Prosedur berperkara di Pengadilan Agama Gunungsitoli meliputi pengajuan gugatan, permohonan, verzet, banding, kasasi, peninjauan kembali, eksekusi, dan perlawanan pihak ketiga. Penggugat menyerahkan berkas ke meja I untuk diperiksa kelengkapannya dan menaksir biaya. Setelah membayar, berkas akan didaftarkan di meja II dan diteruskan ke ketua pengadilan melalui panitera.