El Instituto San José comenzó en 1954 en una pequeña casa en Honduras, dirigido por los Padres Jesuitas. En 1955 se trasladó a otro edificio debido al aumento de estudiantes. En 1958 se mudó a su ubicación actual. El Instituto ha tenido éxito formando a sus estudiantes para que se incorporen positivamente a la sociedad y celebra su 60 aniversario en este año.