7. 7
Τσαρούχης Σωτήριος Φίλιππος 7999 – Ιούλιος 2018
Χρήση πραγματικού σετ δεδομένων
Δημιουργία του αλγορίθμου ομαδοποίησης
Δημιουργία των συναρτήσεων οπτικοποίησης
Δημιουργία της Shiny εφαρμογής
Αξιολόγηση αποτελεσμάτων ομαδοποίησης
Βελτιστοποίηση Κώδικα
Χρήση τεχνητών σετ δεδομένων
10. 10
Τσαρούχης Σωτήριος Φίλιππος 7999 – Ιούλιος 2018
Επιλογές χρήστη για αρχικοποίηση:
1η επιλογή
2η επιλογή
3η επιλογή
4η επιλογή
Μεμονωμένα γράμματα
(Identity)
Ομάδες ομοιότητας
(Similarity)
Δεν λαμβάνονται υπ’
όψιν οι x πρώτες στήλες
Δεν λαμβάνονται υπ’ όψιν
οι y1 στήλες από το
τέλος
Δεν λαμβάνονται
υπ’ όψιν οι y2
στήλες από το τέλος
για γονίδια τύπου
“J6”
24. 24
Τσαρούχης Σωτήριος Φίλιππος 7999 – Ιούλιος 2018
• Παραλληλοποίηση του αλγορίθμου
• Αποθήκευση των εκτελέσεων
• Μια νέα τεχνική ιεραρχικής ομαδοποίησης πρωτεϊνικών ακολουθιών
ίδιου μήκους με υποσχόμενα αποτελέσματα
• Δυαδικό δένδρο
• Χρήση ταυτότητας μεμονωμένων γραμμάτων και ταυτότητας ομάδων
ομοιότητας
• Οπτικοποίηση των αποτελεσμάτων
• Επιθυμητή ομαδοποίηση ακολουθιών μεγάλου μήκους σε
ικανοποιητικό χρονικό διάστημα
25. 25
Τσαρούχης Σωτήριος Φίλιππος 7999 – Ιούλιος 2018
• Αποθετήριο (repository) διαδικτυακής εφαρμογής Shiny στη διεύθυνση
https://github.com/fpsom/CDR3-HClust/tree/master/CDR3%20Final
• Conference Paper (AIAI 2018)
Tsarouchis S., Kotouza M.T., Psomopoulos F.E., Mitkas P.A. (2018) A Multi-
metric Algorithm for Hierarchical Clustering of Same-Length Protein
Sequences. In: Iliadis L., Maglogiannis I., Plagianakos V. (eds) Artificial
Intelligence Applications and Innovations. AIAI 2018. IFIP Advances in
Information and Communication Technology, vol 520. Springer, Cham
26. 26
Τσαρούχης Σωτήριος Φίλιππος 7999 – Ιούλιος 2018
Θα ήθελα να ευχαριστήσω θερμά τον καθηγητή κ.
Περικλή Μήτκα, τον μεταδιδακτορικό ερευνητή κ.
Φώτη Ψωμόπουλο καθώς και την υποψήφια
διδάκτορα Μαρία Κωτούζα για την πολύτιμη βοήθειά
και καθοδήγηση τους.