Formation dispensée à l'URFIST de Rennes en Décembre 2011. Intitulé de la formation : "Optimiser sa recherche d'information dans le domaine biomédical"
présentation PowerPoint sur les technique d'anesthésie en neurochirurgie.ppt
Optimiser recherche d'information scientifique dans le domaine biomedical - Periodiques, bases de donnees, Pubmed
1. Optimiser sa recherche d’information
dans le domaine biomédical
Patricia Volland-Nail - Inra
URFIST Rennes -9 décembre 2011
2. Ce que nous allons voir …
Rechercher l’information : une stratégie simple à mettre en
place : identifier ses besoins, connaître les ressources
Mettre en place un système de veille efficace
TD sur la mise en place d’un système de veille
Les sources d’information dans le domaine biomédical et
comment mieux les utiliser (TD)
Le Web en général et quelques sites biomédicaux en particulier
Les périodiques biomédicaux
Les bases de données bibliographiques : Pubmed, Embase, …
Nouvelles ressources : les « avatars » de Pubmed (GoPumed,
Quertle, etc…), les blogs, …
Utilisation de moteurs spécialisés : exemple de Scirus
4. La stratégie, c’est quoi ?
Avoir de la méthode :
Connaître ou mieux déceler ses besoins
Connaître et identifier l’offre disponible
Adapter l’offre à ses besoins
Utiliser les bons « outils » aux bons moments
S’organiser : se ménager du temps régulièrement pour
« faire sa biblio » …
Mettre en place un système de « veille » bibliographique
adapté
Evaluer et exploiter l’information obtenue
Gérer l’information collectée de manière efficace :
Pour ne pas refaire ce qui a déjà été fait
Ne pas rechercher plusieurs fois la même chose
5. Le besoin d’information
Comment l’exprimer ?
Définir son besoin :
Explorer les sources d’information générales et spécifiques sur
un sujet : vue d’ensemble et idées quant à la terminologie à
utiliser pour rechercher l’information
Définir ou modifier le besoin pour arriver à un besoin ciblé
et opérationnel : restreindre un sujet large ou élargir un
sujet trop restreint
Identifier les concepts et les termes clés qui décrivent le
besoin d’information
D’après : Simonnot B. (2006). Le besoin d’information : principes et compétences.
In Themat’IC 2006, Information : besoins et usages.
6. En matière de besoin d’information dans le
domaine biomédical : différentes situations
Pour le chercheur :
Au démarrage d’un sujet de recherche :
Connaissance globale et plus ou moins spécifique du
sujet : Qu’est-ce qui est connu sur la question ?
Identification des questions spécifiques sur le sujet
Tout au long d’un travail de recherche :
Suivi de l’actualité sur le sujet pour une mise à jour
régulière des connaissances
Réponse à des questions ponctuelles
Tout au long de sa carrière de scientifique …
Culture générale scientifique
7. Mettre en place un système de « veille »
et de suivi de l’information
8. Mettre en place un système de veille
Indispensable pour tout scientifique ou toutes personnes
voulant suivre actuellement au plus près l’actualité sur un sujet
Face à la surabondance de l’information, via Internet en
particulier, le scientifique est confronté à différents problèmes :
Connaître les sources d’information et les évaluer
Maîtriser des fonctionnalités de veille et utiliser des outils
appropriés
Suivre l’évolution constante des sources et des outils
Sans mettre en place un système de veille trop sophistiqué, on
peut néanmoins utiliser des techniques permettant de
maintenir un flux régulier et ciblé d’informations dans
son champ d’intérêt : c’est la veille documentaire
9. Comment ?
Mise en place d’alertes sur les sommaires des périodiques
d’intérêt après les avoir sélectionnés
Elaboration de « profils d’alerte » spécifiques sur des
bases de données bibliographiques spécialisées (ex : profil sur
Pubmed)
Suivi de l’actualités sur certains sites Web ciblés et spécialisés
sur le(les) sujet(s) à l’aide des « flux » RSS
Abonnement à des bulletins d’information (news), à des
blogs, listes de diffusion ciblées
Se tenir informé sur les congrès,colloques, rencontres à
venir
Utiliser un « agrégateur » de contenu type Netvibes
10. Les « fils » RSS ou « flux » RSS
Utilisés par les producteurs et utilisateurs d’information :
Producteur : diffuser de l’information en produisant
des fils RSS sur ses actualités
Utilisateur : accéder à l’information dans une
démarche de « veille » scientifique ou autre
Les « fils »ou « flux » RSS doivent être lus via un
agrégateur ou un lecteur de flux :
IE, Firefox, Thunderbird, intègrent par défaut des outils
de lecture de fils RSS
Il existe des agrégateurs clients : exemple FeedReader
http://www.feedreader.com/
Intégration dans des pages Netvibes, Google Reader,
Bloglines ou MyYahoo, etc…
14. Pourquoi Netvibes ?
Outil servant à la fois à la « veille » par la lecture de
« flux » RSS et gestionnaire « signets » via des
« widgets » (interfaces graphiques spécifiques)
Outil totalement personnalisable qui peut être rendu
« public » ou rester « privé »
Simple à utiliser et rapide à mettre en œuvre
Nomade : accès à distance à partir de n’importe quel
ordinateur
15. Netvibes : Comment ça marche ?
Va permettre la gestion globale de
ses accès et de son suivi de l’information
1. Se créer un compte sur le site de Netvibes
2. Créer sa(ses) propre(s) page(s)
3. Inclure ses fils RSS pour le suivi de l’information
4. Mais attention ! Ne pas vouloir chercher l’exhaustivité
et pointer sur de trop nombreuses sources au risque
d’induire des pertes de temps…
Démonstration
http://www.netvibes.com
17. TD 1 (15 min)
Si vous n’en avez pas, mettre en place une page
Netvibes qui servira à positionner vos alertes et vos
profils au fur et à mesure des TD de la session de
formation
Si vous avez déjà une page Netvibes, explorez les
possibilités de Google Reader ou autre agrégateur de flux
pour comparer
19. Différents types de sources
d’information
Le Web en général et les sites biomédicaux en particulier
Les périodiques scientifiques spécialisés dans les
thématiques biomédicales
Les bases de données bibliographiques généralistes et
spécialisées :
Medline (Pubmed)
Embase
Web of Science, base généraliste
Nouvelles sources d’information :
Les « avatars » de Pubmed
les blogs spécialisés
21. Le Web en général
Prudence quant à l’utilisation du Web en général … et à
Google ou Wikipedia en particulier …
Wikipedia peut être utilisé (avec prudence) pour un
premier sondage sur un sujet inconnu
Google Scholar peut permettre d’avoir une première
approche des documents scientifiques sur le sujet
Permet d’avoir quelques idées sur le vocabulaire à
utiliser pour une recherche plus ciblée de l’information
Exemple : Que savons-nous des « perturbateurs
endocriniens » ?
22.
23.
24. Des sites Web thématiques
spécialisés
Sites d’exploration et/ou de suivi spécifique
26. Système « Entrez » du NCBI
« Entrez » : moteur de recherche spécialisé « Sciences de la
Vie » pour interroger les bases de données du NCBI, dont PubMed,
PubMed Central et GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/
27. OmniMedical Search
http://www.omnimedicalsearch.com/index.html
Un moteur de recherche spécialisé pour
les ressources du domaine biomédical
42. Répertoires de bases de données
biomédicales
http://databases.biomedcentral.com/browsecatalog
43. Sites francophones
CiSMeF : Catalogue et Index des Sites Médicaux de langue
Française
http://www.chu-rouen.fr/cismef/
Projet initié par la CHU de Rouen depuis 1995
BDSP : Banque de Données en Santé Publique
http://www.bdsp.ehesp.fr/
La Banque de données en santé publique est un réseau
documentaire d'informations en santé publique dont la gestion
est assurée par l'Ecole des hautes études en santé publique
(EHESP)
Le réseau BDSP est un groupement d'organismes qui
développe, depuis 1993, des services d'information en ligne
destinés aux professionnels des secteurs sanitaire et social
44. Produit par le CHU de Rouen : catalogue et
Index des Sites médicaux francophones
http://www.chu-rouen.fr/cismef/
45. Produit par le CHU de Rouen : catalogue et
Index des Sites médicaux francophones
http://www.chu-rouen.fr/cismef/
46. BDSP http://www.bdsp.ehesp.fr/
Banque de Données en Santé Publique
47. BDSP http://www.bdsp.ehesp.fr/
Banque de Données en Santé Publique
48. Sites « Sciences de la Vie »
Sites non spécifiques du domaine biomédical mais
importants et incontournables pour suivre certaines
thématiques, particulièrement les recherches en biologie
moléculaire ou autres
60. Les périodiques scientifiques
Source d’information primaire la plus importante dans le
domaine scientifique
Véhiculent une information contrôlée et validée (via le
système du « peer-review ») : articles de recherche, articles
de synthèse
L’information « article de périodique » représente 80% du
contenu des bases de données bibliographiques
Différents types de périodiques :
Périodiques scientifiques d'intérêt général,
pluridisciplinaires
Périodiques spécialisés : dans le domaine scientifique ou
dans le type d'article publié
61. Identifier les périodiques intéressants dans
son domaine
Périodiques « généralistes » incontournables pour
l’actualité médicale de base :
BMJ, JAMA, New England Journal of Medicine, The Lancet, …
Périodiques spécialisés dans son domaine :
Les identifier via la connaissance des « pairs »
Les identifier plus précisément via les principales plateformes
éditoriales : ScienceDirect (Elsevier), Springer, Wiley …
Les identifier par une interrogation ciblée de base de données :
exemple avec l’interrogation du Web of Science et
l’utilisation de la fonction « Analyze results »
62. Comment identifier les revues
d’intérêt sur un sujet ?
A partir d’une recherche sur le sujet
66. Via Pubmed : « Sort by Journal »
Plus laborieux … mais néanmoins possible
67. Via les « avatars » de Pubmed
Les « avatars » de Pubmed permettent pour certains de
trier l’information par journaux
Exemple : GoPubMed http://www.gopubmed.org
77. Plateforme HighWire Press
Diffuse des périodiques édités par des « petits » éditeurs, des
sociétés savantes, des associations …
Caractéristique : prône et encourage le « libre accès » à
l’Information Scientifique et Technique et encourage les
périodiques qu’il diffuse à « ouvrir » leurs accès au texte
intégral des articles après un délai plus ou moins long (entre 4
mois et 24 mois)
78. Exemple « d’archives » en libre accès
via Highwire Press
Molecular Cancer Research diffusé via Highwire Press
Archives en libre accès au bout de 12 mois
82. Outils d’aide à la recherche
d’information : d’une
thématique générale
à un article spécifique …
83. Outils d’aide à la recherche
d’information : d’une
thématique générale
à un article spécifique …
84. Périodiques en libre accès
Plateforme BioMed Central
http://www.biomedcentral.com/
Novembre 2011 : 223 revues à comité de lecture en libre accès
en biologie, médecine, bioinformatique, …
Accès à ces revues totalement gratuit
Le chercheur qui publie paie les frais administratifs du « peer
review » et de la mise en ligne
Revues compatibles OAI
Copyright laissé au chercheur
85.
86. Périodiques en libre accès
PLoS : Public Library of Science
A l'origine une coalition de chercheurs soucieux de
rendre librement accessible les résultats de la
recherche scientifique
PLOS Biology paru en octobre 2003
PLOS aujourd’hui : 7 périodiques dans le domaine biomédical
« élargi »
http://www.plos.org/
89. Alertes sur les tables des matières
Alertes de 2 types possibles :
Via les flux RSS :
Manière très efficace de récupérer les dernières tables des
matières ou les derniers articles publiés mais …
Pas toujours possible sur tous les périodiques
Il faut faire la démarche d’aller surveiller ses flux via son
agrégateur de flux
Alertes par e-mail :
Idem aux flux, mais nécessite souvent de s’enregistrer sur le site
Arrivent régulièrement, au fur et à mesure de la parution, dans sa
boîte aux lettres
Encombrement possible de sa boîte mail si trop d’alertes
93. Sur les plateformes éditoriales
Il est souvent obligatoire de s’inscrire sur la plateforme
pour mettre en place des alertes par e-mail
L’inscription est gratuite et apporte d’autres services
Quelques exemples …
94. Mise en place d’une alerte e-mail sur
plusieurs périodiques de Highwire Press
1 - Enregistrement sur la plateforme
2 - « My Alerts »
94
95. Mise en place d’une alerte e-mail sur
plusieurs périodiques de Highwire Press
95
96. Mise en place d’une alerte e-mail directement
sur le site d’un périodique de HighWire Press
Ouvrir un numéro :
numéro en cours
ou les archives
96
97. Sign up for PNAS
PNAS (2) Online eTOC Alerts
97
98. PNAS (3)
Enregistrement
avec adresse e-mail
98
108. TD (30 min)
Sélectionner quelques périodiques généralistes et les
principaux périodiques de sa spécialité par
l’exploration des plateformes éditoriales ou par
l’interrogation d’une base de données
Mise en place d’alertes e-mail ou par flux RSS dans
Netvibes
109. Des bases de données
bibliographiques spécialisées
Pubmed, Embase
110. Medline via Pubmed
Quelques rappels
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
111. Medline
LA base de données internationale du domaine biomédical
Produite par la NLM aux USA depuis 1966
Couvre tous les domaines biomédicaux : biochimie,
biologie, biologie moléculaire, médecine clinique, économie,
éthique, odontologie, pharmacologie, psychiatrie, santé
publique, médecine vétérinaire, toxicologie …
Indexe des articles depuis 1950 (OldMedline) voire plus
anciens (1940)
Plus de 5200 périodiques indexés dans Medline
Spécificité : indexation contrôlée avec le thésaurus
MeSH
112. Les sites complémentaires de la NLM
http://www.nlm.nih.gov/
Toxnet
PubChem Bioassay
MedlinePlus
Etc…
116. Pubmed
Interface d’interrogation gratuite de Medline via le web,
produite par le NCBI (National Center for Biotechnology
Information) et connectée avec les autres bases du NCBI
117. Pubmed et le NCBI
Nombreux sites associés et complémentaires
Exemples de quelques services complémentaires du NCBI :
Nucleotide : recherche de nucleotides dans GenBank
Protein : séquences protéiques de Swiss-Prot, PIR, PRF, PDB
Genome : références et données sur le génome
Structure : Molecular Modeling Database structure 3D
PMC : PubMed Central : accès aux articles accessibles
en texte intégral via PubMedCentral
Bookshelf : livres biomédicaux mis en ligne
Etc …
121. Page d’accueil : services disponibles
Recherche « avancée »
Tutoriels
& aide
« Outils » Autres
Recherche basique ressources
• Entrer un terme ou
dont le MeSH
une expression (entre
« »)
• Utilisation possible
de la troncature *
• Utilisation des AND,
OR, NOT à mettre
en majuscule
122. Interrogation par défaut
Se fait dans tous les champs des références, dont le
champ mots-clés (MeSH), les mots du texte (titre, abstract),
etc…
Quand on entre plusieurs termes à la suite les uns des autres,
Pubmed les combine avec l’opérateur AND
Pour rechercher une « expression » spécifique : la mettre
entre guillemets « »
« Mapping » automatique : traduction automatique des
mots en termes « MeSH » grâce à une table de transcodage
125. Une référence dans Pubmed
Display Settings : Abstract
Affiliation 1er auteur
Lien vers le texte intégral
126. LinkOut More ressources
LinkOut : propose des liens externes à PubMed :
Web d’éditeurs pour les articles en texte intégral
bases de données complémentaires
autres ressources Web diverses complémentaires comme
MedlinePlus
129. Statut des références dans PubMed
Différent selon l’état de mise à jour :
Mise à jour quotidienne : références pas encore « indexées » :
pas de termes MeSH : mention [PubMed - in process]
Soumission directe des sommaires des périodiques
dès leur parution par l’éditeur : pas de termes MeSH
[PubMed - as supplied by publisher]
Références indexées avec les termes du MeSH
[PubMed - indexed for MEDLINE]
Références d’avant 1966
[PubMed - OLDMEDLINE]
Références anciennes non indexées
[PubMed]
130. Related articles - Substance
Related Articles : accès à une nouvelle liste
de références sélectionnées via un algorithme
basé sur les mots communs du titre, du
résumé et des descripteurs du document
source
Substance : accès à PubChem (sélection avec
les termes MeSH – Substances) du document
source
131. Le « MeSH »
MeSH : Medical Subject
Headings : thesaurus de
Medline
Vocabulaire contrôlé et
hiérarchisé qui permet de
décrire précisément le contenu
d’un article
Les descripteurs « MeSH »
sont choisis parmi un ensemble
de synonymes pour décrire
un concept de façon univoque
132. Thesaurus : arborescence qui permet d’aller d’un concept général
à un concept plus spécifique …
Exemple : quand on recherche un terme comme « Reproduction »,
via le Mesh on aura tous les termes « sous » le terme
« Reproduction »
… etc
133. Thesaurus MeSH
Notion de mapping : quand c’est possible, remplacement
automatique d’un terme « non-MeSH » par un terme MeSH
Dans Pubmed, le mapping se fait par défaut : facilite la
recherche de base, transparent pour l’utilisateur
Notion de pondération : utilisation des descripteurs MeSH
« majeurs » : intéressant quand on veut limiter sa
recherche aux documents où le terme MeSH recherché est
le sujet principal de l’article
135. Les « Subheadings » ou qualificatifs
Qualificatifs :
blood
pathology
cytology
metabolism
Précisent le sens d’une terme
136. Le MeSH : détail sur le descripteur
Attention ! En utilisant le MeSH, on trouve
uniquement les références indexées : cela exclut
le PreMedline [PubMed in Process],
[PubMed - as supplied by publisher]
des éditeurs ou les références anciennes non
indexées
137. Recherche avancée
Rassemble sur un seul écran, via différents blocs, l’accès à
différentes fonctions de recherche et de limites
Historique de la
recherche
Recherche sur champs
spécifiques
138. Recherche avancée – « Limits »
Pour « affiner » ses résultats,
restriction possible
(« Limits ») sur certains
critères :
• disponibilité du texte
intégral …
• groupe de population
spécifique (âge, genre)
• type de publication
• langue
• groupe de revues
• Attention : les limites
sont actives tant que
l’utilisateur ne les a pas
désactivées
141. TD (30 min)
Requête sur le thème de votre choix
Exploration des différentes bases ou fonctionnalités non
connues de Pubmed
Utilisation du MeSH
142. Un exemple de recherche à réaliser avec
« MeSH Database »
Question :
Quelles sont les études réalisées sur
la leptine et l’obésité
chez les jeunes enfants ?
Méthode :
décomposer sa requête en concepts
choisir les termes appropriés dans le MeSH
les associer entre eux
Concepts :
leptine obésité jeunes enfants
144. « My NCBI »
Espace personnel gratuit sur inscription (Register) qui
permet de :
sauvegarder des stratégies de recherche et de recevoir
automatiquement des alertes ou dernières mises à jour
(cliquer sur Save Search après une recherche)
sauvegarder définitivement des références à partir d’une
liste de résultats (option : My collections)
d’appliquer des filtres automatiques sur les résultats
149. PubMed Single Citation Matcher
Permet de rechercher la référence bibliographique d'un article
bien précis ou la table des matières d'un numéro particulier
d'un périodique
151. Les « avatars » de Pubmed
Outils pour interroger Pubmed autrement
152. Pubmed et ses « avatars » …
Un certain nombre d’outils qualifiés d’« avatars » ont
été développés autour de Pubmed pour des
thématiques, des besoins et des attentes spécifiques
…
155. Pourquoi des avatars … ?
Pour disposer d’outils permettant d’améliorer / d’enrichir
la recherche ou l’analyse de résultats dans Pubmed
Interfaces de Recherche Affichage, tri
Recherche guidée
Par pertinence
Recherche par similarité Par journal, par auteur…
Recherche en langage naturel Catégorisation - clustérisation
Recherches prédéfinies pour (traitement statistique de résultats)
identifier un expert, un périodique de Cartographies - représentation graphique
publication, des références pertinentes Sauvegarde
autrement que par des mots-clés …
Export direct
Indexation – Aide linguistique
Alertes
MESH thésaurus bilingue/multilingue
Services associés
Utilisation de taxonomies / ontologies
Annotations / Folksonomies
Accès aux PDF
157. Qu’est-ce que GoPubmed ?
Interface de recherche de Pubmed qui marche comme un
nouveau type de « moteur de recherche »
La recherche via GoPubmed renvoie les références
recherchées, mais permet ensuite d’analyser les résultats et
de répondre à des questions spécifiques
GoPubmed exploite différents systèmes de classification
sémantique, dont le thésaurus MeSH et la Gene Ontology,
pour développer des analyses statistiques des résultats,
accessibles de façon conviviale à l’utilisateur
158. Gene Ontology
Gene Ontology : permet de décrire des produits de gènes
(protéines, ARNs)(« gene product ») dans un organisme donné :
Fonctions moléculaires (kinase, protéase, liaison à l’ADN …)
Processus biologiques (signalisation, métabolisme …)
Composants cellulaires (noyau, cytoplasme, membrane …)
C’est l’ontologie la plus développée et la plus utilisée (depuis
2000)
159. Exploitation des résultats
Les résultats de recherche sont analysés et clustérisés selon 4
filtres prédéfinis :
What : regroupement thématique
When : filtre sur la date
Who et Where : pour cerner un auteur et son laboratoire :
aspect « Social Network » qui permet de visualiser les
réseaux de collaborations d’auteurs sous forme de cartes
160. En bref …
Avec GoPubmed, on obtient :
le « top 20 » des auteurs ayant le plus publié sur le sujet
le « top 20 » des publications classées par pays
le « top 20 » des journaux dans lesquels on trouve le plus de
publications en rapport avec le sujet
une courbe temporelle qui permet de visualiser la
progression (ou le recul) du nombre de publications par an
sur le sujet
une visualisation sous forme de graphe des réseaux de
collaboration entre auteurs (répondant à la question « qui
publie avec qui ? »)
161. Comment travailler dans GoPubmed ?
Deux façons de travailler :
Pour une requête simple : interrogation directe de GoPubmed
Pour une requête plus « complexe » : réaliser la recherche
dans Pubmed au préalable et faire un copier/coller de
l’équation de recherche
Exemple d’une requête « complexe » :
Allergies aux cacahuètes :
(("Allergy and Immunology"[Mesh] OR "Hypersensitivity"[Mesh] OR
"Peanut Hypersensitivity"[Mesh] OR "Food Hypersensitivity"[Mesh]))
AND (« Arachis hypogaea »[Mesh] OR « arachis oil » [Substance
Name])
162. Copier – Coller de la requête
Pubmed dans la fenêtre de
recherche GoPubmed
(("Allergy and Immunology"[Mesh] OR
"Hypersensitivity"[Mesh] OR "Peanut
Hypersensitivity"[Mesh] OR "Food
Hypersensitivity"[Mesh])) AND ("Arachis
hypogaea"[Mesh] OR "arachis oil "[Substance
Name])
163. Recherche simple
Par sujet, auteur, journal … : la recherche est
exécutée (et peut être saisie) selon la syntaxe de
Pubmed
Exemples :
Si on ne précise pas de champ de recherche, le terme saisi est
recherché dans l’ensemble des champs
Pour rechercher un concept dans les champs Title et/ou
Abstract, utiliser [TIAB]
Pour rechercher un nom d’auteur, utiliser [AU]
Pour rechercher une affiliation (University, Institute, Company,
etc), utiliser [AD]
Pour rechercher un mot-clé, utiliser [MeSH]
164. Résultats
Résultats : 2887 références
analysées de façon sémantique
Clusters Accès direct aux statistiques générales
selon 4 axes
165. top author
Affichage de l’auteur
le plus représenté
dans le lot des 2887
références
169. Affichage des références
Affichage des
références résultats
Possibilité
d’affinage
selon 4 axes
différents
170. Quelle utilisation ?
Exploration d’un résultat de recherche issu de Pubmed
Quel est le bon mot ? : l’exploration facilite l’identification de
termes intéressants
Analyse rapide et conviviale d’un lot de références
Analyse statistique et mise en forme
Recherche de partenaires, de collaborations
Qui publie le plus sur un concept ?
Quels sont les thèmes de prédilection d’un laboratoire ? et ses
principaux partenaires ?
172. • Analyse statistique
des résultats et
présentation sous Pubmed PubReminer
forme de tableaux
cliquables (pas plus de
1000 références)
• Ajustement de la
requête manuellement
ou via les liens
disponibles / colonnes
http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi
173. Accès à la
liste des
références
dans Pubmed
Traitement des
références
175. Clustermed
A partir d’une requête, liste d’articles
En cliquant sur chaque article : liens vers les Related
Articles
176. Clustermed
A partir d’une requête, liste d’articles
En cliquant sur chaque article : liens vers les Related
Articles
177. Quertle : recherche « sémantique »
eTBLAST : recherche par similarité (résumé)
JANE : Journal/Author Name Estimator : recherche par
similarité (résumé)
Recherche sémantique
ou par similarité
178. Quertle : http://www.quertle.info/v2/
Moteur de recherche sémantique gratuit qui traite
l’information biomédicale (PubMed/MEDLINE, full-text articles,
news, whitepapers …)
Utilise des traitements linguistiques et du langage naturel pour
détecter des relations conceptuelles au sein des
documents (par exemple : A régule B, C est causé par D)
L’utilisation de Power Terms (qui représentent de grandes
classes de concepts, par exemple « les maladies ») permet de
construire des requêtes du type : « quels produits chimiques
causent le cancer »
Interface simple et intuitive avec des possibilités d’affinage
(filtres de date, types de document …) qui facilitent la
navigation au sein d’un corpus de résultats
180. Notion de Power Terms
Leur utilisation permet de construire des requêtes en langage
naturel du type : « endocrine disruptors $AdverseEffects»
180
183. eTBLAST
http://etest.vbi.vt.edu/etblast3/
Propose une recherche par similarité à partir d’un texte
pertinent, un résumé par exemple ou un extrait d’article, ou
n’importe quel autre texte …
Présenté aussi comme un outil de détection de plagiats
Permet aussi une analyse des résultats : principaux auteurs,
journaux, mots-clés et évolution dans le temps du nombre
d’articles
186. Jane : Journal/Author Name Estimator
http://biosemantics.org/jane
Saisir :
- soit le titre ou le résumé d’un
article
- soit une requête de recherche
Pour identifier :
- des personnes (reviewers potentiels) ou
des journaux qui ont publié des articles
« similaires »
- des articles proches d’un point de vue
sémantique
189. Aide linguistique de CISMef
• Exploration du MeSH, de l’arborescence des termes
et des qualificatifs
• Interrogation de PubMed à partir de l’onglet
189
190. Aide linguistique avec BabelMeSH
Interface de recherche multilingue pour Medline/PubMed
développée à l’intention des utilisateurs non anglophones
http://babelmesh.nlm.nih.gov/index_fre.php?com
190
192. TD (30 min)
Recherches à partir des avatars de PubMed sur la requête
de son choix et comparaison des résultats
GoPubmed
Quertle
eTBLAST
…
195. Embase
Produit par Elsevier, concurrent européen de Medline
Plus de 7600 périodiques (dont environ 2000 titres non
indexés dans Medline
Indexation de Congrès du domaine biomédical : environ
800 congrès répertoriés et indexés
Indexation par un thesaurus : Emtree
Accès moyennant abonnement préalable privé ou
institutionnel
196. Autres sites Web d’intérêt
pour le domaine biomédical
Scirus, Bases de données sur les brevets
197. Scirus (1)
Moteur de recherche d’information scientifique
Réalisé par Elsevier en association avec un moteur de
recherche (All the Web) et avec des producteurs de
bases de données
Permet des recherches sur le Web « scientifique » en
général, sur la collection des titres Elsevier et éditeurs
associés : ScienceDirect, sur Medline/PubMed, Beilstein
on ChemWeb, Neuroscion, BioMed Central, les brevets de
USPTO, les archives ouverts
Donne à la fois des références d’articles et/ou des
adresses de pages Web répondant à la question posée
http://www.scirus.com/
198. Scirus (2)
La recherche se fait sur :
les sites des universités américaines
des sites « académiques » en anglais
des sites en .com ou en .org
des sites d’archives ouvertes (OAI)
199. Scirus (3)
Privilégier l’interface
« Recherche
avancée » qui
permet des options
et des choix
205. Information Brevets : essentiel dans le
domaine pharmaceutique
Pour une première exploration sur les brevets, exploiter
la base Espacenet via l’OEB ou l’INPI
http://www.epo.org/searching_fr.html
http://fr.espacenet.com/
Attention ! La recherche de brevets est une affaire de
spécialistes
Recommandation : si nécessaire suivre un stage de
recherche de brevets par l’INPI
212. PatentLens
Permet de faire des recherches sur les brevets au niveau
mondial
Liens direct vers le texte intégral des brevets
Bases de brevets recensées :
World Intellectual Property Organisation (WIPO)
European Patent Office (EPO)
US Patent Office (USPTO)
Australian Patent Office (AU)
Recherches sur les séquences protéiques publiées dans
la littérature brevet : ce n’est pas exhaustif, mais permet
d’avoir un aperçu des séquences publiées
213.
214. Les blogs et autres réseaux
sociaux du Web 2.0
Dans le domaine biomédical comme ailleurs
215. Les blogs
Un blog : site Web constitué de billets agglomérés au fil du
temps, souvent classés par ordre anté-chronologique (les plus
récents en premier) : espace individuel d’expression,
enrichi d’échanges avec les internautes
Ces billets (ou « notes » ou « articles ») sont écrits par une
personne physique en général (homme politique, artiste,
scientifique…) selon un rythme périodique (tous les jours,
chaque semaine, au fil du temps…)
Le contenu souvent textuel, mais pas seulement, est enrichi
d'hyperliens et d'éléments multimédias, sur lequel chaque
lecteur peut généralement déposer des commentaires
(Cf. Wikipédia - http://fr.wikipedia.org/wiki/Blog)
216. Les blogs scientifiques
Blogs de chercheurs, de doctorants, de séminaires, blogs
thématiques, etc…
« According to Adam Bly from Science Blogs (Seed Media Group),
around 33% of scientists are now using blogs for writing, reading
or as a lab notebook »
Source : Judith Kamal Ski in « Blogging about science », Researchtrends, May 2010
http://www.info.scopus.com/researchtrends/archive/RT17/beh_dat_17.html
http://scienceblogs.com/
217. Trouver des blogs scientifiques
http://blogsearch.google.com/
http://researchblogging.org/
218. Autres annuaires de blogs scientifiques
Postegenomic : http://postgenomic.com
Annuaire de blogs et de billets scientifiques
Classement par disciplines et par tags
Sélection d’articles et de livres par les blogueurs
229. Merci de votre attention
SAV : patricia.volland@tours.inra.fr
230. Eléments de bibliographie
Lu Z - PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical literature.
Database 2011 - doi: 10.1093/database/baq036
http://database.oxfordjournals.org/content/2011/baq036.long
Connor E - Pubmed Search Interface Alternatives : A Descriptive Comparison Journal of
Electronic Resources in Medical Libraries 2010, 7:126-134.
Henderson M - Pubmed Alternatives Guide [en ligne]
http://guides.library.vcu.edu/content.php?hs=a&pid=111410
Markland MJ- New tools for searching PubMed
http://www.slideshare.net/mjmarkland/new-tools-for-pub-med
Mokrý J- Alternatives Medline Interfaces. 2009 [en ligne]
http://web.vscht.cz/mokryj/Content/AlternativeMedlineInterfaces.html
Présentation des différentes interfaces Medline : Bibliothèque Universitaire de Médecine,
Lausanne, mars 2007 par Isabelle de Kaenel et Pablo Iriarte :
http://www.bium.ch/wiki/lib/exe/fetch.php?cache=cache&media=interfacespub.pdf
Site des Bibliothèques Universitaires de Médecine et Santé Publique - CHUV
http://www.bium.ch/wiki/doku.php?id=developpements:medline_et_pubmed
Site de la « Galter Health Sciences Library » - PubMed : Alternative Search Interfaces
http://www.galter.northwestern.edu/GalterLists/PubMed-Alternative-Search-
Interfaces/Page1/Perpage20
L’Hostis D & Volland-Nail P - Interroger Pubmed différemment – Infodoc Express Inra -
Présentation PPT (Décembre 2010) – 48 diapos. Mise à jour par C Baracco et D Fournier
(Inra) (Novembre 2011)
Volland-Nail P – Maîtriser l’Information Scientifique et Technique en Recherche – Séminaire de
l’Ecole Doctorale de l’Université de Tours (Janvier 2011) – 204 diapos
Volland-Nail P – Medline via l’interface PubMed. Formation INRS (Juin 2007) – 90 diapos