SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL SOFTWARE SNAPGENE

1. Curso: Biotecnología
Estudiante: Quispe Salas Alejandra
Docente: Dr. Hebert Hernan Soto
SIMULACIÓN DE
ELECTROFORESIS EN GEL DE
AGAROSA UTILIZANDO EL
SOFTWARE SNAPGENE
2023

2. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA
UTILIZANDO EL SOFTWARE SNAPGENE
CURSO:
Biotecnología
DESARROLLADO POR:
Quispe Salas Alejandra Sugey
DOCENTE:
Dr. Hebert Hernan Soto
CICLO:
VII
02 de junio de 2023
ILO – MOQUEGUA

3. 2-6-2023
2
INDICE
1. INTRODUCCIÓN ................................................................................................................ 3
2. OBJETIVOS ......................................................................................................................... 4
2.1. Objetivo General ........................................................................................................... 4
2.2. Objetivos Específicos.................................................................................................... 4
3. MARCO TEORICO.............................................................................................................. 4
3.1. SnapGene. ..................................................................................................................... 4
3.2. Funcionalidades de SnapGene ...................................................................................... 5
3.3. ADN.............................................................................................................................. 5
3.4. ARN .............................................................................................................................. 6
3.5. Secuencia de ADN ........................................................................................................ 7
3.6. Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI) .................................... 7
3.7. Electroforesis................................................................................................................. 8
3.8. Gel de Agarosa.............................................................................................................. 9
4. METODOLOGIA ............................................................................................................... 10
4.1. Materiales.................................................................................................................... 10
4.2. Métodos....................................................................................................................... 10
5. RESULTADOS................................................................................................................... 14
6. CONCLUSIONES .............................................................................................................. 14
7. BIBLIOGRAFIA................................................................................................................. 15

4. 2-6-2023
3
1. INTRODUCCIÓN
Los avances de la ciencia y tecnología permiten mejorar el tratamiento de enfermedades
(con nuevos fármacos y nuevas técnicas), incrementar la calidad de los tratamientos, así
como multitud de otros beneficios terapéuticos que resultan en aumentos de la
productividad. Uno los casos paradigmáticos es el de la biotecnología, cuya aplicación
tiene amplias utilidades en de cara a mejorar a mejorar la vida de la población
(reproducción de órganos vía clonación, especificación de fármacos a través de técnicas
de ingeniería genética, etc.) Existe, no obstante, una controversia significativa en la
medida en que la biotecnología no siempre es aceptada.
La clonación describe los procesos utilizados para crear una réplica genética exacta de
otra célula, tejido u organismo. El material copiado, que tiene la misma constitución
genética que el original, se denomina clon. El clon más famoso fue una oveja escocesa
llamada Dolly.
Para facilitar todo ese proceso de la clonación se hizo un programa llamado SnapGene
este es un software de clonación que ayuda en planear y simular las manipulaciones de
ADN.
Con el programa se puede diseñar los procedimientos de clonación, esta es más fácil ya
que se puede ver lo que estas haciendo. La interfaz intuitiva ofrece una visibilidad
inigualable simplificando tareas a menudo complejas.
En ese contexto en el presente informe se realizará una simulación de electroforesis en
Gel de Agarosa Utilizando el Programa Snap Gene.

5. 2-6-2023
4
2. OBJETIVOS
2.1.Objetivo General
Contrastar una simulación de electroforesis en aplicación de comando gel de
agarosa utilizando el programa SnapGene con los datos del artículo científico
“Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de
comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en
Condorcanqui – Amazonas – Perú”
2.2.Objetivos Específicos
 Poner en práctica los conocimientos previos sobre la secuencia de
ADN
 Reconocer la interfaz del software SnapGene y sus funcionalidades
básicas
3. MARCO TEORICO
3.1.SnapGene.
SnapGene es un software utilizado en biológica molecular que se utiliza para
planificar, visualizar y documentar la clonación de ADN y la reacción en cadena
de la polimerasa y documentar la clonación de ADN y la reacción en cadena de
polimerasa (PCR). Con SnapGene, el usuario puede editar secuencias de ADN,
diseñar cebadores y anotar las características del ADN. Además, SnapGenes
también permite visualizar y crear mapas de plásmidos, cromosomas y secuencias
de ADN sintéticas. El software está diseñado para ser fácil de usar y ofrecer una
interfaz gráfica de usuario intuitiva que permite a los usuarios editar y anotar
secuencias de ADN de manera eficiente.

6. 2-6-2023
5
Figura 1: Software SnapGene
Fuente: SnapGene. (s.f)
3.2.Funcionalidades de SnapGene
 Compatibilidad con formatos de archivo de secuencias de ADN
comunes, como Genbank y ApE.
 La herramienta de clonación In-Fusion crea funciones genéticas
integradas
 Gibson Assembly inserta fragmentos en un plásmido sin el uso de
enzimas de restricción
 La documentación automática registra todos los pasos en su proyecto
de clonación.
3.3.ADN
El ácido desoxirribonucleico (ADN) es la molécula que transporta
información genética para el desarrollo y el funcionamiento de un organismo.
El ADN está compuesto por dos cadenas complementarias que se enrollan
entre sí y parecen una escalera de caracol; esa forma se conoce como doble
hélice. Cada hebra tiene una estructura principal compuesta por grupos
alternados de azúcar (desoxirribosa) y fosfato. Unida a cada azúcar hay una
de cuatro bases: adenina (A), citosina (C), guanina (G) o timina (T). Las dos
hebras se conectan por enlaces químicos entre las bases: enlaces de adenina
con timina y enlaces de citosina con guanina. La secuencia de las bases a lo
largo de la estructura principal del ADN codifica información biológica, por
ejemplo, las instrucciones para producir una proteína o molécula de ARN.

7. 2-6-2023
6
Figura 2: ADN
Fuente: ResearchGate. (2018)
3.4.ARN
El ARN o ácido ribonucleico es una molécula similar al ADN que posibilita
la síntesis de proteínas. Si bien el ADN contiene la información genética, el
ARN es el que permite que esta sea comprendida por las células. Su estructura
es de cadena simple, a diferencia del ADN, que tiene una doble cadena.
Tiene varias funciones entre ellas:
 ARNm o mensajero: transmite la información codificante del ADN
sirviendo de pauta a la síntesis de proteínas.
 ARNt o de transferencia: transporta aminoácidos para la síntesis de
proteínas.
 ARNr o ribosómico: se localiza en los ribosomas y ayuda a leer los ARNm
y catalizar la síntesis de proteínas.
 Más recientemente, se han encontrado otros de pequeño tamaño que están
involucrados en la regulación de la expresión génica

8. 2-6-2023
7
Figura 3: RNA
Fuente: El país. (2020)
3.5.Secuencia de ADN
La secuenciación del ADN se refiere a la técnica general de laboratorio para
determinar la secuencia exacta de nucleótidos, o bases de una molécula de
ADN. La secuencia de las bases (a la que se suele hacer referencia por la
primera letra de su nombre químico: A, T, C y G) codifica la información
biológica que las células usan para desarrollarse y funcionar. Establecer la
secuencia de ADN es clave para comprender la función de los genes y otras
partes del genoma. En la actualidad hay varios métodos diferentes para la
secuenciación del ADN, cada uno con sus propias características, y el
desarrollo de otros métodos es un área activa de investigación en materia de
genómica.
3.6.Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI)
El Centro Nacional para la Información Biotecnológica 1
(en inglés: National
Center for Biotechnology Information [NCBI]) es parte de la Biblioteca
Nacional de Medicina de Estados Unidos, una rama de los Institutos

9. 2-6-2023
8
Nacionales de Salud (NIH). Está localizado en Bethesda y fue fundado el 4 de
noviembre de 1988 con la misión de ser una importante fuente de información
de biología molecular. Almacena y constantemente actualiza la información
referente a secuencias genómicas en GenBank, un índice de artículos
científicos referentes
a biomedicina, biotecnología, bioquímica, genética y genómica en PubMed,
una recopilación de enfermedades genéticas humanas en OMIM, además de
otros datos biotecnológicos de relevancia en diversas bases de datos.
Todas las bases de datos del NCBI están disponibles en línea de manera
gratuita, y son accesibles usando el buscador Entrez.
El NCBI ofrece además algunas herramientas bioinformáticas para el análisis
de secuencias de ADN, ARN y proteínas, siendo BLAST una de las más
usadas.
NCBI alberga genoma secuenciado en GenBank, y un índice de los artículos
biomédicos de investigación en PubMed Central y PubMed, así como otra
información relevante a la biotecnología . Todas estas bases de datos son
accesibles en línea con el motor de búsqueda de Entrez.
Figura 4: NCBI
Fuente: NCBI. (s.f).
3.7.Electroforesis
La electroforesis es una técnica de laboratorio que se usa para separar
moléculas de ADN, ARN o proteínas en función de su tamaño y carga

10. 2-6-2023
9
eléctrica. Se usa una corriente eléctrica para mover las moléculas a través de
un gel o de otra matriz. Los poros del gel o la matriz actúan como un tamiz,
lo cual permite que las moléculas más pequeñas se muevan más rápido que las
moléculas más grandes. Para determinar el tamaño de las moléculas de una
muestra, se usan estándares de tamaños conocidos que se separan en el mismo
gel y luego se comparan con la muestra.
Figura 5: Electroforesis
Fuente: Eectroforesis. (s.f).
3.8.Gel de Agarosa
La agarosa es un polímero lineal de galactosa y 3,6-anhidrogakactosa. El gel
se obtiene disolviendo la agarosa en un buffer de TAE o TBE y se funde
usando un microondas, hasta obtener una solución homogéneos y
transparente. La disolución se vacía en un molde y se coloca un peine (El peine
forma unos pozos donde se depositan las muestras). Se deja enfriar para
polimerizar para formar una matriz porosa variando el tamaño del poro según
la concentración de agarosa contenida en la disolución

11. 2-6-2023
10
Figura 6: Electroforesis en gel de Agarosa
Fuente: Electroforesis
4. METODOLOGIA
4.1.Materiales
 Laptop
 Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI)
 Software SnapGene
4.2.Métodos
Como primer paso tenemos que tener abierto el artículo científico donde esta
la identificación molecular de las cepas bacterianas.
Figura 7: Cepas Bacterianas

12. 2-6-2023
11
Fuente: Elaboración Propia
Como segundo paso ingresamos a la página del NCBI y descargamos cada
una de las secuencias mencionadas anteriormente, dando clic a enviar a,
expediente, Formato FASTA y finalmente en crear un archivo.
Figura 8: Pagina del NCBI
Fuente: Elaboración Propia
Todas estas secuencias las guardamos en una sola carpeta, para facilitarnos el
trabajo.
Figura 9: Carpetas

13. 2-6-2023
12
Fuente: Elaboración Propia
Aperturismos el Software SnapGene, click en open y luego Open Collection,
donde nos mandara a nuestros archivos y subimos la secuencia
Figura 10: Software SnapGene
Fuente: Elaboración Propia

14. 2-6-2023
13
Para luego guardar la secuencia en otra carpeta en Formato DNA.
Figura 11: Formato DNA
Fuente: Elaboración Propia
Por ultimo para añadir todas las secuencias restantes aplicamos en Tools,
luego en Simulato Agarosa Gel. Esto nos llevara a una nueva ventana donde
agregaremos las demás secuencias.
Figura 12: Agregando todas las secuencias
Fuente: Elaboración Propia

15. 2-6-2023
14
5. RESULTADOS
Luego de insertar las 13 especies estudiadas del artículo se obtuvo los siguientes
resultados:
Figura 13: Resultado Final
Fuente: Elaboración Propia.
6. CONCLUSIONES
 Se pudo completar la práctica efectivamente gracias a los comandos
básicos aprendidos del Software.
 El software SnapGene es la forma más fácil de planificar, visualizar y
documentar procedimientos diarios de biología molecular.
 Además, a través de este software podemos manipular el computador
como si estuviéramos en un laboratorio real, simulando manipulaciones.

16. 2-6-2023
15
7. BIBLIOGRAFIA
Rio DC, Ares M, Hannon GJ, Nilsen TW. Electroforesis de ARN en gel de
agarosa no desnaturalizante. Protocolo de Harb de Primavera Fría.
2010;20106:pdb.prot5445. doi :10.1101/pdb.prot5445
Labster. (s.f). Experimento de electroforesis en gel: Teoria, protocolo y siulacion
virtual. Recuperado el 01 de junio de 2023, de
https://theory.labster.com/gel-electrophoresis-experiment-es/
SnapGene. (s.f). Experimento de electroforesis en gel: Teoria, protocolo y
simulación virtua. Recuperado el 01 de junio de 2023, de
https://www.snapgene.com/
Elaboracion propia a partir de: A. Gomez-Zamudio, C. Martinez-Anaya, & E,
Ramirez-Salinas. (2019). ADN: Estructura, característica y molecula de
la herencia. Revista Digital Unirsitaria, 20(9), 1-15. Recuperado del 01
de junio de 2023, de https://www.researchgate.net/figure/Figura-3-
Esquema-de-estructura-del-ADN-Fuente-Elaboracion-
propia_fig1_329115385