La historia de la ciudad se remonta a la época pre-colombina, en la cual la zona que hoy comprende la ciudad estaba habitada por las tribus de las culturas Quimbaya y Pijao, ampliamente reconocidas por su orfebrería. En esta región, el mariscal Jorge Robledo fundó la ciudad de Cartago el 9 de agosto de 1540, pero el asedio de los pijaos o bien razones de conveniencia económica, produjeron el traslado de dicha ciudad al sitio que ocupa actualmente en el norte del Valle del Cauca, en 1691, hacia las márgenes del río La Vieja. Entonces la región volvió a tornarse selvática y sepultó los vestigios que quedaban de civilización. Sobre las escasas ruinas de la población española, cruzada por la vía que conducía del Valle del Cauca a Medellín, a través de Manizales, ya habían construido sus moradas un grupo de 20 familias antioqueñas cuando un puñado de vallecaucanos apareció a fundar la población de Cartago La Vieja, hoy Pereira. No obstante que la iniciativa formal de la fundación provino del grupo caucano, el surgimiento de Pereira fue un capítulo más de la colonización antioqueña, y la contribución de otros grupos sociales como el caucano, fue en sus comienzos relativamente escasa.
El 28 de junio de 1834, el antioqueño Germán Andrés Vinasco y su familia, procedente de Villa María Antioquia, hoy en día Salamina Caldas, se establece en las cercanías del morro de Sancancio.10 En 1842 uno de los fundadores, Manuel Grisales, inicia la exploración desde Sonsón hasta el sitio que hoy ocupa la ciudad; en 1847 es derribado el primer árbol y el año siguiente se inicia una expedición colonizadora permanente desde el municipio de Neira, conocida como la Expedición de los 20 compuesta por: Manuel María Grisales, José María Osorio, José María De La Pava, Antonio María Arango, José Joaquín Arango Restrepo, Victoriano Arango, Pedro Arango, José Pablo Arias, Silverio Buitrago, Antonio Ceballos, José María Correa, José Joaquín Echeverri, Nicolás Echeverri, Alejandro Echeverri, Esteban Escobar, Vicente Gil, Vicente Giraldo, Marcelino Palacios, Antonio Quintero y Benito Rodríguez, quienes después de ir y venir en su ejercicio agrícola y comercial por las distintas tierras que hoy conforman la ciudad, fundan a Manizales el 12 de octubre de 1849. En 1850 es erigida como distrito parroquial.
Sobre las fértiles tierras del Quindío existió una raza de hombres excepcionales, los Quimbayas, quienes legaron tradiciones, historia y cultura. Después de la conquista, los Quimbayas desaparecieron de la zona.
A mediados del siglo XIX arribaron las olas colonizadoras precedentes principalmente del departamento de Antioquia y de los departamentos del Tolima y Cundinamarca. Armenia fue fundada el 14 de octubre de 1889 por Jesús María Ocampo, alias "Tigreros", Alejandro, Jesús María Suárez y otros 27 colonos. Estos firmaron el acta de fundación en un rancho de platanilla que se encontraba ubicado dentro de la nomenclatura actual, Carrera 14 con calles 19 y 20. El 15 de agosto de 1890, Armenia fue corregimiento de Salento, para convertirse en municipio en 1903. Originalmente Armenia perteneció a la provincia de Popayán, luego al Estado Soberano del Cauca, y posteriormente al departamento del Cauca hasta 1908, cuando se creó el departamento de Cartago, pero en el mismo año este fue suprimido y Armenia pasó a formar parte del departamento de Manizales, que en 1910 volvió a tomar el nombre de departamento de Caldas con el que había sido creado en 1905. Finalmente en el año 1966 tras la creación del departamento del Quindío, Armenia se convierte en su capital.