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27_05_2015    Antoine Blanchard
Retour sur 5 années
d’évolution des
problématiques IST
Rapport d’étonnement
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Qui suis-je ?
• Double formation ingénieur agronome et MSc en
sociologie des sciences
• Blogueur de science depuis 200...
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Quelle est la place de
l’IST dans la recherche ?
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Cycle de la vie de la recherche
Idée de
recherche
Demande de
financement
Projet
financé
Rapport
final
Publications
sci...
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Laissons parler les directeurs/rices d’unité
• Portails documentaires,
archives scientifiques,
numérisation, besoin de...
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Cycle de la vie de la recherche
Idée de
recherche
Demande de
financement
Projet
financé
Rapport
final
Publications
sci...
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Chaîne de l’IST « publique
»
Idée de
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Demande de
financement
Projet
financé
Rapport
final
Publications
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Pourquoi faire ?
• Le rêve d’un portail de la recherche française
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Pendant ce temps en France…
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Mettre fin aux cimetières à informations…
• Rapport de l’Académie des sciences sur les structures de la r
 (septembre...
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…et faire ce que l’IST sait faire !
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Projet Conditor
• Expérience pilote (mars 2013 à février 2014) : bâtir un référentiel bibliographique pour partager
l...
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Référencement des publications
=> il faut automatiser la chaîne de traitement de l’IST, et on a besoin de professionn...
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Ma prédiction
La gestion de référentiels recherche va
devenir le nouveau « métier caché » de l’IST
(comme le cataloga...
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Effet collatéral sur les annuaires de labo
http://labokitsch.tumblr.com/
L’annuaire du futur est déjà là !
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L’an 1 des archives
ouvertes
Titre FAI Pays Ville Lien
Detection of Bonamia
ostreae and B. exitiosa
(Haplosporidia) in Ostrea
edulis from the Adriatic
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L’allergie française au mandat de dépôt
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L’allergie française au mandat de dépôt
• Le président de l’ANR nous écrit (mai 2015) :
– « Par ailleurs, je tiens à ...
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Le statut enviable mais
incertain de l’auteur
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Thèse de David Pontille (2004)
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Cas de l’affaire Voinnet
• « Maria Teresa Ruiz placed the responsibility for a problematic figure in Ruiz et al. on h...
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Réutilisation des données en libre accès
• Co-auteur ou dans les remerciements ?
• Encore du chemin à parcourir dans ...
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Recherche reproductible
et intégrité scientifique
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Tribune dans « Le Monde » (juillet 2013)
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Initiatives françaises pour la
reproductibilité de la recherche
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Plus que de bonnes pratiques, une condition
de l’intégrité scientifique
« We often forget that scientific knowledge i...
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Toute omission trompeuse est une fraude !
• « A good start would be to redefine misconduct as distorted
reporting: ‘a...
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La tentation de la promesse
Katja Bargum (2006), « Write and Wrong »,
Nature, 22 juin, vol. 441, n° 7096 , p. 1024
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Et l’archivage dans tout
ça ?
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Grosse marge de progression
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D’autant plus que le financement des activités
de gestion des données de la recherche est…
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Une préoccupation récurrente
« L'affectation sur des projets courts, comme c'est le cas en tout cas
à l’Inria, me sem...
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Sur le blog de Deuxième labo
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1. Les archivistes s’occupent aussi d’archivage électronique
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Retour sur 5 années d'évolution des problématiques IST : rapport d'étonnement

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Intervention lors de l'Ecole-IST Inra (Marne-la-Vallée, mai 2015).

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Retour sur 5 années d'évolution des problématiques IST : rapport d'étonnement

  1. 1. 27_05_2015    Antoine Blanchard Retour sur 5 années d’évolution des problématiques IST Rapport d’étonnement
  2. 2. 2P_ Qui suis-je ? • Double formation ingénieur agronome et MSc en sociologie des sciences • Blogueur de science depuis 2008 (« Enro ») • 2004 : stage bibliométrie à l’OST • 2005-2008 : spécialiste information brevet dans l’industrie • 2009-2014 : directeur associé de Deuxième labo • 2014-… : chargé du programme numérique de l’IdEx Bordeaux
  3. 3. 3P_
  4. 4. 4P_ Quelle est la place de l’IST dans la recherche ?
  5. 5. 5P_ Cycle de la vie de la recherche Idée de recherche Demande de financement Projet financé Rapport final Publications scientifiques
  6. 6. 6P_ Laissons parler les directeurs/rices d’unité • Portails documentaires, archives scientifiques, numérisation, besoin de documentation • Gestion des affiliations, recensement des publications, archives ouvertes, édition mutualisée • Visibilité des publications, indicateurs bibliométriques, droit des données et publications, gestion des données de la recherche
  7. 7. 7P_ Cycle de la vie de la recherche Idée de recherche Demande de financement Projet financé Rapport final Publications scientifiques ISTIST
  8. 8. 8P_ Chaîne de l’IST « publique » Idée de recherche Demande de financement Projet financé Rapport final Publications scientifiques • CV normalisé • liste des publications • impact • référentiel des projets • présence web du projet • auto-archivage • signalement
  9. 9. 9P_ Pourquoi faire ? • Le rêve d’un portail de la recherche française
  10. 10. 10P_ Pendant ce temps en France…
  11. 11. 11P_ Mettre fin aux cimetières à informations… • Rapport de l’Académie des sciences sur les structures de la r  (septembre 2012) : – « La facilité de diffusion par voie électronique de questionnaires construits de manière peu rationnelle par des personnes très éloignées des laboratoires et n’ayant pas une connaissance réelle de la vie des laboratoires amène les chercheurs à passer un temps de plus en plus grand à remplir de trop nombreux formulaires qui nourrissent des “cimetières à informations” dont la taille semble seulement limitée par celle des serveurs qui hébergent ces formulaires une fois remplis. » • La règle devrait être : « input once, output many »
  12. 12. 12P_ …et faire ce que l’IST sait faire !
  13. 13. 13P_ Projet Conditor • Expérience pilote (mars 2013 à février 2014) : bâtir un référentiel bibliographique pour partager les métadonnées décrivant la production scientifique nationale et mettre en commun et les inventaires de cette production scientifique. • Ce n’est pas une archive (le texte intégral n’est pas inclus), ni un outil de d’aide à la décision (aucun indicateur n’est produit), ni un portail (il n’est pas prévu d’interface web pour les utilisateurs finaux), ni un CRIS (pas de gestion de la recherche)… mais un référentiel contenant des données de qualité permettant l’interopérabilité. • Pour ce faire, Conditor met en commun les bases de données bibliographiques des établissements participant et les traite par : – curation et traitement des métadonnées – détection des doublons – enrichissement par d’autres référentiels (Répertoire national des structures de recherche, identifiants uniques ORCID et idRef…) • L’expérience pilote a permis de reconnaître que c’était « faisable » et que ça permettrait à terme d’éviter les saisies de données redondantes, à condition d’améliorer le traitement du corpus (notamment la détection des doublons et l’incorporation des référentiels des structures et des auteurs), d’investir dans le nettoyage et la vérification manuels en sus du traitement automatique.
  14. 14. 14P_ Référencement des publications => il faut automatiser la chaîne de traitement de l’IST, et on a besoin de professionnels pour construire et gérer cette chaîne
  15. 15. 15P_ Ma prédiction La gestion de référentiels recherche va devenir le nouveau « métier caché » de l’IST (comme le catalogage et la gestion des abonnements aujourd’hui) 15
  16. 16. 16P_ Effet collatéral sur les annuaires de labo http://labokitsch.tumblr.com/
  17. 17. L’annuaire du futur est déjà là !
  18. 18. 18P_ L’an 1 des archives ouvertes
  19. 19. Titre FAI Pays Ville Lien Detection of Bonamia ostreae and B. exitiosa (Haplosporidia) in Ostrea edulis from the Adriatic Sea (Italy) Florida Atlantic University United States Boca Raton Recherche Google Scholar : bonamia crassostrea In situ adsorption of mercury, methylmercury and other elements by iron oxyhydroxides and organic matter in lake sediments Institut Polytechnique LaSalle-Beauvais France Beauvais Recherche Google : ubiquitous metallic trace element in surficial waters L’Ifremer comme modèle • mandat de dépôt • archive institutionnelle <-> annuaire • informations visiteurs envoyées aux chercheurs
  20. 20. 20P_ L’allergie française au mandat de dépôt
  21. 21. 21P_ L’allergie française au mandat de dépôt • Le président de l’ANR nous écrit (mai 2015) : – « Par ailleurs, je tiens à vous rappeler que l’ANR a réaffirmé son engagement pour le libre accès aux publications en signant, aux côtés de 25 établissements de recherche, une convention de partenariat en faveur des archives ouvertes et en particulier de la plateforme commune d'archives ouvertes "HAL", en avril 2013. (…) De plus, l’ANR mentionne explicitement dans son appel à projets générique 2015 sa recommandation de dépôt des publications dans l’archive ouverte HAL ou toute archive institutionnelle (p.21 guide du déposant). »
  22. 22. 22P_ Le statut enviable mais incertain de l’auteur
  23. 23. 23P_ Thèse de David Pontille (2004)
  24. 24. 24P_
  25. 25. 25P_
  26. 26. 26P_
  27. 27. 27P_
  28. 28. 28P_
  29. 29. 29P_ Cas de l’affaire Voinnet • « Maria Teresa Ruiz placed the responsibility for a problematic figure in Ruiz et al. on her co-author Voinnet » • « Andrew Hamilton confirmed that the criticised data in Hamilton et al. originated from Voinnet as well. » • « Susana Rivas admitted that the suspicious figure in Voinnet et al. does contain her own data, though it was assembled by Voinnet. » • « Yvonne Pinto, declined any responsibility for the incriminated figures in the PNAS paper by Voinnet, Pinto & Baulcombe. According to Hamilton, group leader Baulcombe was not personally involved in the compilation of figures at that time. » • « James Carrington, referred the liability for the discrepancies in two collaboratively-produced Science publications distinctly onto the Voinnet lab. » • « Jonathan Jones, group leader at The Sainsbury Laboratory (TSL) in Norwich, made clear that the critical figure in his Science paper, Navarro et al. was created in Voinnet’s lab » • « Former collaborators indicated that a certain likely manipulated image in Sansregret et al. was generated in the lab of Voinnet. » • « Edith Heard, professor at the Institut Curie in Paris, also passed the responsibility for the reported inconsistencies in two of her papers in PLoS Genetics onto Voinnet and his former employee Constance Ciaudo. » 29
  30. 30. 30P_ Réutilisation des données en libre accès • Co-auteur ou dans les remerciements ? • Encore du chemin à parcourir dans les labos…
  31. 31. 31P_ Recherche reproductible et intégrité scientifique
  32. 32. 32P_ Tribune dans « Le Monde » (juillet 2013)
  33. 33. 33P_ Initiatives françaises pour la reproductibilité de la recherche 33
  34. 34. 34P_ Plus que de bonnes pratiques, une condition de l’intégrité scientifique « We often forget that scientific knowledge is reliable not because scientists are more clever, objective or honest than other people, but because their claims are exposed to criticism and replication. The key to protecting science, therefore, is to strengthen self- correction. Publication, peer-review and misconduct investigations should focus less on what scientists do, and more on what they communicate. »
  35. 35. 35P_ Toute omission trompeuse est une fraude ! • « A good start would be to redefine misconduct as distorted reporting: ‘any omission or misrepresentation of the information necessary and sufficient to evaluate the validity and significance of research, at the level appropriate to the context in which the research is communicated’. » • « By focusing on reporting practices, the community would respect scientific autonomy but impose fairness. A scientist should be free to decide, for example, that ‘fishing’ for statistical significance is necessary. However, guidelines would require a list of every test used, allowing others to infer the risk of false positives. »
  36. 36. 36P_ La tentation de la promesse Katja Bargum (2006), « Write and Wrong », Nature, 22 juin, vol. 441, n° 7096 , p. 1024
  37. 37. 37P_ Et l’archivage dans tout ça ?
  38. 38. 38P_ Grosse marge de progression
  39. 39. 39P_ D’autant plus que le financement des activités de gestion des données de la recherche est…
  40. 40. 40P_ Une préoccupation récurrente « L'affectation sur des projets courts, comme c'est le cas en tout cas à l’Inria, me semble compromettre l'investissement dans ces projets. Comment s'investir dans un projet quand on ne sait pas combien de temps on va rester dessus ? ou quand on va être affecté ailleurs dans quelques mois ? Personnellement, je considère que l'investissement du développeur est la condition nécessaire pour insuffler un potentiel d'évolution à un logiciel : coder en pensant à l'avenir influe sur les décisions d'architectures, structures de données et autres. Quid alors des logiciels développés sans vision de l'avenir car sans investissement possible ? Je pense qu'ils finissent en grande partie à la poubelle. » — un IR Inria le 13 novembre 2012
  41. 41. 41P_ Sur le blog de Deuxième labo
  42. 42. 42P_ Sur le blog de Deuxième labo 1. Les archivistes s’occupent aussi d’archivage électronique 2. Les archives d’un établissement d’enseignement supérieur et de recherche naissent souvent au m 3. L’archivage institutionnel de la recherche est extrêmement réglementé 4. Les archives d’un chercheur appartiennent à son institution 5. Si vous possédez chez vous des documents historiques d’intérêt général pour une discipline ou u 6. L’archivage de la recherche s’occupe également des données scientifiques 7. L’archiviste n’est pas que le professionnel du stockage, c’est aussi le professionnel de l’éliminatio 8. Les archives de la recherche posent des problèmes spécifiques en terme de gestion 9. Les archives de la recherche se préoccupent aussi de ce qui fait la vie du laboratoire, loin d’être c 10. Les archives sont valorisées pour ne pas tomber dans l’oubli
  43. 43. 43P_ Merci de votre attention ! antoine.blanchard@u-bordeaux.fr @enroweb http://www.enroweb.com/blogscie

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