Metode PCR memiliki berbagai variasi seperti Real-Time PCR untuk kuantifikasi DNA secara langsung, Reverse Transcriptase PCR untuk mengkonversi RNA menjadi cDNA, Nested PCR untuk meningkatkan spesifisitas, dan Multiplex PCR untuk mengamplifikasi banyak target DNA sekaligus. Variasi lainnya adalah Restriction Fragment Length Polymorphism PCR yang digunakan untuk menghasilkan sidik jari genetik organisme.

1. Macam-macam PCR :
1. Real-Time PCR / RT-PCR / quantitative PCR / qPCR
 Real-Time PCR / qPCR atau disebut quantitive PCR adalah metode amplifikasi
DNA yang melibatkan proses kuantifikasi DNA hasil PCR secara langsung
untuk menegetahui konsentrasinya.
 PCR konvensional biasanya menggunakan elektroforesis gel agarosa untuk
memvisualisasikan produk PCR, sedangkan qPCR sudah secara langsung
difasilitasi analisis produk PCR yang real time saat fase eksponensial reaksi.
 Prinsip utama Real-Time PCR adalah menggunakan biomarker berupa
pewarna fluorescent untuk memberi pelabelan pada oligonukleotida yang akan
ditambahkan pada reaksi.
 Konsentrasi produk hasil PCR berupa pita DNA ditampilkan berupa grafik pada
layar komputer sebagai dasar analisis.
 qPCR diaplikasikan dalam studi genotiping dan kuantifikasi
patogen, microRNA, deteksi kanker, rapid-test bakteri dan virus, dan deteksi
organisme yang direkayasa (GMO).
2. Reverse-Transcriptase PCR (RT-PCR)
 Teknik dasar yang digunakan dalam Reverse-Transcriptase PCR (RT-
PCR) adalah modifikasi dari PCR konvensional.
 Molekul RNA sebagai template dikonvermasi menjadi DNA komplementer
(cDNA) sebelum diperbanyak (amplifikasi).
 Konversi RNA menjadi cDNA digenerasi menggunakan enzim reverse
transcriptase, sehingga dapat menjadi template reaksi.
 RT-PCR biasa digunakan dalam metode penelitian penyisipan gen, diagnosa
penyakit yang berhubungan dengan virus RNA dan kanker.
3. Reverse-Transcriptase Real-Time PCR (RT-qPCR)
RT-qPCR secara teknis adalah gabungan dari kedua metode RT-
PCR dan qPCR yang melakukan konversi RNA ke cDNA sekaligus melakukan
kuantifikasi produk.
4. Nested PCR
 Nested PCR merupakan modifikasi dari teknik PCR untuk meningkatkan
spesifisitas untuk memperoleh produk yang spesifik.
 Modifikasi dilakukan dalam penggunaan primer saat reaksi. Pada teknik
konvensional hanya digunakan 1 pasang primer, namun pada nested
PCR menggunakan 2 pasang primer berbeda (A dan B) serta melibatkan 2 tahap
reaksi amplifikasi.
 Reaksi pertama, sepasang primer pertama (A) akan mengamplifikasi DNA
template diluar dari fragmen target dalam jumlah yang besar.

2.  Produk amplifikasi reaksi pertama digunakan sebagai template baru pada reaksi
kedua yang diamplifikasi oleh sepasang primer kedua (B) pada bagian spesifik
pada DNA target.
 Penggunaan 2 pasang primer oligonukleotida dapat meningkatkan siklus dan
sensitifitas reaksi PCR, serta efisien untuk mengamplifikasi DNA target dari
template DNA yang panjang.
5. Multiplex PCR
 Multiplex PCR digunakan untuk mengamplifikasi banyak target fragmen DNA
dalam satu kali reaksi PCR.
 Kuncinya adalah penggunaan primer dalam jumlah banyak yang telah
dioptimasi berdasarkan suhu terbaik dari masing-masing primer.
 Metode ini biasanya diaplikasikan dalam banyak studi genotiping, mutasi, dan
analisis polimorfisme, analisis STR (Short Tandem Repeat) mikrosatelit, deteksi
patogen dan GMO (Genetically Modified Organisms). Di laboratorium dapat
digunakan sebagai dasar membedakan terhadap jenis-jenis bakteri penyebab
penyakit yang sama.
6. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) PCR
 RFLP PCR menggunakan metode amplifikasi selektif pada fragmen DNA yang
telah dipotong-potong untuk menggenerasi suatu sidik jari (fingerprint) unik
pada genom organisme yang dikehendaki.
 Metode ini dapat menggenerasi fragmen penanda (marker) dari berbagai
organisme secara cepat, tanpa diketahui sekuen genom sebelumnya.
 RFLP PCR menggunakan enzim restriksi untuk memotong pita DNA genom
yang menghasilkan bagian ujung DNA yang lengket.
 Fragmen DNA yang telah terpotong akan diamplifikasi oleh sepasang primer
dan hasilnya akan tampak setelah divisualisasi dengan elektroforesis gel
agarosa.
 Metode ini banyak diaplikasikan dalam studi keragaman genetik spesies,
hubungan filogenetik dalam suatu populasi, dan pemetaan genetik setiap
kultivar.
Sumber :
 Green, M.R. dan Sambrook, J. 2019. Nested Polymerase Chain Reaction (PCR). Cold
Spring Harbour Protocol 2019(2); pdb.prot095182. DOI: 10.1101/pdb/prot095182.
 Madigan, M.T., Martinko, J.M., Bender, K.S., Buckley, D.H and Stahl, D.A. 2015.
Brock Biology of Microorganism 14 th edition. Pearson Education, US.
 Solanki, G. 2012. Polymerase Chain Reaction. International Journal of
Pharmacological research, Vol 2 (3). DOI: 10.7439/ijpr.v2i3.514.