Mendeley gestion de bibliographies et réseau social scientifique. Support pour les stages : Urfist de Toulouse le 14/11/2013 Obsevatoire Midi Pyrénées le 20/11/2013. Voir aussi mes tutos vidéo : http://www.francoismagnan.info/?p=39

1. Mendeley
logiciel de gestion des références
bibliographiques
francoismagnan@gmail.com
http://www.francoismagnan.info
Support pour les stages :
Urfist de Toulouse le 14/11/2013
Observatoire Midi Pyrénées le 20/11/2013

2. Plan
Introduction : Mendeley : présentation
générale
I En local
a) Présentation de l’interface
b) Capture de références
c) Capturer les documents, traitement du pdf
d) Insertions traitement de texte
II En ligne
a) Fonctions sociales :
gratuit, payant, public, privé
b) Groupes de travail
c) La catalogue de recherche
III Perspectives

3. Introduction
Mendeley : présentation générale

4. ◦ Permet de capturer gérer insérer les
références bibliographiques
et documents, traitement annotation
des PDF
◦ Logiciel propriétaire, gratuit
Windows Macintosh et Linux
◦ En anglais
◦ Smartphone, tablettes : apps IOS et
Android
◦

5. ◦ Site, réseau social : visibilité
◦ Capture des références en ligne puis
passent en local si synchro.
◦ Catalogue de recherche (millions de
références)
◦ Groupes de travail : partage, annotation
pdf
◦ Ouvrir un compte est obligatoire
En ligne : 2 giga gratuit bibliothèque +
500 mega gratuits groupes de travail

6. ◦ 2008 : Initiative de deux doctorants
allemands et d'un développeur
anglais : prototype
◦ Un investisseur de LastFM :
lancement de la version beta publique
début 2009
◦ Juillet 2011 : première version non
beta
◦ Investors & Advisers : aujourd’hui
viennent de
Last.fm, Skype, Warner, aussi

7. Eté 2012 : 2 millions utilisateurs, 270
millions documents chargés par
utilisateurs, 65 millions documents
uniques.
 Parmi les utilisateurs : 30 % sciences
biomédicales
 20 % sciences de
l'ingénieurs, informatique, technologies
de l'information,
 20 % sciences sociales humaines


8. 1/ En local
De la capture à l’insertion des références

9. a) Présentation de l’interface
Et des dossiers

10. Interface 3 panneaux
3
1
2
1/ Bibliothèque et dossiers
 2/ Eléments du dossier sélectionné
 3/ Informations bibliographiques de
l’élément sélectionné


11. Organisation des dossiers

Recently
added, Favorites, needs
review : permet de
« distinguer » des
références

Dossier My Publications :
permet aux auteurs de
mettre en ligne leurs
articles sur leur page
profil personnel

12. Modifier les références

Le 3ème panneau
indique le type du
document (livre ou
chapitre de
livre, article de
revue, thèse, page
web etc : 20 types)

Ainsi que les autres
informations
bibliographiques

13. b) Capture de références

14. Installation du Web Importer

Le faire glisser dans la barre de favoris du
navigateur

15. Liste de sites compatibles

16. Utiliser le Web Importer
Sur la page web
contenant une
liste de
résultats : clic
sur le
bookmarklet…
…Dans l’onglet qui
s’ouvre clic sur
“import” afin
d’importer les
référence de votre
choix

17. Utiliser le Web Importer
Sur une page
web contenant
un et un seul
résultat
Plus de
possibilités :
classement
dans un
dossier, tags, n
otes, enregistre
ment de lapage

18. Mendeley : utiliser le Web Importer
View in your Mendeley
Library permet de
compléter l’édition de la
référence directement dans
la bibliothèque

19. Mendeley : utiliser le Web
Importer
Après avoir cliqué sur View
in your Mendeley Library
La référence
bibliographique peut être
complétée directement
dans l’interface web

20. Mendeley : utiliser le Web Importer
 Dans
Mendeley desktop (le
logiciel, en local) il faudra
synchroniser pour que les
captures du web importer
apparaissent

21. Mendeley : quand le site n’est
pas compatible
Clic sur le Web Importer enregistrera
une copie de la page
 Dans Mendeley desktop : Add
Documents puis Add Entry Manually
(pour entrer manuellement les
références)


22. 




Exercices :
Si sur un catalogue, la liste de résultats ne peut être
récupérée, essayez d’importer depuis un résultat sur
sa propre page
1/ Sur Pubmed, recherches sur le terme de votre
choix (par exemple paleontology) en choisissant le
catalogue PMC. En simultané, récupérer les PDF.
1/ Science direct : 3 références de votre choix
2/ Réfdoc : 3 références de votre choix

23. 3/ Nature : ajouter 3 références de
votre choix revue Nature
 4/ Catalogue Mendeley : 3
références
 5/ Catalogue du Sudoc : 3
références
 6 / Comment faire sur un site non
compatible : Archipel
http://catalogue.biu-toulouse.fr/


24. c) Capturer les
documents, les PDF
Traitement des PDF

25. Mendeley : capturer les
documents
En ligne : clic sur Web importer : capture de la page
html, ou du PDF affiché par le navigateur si Mendeley
peut récupérer ses métadonnées
 En local : faire glisser les documents dans Mendeley
(tous les formats)
 En local : menu Add Document

◦ Add file : ajout de fichier un par un
◦ Add folder : ajout des pdf (seuls les pdf) d’un dossier
◦ Watch folder : surveillance permanente d’un dossier et ajout
automatique des fichiers pdf qu’il contient
◦ Dès qu’un PDF est ajouté, Mendeley – lorsque c’est possible
- en extrait les métadonnées

26. Lecteur PDF pour annoter et surligner
les passages
 Navigateur d'annotation dans lecteur
PDF


27. Exercices
Récupérer le dossier articles PDF
 Annoter surligner un pdf, remarquer le
navigateur d’annotations et l’export
des annotations


28. Dans Mendeley, clic droit sur des
documents PDF pour les renommer
automatiquement
 Module pour classer renommer les
documents PDF dans un dossier
externe

◦
◦
◦
◦
◦
Tools/Option/File Organizer
choisir les paramètres de classement
Folder Path nom de dossier
Filename : noms de fichiers
=> Faites un dossier avec les
PDF, dossiers : nom revue, fichiers : avec

29. d) Insertions dans le traitement
de texte

30. Styles bibliographiques
Sur Mendeley et Zotero, standardisés
grâce au langage CSL, format libre
élaboré selon les usages de
présentation bibliographique utilisés
par les revues scientifiques
Liste de styles CSL mendeley
http://www.mendeley.com/citationstyle
s/

31. Les styles bibliographiques peuvent
être séparés en deux grands
groupes
le système dit de « Vancouver » avec
des citations numériques qui renvoient
à un numéro d'apparition dans la liste
bibliographique (classement par ordre
d'apparition dans le texte)

32. 
le système de « Harvard » avec des citations «
auteur-date » : binôme (auteur + date) pour la
citation dans le texte , références dans la liste
bibliographique (par ordre alphabétique et
chronologique).

http://infolit.be/LELiS/ch04s02.html
d'après Bernard POCHET- Université de Liège

33. 
http://infolit.be/LELiS/ch04s02.html

Bernard POCHET- Université de Liège

34. http://infolit.be/LELiS/ch04s02.html
 Bernard POCHET- Université de Liège


35. Styles numérotation : Les possibles insertions
dans le traitement de texte (1)
Numéro
d’appel
=> inséré par
icône
« citation »
Réf zone bas de page
par ordre de numéro
=> insérée par icône
« citation »
Bibliog. fin de document
par ordre alphab. auteur
=> insérée par icône
bibliography

36. Styles numérotation : Les possibles insertions
dans le traitement de texte (1)
Styles CSL avec numéro d’appel, références numérotées en
zone bas de page et biblio finale classée selon ordre alpha.
auteurs
Modern Humanities Research Association Note with
bibliography
Chicago Manual of style (full note)
Chicago Manual of style (note)

37. Styles numérotation : Les possibles insertions de
dans le traitement de texte (2)
Numéro d’appel
=> inséré par
icône « citation »
Bibliog. fin de document
par ordre numérotation
=> insérée par icône
« bibliography »

38. Styles numérotation : Les possibles insertions
dans le traitement de texte (2)
Styles CSL avec Numéro d’appel, (pas de références
numérotées en zone bas de page) et biblio finale classée
selon ordre apparition dans le texte
IEEE
Nature Journal
Vancouver

39. Styles au format (auteur date)
American Anthropological Association
American Psychological Association 6th Edition
Cell
Chicago Manual of Style author date
Elsevier’s Harvard Style (with titles)
Modern Langage Association

40. Styles auteur date : Les possibles
insertions dans le traitement de texte
Auteur et date
=> insérés par
icône « citation »
Bibliog. fin de document
par ordre alphab. auteur
=> insérée par icône bibliography

41. Traitement de texte
Tools Install pour installer plugin
 Word 2007 : ruban références
 Insert citation, recherche
 ou Go to Mendeley et sélectionner la
référence clic sur Send to citation
 Insert bibliography
 Changer de style avec menu style
 Mise à jour : refresh


42. Exercices
Insérer trois citations
 Insérer la bibliographie
 Modifier une citation
 Modifier le style
 Dans Mendeley, changer le nom d’un
auteur, puis mettre à jour le document


43. Editeur de style visuel
Mendeley
Mendeley propose env. 2800 styles
 Exigences des revues scientifiques
pour les styles : prolifération avec
différences minuscules
 Mendeley dispose d’un éditeur visuel
CSL en ligne pour les personnaliser

http://csl.mendeley.com/
 Tutoriel : https://github.com/citation-styleeditor/csl-editor/wiki/User-guide-for-theCSL-Editor


44. Editeur de style visuel
Mendeley

Partir d’un style existant pour le
personnaliser : soit recherche par nom
dans l’éditeur, soit recherche par
échantillon

Pour personnaliser, sélectionner un
élément d'une citation, en modifier le
format afin d'élaborer un nouveau
style, l’enregistrer au format CSL, puis
l’ajouter à Mendeley

45. 2 / En ligne
a) Fonctions sociales :
gratuit, payant, public, privé
b) Groupes de travail

46. a) Fonctions sociales :
gratuit, payant, public, privé

47. Dashboard

Flux d’activité de vos
contacts, groupes

48. Groupes

Trouver des groupes de travail publics

49. People

50. Editer le profil

51. Réglages profils
Réglages importants : qui verra votre
« profil » (CV, publications, etc.)

52. a) Ce qui est gratuit ou payant, ce
qui est public ou privé

53. compte gratuit/compte payant
Stockage gratuit 2 gigas
 Moins cher des comptes payants 5
euros par mois : stockage total 5 gigas
jusqu'à 10 groupes privés
 Compte payant : bénéficier de
conseils de lecture d'articles
personnalisés en fonction de la
bibliothèque


54. 
Synchronisation pas automatique :
clic sur Sync Library pour que
captures en ligne parviennent en local
ou pour que les annotations PDF en
local soient prises en compte sur le
compte en ligne

Afin de ne pas dépasser la limite de
stockage : paramétrer par vous-même
ce qui va être mis en ligne : sur un
dossier clic droit Edit settings

55. Ce qui est public, visible à tous
Informations que vous placez sur
votre profil
 => vous pouvez les rendre privées
(My Account, privacy)
 Catalogue
 Groupes publics
 Les profils publics


56. Ce qui est privé
Groupes privés
 Bibliothèque
 Messagerie
 Dashboard, flux d'information
 Onglet People, recherche de profils


57. b) Groupes de travail

58. Les groupes de travail permettent la
collaboration et le partage de
documents dans un cadre privé
 Si publics seules les références
peuvent être partagées
 Si privés document notamment PDF
peuvent être partagés et annotés en
commun
 Participants doivent posséder un
compte
 Possibilité 10 membres 5 groupes
max.


59. Créer un groupe : panneau de gauche
 Page overview sur le logiciel, page en
ligne indique activités du groupe
 Pour ajouter document au groupe
simplement le faire glisser
 Possibilité annoter surligner le
document une couleur par personne


60. Ensemble des annotations apparaît
dans un volet qui permet navigation
 Possibilité d'exporter le PDF annoté
via le menu fichier du lecteur PDF
 Possibilité d'exporter les annotations
seules
 Sur le document exporté les noms
des différents commentateurs seront
distincts


61. c) Le catalogue de recherche

62. Accessible à tous sur l'onglet papers
près de 34 millions de document ou
références
 Constitués de doc. mis en ligne dans
le dossier my publications par les
utilisateurs
 Aussi documents scientifiques crawlés
par Mendeley
 Références issues de sites d'éditeurs


63. Recherche avancée filtrage par type
de document et auteur
 Recherche simple donne aussi de
bon résultats sur un mot
 Possible restreindre la recherche aux
documents en accès libre et gratuit
 Documents trouvés peuvent être
sauvegardés directement dans la
bibliothèque


64. Pour chaque résultat un nombre de
lecteurs est précisé
 => Outil garde des statistiques de
lecture qui sont anonymes
 Résultats peuvent être partagés sur
les réseaux sociaux Facebook Twitter
 A côté d'un résultat conseil de
document similaire et statistiques de
lecture comme pourcentage de
lecteurs par discipline scientifique


65. III PERSPECTIVES
A/ MENDELEY ACHETÉ
PAR ELSEVIER
Opportunité de
développement
ou menace ?

66. Faits 1
Avril 2013 : l’éditeur Elsevier achète
Mendeley pour la somme de $69M$100M selon Techcrunch
 Les 50 membres de l’équipe de
Mendeley rejoignent les 7000
employés d’Elsevier.
 Or Elsevier critiqué pour ses pratiques
de prix excessives


67. Faits 2
Elsevier possède les outils Scopus et
ScienceDirect
 Scopus : base de données scientifique
de citations et de résumés
bibliographiques
 ScienceDirect donne accès payant à
11 million articles de 2,500 revues
 SciVerse, un hub (point central) pour
interroger les outils
d’Elsevier, Scopus, ScienceDirect, etc.


68. Engagements de Mendeley
« L'espace de stockage est doublé : le
compte gratuit Mendeley dispose de
2Go, Mendeley Plus et comptes MIE à
5 Go, et Mendeley comptes Pro à
10Go.
 Mendeley promet qu’il y aura toujours
une version gratuite. (comprendre
accessible sans verser de l’argent à
Elsevier)


69. Engagements de Mendeley

Données toujours en possession des
utilisateurs « nous continuerons à
soutenir les standards ouverts et les
formats de données pour l'importation et
l'exportation et à veiller à leur portabilité »

Continuer à travailler avec les autres
éditeurs, ne pas favoriser les contenus
d'Elsevier sur son propre moteur de
recherche et de recommandation

70. Interopérabilité des outils

« Scopus et ScienceDirect seront
interopérable avec Mendeley :
◦ Exportation des données et document
vers Mendeley facilitée
◦ Enrichies des données de Mendeley
(recommandations, statistiques du
lectorat)

Objectif : créer un « centre de
découverte, un workflow et réseau de
collaboration pour la communauté
scientifique mondiale »

71. Perspectives
Aujourd’hui Mendeley toujours gratuit, une
offre plus intéressante : capacité de
stockage dans le cloud.
 Discours de Mendeley : promet de continuer
à promouvoir une science plus ouverte et
collaborative
 Quid de l’avenir pour un petit outil adossé à
un géant de l’édition scientifique ?
 Fonctionnalités de Mendeley pas menacées
actuellement, mais pourra t’on demain
utiliser cet outil sans se lier à Elsevier ?


72. III PERSPECTIVES
B) MENDELEY
INSTITUTIONAL
EDITION
Offre conjointe Mendeley
Swets

73. Mendeley installé au niveau d’un
établissement.
 En liaison avec les abonnements aux
revues scientifiques (Swets =
entreprise de services
d’abonnements)


74. Pour les chercheurs : accès à la
version pro de Mendeley en
association avec l’accès aux
abonnements
 Pour les
bibliothécaires/administrateurs :
Tableau de bord : visibilité des revues
dans lesquels les membres ont
publiés, visibilité du lectorat de leurs
publications


75. Accès à des statistiques de lecture et
de publication
 Lecture : quelles sont les revues les
plus lues, les revues dans lesquelles
les chercheurs publient le plus
 Combien d’articles de vos propres
collections sont ajoutées aux
bibliothèques virtuelles de votre
institution les plus lues, ceux qui ne
sont pas lus


76. Visibilité des lacunes dans les
collections : les titres consultés par les
chercheurs et absents des collections
 Comparer les statistiques de lecture
des articles écrits par les chercheurs
de votre institution par rapport aux
autres institutions
