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Visualizacion de Imagen Médica con 3D Slicer

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Visualizacion de Imagen Médica con 3D Slicer

  1. 1. V ISUALIZACIÓN DE I MAGEN M ÉDICA CON 3D S LICER D IGNA G ONZÁLEZ O TERO Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Bilbao Mayo de 2012Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 1 / 29
  2. 2. Índice1 Slicer Explorando los datos Mapa de etiquetas Modelos 3D Lightbox Viewer Guardar escena Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 2 / 29
  3. 3. Slicer Explorando los datosSlicerArranque del programa • Abrimos Slicer. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 3 / 29
  4. 4. Slicer Explorando los datosSlicerApertura de la imagen • File → Add Volume → imagen 001.dcm en el directorio dicom. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 4 / 29
  5. 5. Slicer Explorando los datosSlicerApertura de la imagen • File → Add Volume → fichero spgr.nhdr en el directorio nrrd. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 5 / 29
  6. 6. Slicer Explorando los datosSlicerModificación del layout • Choose View → red only layout. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 6 / 29
  7. 7. Slicer Explorando los datosSlicerNavegación entre frames • Con el slider navegamos entre los diferentes frames hasta mostrar los ventrículos. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 7 / 29
  8. 8. Slicer Mapa de etiquetasSlicerCargar mapa de etiquetas • Select Volume File → fichero all.nhdr en el directorio nrrd. • Las etiquetas se cargan en la capa de etiquetas (L). Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 8 / 29
  9. 9. Slicer Mapa de etiquetasSlicerCargar mapa de etiquetas • Enlazar las diferentes vistas. Quitar las etiquetas de la capa L y mostrarlas en foreground (F). • Con el slider fusionar la imagen original y el mapa de etiquetas. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 9 / 29
  10. 10. Slicer Mapa de etiquetasSlicerMostrar cortes en vista 3D • Habilitar la visibilidad de los tres cortes. Aparecerán en la vista 3D. • Con el ratón, rotar la imagen. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 10 / 29
  11. 11. Slicer Modelos 3DSlicerCargar modelos 3D • Módulo Data → Add data or data directory → seleccionar directorio models. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 11 / 29
  12. 12. Slicer Modelos 3DSlicerModificar propiedades de modelos • Menú Models → Seleccionar Skin.vtk → configurar color y transparencia (0,5). Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 12 / 29
  13. 13. Slicer Modelos 3DSlicerModificar propiedades de modelos • Deshabilitar visibilidad de Skin.vtk. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 13 / 29
  14. 14. Slicer Modelos 3DSlicerModificar propiedades de modelos • Modificar color de Brain.vtk (blanco). Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 14 / 29
  15. 15. Slicer Modelos 3DSlicerModificar layout • Configurar layout → Green Slice Only layout. • Ajustar tamaño de la imagen a la ventana. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 15 / 29
  16. 16. Slicer Modelos 3DSlicerMostrar intersecciones del modelo • Habilitar Slide Intersection Visible. • La intersección con el modelo se muestra en la imagen en blanco. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 16 / 29
  17. 17. Slicer Modelos 3DSlicerModificar propiedades de modelos • Volver al layout convencional. • Cambiar el color de Vessels.vtk a rojo. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 17 / 29
  18. 18. Slicer Modelos 3DSlicerModificar vista • Habilitar la vista anterior (A) de la imagen. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 18 / 29
  19. 19. Slicer Modelos 3DSlicerClipping • Para el modelo Brain.vtk seleccionar la opción Clipping. • Configurar Yellow Slice Clipping como Positive Space. • Parte del modelo 3D se oculta en la imagen superior. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 19 / 29
  20. 20. Slicer Modelos 3DSlicerClipping • Seleccionar la vista superior (S) de la imagen. • En mitad de la imagen se muestra el modelo y en la otra mitad queda al descubierto la imagen real. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 20 / 29
  21. 21. Slicer Modelos 3DSlicerClipping • Desplazando el slider amarillo se navega entre los diferentes frames. • Se muestra el modelo en la parte derecha del frame seleccionado. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 21 / 29
  22. 22. Slicer Modelos 3DSlicerVisualización de modelo 3D • Deshabilitar la opción Clipping. • Habilitar la visibilidad de Skin.vtk. • Se muestra el modelo 3D completo (piel, cerebro, vasos). Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 22 / 29
  23. 23. Slicer Lightbox ViewerSlicerLightbox Viewer • Menú Viewer → Compare Layout → 1, 2, 2. • En el visor lightbox se muestran cuatro slices axiales adyacentes. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 23 / 29
  24. 24. Slicer Lightbox ViewerSlicerLightbox Viewer • Rotamos el model 3D con el ratón. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 24 / 29
  25. 25. Slicer Lightbox ViewerSlicerLightbox Viewer • Seleccionar configuración de Lightbox: 6x6. • Se muestran simultáneamente 36 slices. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 25 / 29
  26. 26. Slicer Guardar escenaSlicerGuardar escena • File → Save → Seleccionar directorio donde guardar la escena → Guardar. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 26 / 29
  27. 27. Slicer Guardar escenaSlicerCrear captura de la escena • Capture and name scene snapshot → Elegir nombre. • Repetir el proceso y guardar la escena. • La escena con las capturas se puede cargar de nuevo en Slicer. Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 27 / 29
  28. 28. Licencia CC by-sa http://creativecommons.org/licenses/by-sa/2.0/legalcode
  29. 29. Slicer Guardar escena V ISUALIZACIÓN DE I MAGEN M ÉDICA CON 3D S LICER D IGNA G ONZÁLEZ O TERO Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Bilbao Mayo de 2012Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 29 / 29

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