¿En qué les beneficia? Mamografías con anormalidades similares, posiblemente tendrán evoluciones y diagnósticos similares. 13
  • 14. Proyecto HRIMAC TIC2002-04160-C02-02  Objetivo: Desarrollo de una herramienta de recuperación inteligente de imágenes mamográficas por contenido Digitalizar, segmentar y Capturar mamografía Recuperar historiales Soporte al diagnóstico extraer características 14
  • 15. Melanoma  Según la American Cancer Society, el melanoma es el cáncer de piel más mortal (alrededor 22%). – El melanoma aparece cuando los melanocitos se convierten en células cancerígenas. Epidermis Hypodermis Dermis  El principal factor de riesgo es la radiación solar, y la patología se ha incrementado en los últimos años, fruto sobretodo, de los nuevos hábitos de exposición solar  Como el resto de cánceres, su diagnostico no es trivial y detectarlo en las etapas iniciales es crucial para minimizar los impactos.  ¿Cómo podemos ayudar a los expertos? – Mediante herramientas que les ayuden a entender la enfermedad. 15
  • 16. Cáncer de melanoma TIN2006-15140-C03-03  Objetivo: Utilizar técnicas de minería de datos para crear herramientas de análisis que aporten un valor añadido a los expertos x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x Caracterización de la Identificación Protocolos enfermedad de pautas de actuación 16
  • 17. Becas y ayudas  Préstamos Renta Universidad para estudiantes de másters oficiales – Ministerio de Educación Préstamos para facilitar la financiación de las enseñanzas universitarias de máster oficial y/o de doctorado que se impartan en España o las equivalentes en los países del Espacio Europeo de Educación Superior, Estados Unidos de América y Canadá, mediante una ayuda inicial así como, en su caso, facilitar una renta mensual a los estudiantes que lo deseen.  Programa de Prestamos Universitarios de Postgrado (PREPOST) - AGAUR Pago de la matrícula del doctorado, máster o postgrado mediante un préstamo. De manera opcional, existe la posibilidad de obtener una disposición mensual de carácter compensatorio al estudio, durante el período que duren los estudios.  www.beslasalle.net/financiacion Financiación a través de créditos (convenio con La Caixa y Santander Central Hispano) Ayudas oficiales del Ministerio y la Generalitat y los que se pueden conseguir en La Salle a través de convenios con entitats bancàries. 17
  • 18. Becas y ayudas  Becas La Salle América Latina Becas de colaboración para que alumnos latinoamericanos puedan cursar presencialmente estudios de Máster en La Salle - Universidad Ramon Llull.  Becas y Ayudas para postgrado en España de estudiantes iberoamericanos - Fundación Carolina  Becas para ciudadanos mejicanos para estudiar postgrados en el extranjero – Conacyt (Méjico)  Becas para Extranjeros para Estudios de Postgrado, Doctorado e Investigación en Universidades españolas - Ministerio de Asuntos Exteriores y de Cooperación (MAEC) Becas del MAEC y de la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo (AECID) para ciudadanos extranjeros de estudio en España.  Becas para ciudadanos latinoamericanos para la realización de estudios en España – ALBAN  Becas de la Unión Europea para estudiantes de nacionalidad no europea, para la realización de estudios en Europa - PLOTEUS  Becas para estudios de máster en España - Fundación FORD (latinoamérica) Becas para estudiantes estrangeros. 18
  • 19. Becas y ayudas  Becas predoctorales La Salle – Coordinación de Investigación La Salle  Contratación a cargo de proyecto de investigación para estudiantes pre doctorales- Grupos de Investigación La Salle  Becas de Formación de Personal Investigador - MICINN  Becas de Formación de Personal Universitario - Ministerio de Educación  Becas y contratos predoctorales (Formación de Investigadores – FI) - AGAUR  Ayudas Torres Quevedo - MICIIN  Ayudas a empresas para la contratación de personal investigador dentro del programa Talento empresa (TEM-DGR 2009) - Modalidad A. AGAUR  Developing Global Scientists and Engineers (International Research Experiences for U.S. Students -IRES) - NSF Becas para la etapa predoctoral. 19
  • 20. Gracias por vuestra atención Dr. Albert Fornells Herrera Coordinador afornells@salle.url.edu http://users.salleurl.edu/~afornells Skype: afornells.salle Para más información  Web del máster http://www.salle.url.edu/mdmm  Health blog - http://blogs.salleurl.edu/health 20