DIY non-model organism database Adiantum capillus-veneris http://togodb.dbcls.jp/acest/ ライフサイエンスに関わる公共データベースを上手く使いこなし、自らも情報を公開 する重要性が増している。そこでDBCLSのサービスを活用し、非モデル生物のESTデー タ解析およびデータベースを構築した例を紹介する。

1. mbsj2013
Molecular biology in the brandnew research style that makes full use of public database
DBCLS services facilitate
large-scale data analyses and
database development process of
non-model organisms
DBCLS のサービスを利用した
非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築
Hiromi Kanegae1, Takeshi Kanegae2
1
2013年12月7日土曜日
Database Center for Life Science,2 Tokyo Metropolitan University
1

2. non-flowering plant
vascular plant
2013年12月7日土曜日
2
Arabidopsis thaliana
Seed plants
Horsetails
Adiantum capillus-veneris
Ferns
Selaginella moellendorffii
Lycopods
Physcomitrella patens
Mosses
Hornworts
Liverworts

3. non-flowering plant
vascular plant
2013年12月7日土曜日
2
Arabidopsis thaliana
Seed plants
Horsetails
Adiantum capillus-veneris
Ferns
Selaginella moellendorffii
Lycopods
Physcomitrella patens
Mosses
Hornworts
Liverworts

4. non-flowering plant
vascular plant
2013年12月7日土曜日
2
Arabidopsis thaliana
Seed plants
Horsetails
Adiantum capillus-veneris
Ferns
Selaginella moellendorffii
Lycopods
Physcomitrella patens
Mosses
Hornworts
Liverworts

5. non-flowering plant
vascular plant
2013年12月7日土曜日
2
Arabidopsis thaliana
Seed plants
Horsetails
Adiantum capillus-veneris
Ferns
Selaginella moellendorffii
Lycopods
Physcomitrella patens
Mosses
Hornworts
Liverworts

6. non-flowering plant
vascular plant
2013年12月7日土曜日
2
Arabidopsis thaliana
Seed plants
Horsetails
Adiantum capillus-veneris
Ferns
Selaginella moellendorffii
Lycopods
Physcomitrella patens
Mosses
Hornworts
Liverworts

7. Togo picture gallery
non-flowering plant
vascular plant
© 2011 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
2013年12月7日土曜日
2
Arabidopsis thaliana
Seed plants
Horsetails
Adiantum capillus-veneris
Ferns
Selaginella moellendorffii
Lycopods
Physcomitrella patens
Mosses
Hornworts
Liverworts

8. Togo picture gallery
non-flowering plant
vascular plant
© 2011 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
2013年12月7日土曜日
2
Arabidopsis thaliana
Seed plants
Horsetails
Adiantum capillus-veneris
Ferns
Selaginella moellendorffii
Lycopods
Physcomitrella patens
Mosses
Hornworts
Liverworts

9. Maidenhair fern
Adiantum capillus-veneris
TST38
5,198 clones
Prothallia
YMU01
10,420 clones
Prothallia
(normalized)
TST39
10,466 clones
Prothallia
with plantlets
YMU02
4,456 clones
Sporophytes
2n
n
n
2013年12月7日土曜日
n
2n
3

10. EST submission
2013年12月7日土曜日
4

11. EST submission
2013年12月7日土曜日
4

12. Model organism databases
2013年12月7日土曜日
5

13. Model organism databases
Arabidopsis thaliana
2013年12月7日土曜日
http://www.arabidopsis.org/
5

14. Model organism databases
Arabidopsis thaliana
2013年12月7日土曜日
http://www.arabidopsis.org/
5

15. Model organism databases
Arabidopsis thaliana
http://www.arabidopsis.org/
DIY non-model organism database
2013年12月7日土曜日
5

16. Model organism databases
Arabidopsis thaliana
http://www.arabidopsis.org/
DIY non-model organism database
Adiantum capillus-veneris
2013年12月7日土曜日
http://togodb.dbcls.jp/acest/
5

17. Model organism databases
Arabidopsis thaliana
http://www.arabidopsis.org/
DIY non-model organism database
Adiantum capillus-veneris
2013年12月7日土曜日
http://togodb.dbcls.jp/acest/
5

18. DBCLS TogoDB database hosting service
TogoDB is a simple database application for
creating simple online databases.
2013年12月7日土曜日
6

19. DBCLS TogoDB database hosting service
TogoDB is a simple database application for
creating simple online databases.
2013年12月7日土曜日
6

20. DBCLS TogoDB database hosting service
TogoDB is a simple database application for
creating simple online databases.
表形式のデータをCSV形式でインポートするだけ
2013年12月7日土曜日
6

21. DBCLS TogoDB database hosting service
TogoDB is a simple database application for
creating simple online databases.
表形式のデータをCSV形式でインポートするだけ
DBCLSのサーバーでホスティングし、安定運用
2013年12月7日土曜日
6

22. DBCLS TogoDB database hosting service
TogoDB is a simple database application for
creating simple online databases.
表形式のデータをCSV形式でインポートするだけ
DBCLSのサーバーでホスティングし、安定運用
サーバー運用費が不要
2013年12月7日土曜日
6

23. Adiantum capillus-veneris EST
2013年12月7日土曜日
7

24. Adiantum capillus-veneris EST
2013年12月7日土曜日
7

25. Adiantum capillus-veneris EST
陸上植物の形態形成遺伝子の解析
2013年12月7日土曜日
7

26. Adiantum capillus-veneris EST
陸上植物の形態形成遺伝子の解析
・BLAST検索を手がかりにすることで、
オーソログである可能性の高い遺伝子を探し出 す
・KAAS(KEGG Automatic Annotation Server)
を用いてKO(KEGG ORTHOLOGY) を自動的にアサイン
2013年12月7日土曜日
7

27. Adiantum capillus-veneris EST
陸上植物の形態形成遺伝子の解析
・BLAST検索を手がかりにすることで、
オーソログである可能性の高い遺伝子を探し出 す
・KAAS(KEGG Automatic Annotation Server)
を用いてKO(KEGG ORTHOLOGY) を自動的にアサイン
遺伝子対応表を作成
2013年12月7日土曜日
7

28. BLAST検索→ベストヒットの抽出
Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類）
Arabidopsis thaliana (種子植物)
Physcomitrella patens (コケ植物蘚類)
Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類)
2013年12月7日土曜日
8

29. BLAST検索→ベストヒットの抽出
Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類）
Arabidopsis thaliana (種子植物)
Physcomitrella patens (コケ植物蘚類)
Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類)
2013年12月7日土曜日
8

30. BLAST検索→ベストヒットの抽出
Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類）
Arabidopsis thaliana (種子植物)
Physcomitrella patens (コケ植物蘚類)
Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類)
2013年12月7日土曜日
8

31. http://motdb.dbcls.jp/
2013年12月7日土曜日
9

32. http://motdb.dbcls.jp/
Master of the database データベース達人
2013年12月7日土曜日
9

33. http://motdb.dbcls.jp/
Master of the database データベース達人
2013年12月7日土曜日
9

34. AJACS
(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)
http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono
2013年12月7日土曜日
10

35. AJACS
(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)
http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono
2013年12月7日土曜日
10

36. AJACS
(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)
http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono
2013年12月7日土曜日
10

37. Local BLAST
2013年12月7日土曜日
http://togotv.dbcls.jp/ja/
11

38. 2013年12月7日土曜日
12

39. CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1
(COP1)
光形態形成抑制タンパク質
2013年12月7日土曜日
12

40. CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1
(COP1)
光形態形成抑制タンパク質
2013年12月7日土曜日
12

41. CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1
(COP1)
光形態形成抑制タンパク質
種子植物・シダ植物・コケ植物に共通
2013年12月7日土曜日
12

42. CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1
(COP1)
光形態形成抑制タンパク質
種子植物・シダ植物・コケ植物に共通
2013年12月7日土曜日
12

43. KAAS (KEGG Automatic Annotation Server)
Bidirectional Best Hits に基づき自動的にKOをアノテーション
2013年12月7日土曜日
13

44. KAASの解析結果
2013年12月7日土曜日
14

45. KAASの解析結果
2013年12月7日土曜日
14

46. KAASの解析結果
2013年12月7日土曜日
14

47. KAASの解析結果
2013年12月7日土曜日
14

48. TogoWSによるエントリ取得機能の利用
http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html
2013年12月7日土曜日
15

49. TogoWSによるエントリ取得機能の利用
http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html
情報を取得できるURLの一覧
2013年12月7日土曜日
15

50. TogoWSによるエントリ取得機能の利用
http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html
例) 遺伝子IDからDefinitionを一括して取得可能
http://togows.dbcls.jp/entry/nucleotide/AB018442/definition
情報を取得できるURLの一覧
2013年12月7日土曜日
15

51. KOのIDのリストから
関連する情報を取得
2013年12月7日土曜日
16

52. KOのIDのリストから
関連する情報を取得
2013年12月7日土曜日
16

53. KOのIDのリストから
関連する情報を取得
2013年12月7日土曜日
16

54. KOのIDのリストから
関連する情報を取得
2013年12月7日土曜日
16

55. KOのIDのリストから
関連する情報を取得
2013年12月7日土曜日
データベース名
16

56. KOのIDのリストから
関連する情報を取得
2013年12月7日土曜日
データベース名
ID
16

57. KOのIDのリストから
関連する情報を取得
2013年12月7日土曜日
データベース名
ID
項目
16

58. KOのIDのリストから
関連する情報を取得
2013年12月7日土曜日
データベース名
ID
項目
16

59. KOのIDのリストから
関連する情報を取得
2013年12月7日土曜日
データベース名
ID
項目
16

60. KOのIDのリストから
関連する情報を取得
2013年12月7日土曜日
データベース名
ID
項目
16

61. KOのIDのリストから
関連する情報を取得
データベース名
ID
項目
URLにデータベース名やそのエントリを追加するだけで、
簡単にそのデータベースから欲しい情報を得ることができる
2013年12月7日土曜日
16

62. Open Refine+TogoWS REST
KEGG Orthology のリストから
それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得
2013年12月7日土曜日
17

63. Open Refine+TogoWS REST
KEGG Orthology のリストから
それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得
2013年12月7日土曜日
17

64. Open Refine+TogoWS REST
KEGG Orthology のリストから
それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得
2013年12月7日土曜日
17

65. Open Refine+TogoWS REST
KEGG Orthology のリストから
それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得
2013年12月7日土曜日
17

66. Open Refine+TogoWS REST
KEGG Orthology のリストから
それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得
Pathway情報を取得
表をダウンロード
2013年12月7日土曜日
17

67. KEGG OrthologyからPathwayの解析
2013年12月7日土曜日
18

68. KEGG OrthologyからPathwayの解析
2013年12月7日土曜日
18

69. 形態形成遺伝子対応表を作成
COP1
PHOT
EID
FT
X
1
2
1
1
2
Adiantum capillus-veneris
(シダ植物シダ類）
1
2
1
0
1
Selaginella moellendorffii
(シダ植物小葉類)
2
2
1
0
0
9
6
3
0
0
Light
Signaling
Light
Signaling
Arabidopsis thaliana
(種子植物)
Physcomitrella patens
(コケ植物蘚類)
2013年12月7日土曜日
Light
Shoot
Flowering
Signaling
meristem
19

70. データベース構築のメリット
2013年12月7日土曜日
20

71. データベース構築のメリット
遺伝子の解析に利用可能
2013年12月7日土曜日
20

72. データベース構築のメリット
遺伝子の解析に利用可能
研究データの共有が可能
2013年12月7日土曜日
20

73. データベース構築のメリット
遺伝子の解析に利用可能
研究データの共有が可能
共同研究の可能性
2013年12月7日土曜日
20

74. データベース構築のメリット
遺伝子の解析に利用可能
研究データの共有が可能
共同研究の可能性
新たな発見の可能性
2013年12月7日土曜日
20