Diese Präsentation wurde erfolgreich gemeldet.
Wir verwenden Ihre LinkedIn Profilangaben und Informationen zu Ihren Aktivitäten, um Anzeigen zu personalisieren und Ihnen relevantere Inhalte anzuzeigen. Sie können Ihre Anzeigeneinstellungen jederzeit ändern.
The multiple roles of CRP at the complex  acs  promoter depend on activation region 2 and IHF Bianca Sclavi  et al. Molecu...
1: Was/Wofür ist das  acs -Gen? acs  steht für Acetyl-CoA-Synthetase.   Acetyl-CoA-Synthetase kommt in allen Organismen vo...
3:  acs  auf der DNA  P1, P2 & P2A sind Promotoren  P2 ist der bedeutendste von ihnen IHF = Integration Host Factor acs ha...
4: Was macht IHF & CRP? IHF ist ein Nucleoid-Protein. Das bedeutet, es verändert die Form der DNA, Bsp. bei der Kondensati...
3:  acs  auf der DNA  P1, P2 & P2A sind Promotoren  P2 ist der bedeutendste von ihnen IHF = Integration Host Factor acs ha...
3a: Klassen von Promotoren Klasse 1 Promotor: - Transkriptionsfaktor     (hier: CRP) bindet bei Position      -60 oder höh...
5: Bisherige Bewertung der verschiedenen Domänen von  acs Ist sowohl die IHF III- und die CRP II-Stelle besetzt, stoppt di...
5a: Verwendete DNA-Bruchstücke & Mutanten
6: Beitrag von IHF bei der Transkription
7: Beitrag von CRP bei der Transkription
8: Aktive Regionen  von CRP Varianten: 1+  2+  3°  = WT 1+  2-   3°           1+  2+  3+   1+  2-   3+                    ...
9: Auswirkungen dieser Mutanten auf die Transkriptionsrate mutierte AR1-Region: keine Promotoraktivität, unabhängig von de...
                 Footprinting Assay 1. DNA-Ende markieren 2. Protein zugeben 3. Partialverdau der DNA  4. Protein entferne...
10: Charakterisierung der Proteinbindung durch DNase I Footprinting Assay
11: Vorstellung von Potassium (= Kaliumpermanganat) Footprinting Analysis - DNA & Proteine inkubieren - KMnO4 zugeben - Pr...
12: Charakterisierung der Proteinbindung mit Kaliumpermanganat-Footprinting Analysis
 
 
 
 
Zusammenfassende Gedanken zum acs-Promotor - Regulierung durch Protein-DNA Interaktionen & durch Protein-Protein Interakti...
Nächste SlideShare
Wird geladen in …5
×

Unbeijonnannte prasentation

306 Aufrufe

Veröffentlicht am

Veröffentlicht in: Technologie
  • Als Erste(r) kommentieren

  • Gehören Sie zu den Ersten, denen das gefällt!

Unbeijonnannte prasentation

  1. 1. The multiple roles of CRP at the complex acs promoter depend on activation region 2 and IHF Bianca Sclavi et al. Molecular Microbiology , 65 , 425–440
  2. 2. 1: Was/Wofür ist das acs -Gen? acs steht für Acetyl-CoA-Synthetase.   Acetyl-CoA-Synthetase kommt in allen Organismen vor.  Hier wurde E. coli untersucht. Acetyl-CoA-Synthetase ist eine Ligase, die die Synthese von Acetyl-CoA aus Acetat und Coenzym A katalysiert.     Acetat kann somit als Kohlenstoffquelle genutzt werden und im Citratzyklus oder in der Biosynthese verwendet werden. Wird benötigt, wenn Kohlenstoffmangel herrscht, da andere C-Quellen zur Neige gehen.
  3. 3. 3: acs auf der DNA P1, P2 & P2A sind Promotoren P2 ist der bedeutendste von ihnen IHF = Integration Host Factor acs hat 3 Bindestellen für IHF CRP = cAMP Receptor Protein acs hat 2 Bindestellen für CRP
  4. 4. 4: Was macht IHF & CRP? IHF ist ein Nucleoid-Protein. Das bedeutet, es verändert die Form der DNA, Bsp. bei der Kondensation zu Chromatin. CRP bindet an cAMP, wodurch dieser CRP-cAMP-Komplex an die DNA binden kann. Anschließend kann die RNA-Polymerase rekrutiert werden.
  5. 5. 3: acs auf der DNA P1, P2 & P2A sind Promotoren P2 ist der bedeutendste von ihnen IHF = Integration Host Factor acs hat 3 Bindestellen für IHF CRP = cAMP Receptor Protein acs hat 2 Bindestellen für CRP
  6. 6. 3a: Klassen von Promotoren Klasse 1 Promotor: - Transkriptionsfaktor     (hier: CRP) bindet bei Position      -60 oder höher - Kontakt zwischen    Transkriptionsfaktor & α-CTD Klasse 2 Promotor: - Transkriptionsfaktor    überlappt mit der -35 Region - Kontakt zwischenTranskriptions-   faktor & α-NTD, σ-Untereinheit      und manchmal α-CTD Klasse 3 Promotor: - Klasse 1/Klasse 1 oder     Klasse 1/Klasse 2 Verknüpfung
  7. 7. 5: Bisherige Bewertung der verschiedenen Domänen von acs Ist sowohl die IHF III- und die CRP II-Stelle besetzt, stoppt die Transkription, da diese Kontakte die RNA-Polymerase fest binden. CRP I muss besetzt sein, damit der Promotor P2 genutzt werden kann. Um die höchste Transkriptionsrate zu erreichen, muss auch CRP II besetzt sein. IHF I und IHF II wirken dieser Überstabilisierung entgegen.
  8. 8. 5a: Verwendete DNA-Bruchstücke & Mutanten
  9. 9. 6: Beitrag von IHF bei der Transkription
  10. 10. 7: Beitrag von CRP bei der Transkription
  11. 11. 8: Aktive Regionen von CRP Varianten: 1+  2+  3°  = WT 1+  2-   3°           1+  2+  3+  1+  2-   3+                                       1-  2+ 3° 1-  2-  3° 1-  2+ 3+ 1-  2-  3+ AR1 & AR2 sind natürlich   AR3 ist künstlich
  12. 12. 9: Auswirkungen dieser Mutanten auf die Transkriptionsrate mutierte AR1-Region: keine Promotoraktivität, unabhängig von den weiteren Mutationen
  13. 13.                 Footprinting Assay 1. DNA-Ende markieren 2. Protein zugeben 3. Partialverdau der DNA 4. Protein entfernen   5. Gelelektrophorese - Footprints (Lücken): von Protein geschützte Bereiche   - Hypersensitive Sites (Banden): von Protein freigelegte Bereiche
  14. 14. 10: Charakterisierung der Proteinbindung durch DNase I Footprinting Assay
  15. 15. 11: Vorstellung von Potassium (= Kaliumpermanganat) Footprinting Analysis - DNA & Proteine inkubieren - KMnO4 zugeben - Proteine & KMnO4 entfernen - Primer Extension - Gelelektrophorese Banden: Einzelsträngiger Bereich der DNA
  16. 16. 12: Charakterisierung der Proteinbindung mit Kaliumpermanganat-Footprinting Analysis
  17. 21. Zusammenfassende Gedanken zum acs-Promotor - Regulierung durch Protein-DNA Interaktionen & durch Protein-Protein Interaktionen ==>diverse Signale können miteinbezogen werden - CRP, IHF & FIS stellen die wichtigsten Regulatoren dar - TOC (transcription open complex) wird de-/über-/stabilisiert - Aktivierung wenn C-Quellen aufgebraucht, um acetate & coA zu Acetyl-CoA zu katalysieren und dieses im Citratzyklus verwerten zu können - DNA-Kondensation führt zur inhibition der TOCs und somit von - DNA-Kondensation führt zur inhibition der TOCs und somit von Acetyl-CoA synthetase

×