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R を起動するその前に
- 3. 主な内容 • R の設定の話 • R 起動時の処理を変更するための設定を行える ようにする • R の話ではなく，パソコンの話 • 想定するレベル • 多少の問題であれば自己解決できるレベル
- 4. 話の流れ • 起動オプション • 環境変数 • 設定ファイル
- 5. モチベーション
- 6. モチベーション しつこい
- 7. モチベーション • 起動時のライセンス • いらない • 終了時の保存確認 • いらない • q("n") とすれば良いが面倒くさい 最初から表示させない設定にしたい
- 8. コマンドライン引数 • プログラム (ここでは R のこと) で最初に実行さ れる関数 (いわゆる main 関数) に与えられる引数 • 例) R.exe "hello world" see you → R.exe, hello world, see, you の 4 引数 • 実行中の R からは commandArgs 関数で確 認できる
- 9. 起動オプション • プログラムの挙動を変える特別なコマンド ライン引数 • 例) 多くの UNIX コマンドは –h か --help を コマンドライン引数に指定するとプログラムの ヘルプを表示して終了する
- 10. R の代表的な起動オプション • --quiet (-q) • 起動時のメッセージを表示しない • --no-save • 終了時にセッションを保存しない (q() が q("n") と同じ意味になる) • --help (-h) • オプションの一覧を表示する
- 11. 引数の指定 (Windows) • ショートカットアイコ ンを右クリックしてプ ロパティを選択 • リンク先にコマンドラ イン引数を指定 • (余談) 作業フォルダーも変えて おくと良い
- 12. 引数の指定 (Mac OS X) • GUI 版はコマンドライン引数を無視するの で起動オプションを指定できない • 参考) 普通の Mac アプリはターミナルから open -a App --args x y z のようにコマンドライン引数を指定できる • コンソール版は普通にコマンドライン引数 を指定できる
- 14. 環境変数 • OS がプロセスを超えて共有するデータ • プログラムが環境変数を取得して利用する • Windows だとレジストリを使う場合が多いが 環境変数も使われる • 設定ファイルのパスの指定等に使う
- 15. 環境変数 • Windows では %VARIABLE% のように変数 名を % で挟んで参照 • Mac / Linux では ${VARIABLE} のように 変数名を ${} で囲む ({} は多くの場合に省略可) • R からは Sys.getenv("VARIABLE") の形 で取得可能
- 16. R が使う主な環境変数 (1) • R_USER • ユーザーディレクトリ • ユーザー設定ファイル等を配置するディレクトリ • R_HOME • R のインストールディレクトリを指定 • 外部プログラムから R を利用したり，複数の バージョンがあるときに使う
- 17. R が使う主な環境変数 (2) • R_ENVIRON_USER • 環境変数をまとめて指定するファイルを指定 • R_PROFILE_USER • 起動時に実行するスクリプトを指定
- 18. R が使う主な環境変数 (3) • R_LIBS_USER • パッケージを保存するディレクトリを指定 • 指定しておけば権限なしでもパッケージがイン ストールできる • R からは .libPaths 関数で確認可能 • システムで利用するライブラリーのディレクトリも 表示される
- 19. 環境変数の設定 (Windows) • スタート → アイコンクリック → 環境変数の変更 • コントロールパネルか らでも OK
- 20. 環境変数の設定 (Windows) • [新規] で新しい環境変 数の定義 • [編集] で既存の環境変 数を編集 • 1 つの変数に複数の値 を定義したい場合はセ ミコロン (;) で区切る • 例) foo;bar;baz
- 21. 環境変数の設定 (Windows) • 後述の Renviron 内でファイルのパスを指 定する場合は，フォルダ区切り文字を ¥ で はなく / にする必要がある
- 22. 環境変数の設定 (Mac OS X) • export コマンドで指定 • 例) 環境変数 FOO に値 BAR を割り当てる export FOO=BAR • 1 つの環境変数に複数の値を指定したい場 合はコロン (:) で区切る • 例) 既存の環境変数 PATH に新しい値 ~/bin を 追加する export PATH=${PATH}:~/bin
- 23. 環境変数の設定 (Mac OS X) • ログインするたびに環境変数を設定しなお す必要がある • ログイン時実行されるスクリプトファイル (~/.bash_profile) に指定しておく
- 24. 環境変数の設定 (Linux) • ログインシェルが bash なら Mac OS X と同じ • 他のシェルの場合は各々のシェルの流儀に 従う
- 25. 指定すると良い R の環境変数 • Windows • R_ENVIRON_USER • ホームディレクトリに設定ファイルを置かない • Mac OS X / Linux • 特に指定する必要はない • 他のアプリケーションとの連携でトラブルがあ る場合は R_HOME を指定すると解決するかも
- 26. 主な R の設定ファイル (共通) • Renviron • 環境変数を指定 • Rprofile • 起動時に実行されるスクリプト
- 27. 主な R の設定ファイル (Windows) • Rdevga • プロットに使用されるフォントの設定 • Rconsole • R Console の設定ファイル
- 28. Renviron • 環境変数を指定するファイル • ファイルの場所は R_ENVIRON_USER で指定さ れる • カレントディレクトリかホームディレクトリにあ る .Renviron がデフォルト • R で利用するその他の環境変数 (R_USER 等) は このファイルにまとめて指定すればよい
- 29. Renviron
- 30. Rprofile • 起動時に実行されるスクリプトを記述した ファイル • ファイルの場所は R_PROFILE_USER で指定さ れる • カレントディレクトリかホームディレクトリにあ る .Rprofile がデフォルト • .First 関数と .Last 関数 • --no-init-file オプションで無視される
- 31. Rprofile
- 32. Rdevga (Windows) • プロットに使用されるフォントの設定 • ファイルの場所は R_USER で指定されたフォル ダ内 (ファイル名は固定) • 先頭の 4 つを日本語が扱えるフォントを指定す れば OK • R でフォントを指定することもできる • 阪上先生のブログを参照のこと
- 33. Rdevga (Windows)
- 34. Rconsole (Windows) • R Console の設定 • ファイルの場所は R_USER で指定されたフォル ダ内 (ファイル名は固定) • SDI/MDI • フォント • コンソールサイズ
- 36. 設定 (Windows) • 環境変数 R_ENVIRON_USER を作成 • %APPDATA%¥R¥Renviron が Windows 流だが， うまくいかないので以下のようにすると良い • Windows Vista / 7 • %USERPROFILE%¥AppData¥Roaming¥R¥Renviron • Windows XP • %USERPROFILE%¥Application Data¥R¥Renviron
- 37. 設定 (Windows) • デフォルトの設定ファイル を (場所は後述) R_ENVIRON_USER に指定した場所にコピー • Renviron ファイル内で R_USER / R_LIBS_USER / R_PROFILE_USER を指定
- 38. 設定 (Mac OS X / Linux) • デフォルトの設定ファイル (場所は後述) を ~/.Renviron にコピー (~ はホームディレクトリ) • Renviron ファイル内で R_USER / R_LIBS_USER を指定 • デフォルトで ~/.Rprofile を読むので R_PROFILE_USER は指定しなくとも良い
- 39. デフォルトの設定ファイルの場所 • Windows • (インストールフォルダ)¥etc¥Rcmd_environ • Mac OS X • /Library/Frameworks/R.framework/Resour ces/etc/x86_64/Renviron • Linux • /etc/R/Renviron
- 40. まとめ • 起動オプションで R の挙動を変えられる • 環境変数を指定すると R の実行環境が改 善できる
- 41. 参考文献 • help(Startup) • 「R の設定」 • 今回の話とほとんど同じです • 「美しいフォントを使いましょう ―神は 細部に宿る... つまりは，Mac 買おうとい うおはなし―」