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Montpellier – 05/11/2009 – JGA'09


    Codage des voisinages et
parcours en largeur des graphes
 d'intervalles et de permutation
   Christophe Crespelle, Philippe Gambette
Plan

• Problème et définitions
• Encodage des voisinages dans les graphes
d'intervalles et les graphes de permutation
• Recherche en largeur en O(n) dans les graphes
d'intervalles et les graphes de permutation
Plan

• Problème et définitions
• Encodage des voisinages dans les graphes
d'intervalles et les graphes de permutation
• Recherche en largeur en O(n) dans les graphes
d'intervalles et les graphes de permutation
Contexte

Algorithmes sur les grands graphes
 • Stockage du graphe en mémoire   Encodage compact

 • Requêtes sur le graphe          Temps de réponse réduit




                                      3216754



                                      1562437
Contexte

Algorithmes sur les grands graphes
 • Stockage du graphe en mémoire   Encodage compact

 • Requêtes sur le graphe          Temps de réponse réduit

Bon encodage vis à vis des requêtes d'adjacence :
Nombreuses classes de graphes d'intersection
Contexte

Algorithmes sur les grands graphes
 • Stockage du graphe en mémoire           Encodage compact

 • Requêtes sur le graphe                  Temps de réponse réduit

Bon encodage vis à vis des requêtes d'adjacence :
Nombreuses classes de graphes d'intersection
Exemple : graphes d'intervalles :
                = {[0,2],[1,3],[3,4]}   Encodage en O(n)
  v1   G
           v3                           Requêtes d'adjacence en O(1)
  v2                I1        I3
                         I2             2 sommets adjacents ssi
                    1 ∈ [0,2] :         une borne de l'intervalle de l'un
                                        est incluse dans l'intervalle de
                 1 et 2 adjacents       l'autre.
Contexte

Algorithmes sur les grands graphes
 • Stockage du graphe en mémoire   Encodage compact

 • Requêtes sur le graphe          Temps de réponse réduit

Bon encodage vis à vis des requêtes d'adjacence :
Nombreuses classes de graphes d'intersection

Bon encodage vis à vis des requêtes de voisinage ?
Contexte

Algorithmes sur les grands graphes
 • Stockage du graphe en mémoire          Encodage compact

 • Requêtes sur le graphe                 Temps de réponse réduit

Bon encodage vis à vis des requêtes d'adjacence :
Nombreuses classes de graphes d'intersection

Bon encodage vis à vis des requêtes de voisinage ?
Exemple : graphes d'intervalles :
                = {[0,2],[1,3],[3,4]}   Encodage en O(n)
  v1   G
           v3                           Requêtes de voisinage en O(n)
  v2                I1        I3
                         I2             O(d) ?
Contexte

Algorithmes sur les grands graphes
 • Stockage du graphe en mémoire              Encodage compact

 • Requêtes sur le graphe                     Temps de réponse réduit

Bon encodage vis à vis des requêtes d'adjacence :
Nombreuses classes de graphes d'intersection

Bon encodage vis à vis des requêtes de voisinage ?
Encodage en O(n) avec requêtes de voisinage en O(d)
pour graphes d'intervalles et graphes de permutation.
→ extension aux graphes quelconques par complétion
→ exploitation algorithmique de la structure des voisinages
Plan

• Problème et définitions
• Encodage des voisinages dans les graphes
d'intervalles et les graphes de permutation
• Recherche en largeur en O(n) dans les graphes
d'intervalles et les graphes de permutation
Une approche naturelle
                                                   N[x]
 • Graphes d'intervalles propres
                                                     x
                                            N(x)
 • Graphes biconvexes
                                                     x

 Généralisation, 2 paramètres :
 • autoriser plusieurs intervalles : contiguïté
 • autoriser plusieurs ordres : linéarité


 Paramètres non bornés pour graphes d'intervalles
 et graphes de permutation :
 • contiguïté : Ω(log n)
 • linéarité : Ω(log n / log log n)
Voisinages dans les graphes de permutation

Arbres cartésiens augmentés :
Max d'une fonction entière sur un intervalle :
             I        f(x)                           T
  σ:
        a         b    x
                                                         b
         max f(x)?                               a
            x∈I                                      lca(a,b)?
Voisinages dans les graphes de permutation

Arbres cartésiens augmentés :
Max d'une fonction entière sur un intervalle :
             I        f(x)                           T
  σ:
        a         b    x
                                                         b
         max f(x)?                               a
            x∈I                                      lca(a,b)?

Précalcul de T en temps O(|T|)
pour répondre aux requêtes lca en O(1)
                                 Harel & Tarjan 1984, Vuillemin 1980
Voisinages dans les graphes de permutation
              I                         π2(i)
     π1 :
                        j      x          i
                  max π2(i)
                  x∈I


     Si π2(j) > π2(x) alors j est un voisin de x
                        Ig         Id      récursion !

                                    j           x
                            sinon x n'a pas de voisin dans I
Voisinages dans les graphes de permutation
              I                         π2(i)
      π1 :
                        j      x          i
                  max π2(i)
                  x∈I


     Si π2(j) > π2(x) alors j est un voisin de x
                        Ig         Id      récursion !

                                    j           x
                            sinon x n'a pas de voisin dans I


    Au plus deux appels récursif par un appel réussi
   Chaque appel non réussi lancé par un appel réussi
            → complexité en temps en O(d)
Voisinages dans les graphes d'intervalles


   2 types de voisins :
   • recouvrement
   • inclusion
Voisinages dans les graphes d'intervalles


   2 types de voisins :
   • recouvrement
   • inclusion



  Recouvrements :

  Bornes gauches

  Bornes droites

  Inclusions : graphe de permutation
Plan

• Problème et définitions
• Encodage des voisinages dans les graphes
d'intervalles et les graphes de permutation
• Recherche en largeur en O(n) dans les graphes
d'intervalles et les graphes de permutation
BFS dans les graphes d'intervalles
   Entrée : ordre des bornes :
            π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d
        1                       1
    2       3          2                            7
 6              4        3              6    5      4
      5
            ordre de priorité σ : 1 2 3 4 5 6 7
         7

  Sortie : arbre BFS respectant σ
                    1
                2       3
             6    5       4

                      7
BFS dans les graphes d'intervalles

         π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d
                            1
                    2                            7
                      3          6    5         4




                  1
             2        3
BFS dans les graphes d'intervalles

         π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d
                            1
                    2                            7
                      3          6    5         4




                  1
             2        3      père courant : 3
                             borne droite : 3
                             priorité' : 1
BFS dans les graphes d'intervalles

         π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d
                            1
                    2                            7
                      3           6    5         4




                  1
             2        3       père courant : 3
                              borne droite : 4
                          4
                              priorité' : 1 3
BFS dans les graphes d'intervalles

         π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d
                            1
                    2                            7
                      3           6     5         4




                  1
             2        3       père courant : 2
                              borne droite : 4
                          4
                              priorité' : 1 2 3
BFS dans les graphes d'intervalles

         π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d
                            1
                    2                            7
                         3           6     5         4




                     1
             2           3       père courant : 2
                                 borne droite : 4
                 5           4
                                 priorité' : 1 2 3
BFS dans les graphes d'intervalles

         π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d
                            1
                    2                            7
                         3           6     5         4




                     1
             2           3       père courant : 2
                                 borne droite : 4
                 5           4
                                 priorité' : 1 2 3
BFS dans les graphes d'intervalles

         π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d
                            1
                    2                            7
                          3           6     5         4




                      1
              2           3       père courant : 2
                                  borne droite : 4
          6       5           4
                                  priorité' : 1 2 3
BFS dans les graphes d'intervalles

         π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d
                            1
                    2                            7
                          3            6     5          4




                      1
              2           3       père courant : 4
                                  borne droite : 4
          6       5           4
                                  priorité' : 1 2 3 4
BFS dans les graphes d'intervalles

         π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d
                            1
                    2                            7
                          3            6     5            4




                      1
              2           3       père courant : 5
                                  borne droite : 4
          6       5           4
                                  priorité' : 1 2 3 5 4
BFS dans les graphes d'intervalles

         π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d
                            1
                    2                            7
                          3            6     5            4




                      1
              2           3       père courant : 5
                                  borne droite : 7
          6       5           4
                                  priorité' : 1 2 3 5 4
                      7
BFS dans les graphes d'intervalles

     π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d
                        1
                2                            7
                   3               6   5        4




                       1
               2           3       chaque borne visitée
           6                   4   une seule fois :
                   5               algorithme en O(n)
                       7
BFS dans les graphes de permutation

 Extension de l'algorithme :

 • Exploration de π1 et π2 vers la gauche et vers la droite

 • Gestion plus complexe de la liste des parents visités
Des questions ?
Merci pour votre attention !


Plus de détails dans :

• Christophe Crespelle et Philippe Gambette. Efficient Neighbourhood Encoding
for Interval Graphs and Permutation Graphs and O(n) Breadth-First Search,
Proceedings of the 20th International Workshop on Combinatorial Algorithms
(IWOCA'09), LNCS 5874, p. 146-157.

• Christophe Crespelle et Philippe Gambette. O(n) Breadth First Search of Some
Intersection Graph Classes. En préparation.




                                         Slides available at http://www.lirmm.fr/~gambette/RePresentations.php
BFS dans les graphes d'intervalles

         π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d
                            1
                    2                            7
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             2        3      père courant : 3
                             borne droite : 3
                             priorité' : 1
Une approche naturelle
                                                   N[x]
 • Graphes d'intervalles propres
                                                     x
                                            N(x)
 • Graphes biconvexes
                                                     x

 Généralisation, 2 paramètres :
 • autoriser plusieurs intervalles : contiguïté
 • autoriser plusieurs ordres : linéarité


 Paramètres non bornés pour graphes d'intervalles
 et graphes de permutation :
 • contiguïté : Ω(log n)
 • linéarité : Ω(log n / log log n)
Des questions ?
Merci pour votre attention !


Plus de détails dans :

• Christophe Crespelle et Philippe Gambette. Efficient Neighbourhood Encoding
for Interval Graphs and Permutation Graphs and O(n) Breadth-First Search,
Proceedings of the 20th International Workshop on Combinatorial Algorithms
(IWOCA'09), LNCS 5874, p. 146-157.

• Christophe Crespelle et Philippe Gambette. O(n) Breadth First Search of Some
Intersection Graph Classes. En préparation.




                                         Slides available at http://www.lirmm.fr/~gambette/RePresentations.php
Contexte

Algorithmes sur les grands graphes
 • Stockage du graphe en mémoire              Encodage compact

 • Requêtes sur le graphe                     Temps de réponse réduit

Bon encodage vis à vis des requêtes d'adjacence :
Nombreuses classes de graphes d'intersection

Bon encodage vis à vis des requêtes de voisinage ?
Encodage en O(n) avec requêtes de voisinage en O(d)
pour graphes d'intervalles et graphes de permutation.
→ extension aux graphes quelconques par complétion
→ exploitation algorithmique de la structure des voisinages

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Codage des voisinages et parcours en largeur en temps O(n) des graphes d'intervalles et de permutation

  • 1. Montpellier – 05/11/2009 – JGA'09 Codage des voisinages et parcours en largeur des graphes d'intervalles et de permutation Christophe Crespelle, Philippe Gambette
  • 2. Plan • Problème et définitions • Encodage des voisinages dans les graphes d'intervalles et les graphes de permutation • Recherche en largeur en O(n) dans les graphes d'intervalles et les graphes de permutation
  • 3. Plan • Problème et définitions • Encodage des voisinages dans les graphes d'intervalles et les graphes de permutation • Recherche en largeur en O(n) dans les graphes d'intervalles et les graphes de permutation
  • 4. Contexte Algorithmes sur les grands graphes • Stockage du graphe en mémoire Encodage compact • Requêtes sur le graphe Temps de réponse réduit 3216754 1562437
  • 5. Contexte Algorithmes sur les grands graphes • Stockage du graphe en mémoire Encodage compact • Requêtes sur le graphe Temps de réponse réduit Bon encodage vis à vis des requêtes d'adjacence : Nombreuses classes de graphes d'intersection
  • 6. Contexte Algorithmes sur les grands graphes • Stockage du graphe en mémoire Encodage compact • Requêtes sur le graphe Temps de réponse réduit Bon encodage vis à vis des requêtes d'adjacence : Nombreuses classes de graphes d'intersection Exemple : graphes d'intervalles : = {[0,2],[1,3],[3,4]} Encodage en O(n) v1 G v3 Requêtes d'adjacence en O(1) v2 I1 I3 I2 2 sommets adjacents ssi 1 ∈ [0,2] : une borne de l'intervalle de l'un est incluse dans l'intervalle de 1 et 2 adjacents l'autre.
  • 7. Contexte Algorithmes sur les grands graphes • Stockage du graphe en mémoire Encodage compact • Requêtes sur le graphe Temps de réponse réduit Bon encodage vis à vis des requêtes d'adjacence : Nombreuses classes de graphes d'intersection Bon encodage vis à vis des requêtes de voisinage ?
  • 8. Contexte Algorithmes sur les grands graphes • Stockage du graphe en mémoire Encodage compact • Requêtes sur le graphe Temps de réponse réduit Bon encodage vis à vis des requêtes d'adjacence : Nombreuses classes de graphes d'intersection Bon encodage vis à vis des requêtes de voisinage ? Exemple : graphes d'intervalles : = {[0,2],[1,3],[3,4]} Encodage en O(n) v1 G v3 Requêtes de voisinage en O(n) v2 I1 I3 I2 O(d) ?
  • 9. Contexte Algorithmes sur les grands graphes • Stockage du graphe en mémoire Encodage compact • Requêtes sur le graphe Temps de réponse réduit Bon encodage vis à vis des requêtes d'adjacence : Nombreuses classes de graphes d'intersection Bon encodage vis à vis des requêtes de voisinage ? Encodage en O(n) avec requêtes de voisinage en O(d) pour graphes d'intervalles et graphes de permutation. → extension aux graphes quelconques par complétion → exploitation algorithmique de la structure des voisinages
  • 10. Plan • Problème et définitions • Encodage des voisinages dans les graphes d'intervalles et les graphes de permutation • Recherche en largeur en O(n) dans les graphes d'intervalles et les graphes de permutation
  • 11. Une approche naturelle N[x] • Graphes d'intervalles propres x N(x) • Graphes biconvexes x Généralisation, 2 paramètres : • autoriser plusieurs intervalles : contiguïté • autoriser plusieurs ordres : linéarité Paramètres non bornés pour graphes d'intervalles et graphes de permutation : • contiguïté : Ω(log n) • linéarité : Ω(log n / log log n)
  • 12. Voisinages dans les graphes de permutation Arbres cartésiens augmentés : Max d'une fonction entière sur un intervalle : I f(x) T σ: a b x b max f(x)? a x∈I lca(a,b)?
  • 13. Voisinages dans les graphes de permutation Arbres cartésiens augmentés : Max d'une fonction entière sur un intervalle : I f(x) T σ: a b x b max f(x)? a x∈I lca(a,b)? Précalcul de T en temps O(|T|) pour répondre aux requêtes lca en O(1) Harel & Tarjan 1984, Vuillemin 1980
  • 14. Voisinages dans les graphes de permutation I π2(i) π1 : j x i max π2(i) x∈I Si π2(j) > π2(x) alors j est un voisin de x Ig Id récursion ! j x sinon x n'a pas de voisin dans I
  • 15. Voisinages dans les graphes de permutation I π2(i) π1 : j x i max π2(i) x∈I Si π2(j) > π2(x) alors j est un voisin de x Ig Id récursion ! j x sinon x n'a pas de voisin dans I Au plus deux appels récursif par un appel réussi Chaque appel non réussi lancé par un appel réussi → complexité en temps en O(d)
  • 16. Voisinages dans les graphes d'intervalles 2 types de voisins : • recouvrement • inclusion
  • 17. Voisinages dans les graphes d'intervalles 2 types de voisins : • recouvrement • inclusion Recouvrements : Bornes gauches Bornes droites Inclusions : graphe de permutation
  • 18. Plan • Problème et définitions • Encodage des voisinages dans les graphes d'intervalles et les graphes de permutation • Recherche en largeur en O(n) dans les graphes d'intervalles et les graphes de permutation
  • 19. BFS dans les graphes d'intervalles Entrée : ordre des bornes : π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d 1 1 2 3 2 7 6 4 3 6 5 4 5 ordre de priorité σ : 1 2 3 4 5 6 7 7 Sortie : arbre BFS respectant σ 1 2 3 6 5 4 7
  • 20. BFS dans les graphes d'intervalles π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d 1 2 7 3 6 5 4 1 2 3
  • 21. BFS dans les graphes d'intervalles π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d 1 2 7 3 6 5 4 1 2 3 père courant : 3 borne droite : 3 priorité' : 1
  • 22. BFS dans les graphes d'intervalles π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d 1 2 7 3 6 5 4 1 2 3 père courant : 3 borne droite : 4 4 priorité' : 1 3
  • 23. BFS dans les graphes d'intervalles π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d 1 2 7 3 6 5 4 1 2 3 père courant : 2 borne droite : 4 4 priorité' : 1 2 3
  • 24. BFS dans les graphes d'intervalles π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d 1 2 7 3 6 5 4 1 2 3 père courant : 2 borne droite : 4 5 4 priorité' : 1 2 3
  • 25. BFS dans les graphes d'intervalles π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d 1 2 7 3 6 5 4 1 2 3 père courant : 2 borne droite : 4 5 4 priorité' : 1 2 3
  • 26. BFS dans les graphes d'intervalles π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d 1 2 7 3 6 5 4 1 2 3 père courant : 2 borne droite : 4 6 5 4 priorité' : 1 2 3
  • 27. BFS dans les graphes d'intervalles π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d 1 2 7 3 6 5 4 1 2 3 père courant : 4 borne droite : 4 6 5 4 priorité' : 1 2 3 4
  • 28. BFS dans les graphes d'intervalles π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d 1 2 7 3 6 5 4 1 2 3 père courant : 5 borne droite : 4 6 5 4 priorité' : 1 2 3 5 4
  • 29. BFS dans les graphes d'intervalles π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d 1 2 7 3 6 5 4 1 2 3 père courant : 5 borne droite : 7 6 5 4 priorité' : 1 2 3 5 4 7
  • 30. BFS dans les graphes d'intervalles π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d 1 2 7 3 6 5 4 1 2 3 chaque borne visitée 6 4 une seule fois : 5 algorithme en O(n) 7
  • 31. BFS dans les graphes de permutation Extension de l'algorithme : • Exploration de π1 et π2 vers la gauche et vers la droite • Gestion plus complexe de la liste des parents visités
  • 32. Des questions ? Merci pour votre attention ! Plus de détails dans : • Christophe Crespelle et Philippe Gambette. Efficient Neighbourhood Encoding for Interval Graphs and Permutation Graphs and O(n) Breadth-First Search, Proceedings of the 20th International Workshop on Combinatorial Algorithms (IWOCA'09), LNCS 5874, p. 146-157. • Christophe Crespelle et Philippe Gambette. O(n) Breadth First Search of Some Intersection Graph Classes. En préparation. Slides available at http://www.lirmm.fr/~gambette/RePresentations.php
  • 33. BFS dans les graphes d'intervalles π : 2g 3g 1g 1d 6g 6d 5g 2d 4g 3d 7g 5d 4d 7d 1 2 7 3 6 5 4 1 2 3 père courant : 3 borne droite : 3 priorité' : 1
  • 34. Une approche naturelle N[x] • Graphes d'intervalles propres x N(x) • Graphes biconvexes x Généralisation, 2 paramètres : • autoriser plusieurs intervalles : contiguïté • autoriser plusieurs ordres : linéarité Paramètres non bornés pour graphes d'intervalles et graphes de permutation : • contiguïté : Ω(log n) • linéarité : Ω(log n / log log n)
  • 35. Des questions ? Merci pour votre attention ! Plus de détails dans : • Christophe Crespelle et Philippe Gambette. Efficient Neighbourhood Encoding for Interval Graphs and Permutation Graphs and O(n) Breadth-First Search, Proceedings of the 20th International Workshop on Combinatorial Algorithms (IWOCA'09), LNCS 5874, p. 146-157. • Christophe Crespelle et Philippe Gambette. O(n) Breadth First Search of Some Intersection Graph Classes. En préparation. Slides available at http://www.lirmm.fr/~gambette/RePresentations.php
  • 36. Contexte Algorithmes sur les grands graphes • Stockage du graphe en mémoire Encodage compact • Requêtes sur le graphe Temps de réponse réduit Bon encodage vis à vis des requêtes d'adjacence : Nombreuses classes de graphes d'intersection Bon encodage vis à vis des requêtes de voisinage ? Encodage en O(n) avec requêtes de voisinage en O(d) pour graphes d'intervalles et graphes de permutation. → extension aux graphes quelconques par complétion → exploitation algorithmique de la structure des voisinages