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Universidade Federal do Pampa
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Trabalho de Conclusão V
RETHINKING MICROBIAL DIVERSITY ANALYSIS IN THE
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Acadêmico: Leandro Nascimento Lemos
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2011
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
~ 5%
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
1. Introdução Geral
1) dificuldade em simular inúmeras condições ambientais em meios de
cultura.
1.1. - Estimativa da diversidade microbiana
a) Anomalia de Placas
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
1.1. - Estimativa da diversidade microbiana
1. Introdução Geral
b) Técnicas independentes de cultivo de micro-organismos
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
1.3. Sequenciadores de nova geração
1. Introdução Geral
…
ACGTGACTGAGGCTAG
CTAGACTACTT
TATATATATACGTCGT
C
ACTGATGACTAGATTA
ACTGATTTAGATACCT
TGATTTTAAAAAAATA
Primeira
Geração
Segunda
Geração
Terceira
Geração
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
16S primer
A
Bacterial DNA
16S primer
B
Barcode
primer B Barcodes 16S rRNA primer
Sample A
Barcode 1
Sample B
Barcode 2
Sample C
Barcode 3
Sample D
Barcode 4
Sample A Sample B Sample C Sample D
ModifiedfromHoffmannetal.(2007)Nucl.Acid.Res.
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
1.3. Crescimento do número de sequências no RPD II e SILVA
1. Introdução Geral
-> Maior crescimento a partir de 2007 (Roesch et al., 2007).
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
http://biology.uoregon.edu/people/BOHANNAN/pics/Microbes.jpg
Grande diversidade
a) O solo apresenta a maior
diversidade microbiana do
ambiente terrestre. O número de
sequências é de fundamental
importância para obtenção
de resultados confiáveis.
- Se o número de sequências não é representativo em um
ambiente, os resultados obtidos podem não ser válidos e
confiáveis;
- O número de sequências necessários em cada tipo de
abordagem pode variar de acordo com o teste aplicado e a
diversidade de cada ambiente.
Hipótese:
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
- Demonstrar que o nível de esforço amostral obtido em análises
de comparação de comunidades microbianas pode produzir
resultados distintos;
- Determinar quais os tipos de análises e inferências mais
eficientes quando temos disponível um número pequeno ou
grande de sequências obtidos por plataformas de
sequenciadores de nova geração.
Objetivos:
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
2. Material e Métodos
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
5
2. Material & Metódos
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
2.1. Processamento de sequências, simulação de comunidades
microbianas e análises de Bioinformática
Eliminação de sequências
de baixa qualidade
trim.pl
Simulação de comunidades
microbianas hipotéticas
r_s_q.pl
500 500 500 500100 500 1000 5000
10000 20000
2. Material & Metódos
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2.2. Análises de Bioinformática
2. Material & Metódos
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2.3. Abordagens baseadas em táxons (taxon-based approaches)
Alinhamento de sequências
(Algoritmo de Needleman-Wunsch)
Greengenes
Mothur
Agrupamento de sequências
para formação de Unidades
Taxonômicas Operacionais
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Mothur
campo1 campo2 campo3
UTO1 4 8 19
UTO2 2 2 1
UTO3 0 1 34
2. Material & Metódos
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2.2. Abordagens baseadas em testes de hipóteses ( hypothesis
testing approaches)
Agrupamento de sequências
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Construção de uma árvore
filogenética
MUSCLE
Comparação de comunidades
microbianas
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ACP - Qualitativo ACP - Quantitativo
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3. Resultados
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3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
Análise de Cobertura = representatividade
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
Florida - 5%; Antártica - 15%; Mauna Ulu - 9.3%; Pu'u Puai bare - 12.4%;
– Era esperado um número maior de sequências compartilhadas;
– Mesmo conjunto de dados.
a) indivíduos únicos ou compartilhados;
3. Resultados
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3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
Florida - 48%; Mauna Ulu - 59%; Pu'u Puai bare - 47%;
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
– ---> Amostras com uma baixa cobertura não apresentam
resultados confiáveis ao ser aplicado Diagramas de Venn;
– ---> É necessário uma alta cobertura (> 90%);
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
---> Aumento da diversidade com o aumento do número de
sequências em uma amostra;
a) Índices de diversidade = comparação e caracterização de
comunidades microbianas
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
---> Sem mudanças significativas.
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
---> Sem mudanças significativas.
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
---> Sem mudanças significativas.
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
b) Estimador de riqueza = Chao1
3. Resultados
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3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
– ---> Chao1 não apresenta resultados confiáveis quando
aplicado numa base de dados com um pequeno número de
sequências.
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?)
– a) amostras aleatórias com a mesma intensidade amostral (4
– amostras de 500 sequências para cada ambiente);
– b) amostras aleatórias com o aumento da intensidade
amostras (100, 500, 1.000, 5.000, 10.000 e 20.000)
– c) amostras aleatórias com o aumento da intensidade
amostral (100, 500 e 20.000) para comparação de três
ambientes.
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?)
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?)
– ---> (A) - 10.000 sequências são necessárias para formação de agrupamento;
– ---> (B) - Formação de agrupamentos a partir de 500 sequências.
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?)
– ---> (A) e (B): sem formação de agrupamentos.
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?)
– ---> Limitação: as amostras poderiam ser muito similares,
devido a uma mesma origem de base de dados;
–
– ---> Qual o nível de cobertura para comparar comunidades
microbianas de ambientes distintos?
3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?)
– (A) e (B) baixa cobertura = ambientes distintos (escala continental)
4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Cobertura;
b) Ambiente a ser analisado.
4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Cobertura;
Com base nos resultados de cobertura (51 - 81%) era esperado que o número
de Unidades Taxonômicas Operacionais entre as amostras fosse relativamente
alto.
É necessário ter uma cobertura (> 90%) para a aplicação dos Diagramas de
Venn
4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Cobertura;
– Um grande porcentagem de espécies estão presentes em um número
pequeno.
4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Normalização do número de sequências;
4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Normalização do número de sequências;
4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Chao1 = apenas com intensidade amostral alta
4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Chao1 = apenas com intensidade amostral alta
4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Baixa cobertura e abordagens filogenéticas
4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
b) Ambientes similares
I) ACP - quantitativo = 500 sequências
II) ACP = qualitativo = 10.000 sequências
5. Conclusão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
- Abordagens baseadas na informação filogenética são de
extrema importância para a comparação de comunidades
microbianas do solo com alta ou baixa cobertura;
- Abordagens baseadas em Unidades Taxonômicas Operacionais
são úteis para detectar mudanças em UTOs específicas, mas é
necessário uma alta cobertura.
5. Conclusão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
46
Agradecimentos:
- Ao CNPq, pela bolsa de Iniciação
Científica;
47
Universidade Federal do Pampa
Curso de Bacharelado em Ciências Biológicas
Trabalho de Conclusão V
RETHINKING MICROBIAL DIVERSITY ANALYSIS IN THE
HIGH THROUGHPUT SEQUENCING ERA
Acadêmico: Leandro Nascimento Lemos
Prof. Dr. Luiz Fernando Wurdig Roesch - Orientador
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2011
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51

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Rethinking microbial diversity analysis in the high throughput sequencing era

  • 1. 1 Universidade Federal do Pampa Curso de Bacharelado em Ciências Biológicas Trabalho de Conclusão V RETHINKING MICROBIAL DIVERSITY ANALYSIS IN THE HIGH THROUGHPUT SEQUENCING ERA Acadêmico: Leandro Nascimento Lemos Prof. Dr. Luiz Fernando Wurdig Roesch - Orientador São Gabriel-RS 2011 L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
  • 2. L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
  • 3. ~ 5% L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 1. Introdução Geral 1) dificuldade em simular inúmeras condições ambientais em meios de cultura. 1.1. - Estimativa da diversidade microbiana a) Anomalia de Placas
  • 4. L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 1.1. - Estimativa da diversidade microbiana 1. Introdução Geral b) Técnicas independentes de cultivo de micro-organismos
  • 5. L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 1.3. Sequenciadores de nova geração 1. Introdução Geral … ACGTGACTGAGGCTAG CTAGACTACTT TATATATATACGTCGT C ACTGATGACTAGATTA ACTGATTTAGATACCT TGATTTTAAAAAAATA Primeira Geração Segunda Geração Terceira Geração
  • 6. L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 16S primer A Bacterial DNA 16S primer B Barcode primer B Barcodes 16S rRNA primer Sample A Barcode 1 Sample B Barcode 2 Sample C Barcode 3 Sample D Barcode 4 Sample A Sample B Sample C Sample D ModifiedfromHoffmannetal.(2007)Nucl.Acid.Res.
  • 7. L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 1.3. Crescimento do número de sequências no RPD II e SILVA 1. Introdução Geral -> Maior crescimento a partir de 2007 (Roesch et al., 2007).
  • 8. L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 http://biology.uoregon.edu/people/BOHANNAN/pics/Microbes.jpg Grande diversidade a) O solo apresenta a maior diversidade microbiana do ambiente terrestre. O número de sequências é de fundamental importância para obtenção de resultados confiáveis.
  • 9. - Se o número de sequências não é representativo em um ambiente, os resultados obtidos podem não ser válidos e confiáveis; - O número de sequências necessários em cada tipo de abordagem pode variar de acordo com o teste aplicado e a diversidade de cada ambiente. Hipótese: L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
  • 10. - Demonstrar que o nível de esforço amostral obtido em análises de comparação de comunidades microbianas pode produzir resultados distintos; - Determinar quais os tipos de análises e inferências mais eficientes quando temos disponível um número pequeno ou grande de sequências obtidos por plataformas de sequenciadores de nova geração. Objetivos: L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
  • 11. 2. Material e Métodos L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 5
  • 12. 2. Material & Metódos L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 2.1. Processamento de sequências, simulação de comunidades microbianas e análises de Bioinformática Eliminação de sequências de baixa qualidade trim.pl Simulação de comunidades microbianas hipotéticas r_s_q.pl 500 500 500 500100 500 1000 5000 10000 20000
  • 13. 2. Material & Metódos L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 2.2. Análises de Bioinformática
  • 14. 2. Material & Metódos L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 2.3. Abordagens baseadas em táxons (taxon-based approaches) Alinhamento de sequências (Algoritmo de Needleman-Wunsch) Greengenes Mothur Agrupamento de sequências para formação de Unidades Taxonômicas Operacionais 3 e 20% de dissimilaridade Mothur campo1 campo2 campo3 UTO1 4 8 19 UTO2 2 2 1 UTO3 0 1 34
  • 15. 2. Material & Metódos L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 2.2. Abordagens baseadas em testes de hipóteses ( hypothesis testing approaches) Agrupamento de sequências CD-HIT Construção de uma árvore filogenética MUSCLE Comparação de comunidades microbianas UNIFRAC
  • 16. Comparação entre comunidades microbianas ACP - Qualitativo ACP - Quantitativo Análise de Coordenadas Principais (ACP)
  • 17. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são necessárias?) Análise de Cobertura = representatividade
  • 18. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são necessárias?)
  • 19. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são necessárias?) Florida - 5%; Antártica - 15%; Mauna Ulu - 9.3%; Pu'u Puai bare - 12.4%; – Era esperado um número maior de sequências compartilhadas; – Mesmo conjunto de dados. a) indivíduos únicos ou compartilhados;
  • 20. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são necessárias?) Florida - 48%; Mauna Ulu - 59%; Pu'u Puai bare - 47%;
  • 21. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são necessárias?) – ---> Amostras com uma baixa cobertura não apresentam resultados confiáveis ao ser aplicado Diagramas de Venn; – ---> É necessário uma alta cobertura (> 90%);
  • 22. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são necessárias?) ---> Aumento da diversidade com o aumento do número de sequências em uma amostra; a) Índices de diversidade = comparação e caracterização de comunidades microbianas
  • 23. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são necessárias?)
  • 24. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são necessárias?) ---> Sem mudanças significativas.
  • 25. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são necessárias?) ---> Sem mudanças significativas.
  • 26. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são necessárias?) ---> Sem mudanças significativas.
  • 27. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são necessárias?) b) Estimador de riqueza = Chao1
  • 28. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são necessárias?) – ---> Chao1 não apresenta resultados confiáveis quando aplicado numa base de dados com um pequeno número de sequências.
  • 29. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?) – a) amostras aleatórias com a mesma intensidade amostral (4 – amostras de 500 sequências para cada ambiente); – b) amostras aleatórias com o aumento da intensidade amostras (100, 500, 1.000, 5.000, 10.000 e 20.000) – c) amostras aleatórias com o aumento da intensidade amostral (100, 500 e 20.000) para comparação de três ambientes.
  • 30. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?)
  • 31. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?) – ---> (A) - 10.000 sequências são necessárias para formação de agrupamento; – ---> (B) - Formação de agrupamentos a partir de 500 sequências.
  • 32. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?) – ---> (A) e (B): sem formação de agrupamentos.
  • 33. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?) – ---> Limitação: as amostras poderiam ser muito similares, devido a uma mesma origem de base de dados; – – ---> Qual o nível de cobertura para comparar comunidades microbianas de ambientes distintos?
  • 34. 3. Resultados L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?) – (A) e (B) baixa cobertura = ambientes distintos (escala continental)
  • 35. 4. Discussão L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a diversidade microbiana? a) Cobertura; b) Ambiente a ser analisado.
  • 36. 4. Discussão L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a diversidade microbiana? a) Cobertura; Com base nos resultados de cobertura (51 - 81%) era esperado que o número de Unidades Taxonômicas Operacionais entre as amostras fosse relativamente alto. É necessário ter uma cobertura (> 90%) para a aplicação dos Diagramas de Venn
  • 37. 4. Discussão L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a diversidade microbiana? a) Cobertura; – Um grande porcentagem de espécies estão presentes em um número pequeno.
  • 38. 4. Discussão L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a diversidade microbiana? a) Normalização do número de sequências;
  • 39. 4. Discussão L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a diversidade microbiana? a) Normalização do número de sequências;
  • 40. 4. Discussão L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a diversidade microbiana? a) Chao1 = apenas com intensidade amostral alta
  • 41. 4. Discussão L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a diversidade microbiana? a) Chao1 = apenas com intensidade amostral alta
  • 42. 4. Discussão L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a diversidade microbiana? a) Baixa cobertura e abordagens filogenéticas
  • 43. 4. Discussão L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a diversidade microbiana? b) Ambientes similares I) ACP - quantitativo = 500 sequências II) ACP = qualitativo = 10.000 sequências
  • 44. 5. Conclusão L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51 - Abordagens baseadas na informação filogenética são de extrema importância para a comparação de comunidades microbianas do solo com alta ou baixa cobertura; - Abordagens baseadas em Unidades Taxonômicas Operacionais são úteis para detectar mudanças em UTOs específicas, mas é necessário uma alta cobertura.
  • 45. 5. Conclusão L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
  • 46. 46 Agradecimentos: - Ao CNPq, pela bolsa de Iniciação Científica;
  • 47. 47 Universidade Federal do Pampa Curso de Bacharelado em Ciências Biológicas Trabalho de Conclusão V RETHINKING MICROBIAL DIVERSITY ANALYSIS IN THE HIGH THROUGHPUT SEQUENCING ERA Acadêmico: Leandro Nascimento Lemos Prof. Dr. Luiz Fernando Wurdig Roesch - Orientador São Gabriel-RS 2011 L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51