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I virus
• "Virus" dal latino “veleno”

• Combinazione organizzata di macromolecole

• entità biologiche con strutture subcellulari

• Semplicità strutturale: un acido nucleico (DNA o RNA) racchiuso in un
   rivestimento di natura proteica (CAPSIDE)

• Complessità biologico-funzionale

• Materiale biochimico inerte al di fuori della cellula

• PARASSITI ENDOCELLULARI OBBLIGATI

• Alcuni possiedono propri enzimi, ma senza assistenza, non sono capaci
   di riprodurre le informazioni contenute nei loro genomi

• Spettro d’ospite: micoplasmi, alghe, batteri, piante e animali superiori
Le particelle virali complete, virioni, sono
caratterizzate da dimensioni estremamente
modeste: 10-300 nm.
From Principles of Virology Flint et al ASM Press
Microscopio elettronico
•Prima descrizione di patologia di origine virale: Vaiolo in Cina nel X sec. a.C.
•Alterazioni simil-vaiolose nella mummia del faraone Ramsete II (circa 2000 a.C.).
                  poliomielite                         vaiolo




     Virus del mosaico del tabacco:
     primo virus identificato
Varietà di forme e
   dimensioni
Sono coltivabili in vitro in cellule eucariotiche, o in batteri
                      (a seconda del tipo virale).
 Alcuni (Orthomyxovirus, paramyxovirus) possono essere coltivabili
                   con facilita’ in uova embrionate.
Hanno resistenza variabile al pH. Questo regola la loro patogenicita’
     -Es. Rinovirus sono distrutti a pH3 (pH gastrico di circa 1) e
    pertanto sono non patogeni per l’apparato gastrointestinale.
     -Altri picornavirus sono resistenti al pH gastrico e pertanto
                        patogeni (enterovirus).
QuickTime™ e un
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Morfologia

Virus nudi
        1. Genoma
           Acido nucleico (DNA o RNA)
        2. Capside
           Rivestimento proteico


             Genoma+capside = nucleocapside



Virus rivestiti : Pericapside o Envelope
doppio strato fosfolipidico che circonda il nucleocapside
virus nudi
virus rivestiti




Envelope
   • Doppio strato fosfolipidico
   • I virus con envelope sono
      comuni nel mondo animale,
      ma si conoscono anche virus
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ORIGINE DELL’ENVELOPE


                        Spikes o
                        antirecettori
Pericapside (peplos, envelope)
Strato lipidico esterno, presente solo in alcune famiglie di virus
(orthomyxovirus, herpesvirus, retrovirus, poxvirus, ecc.).
Costituito da lipidi della membrana della cellula infettata, rimasti
intorno al virus vero e proprio al momento dell’esocitosi.
Contiene anche alcune glicoproteine virali (Spikes o antirecettori), che
fungono da primorecettore virale nei confronti delle cellule bersaglio.
Svolge funzione di protezione, di riconoscimento antigenico
(emoagglutinina del virus influenzale) e di penetrazione nella cellula
ospite tramite il meccanismo di fusione con la membrana cellulare.
Neuroaminidasi (budding)
La presenza del pericapside rende ragione della sensibilità di alcuni
virus ai disinfettanti organici (eteri, alcooli) in grado di sciogliere i lipidi.
Spikes
  •   Proteine protundenti dall’envelope, sono di
      origine virale
  •   Riconoscono i recettori sulle cellule ospiti
Non possedendo envelope e quindi spikes la capacità
 antirecettoriale dei virus nudi è legata alle proteine del Capside.


           Ristretta capacità codificante del genoma:
 capside limitato tipo di proteine, nei virus più piccoli un solo tipo.


Le diverse subunità proteiche (protomeri) sono tenute insieme da
 legami non covalenti e possono disporsi (AUTOASSEMBLARSI)
                      secondo strutture di tipo
                 cubico-icosaedrico o elicoidale
I virus si possono dividere in 2 gruppi in base alla
              simmetria del capside:


 A SIMMETRIA ELICOIDALE       A SIMMETRIA ICOSAEDRICA
Simmetria elicoidale


I protomeri si dispongono come i
gradini di una scala a chiocciola,
seguendo     l’andamento      elicoidale
dell’acido nucleico che vi è racchiuso,
formando una sorta di bastoncello la
cui    lunghezza     dipende      dalla
lunghezza dell’ac.nucleico.
Simmetria elicoidale: alcuni esempi…
                   Questi virus si differenziano per
                   Lunghezza
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    Rabies Virus               Tobacco Mosaic Virus
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   Capsidi più complessi!
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    solido regolare costituito da
  20 facce a triangolo equilatero,
       12 vertici, 30 spigoli


Le catene polipeptidiche disposte sulla superficie di un icosaedro virutale formando
                              un guscio isometrico

                Vi appartengono sia     virus nudi   che    rivestiti

   I virus a DNA possiedono prevalentemente una simmetria di tipo icosaedrico,
           mentre quelli a RNA possono assumere entrambe le simmetrie
Simmetria icosaedrica



                    -
                    -


Come in un pallone da calcio
i capsomeri che si associano ai vertici = struttura pentagonale (Pentoni)
i capsomeri distribuiti sulla superficie = struttura esagonale (Esoni)
In genere i Pentoni sono circondati da 5 Esoni (detti peripentonali)
I virus nudi di origine animale hanno una simmetria esclusivamente di tipo

                                icosaedrico.

  I virus con envelope possono avere il nucleocapside sia a simmetria

                   elicoidale sia a struttura icosaedrica.

    I virus più grandi (come i Poxvirus) possono avere una struttura

                       morfologica più complessa.
Simmetria icosaedrica: alcuni esempi…




                 Herpes virus
                                 parvovirus



                                adenovirus

poliovirus
Simmetria icosaedrica, nudo
Simmetria elicoidale, nudo
b



A. Envelope, simmetria elicoidale
B. Envelope, simmetria icosaedrica
Poliomavirus
Poliovirus
Genoma dei virus
Il genoma dei virus
• Contiene l’informazione genetica del virus e codifica per proteine strutturali e
proteine funzionali
• E’ costituito da un solo tipo di acido nucleico: DNA o RNA
Genoma a DNA:
Deossiribovirus
     • 30% dei virus animali
        genoma a DNA
• Nella maggior parte dei virus a
  DNA, è a doppio filamento
  (sempre aploide), circolare o
  lineare
• Eccezione: Parvovirus (singolo
  filamento lineare),
  Hepadnavirus (doppio filamento
  circolare, incompleto)
• Trascrizione e replicazione
  avvengono nel nucleo
  (eccezione: poxvirus)
Genoma a RNA:
                     Ribovirus
      • 70% dei virus animali
             è ad RNA


• Nella maggior parte dei virus a
  RNA, è a singolo filamento
  sempre lineare
• Eccezione: Reovirus (RNA a
  doppio filamento segmentato),
  Orthomyxovirus (RNA singolo
  filamento, frammentato)
• Replicazione e trascrizione:
  principalmente nel citosol
Se il genoma del virus è a RNA, singolo filamento:




L’ RNA a polarità positiva presenta alle estremità 5’ e 3’ delle sequenze analoghe a
        quelle degli mRNA della cellula ospite: vengono letti direttamente

       L’ RNA a polarità negativa funge da stampo per una trascrittasi virale
   (RNA polimerasi che compiono numerosi errori: elevata frequenza di mutazioni e
                         variabilità tipica dei virus a RNA)
Genomi virali a RNA ss
• +ve (sense) and -ve (anti-sense) RNA
  genomes
   Positive   AUG GCA CGA
   (sense)                    met ala arg

     Negative UAC CGU GCU
   (anti-sense)
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Classificazione di Baltimore
•Gruppo I - virus a DNA a doppio filamento (dsDNA)

•Gruppo II - virus a DNA a singolo filamento (ssDNA)

•Gruppo III - virus a RNA a doppio filamento (dsRNA)

•Gruppo IV - virus a RNA a singolo filamento a polarità + (ssRNA+)

•Gruppo V - virus a RNA a singolo filamento a polarità - (ssRNA-)

•Gruppo VI - virus a RNA a singolo filamento con capacità retrotrascrizionale
(ssRNA RT)

•Gruppo VII - virus a DNA a doppio filamento con capacità retrotrascrizionale
(dsDNA RT)
M2
(ion channel)




                PB1, PB2, PA
Intro virus

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  • 4. From Principles of Virology Flint et al ASM Press
  • 6. •Prima descrizione di patologia di origine virale: Vaiolo in Cina nel X sec. a.C. •Alterazioni simil-vaiolose nella mummia del faraone Ramsete II (circa 2000 a.C.). poliomielite vaiolo Virus del mosaico del tabacco: primo virus identificato
  • 7. Varietà di forme e dimensioni
  • 8. Sono coltivabili in vitro in cellule eucariotiche, o in batteri (a seconda del tipo virale). Alcuni (Orthomyxovirus, paramyxovirus) possono essere coltivabili con facilita’ in uova embrionate. Hanno resistenza variabile al pH. Questo regola la loro patogenicita’ -Es. Rinovirus sono distrutti a pH3 (pH gastrico di circa 1) e pertanto sono non patogeni per l’apparato gastrointestinale. -Altri picornavirus sono resistenti al pH gastrico e pertanto patogeni (enterovirus).
  • 9. QuickTime™ e un decompressore sono necessari per visualizzare quest'immagine.
  • 10. Morfologia Virus nudi 1. Genoma Acido nucleico (DNA o RNA) 2. Capside Rivestimento proteico Genoma+capside = nucleocapside Virus rivestiti : Pericapside o Envelope doppio strato fosfolipidico che circonda il nucleocapside
  • 12. virus rivestiti Envelope • Doppio strato fosfolipidico • I virus con envelope sono comuni nel mondo animale, ma si conoscono anche virus batterici dotati di envelope
  • 13. ORIGINE DELL’ENVELOPE Spikes o antirecettori
  • 14. Pericapside (peplos, envelope) Strato lipidico esterno, presente solo in alcune famiglie di virus (orthomyxovirus, herpesvirus, retrovirus, poxvirus, ecc.). Costituito da lipidi della membrana della cellula infettata, rimasti intorno al virus vero e proprio al momento dell’esocitosi. Contiene anche alcune glicoproteine virali (Spikes o antirecettori), che fungono da primorecettore virale nei confronti delle cellule bersaglio. Svolge funzione di protezione, di riconoscimento antigenico (emoagglutinina del virus influenzale) e di penetrazione nella cellula ospite tramite il meccanismo di fusione con la membrana cellulare. Neuroaminidasi (budding) La presenza del pericapside rende ragione della sensibilità di alcuni virus ai disinfettanti organici (eteri, alcooli) in grado di sciogliere i lipidi.
  • 15. Spikes • Proteine protundenti dall’envelope, sono di origine virale • Riconoscono i recettori sulle cellule ospiti
  • 16. Non possedendo envelope e quindi spikes la capacità antirecettoriale dei virus nudi è legata alle proteine del Capside. Ristretta capacità codificante del genoma: capside limitato tipo di proteine, nei virus più piccoli un solo tipo. Le diverse subunità proteiche (protomeri) sono tenute insieme da legami non covalenti e possono disporsi (AUTOASSEMBLARSI) secondo strutture di tipo cubico-icosaedrico o elicoidale
  • 17. I virus si possono dividere in 2 gruppi in base alla simmetria del capside: A SIMMETRIA ELICOIDALE A SIMMETRIA ICOSAEDRICA
  • 18. Simmetria elicoidale I protomeri si dispongono come i gradini di una scala a chiocciola, seguendo l’andamento elicoidale dell’acido nucleico che vi è racchiuso, formando una sorta di bastoncello la cui lunghezza dipende dalla lunghezza dell’ac.nucleico.
  • 19. Simmetria elicoidale: alcuni esempi… Questi virus si differenziano per Lunghezza Diametro Passo dell’elica N° di protomeri per spira. Rabies Virus Rabies Virus Tobacco Mosaic Virus
  • 20. Simmetria icosaedrica Capsidi più complessi! icosaedro solido regolare costituito da 20 facce a triangolo equilatero, 12 vertici, 30 spigoli Le catene polipeptidiche disposte sulla superficie di un icosaedro virutale formando un guscio isometrico Vi appartengono sia virus nudi che rivestiti I virus a DNA possiedono prevalentemente una simmetria di tipo icosaedrico, mentre quelli a RNA possono assumere entrambe le simmetrie
  • 21. Simmetria icosaedrica - - Come in un pallone da calcio i capsomeri che si associano ai vertici = struttura pentagonale (Pentoni) i capsomeri distribuiti sulla superficie = struttura esagonale (Esoni) In genere i Pentoni sono circondati da 5 Esoni (detti peripentonali)
  • 22. I virus nudi di origine animale hanno una simmetria esclusivamente di tipo icosaedrico. I virus con envelope possono avere il nucleocapside sia a simmetria elicoidale sia a struttura icosaedrica. I virus più grandi (come i Poxvirus) possono avere una struttura morfologica più complessa.
  • 23. Simmetria icosaedrica: alcuni esempi… Herpes virus parvovirus adenovirus poliovirus
  • 26. b A. Envelope, simmetria elicoidale B. Envelope, simmetria icosaedrica
  • 27.
  • 28.
  • 31.
  • 32.
  • 33.
  • 35. Il genoma dei virus • Contiene l’informazione genetica del virus e codifica per proteine strutturali e proteine funzionali • E’ costituito da un solo tipo di acido nucleico: DNA o RNA
  • 36. Genoma a DNA: Deossiribovirus • 30% dei virus animali genoma a DNA • Nella maggior parte dei virus a DNA, è a doppio filamento (sempre aploide), circolare o lineare • Eccezione: Parvovirus (singolo filamento lineare), Hepadnavirus (doppio filamento circolare, incompleto) • Trascrizione e replicazione avvengono nel nucleo (eccezione: poxvirus)
  • 37. Genoma a RNA: Ribovirus • 70% dei virus animali è ad RNA • Nella maggior parte dei virus a RNA, è a singolo filamento sempre lineare • Eccezione: Reovirus (RNA a doppio filamento segmentato), Orthomyxovirus (RNA singolo filamento, frammentato) • Replicazione e trascrizione: principalmente nel citosol
  • 38. Se il genoma del virus è a RNA, singolo filamento: L’ RNA a polarità positiva presenta alle estremità 5’ e 3’ delle sequenze analoghe a quelle degli mRNA della cellula ospite: vengono letti direttamente L’ RNA a polarità negativa funge da stampo per una trascrittasi virale (RNA polimerasi che compiono numerosi errori: elevata frequenza di mutazioni e variabilità tipica dei virus a RNA)
  • 39. Genomi virali a RNA ss • +ve (sense) and -ve (anti-sense) RNA genomes Positive AUG GCA CGA (sense) met ala arg Negative UAC CGU GCU (anti-sense)
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  • 45. Classificazione di Baltimore •Gruppo I - virus a DNA a doppio filamento (dsDNA) •Gruppo II - virus a DNA a singolo filamento (ssDNA) •Gruppo III - virus a RNA a doppio filamento (dsRNA) •Gruppo IV - virus a RNA a singolo filamento a polarità + (ssRNA+) •Gruppo V - virus a RNA a singolo filamento a polarità - (ssRNA-) •Gruppo VI - virus a RNA a singolo filamento con capacità retrotrascrizionale (ssRNA RT) •Gruppo VII - virus a DNA a doppio filamento con capacità retrotrascrizionale (dsDNA RT)
  • 46. M2 (ion channel) PB1, PB2, PA