Linux tutorial (this presentation was written in Korean)

1. Linux tutorial
2013. 09. 05.

2. 오늘 다룰 이야기
• putty를 통한 windows 환경에서 terminal 접속
• Linux terminal 사용시 필요한 명령들
• Terminal 환경에서 파일을 다뤄보기
LinuxTerminal
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3. 들어가기에 앞서
• Linux terminal의 장점은?
 공짜다!
 쉽게 설치되는 시스템/프로그래밍 관련 패키지들
 알면 알 수록 일 처리의 속도가 빨라짐
 효율적인 원격 작업(terminal 이용)
• 그렇다면 단점은?
 Windows의 장점을 가지고 있지 못함(단언컨데, Windows는…)
LinuxTerminal
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4. iPutty - A SSH Client for Windows
• https://bitbucket.org/daybreaker/iputty/wiki/Home
LinuxTerminal
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5. Putty 실행
LinuxTerminal
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6. 계정 정보 입력
LinuxTerminal
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7. 실습 자료 다운 받기
• 다운 받는 방법
$ wget http://libe.lavida.us/linux.zip
…
Saving to: ‘linux.zip’
100%[=====================================>] 6,156 --.-K/s in 0s
2013-09-05 21:11:10 (81.0 MB/s) - ‘linux.zip’ saved [6156/6156]
LinuxTerminal
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8. 압축 풀고 이동하기
$ unzip linux.zip
…
$ pwd
/home/hhjeong/
$ cd linux_seminar
$ ls –l
…
$ pwd
/home/hhjeong/linux_seminar
LinuxTerminal
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linux_ 치고 tab을 누르면?

9. txt 파일을 만들어 봅시다!
$ cat > first_file.txt
이것은 제가 처음 만든 파일입니다!
내용은 아무렇게 입력을 해보세요~
그리고 마지막에는 ctrl+d 를 눌러주세요.
ctrl누른 상태에서 d를 눌러주시면 됩니다.
LinuxTerminal
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10. 파일 내용 보기
$ cat first_file.txt
이것은 제가 처음 만든 파일입니다!
내용은 아무렇게 입력을 해보세요~
그리고 마지막에는 ctrl+d 를 눌러주세요.
ctrl누른 상태에서 d를 눌러주시면 됩니다.
$ head -2 first_file.txt
이것은 제가 처음 만든 파일입니다!
내용은 아무렇게 입력을 해보세요~
$ tail -1 first_file.txt
ctrl누른 상태에서 d를 눌러주시면 됩니다.
LinuxTerminal
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11. 덧붙이기
$ cat >> first_file.txt
이어서 입력해봐요
$ cat first_file.txt
이것은 제가 처음 만든 파일입니다!
내용은 아무렇게 입력을 해보세요~
그리고 마지막에는 ctrl+d 를 눌러주세요.
ctrl누른 상태에서 d를 눌러주시면 됩니다.
이어서 입력해봐요
LinuxTerminal
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12. 여기서 잠깐
Q) 그럼 문서 편집할 때는 어떻게 하나요?
A) 일반적으로 vi/emacs등의 에디터를 사용합니다.
개인적으로는 vi를 추천하고, vim을 깔아 사용하는 것이 좋습니다.
LinuxTerminal
11http://unix.stackexchange.com/

13. 여기서 잠깐
Q) Vi를 공부하려고 합니다. 어떻게 하는게 좋을까요?
A) 다음을 이용하시면 좋습니다.
 http://likelion.net/class01/likelion01_vim_seminar.pdf
 http://choiyongchol.com/vim/go
LinuxTerminal
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14. 여기서 잠깐(계속)
• 읽기 귀찮은 사람들을 위한 간단 요약
 vim 파일이름
 파일이 있으면 편집, 없을 경우 새로운 파일 생성
 i키를 누르면 VS와 메모장 처럼 편집 가능(입력 모드)
 Esc를 누르면 다시 복귀 편집 불가(일반 모드)
 :를 누르면 저장, 다른 문서 편집등이 가능(명령 모드)
 :q(종료)
 :w(저장)
 :e 다른 파일(다른 파일 편집)
 :e . (현재 디렉토리 탐색)
 이 말고도 정말 다양한 기능이 많습니다!
 vim 쓴지 9년 짼데 아직도 모르는 기능이 많아요.
 물론 쓰려면 당연히 공부를 해야…
LinuxTerminal
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15. 그렇다면 cat는 쓸모가 없나요?
• 때때로 쓸모가 있습니다.
 윈도의 텍스트 문서를 사용하는 terminal을 이용해 저장하기
1. putty 선택
2. $ cat > filename
3. 윈도 내에서 텍스트 복사
4. putty 선택 후에 마우스 우 클릭
5. ctrl+d
 만약, 안 될 경우에는 enter를 친 다음 ctrl+d
LinuxTerminal
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16. 원래 위치로 돌아가기
$ cd .. 혹은 $ cd ~
$ pwd
/home/hhjeong/
LinuxTerminal
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17. 파일 지우기
$ rm linux.zip
$ rm linux_seminar
rm: `linux_seminar/'를 지울 수 없음: 디렉터리입니다
$ rm linux_seminar –rf
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18. 다시 한번 더!
• 다시 실습 자료를 다운 받아 봅시다!
• 다음의 파일을 다운 받아 봅시다.
 http://likelion.net/class01/likelion01_vim_seminar.pdf
 저장될 디렉토리의 위치 : /home/username/linux_seminar
 저장되는 파일의 이름 : vim.pdf
 힌트 : $ wget --help | more
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19. 앞의 문제의 정답
$ wget --help
…
Download:
-t, --tries=NUMBER set number of retries to NUMBER (0 unlimits).
--retry-connrefused retry even if connection is refused.
-O, --output-document=FILE write documents to FILE.
-nc, --no-clobber skip downloads that would download to
$ wget http://likelion.net/class01/likelion01_vim_seminar.pdf -O vim.pdf
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20. Linux의 파일 구조
LinuxTerminal
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http://www.ee.surrey.ac.uk/Teaching/Unix/unixintro.html
/home/its/ug1/ee51vn/report.doc

21. 알면 좋은 Linux 특징
• file/directory 대소문자 구분(case-sensitive)
• 프로그램 실행 방법
 ./path/to/your/excutable/file
 /usr/bin에 있을 경우 file명 그대로
 예시 : python hello.py
 Background 실행
 command-line &
 접속을 종료 해도 해당 process는 살아 남음
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22. 기본 명령(이것만 해도 해커처럼 보
임!)
LinuxTerminal
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명령 용도 예시
ls 현 위치의 file과 directory listing
$ ls -a
$ ls -al
$ ls -alh
mkdir directory 만들기 $ mkdir new_folder
cd directory 특정 directory로 이동
$ cd other_folder
$ cd /home/hhjeong/Workspace
$ cd ~/Workspace
cd 혹은 cd ~ change to home-directory
cd .. Parent directory로 이동
pwd 현 위치 표시

23. 기본 명령(계속)
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명령 용도 예시
cp src dest 파일을 복사하기
cp *.txt /etc/hello/
cp a.txt b.txt
cp * /home/world/ -R
mv src dest 파일을 이동시키거나, 이름 변경
mv hello.txt world.txt
mv * ~/world/
mv * ../dest/ -R
rm file 파일 삭제 rm a.out
rmdir directory 디렉토리 삭제(빈 디렉토리만 가능) rmdir /home/username/foo/
wc file 파일의 단어 수/문자 수/줄 수 세기
wc a.txt
wc –l a.txt
wc –c a.txt
wc –w a.txt

24. 응용 하기
• 패키지 설치하기
• 압축 풀기
• 프로세스 죽이기
• 리다이렉션
• 파일 검색하기
• 문자열 검색하기
• 파일을 입맛대로 수정하기
• bash에서 for loop
• 파일 나누고 합치기
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25. 패키지 설치하기
• In CentOS
$ yum install 패키지명
• In Debian(or Ubuntu)
$ apt-get install 패키지명
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26. 패키지 이름을 모른다면?
• Google it!
 검색 키워드 “CentOS 패키지명”
 검색 키워드 “Ubuntu 패키지명“
• 버전을 같이 넣어주면 검색의 완성! 보
다 정확한 결과!
LinuxTerminal
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27. 압축 풀기
• *.tar.gz
$ tar xvzf filename
• *.zip
$ unzip filename
$ unzip filename –d /some/path/you/want
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28. 특정 프로세스 찾아 죽이기
$ ps a | grep python
8177 pts/0 T 0:00 python runner.py 10 result_0904_10.txt
10102 pts/0 T 0:00 python runner.py 10 result_0904_10.txt
11182 pts/3 T 0:00 python runner.py 10 result_1445.txt
12560 pts/3 T 0:00 python runner.py 10 result_1445.txt
$ kill -9 8177
$ ps aux | grep python
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29. 리다이렉션(redirection)
$ g++ a_plus_b.cc -O2 -o a_plus_b
$ ./a_plus_b < a_plus_b.in
5
2+3=5
$ ./a_plus_b < a_plus_b.in > a_plus_b.out
2+3=5
$ cat a_plus_b.out
5
$ ./a_plus_b < a_plus_b.in 2> a_plus_b.err
5
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30. 파일 위치 검색하기
$ find . -name “*.txt”
$ find / -name “[cb]ar???_*.avi”
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31. 문제
• /usr/bin/ 폴더 안의 py 라는 접두어(prefix)를 가지는 모든
파일들을 찾아보시오
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32. 파일 내에서 문자열 검색
$ grep word filename
$ grep word *.txt
$ grep word *.txt –r
$ grep -e “V66 “ interaction.txt > V66.txt
 Pattern안에 tab 입력시엔 ctrl+v 다음 tab
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33. awk를 이용, 특정 열 뽑기
$ awk ‘{print $1, $2}’ tcga.txt
$ awk ‘{print $1}’ tcga.txt | head -10
$ awk ‘{print $1}’ tcga.txt > tcga_id.txt
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34. 특정 열의 개수를 가진 행 뽑기
$ awk '{ if(NF==4) print }' interactions.txt
$ awk '{ if(NF==4) print }' interactions.txt >
interaction2.txt
$ awk '{ if(NF==4) print }' interactions.txt >
interaction2.txt
$ awk '{ if(NF==5) print }' interactions.txt >>
interaction2.txt
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35. 파일 정렬하기
$ sort -r -k 4 interaction2.txt
$ sort -r -k 4 -g interaction2.txt >
sorted_interaction2.txt
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36. 문제
• interaction.txt 의 구조
 SNP1, SNP2, …, 측정 값1, 측정 값2
 SNP수가 2개 혹은 3개 존재
• SNP 수가 2개인 행을 int2.txt에 저장, SNP 수가 3개인 행을
int3.txt에 저장
 단, 측정 값 2는 제외하고 저장
• 각 파일을 측정 값의 내림 차순 정렬
• 두 파일을 합쳐서 int_all.txt 파일 생성
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37. for loop 작성하기
$ vim for.sh
#!/bin/bash
for num in 1 2 3 4 5 6 7
do
echo $num
done
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38. for loop 작성하기
$ ./for.sh
-bash: ./for.sh: 허가 거부
$ bash for.sh
1
2
3
4
5
6
7
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39. for loop 작성하기
$ chmod 700 for.sh
$ ./for.sh
1
2
3
4
5
6
7
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40. for loop 작성하기
for((i=1;i<=20;++i))
do
./a.out < input.$i > output.$i
cat output.$i
done
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41. for loop 작성하기
• 특정 filename을 이용한 for loop
for filename in *.txt
do
rm $filename
done
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42. for loop 작성하기
• Command line에서 즉시 작성
$ for i in 1 2 3 4; do command; done
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43. 문제
• linux_seminar 폴더의 모든 *.txt파일
 맨 첫 줄을 출력
 출력 결과는 header.txt에 저장
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44. Linux terminal을 더 잘 쓰고 싶다
면?
• 다음의 세 파일을 설정해보자!
 ~/.vimrc
 https://github.com/skwp/dotfiles/blob/master/vimrc
 ~/.screenrc
 http://forcecore.tistory.com/604
• 다음 사이트도 참고해보자!
 http://theyearlyprophet.com/love-your-terminal.html
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45. 참고 자료
• http://www.ee.surrey.ac.uk/Teaching/Unix/
• http://www.cyberciti.biz/faq/bash-loop-over-file/
LinuxTerminal
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