2. 클라우드를 이용한 교육 실적
• 농진청 (2014)
1. Galaxy 기반 DNA/RNA-Seq 교육
2. De-novo 교육
• EBI –Workshop (2014)
1. ChIP-seq, Epigenome 분석
• 통계 유전학 워크샵 (2013-2014)
1. 리눅스 교육
• 동계 유전체학회 (2015)
1. Somatic Mutation 교육
2. R 기반의 Visualization 교육
• KOBIC 차세대 생명정보학 교육 (2015)
1. DNA/RNA-Seq교육
2. R 기반의 유전체 분석 교육
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3. 클라우드 장점
• 교육자 관점
1. 한번 설정한 서버 환경을 언제나 활용 가능 (1년 후에도 다시
동일한 교육환경을 바로 만들 수 있음)
2. S/W 설치시 교육생 환경에 따른 디버깅 필요 없음
3. 교육생 모두 100% 동일한 실습 환경 제공 가능
4. 데이터전달을 위한 USB나 버추얼 환경(이미지) 필요 없음
• 교육생 관점
1. 복잡한 S/W 설치 및 설정 과정 없이 바로 실습 가능
2. 예제 데이터를 다운로드 필요없이 바로 실습 가능
3. 교육기간내에 언제 어디서든지 실습 가능
4. 교육후에도 얼마간 교육생들에게 실습 공간 제공
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4. 교육사례: Galaxy 교육
• 교육내용
1. Galaxy를 이용한 NGS 데이터 분석 (DNA/RNA)
• 제공내용
1. Galaxy가 설치된 클러스터 컴퓨터
2. 8core 16GB x 30대
3. KT에서 미리 제공되는 Galaxy 이미지를 활용
4. 교육생에게 발급할 Galaxy 계정 생성
5. 교육당일 galaxy 접속 주소와 계정을 할당
6. 웹을 이용하여 galaxy 접속
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5. 교육사례: De-novo 교육
• 교육내용
1. De-novo 에셈블리 교육
• 제공내용
1. 16 core 128 GB의 대용량 메모리 서버 1대
2. 16 core 32 GB 29대
3. 교육자가 교육 1주전 직접 서버 환경 설정 (S/W 설치 등)
4. 환경설정된 서버 1대를 이미지화 (1일)
5. 29대의 서버를 이미지를 이용하여 설정 (1일)
6. SSH를 통해 터미널 접속
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6. 교육사례: EBI Workshop
• 교육내용
1. ChIP-Seq, Epigenome 데이터 분석
• 제공내용
1. EBI에서 요구하는 S/W 설치 (약1주)
2. 설치가 완료된 서버에 대해서 이미지 작업 수행 (1일)
3. 동시에 30대의 서버를 동일한 환경으로 생성 (1일)
4. 8core 16GB x 30대
5. 서버 1대에 교육생 2명씩 할당하여 사용
6. 교육생은 원격접속 S/W를 이용하여 IGV 등 그래픽 환경 사용
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7. 교육사례: R 교육
• 교육내용
1. R을 이용한 NGS 데이터 분석
• 제공내용
1. R 패키지 설치 (약1주)
2. 설치가 완료된 서버에 대해서 이미지 작업 수행 (1일)
3. 동시에 30대의 서버를 동일한 환경으로 생성 (1일)
4. 8core 16GB x 30대
5. 서버 1대에 교육생 2명씩 할당하여 사용
6. 교육생은 R Studio Server를 이용하여 웹을 통해 R 코드 작성
및 그래프 확인
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8. 교육을 위한 서버 체크 리스트
• 교육생당 서버 자원 (cpu, disk)
1. 교육에 필요한 분석 시간 고려하여 cpu, memory 결정
2. 분석 데이터(예제 데이터 + 교육생 생성 데이터)의 크기에 따라
공유 디스크 (TB급) or 로컬 디스크 (80GB) 결정
• S/W
1. Ubuntu 12.04 기반에서 S/W 설치
• 접속방법
1. SSH, 원격데스크탑, 웹
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9. 클라우드를 활용한 실습 요청서
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OS Ubuntu 12.04 64bit (리눅스)
서버사양
[ ] 4/8
[ ] 8/16
[ ] 8/60
[ ] 16/124
서버당 실습생 __명/1대
서버 대수 총 __ 대
예제 데이터 디스크 용량 __GB
사용자 디스크 용량 __GB
접속 방법
[ ] SSH
[ ] FTP
[ ] WEB
[ ] R-Studio Server
[ ] Remote Desktop
설치 S/W 목록
10. 클라우드를 이용한 교육 프로세스
• 이미지 생성을 위한 서버 제공
1. Ubuntu 12.04 기반
2. S/W 및 라이브러리 설치 (path 지정)
3. 예제 데이터 저장
• 이미지 생성 (1일)
• 서버당 가능한 실습 인원 파악 (1인당 8/16)
1. 1인당 8core 16GB 1대씩 제공
2. 또는 16core 32 GB를 통해 서버당 2명씩 접속
• 이미지를 통해 다수의 동일한 환경의 서버 생성 (1일)
• 교육에 활용할 접속 주소, 아이디/암호 리스트 전달
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11. 2015/4/8 11
S/W
템플릿이 될 마스터 서버 제공
S/W, 예제 데이터 저장 (80 GB내)
S/W
S/W와 예제 데이터가 설정된 서버 제공
예제 데이터 디스크 (80 GB)
추가 디스크 (사용자 데이터 GB x 서버당 교육생수)
Sample DATA
Sample DATA
User DATA
S/W
Sample DATA
User DATA
S/W
Sample DATA
User DATA
12. 2015/4/8 12
S/W
템플릿이 될 마스터 서버 및 별도의 공유 디스크 제공
S/W, 예제 데이터 저장
S/W
S/W와 예제 데이터가 설정된 서버 제공
예제 데이터 디스크 (80 GB)
추가 디스크 (사용자 데이터 GB x 서버당 교육생수)
Sample DATA
User DATA
S/W
User DATA
S/W
User DATA
Sample DATA
읽기만 가능
13. KT 지원
• S/W 설치 지원
• 마스터 서버에 설정이 완료되면 원하는 대수 만큼 서버 생성
지원
• 사용자 계정 생성 지원
• 접속 환경 지원 : ssh (기본), ftp, web(r-studio server,
ipython notebook)
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