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ライフサイエンス分野におけるLinked Open Dataの活用例
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1.
ライフサイエンス分野における Linked Open Dataの活用例
LODチャレンジ実行委員 細見,豊田 Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会 1
2.
ライフサイエンス分野のLOD
病気、薬、様々なタンパク質、遺伝子、医学論文、 従来の公開データ 臨床試験などに関するデータが米欧や日本で公開 (相互にリンクが無く、フォーマットや名称表記も データ提供者・公開者とデータ公開URL 異なるため、相互参照が困難) – W3C Linking Open Drug Data project 薬情報 臨床試験情報 (http://www.w3.org/wiki/HCLSIG/LODD/Data) DrugBank ClinicalTrials – 欧州Ontotext社 The human DailyMed (http://linkedlifedata.com/) diseasome 薬情報 病気,遺伝子情報 – 理化学研究所(http://BioLOD.org/) – サーバーエッヂ社 W3CやOntotext社によるLOD化 (http://www.semanticweb.jp/lod/LodOfLsd.html) (互いの情報がリンクで容易に参照可能) データの規模 使用した薬の詳細 – 種類によって数千(基本概念) 臨床試験情報 薬情報 ~数十億(タンパク質など) DrugBank LinkedCT データ形式 病気の詳細 薬同士の関係 – 殆どがRDF形式(構文はNotation3 or XML) で入手可能 DailyMed Diseasome 薬情報 病気,遺伝子情報 病気と薬の関係 Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会 2
3.
病気に関するLOD(Diseasome)の例 <http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74>
左記のRDF(Notation3)データを <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> 図化&和訳したもの "Alzheimer_disease" . 病気(Disease) <http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74> a 「アルツハイマー病」 上位概念 <http://www4.wiwiss.fu- berlin.de/diseasome/resource/diseasome/diseases> . ラベル Diseasomeの病気ID 病気74 <http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74> <http://www4.wiwiss.fu- 病気種別 berlin.de/diseasome/resource/diseasome/class> <http://www4.wiwiss.fu- 関連遺伝子 神経疾患 berlin.de/diseasome/resource/diseaseClass/Neurological> . <http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74> 候補薬剤 PSEN1 <http://www4.wiwiss.fu- berlin.de/diseasome/resource/diseasome/associatedGene> <http://www4.wiwiss.fu- berlin.de/diseasome/resource/genes/PSEN1> . DailyMedの薬ID 薬205 <http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74> <http://www4.wiwiss.fu- berlin.de/diseasome/resource/diseasome/possibleDrug> DailyMedのデータセットへのリンクで <http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/dailymed/resource/drugs/205> . 薬205の詳細な情報を参照可能 Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会 3
4.
TripleMapを用いたLOD活用例
http://triplemap.com/ 臨床試験 ピック病 データ 関連する 遺伝子 認知症 薬と標的疾患の候補 アルツハイマー病 TripleMapでLODの検索と各種関連データのビジュアルな参照が可能。 「最近見つかったアルツハイマー病の新たな候補薬剤が、関連遺伝子PSEN1が共通するピック病に 活かせるかも?」 といった調査・検討が効率的にできる。 Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会 4
5.
日本における大規模LOD公開サイト
W3C のレイヤーケーキ図 詳細は http://ja.BioLOD.org Unifying logic Logic for biology BioSPARQL.org OWL-based Query builder SemanticJSON.org Ontology: OWL Query: BioLOD.org Rule SPARQL RDFS RIF SciNetS.org The Semantic Web layer cake: the technology stack for the W3C Web architecture Data interchange: http://www.ibm.com/developerworks/xml/tutorials/x- RDF sparql/section2.html LinkData.org LinkData.jp はライフサイエンスに限定しない日本語LOD投稿サイトで、誰でも簡単にRDF作品を創って公 開できる(平成23年12月から運用開始)。その中から選ばれたデータがライフサイエンスの専門家によって SciNetS.org の情報基盤で再編纂され、オントロジーで体系化されて BioLOD.org からダウンロードできる Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会 5
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