PhyloJava : une application de phylogénie sur la grille DATAGRID

PhyloJava : une application de phylogénie sur la grille DATAGRID WP10 - Biomedical applications in EU-DataGrid T. SILVESTRE, L. DURET Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (BBE) CNRS UMR 5558 - Lyon Réunion Datagrid France IN2P3 - Centre de calcul Lyon, 12 Février 2003

Un peu d ’ étymologie... ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]

Exemples d ’arbres phylogenétique (Xenopus,(Gallus,(((Rattus,Mus),Bos),Homo)))

A quoi sert la phylogenétique ? ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]

Calcul d ’ arbre phylogenétique CLUSTAL W (1.74) multiple sequence alignment Xenopus ATGCATGGGCCAACATGACCAGGAGTTGGTGTCGGTCCAAACAGCGTT---GGCTCTCTA Gallus ATGCATGGGCCAGCATGACCAGCAGGAGGTAGC---CAAAATAACACCAACATGCAAATG Bos ATGCATCCGCCACCATGACCAGCAGGAGGTAGCACCCAAAACAGCACCAACGTGCAAATG Homo ATGCATCCGCCACCATGACCAGCAGGAGGTAGCACTCAAAACAGCACCAACGTGCAAATG Mus ATGCATCCGCCACCATGACCAGCAGGAGGTAGCACTCAAAACAGCACCAACGTGCAAATG Rattus ATGCATCCGCCACCATGACCAGCGGGAGGTAGCTCTCAAAACAGCACCAACGTGCAAATG ****** **** ********* * *** * * *** * * * 

PhyloJava ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]

Méthodes de calcul ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]

Tests de fiabilités des topologies : le « Bootstrap »

Pourquoi utiliser la grille DATAGRID ? ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]

Cahier des charges de l ’application (1) ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]

[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Cahier des charges de l ’application (2)

Architecture globale UI CGI ssh agent Inputfile Biomserv (SUN, Solaris) Pcgrid1 (Linux, RedHat 7.2) grid-proxy output trees mail cert User User User DATAGRID Client PhyloJava Serveur PhyloJava Grille de calcul

Tests préliminaires ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]

Résultats(2) ,[object Object],[object Object],[object Object]

Perspectives ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]

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