INFORME DE SIMULACION MOLECULAR DE ADN USANDO EL SOFTWARE SNAP GENE.pdf

1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
“INFORME DE SIMULACIÓN MOLECULAR DE ADNUSANDO
ELSOFTWARE SNAPGENE”
CURSO:
Biotecnología
ALUMNA:
Pari Mamani, Marisol
DOCENTE:
Dr.SotoGonzales,HebertHernan
ILO-MOQUEGUA
2023

2. INDICE
1. INTRODUCCIÓN............................................................................................................ 3
2. OBJETIVOS.................................................................................................................... 3
2.1. Objetivos generales ................................................................................................... 3
2.2. Objetivos específicos................................................................................................. 3
3. MARCO TEORICO ......................................................................................................... 4
1.1. Características Clave del Software Snap Gene .............................................................. 4
1.2. Electroforesis............................................................................................................ 5
1.3. Gel de Agarosa ......................................................................................................... 5
1.4. Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI) ........................................ 6
1.5. GEN 16S.................................................................................................................. 6
1.6. ADN y ARN............................................................................................................. 7
1.7. Secuenciación del ADN ............................................................................................. 7
4. METODOLOGÍA ............................................................................................................ 8
5. RESULTADOS ............................................................................................................. 11
6. CONCLUSION.............................................................................................................. 12
7. BIBLIOGRAFÍA............................................................................................................ 13

3. 1. INTRODUCCIÓN
La electroforesis en gel de agarosa es una de las técnicas más utilizadas para
analizar y caracterizar ácidos nucleicos de distintas procedencias la separación de
moléculas, de acuerdo con su tamaño y reactividad, y puede ser utilizada en la separación
del ADN (Cardona & Piñerez, 2021).
Snap Gene permite una forma fácil y segura de planificar, visualizar y
documentar los procedimientos diarios de biología molecular. Con una interfaz intuitiva,
el software permite la visualización de secuencias de ADN, la anotación de secuencias, la
edición de secuencias, la clonación, la visualización de proteínas y la simulación de
métodos de clonación comunes. El software también permite la documentación y el
intercambio de datos. Snap Gene proporciona la forma más fácil y segura de planificar,
visualizar y documentar sus procedimientos diarios de biología molecular. Es por eso
que los científicos de las principales instituciones y empresas de todo el mundo dependen
de Snap Gene todos los días.
2. OBJETIVOS
2.1. Objetivos generales
 Realizar una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el
programa Snap Gene con los datos del artículo científico “Aislamiento de
bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades
bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui –
Amazonas – Perú”
2.2. Objetivos específicos
✓ Analizar los conceptos básicos como el uso de los programas de
simulación

4. ✓ Definir la electroforesis
✓ Análisis de uso del NCBI
3. MARCO TEORICO
1.1. Características Clave del Software Snap Gene
 Snap Gene hace que sus manipulaciones de ADN sean fáciles de
visualizar y simular, y le advierte de los errores antes de que sucedan.
 Cada manipulación de ADN en Snap Gene se registra
automáticamente, por lo que puede ver exactamente lo que hizo y recuperar las
secuencias de construcciones ancestrales.
 Los archivos. dna de Snap Gene se pueden abrir con el visor de Snap
Gene gratuito multiplataforma, lo que le permite compartir mapas y secuencias con
abundantes anotaciones con sus colegas.
 Snap Gene genera automáticamente un registro de cada edición de
secuencia y procedimiento de clonación, por lo que no perderá la pista de cómo se
hizo una construcción, incluso después de que un miembro del laboratorio se vaya.
 ▪ SnapGene admite una gran cantidad de formatos de archivo. Como
resultado, sus científicos pueden cambiar por completo a Snap Gene sin perder datos,
o pueden continuar usando software heredado junto con Snap Gene sin conflictos.

5. 1.2. Electroforesis
La electroforesis es una técnica que emplean los cientificos en el
laboratorio utilizada para separar el ADN, el ARN, o moléculas o proteínas en
base a su tamaño y carga eléctrica. Se utiliza una corriente eléctrica para
mover las moléculas y que se separen a través de un gel. Los poros del gel
actúan como un colador, permitiendo que las moléculas más pequeñas se
muevan más rápido que las grandes. Las condiciones utilizadas durante la
electroforesis se pueden ajustar para separar moléculas en el rango de tamaño
que se desee.
1.3. Gel de Agarosa
Como su nombre lo indica, en la electroforesis en gel participa un gel:
un bloque de material similar a la gelatina. Los geles para separar ADN suelen
estar hechos de un polisacárido llamado agarosa, que se consigue como
hojuelas secas pulverizadas. Cuando la agarosa se calienta en una solución
amortiguadora (agua mezclada con algunas sales) y deja enfriar, se forma un
gel sólido ligeramente blando. A nivel molecular, el gel es una matriz de
moléculas de agarosa que se mantienen unidas por puentes de hidrógeno y que
forman pequeños poros.
En un extremo, el gel tiene muescas en forma de ranuras llamadas
pozos, que son donde se colocarán las muestras de ADN:
Fuente: Khan Academy

6. 1.4. Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI)
Como recurso nacional de información sobre biología molecular, la misión del
NCBI es desarrollar nuevas tecnologías de la información para ayudar en la
comprensión de los procesos moleculares y genéticos fundamentales que controlan la
salud y la enfermedad.
Más específicamente, el NCBI se ha encargado de crear sistemas
automatizados para almacenar y analizar conocimientos sobre biología molecular,
bioquímica y genética; facilitar el uso de dichas bases de datos y software por parte de
la comunidad médica y de investigación; coordinar esfuerzos para recopilar
información biotecnológica tanto a nivel nacional como internacional; y realizar
investigaciones sobre métodos avanzados de procesamiento de información por
computadora para analizar la estructura y función de moléculas biológicamente
importantes.
1.5. GEN 16S
Se trata de un gen común a todas las bacterias y arqueas, y contiene las huellas
de la deriva filogenética en la evolución de las especies (permite reconocer la
distancia filogenética entre especies).
El gen ARNr 16S es un polirribonucleótido de aproximadamente 1500
nucleótidos codificado por el gen rrs, también denominado ADN ribosomal 16S.
Como cualquier secuencia nucleotídica de cadena sencilla, el ARNr 16S se pliega y
adquiere una estructura secundaria que se caracteriza por tener segmentos de doble
cadena que permiten la formación de asas y hélices. Esta molécula ha sido reconocida
como un poderoso marcador universal debido a que se encuentra en todos los
organismos conocidos. Su estructura parece mantenerse por largos periodos de tiempo

7. y, como su función no ha cambiado, los cambios en la secuencia probablemente son
aleatorios.
1.6. ADN y ARN
Los nucleótidos son las unidades y productos químicos que se unen para
formar los ácidos nucleicos, principalmente ARN y ADN. Ambos son largas cadenas
de nucleótidos repetidos. Hay una A, C, G y T en el ADN, y en el ARN hay los
mismos tres nucleótidos que en el ADN, pero la T se sustituye por un uracilo (U). Los
nucleótidos son el componente estructural básico de estas moléculas, que
esencialmente son ensamblados de uno en uno por la célula y después se encajan
juntos en el proceso de la replicación, en el caso del ADN, o en el que llamamos
proceso de transcripción o de producción del ARN.
1.7. Secuenciación del ADN
La secuenciación de ADN es el proceso que determina la secuencia de bases
de los nucleótidos (As, Ts, Cs y Gs) de un fragmento de ADN. Hoy en día, con el
equipo y los materiales adecuados, secuenciar un fragmento pequeño de ADN es
relativamente sencillo.
Secuenciar un genoma completo (todo el ADN de un organismo) sigue siendo
una tarea compleja. El proceso requiere romper el ADN del genoma en muchos
pedazos más pequeños, secuenciar dichos pedazos y ensamblar las secuencias en una
única y larga "secuencia consenso". Sin embargo, gracias a nuevos métodos que se
han desarrollado en las últimas dos décadas, ahora secuenciar un genoma es mucho
más rápido y menos costoso de lo que resultó en el Proyecto Genoma Humano.

8. 4. METODOLOGÍA
Para comenzar abrimos la página del NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,
donde descargaremos las siguientes secuencias de acuerdo con el artículo
“Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades
bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui –
Amazonas – Perú”
Tabla: Identificación molecular de las cepas bacterianas aisladas
Fuente: Scielo
Descargamos cada una de las secuencias mencionadas anteriormente, clicando en
Enviar a, expediente, formato FASTA y finalmente en crear un archivo.

9. Luego procedemos a guardar todas las secuencias
Abrimos el programa SnapGene, clicamos en Open, luego Open Files, seleccionamos las
secuencias guardadas, finalmente en OK

10. Para añadir las otras secuencias restantes clicamos en “tools”, luego en Simulate Agarose
Gel. Esto nos llevará a una nueva ventana donde agregaremos las demás secuencias.

11. Para el presente trabajo usaremos 1.0 % de agarosa. Agregamos las secuencias
restantes clicando en los números, luego en Choose DNA Sequences, seleccionamos
la secuencia que sigue y finalmente en Abrir.
5. RESULTADOS
Después de insertar las 10 especies, como se observa en la imagen, podemos ver el
comportamiento de los 10 nucleótidos, como también las secuencias.
Fuente: Elaboración propia

12. Fuente: Elaboración propia
Fuente: Elaboración propia
6. CONCLUSION
El programa SnapGene fue fácil de manipular con las respectivas indicaciones.
Con una interfaz intuitiva el software nos permite la visualización de secuencias de
ADN, la anotación de secuencias, la edición de secuencias, la clonación, la
visualización de proteínas y la simulación de métodos de clonación comunes.
También la electroforesis en gel es una técnica utilizada para separar
fragmentos de ADN según su tamaño. Además, las muestras de ADN se cargan en
pozos (ranuras) en un extremo de un gel y se aplica una corriente eléctrica para
arrastrarlas a través del gel.

13. 7. BIBLIOGRAFÍA
 Nacional Human Genome Research Institute. (s.f). Electroforesis.
https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Electroforesis
 Virginia Robles. (s.f). En busca del gen 16S, la huella genética bacteriana.
https://www.elprobiotico.com/gen-huella-genetica-bacteriana/
 Khan Academy. (s.f). Secuenciación de ADN.
https://es.khanacademy.org/science/ap-biology/gene-expression-and-
regulation/biotechnology/a/dna-sequencing
 SnapGene. https://support.snapgene.com/hc/en-us/
 Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI).
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NR_112010.1
 M. Gonzalo. (s.f). Marcadores moleculares: Qué son, como se obtiene y para
que valen. http://www.encuentros.uma.es/encuentros49/marcadores.html
 Institulo Nacional de Salud. (2003). Manual de procedimientos de electroforesis
para proteínas y ADN.
https://bvs.ins.gob.pe/insprint/SALUD_PUBLICA/NOR_TEC/38.pdf
 M.J. Ruairi. (s.f). Investigación en Genómica. http://www.news-
courier.com/genomics/lists/what-are-the-key-differences-between-dna-and-rna-
296719
 V.G. Fabiola, C.H. Ramón, V. Enrique & V.A. Francisco. (2015). El gen ARNr
16S en el estudio de comunidades microbianas marinas.
o National Cancer Institute (NIH) Center for Cancer Researh (s.f).
SnapGene. https://ostr.ccr.cancer.gov/bioinformatics/software/snapgene/